New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 14276 for NEMO/branches/2019/dev_r11708_aumont_PISCES_QUOTA/cfgs/SHARED/namelist_sediment_ref – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2021-01-07T23:09:56+01:00 (3 years ago)
Author:
aumont
Message:

numerous updates to PISCES, PISCES-QUOTA and the sediment module

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • NEMO/branches/2019/dev_r11708_aumont_PISCES_QUOTA/cfgs/SHARED/namelist_sediment_ref

    r12361 r14276  
    1818&nam_geom     !  Characteristics of the sediment columns 
    1919!----------------------------------------------------------------------- 
    20   jpksed    = 11       ! Number of vertical layers 
    21   sedzmin = 0.3        ! Minimum vertical spacing 
    22   sedhmax = 10.0       ! Maximum depth of the sediment 
    23   sedkth  = 7.0        ! Default parameters 
     20  jpksed  = 18         ! Number of vertical layers 
     21  sedzmin = 0.1        ! Minimum vertical spacing 
     22  sedhmax = 15.0       ! Maximum depth of the sediment 
     23  sedkth  = 9.0        ! Default parameters 
    2424  sedacr  = 2.0        ! Default parameters 
    25   porsurf   = 0.9      ! Sediment porosity at the surface 
    26   porinf    = 0.75     ! Sediment porosity at infinite depth 
    27   rhox      = 0.33     ! Length scale of porosity variation (cm) 
     25  porsurf = 0.9        ! Sediment porosity at the surface 
     26  porinf  = 0.75       ! Sediment porosity at infinite depth 
     27  rhox    = 0.33       ! Length scale of porosity variation (cm) 
    2828/ 
    2929!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    5757! 
    5858   seddiag3d(1)   = 'SedpH      ' , 'pH                                     ',  '-      ' 
    59    seddiag3d(2)   = 'SedCO3por  ' , 'Dissolved CO3 cocnentration            ',  'mol/L' 
     59   seddiag3d(2)   = 'SedCO3por  ' , 'Dissolved CO3 concentration            ',  'mol/L' 
     60   seddiag3d(3)   = 'Sedligand'   , 'ligand concentration                   ',  'mol/L' 
    6061   seddiag2d(1)   = 'FlxSi      ' , 'Silicate flux                          ',  'mol/cm2/s' 
    6162   seddiag2d(2)   = 'FlxO2      ' , 'Dissolved Oxygen Flux                  ',  'mol/L' 
    … …  
    6768   seddiag2d(8)   = 'FlxH2S     ' , 'Total H2S flux                         ',  'mol/cm2/s' 
    6869   seddiag2d(9)   = 'FlxSO4     ' , 'Total SO4 flux                         ',  'mol/cm2/s' 
    69    seddiag2d(10)   = 'FlxFe2     ' , 'Total Fe2+ flux                        ',  'mol/cm2/s' 
    70    seddiag2d(11)  = 'Flxtot     ' , 'Total net sediment burial rate         ',  'cm/s' 
    71    seddiag2d(12)  = 'dzdep      ' , 'Sedimentation rate                     ',  'cm/s' 
     70   seddiag2d(10)  = 'FlxFe2     ' , 'Total Fe2+ flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     71   seddiag2d(11)  = 'FlxBSi     ' , 'Total net BSi burial rate              ',  'g/cm2/s' 
     72   seddiag2d(12)  = 'FlxClay    ' , 'Total net CLay burial rate             ',  'g/cm2/s' 
     73   seddiag2d(13)  = 'FlxPOC     ' , 'Total net POC burial rate              ',  'g/cm2/s' 
     74   seddiag2d(14)  = 'FlxCaCO3   ' , 'Total net CaCO3 burial rate            ',  'g/cm2/s' 
     75   seddiag2d(15)  = 'FlxPOS     ' , 'Total net POS burial rate              ',  'g/cm2/s' 
     76   seddiag2d(16)  = 'FlxPOR     ' , 'Total net POR burial rate              ',  'g/cm2/s' 
     77   seddiag2d(17)  = 'FlxFeO     ' , 'Total net FeO burial rate              ',  'g/cm2/s' 
     78   seddiag2d(18)  = 'FlxFeS     ' , 'Total net FeS burial rate              ',  'g/cm2/s' 
     79   seddiag2d(19)  = 'Flxtot     ' , 'Total burial flux                      ',  'mol/cm2/s' 
     80   seddiag2d(20)  = 'dzdep      ' , 'Sedimentation rate                     ',  'cm/s' 
    7281/ 
    7382!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    7685   rcopal   =  0.1      ! Reactivity for clay  [l.mol-1.an-1] 
    7786   dcoef    =  8.0E-6   ! Diffusion coefficient in sediments (in cm**2/s) 
    78    rccal    =  0.014    ! Dissolution rate of calcite [in yr-1] 
     87   rccal    =  1.4      ! Dissolution rate of calcite [in yr-1] 
    7988   rcligc   =  0.1      ! Degradation rate of ligands [in yr-1] 
    8089   ratligc  =  1.E-4    ! L/C ratio in POC 
    … …  
    92101   rcorgr   =  1.E-4   ! Reactivity for refractory POC [an-1] 
    93102   rcnh4    =  1E7     ! Reactivity for O2/NH4 [l.mol-1.an-1] 
    94    rch2s    =  1E5     ! Reactivity for O2/H2S [l.mol-1.an-1] 
     103   rch2s    =  1.6E5   ! Reactivity for O2/H2S [l.mol-1.an-1] 
    95104   rcfe2    =  1E8     ! Reactivity for O2/Fe2+ [l.mol-1.an-1] 
    96    rcfeh2s  =  1E4     ! Reactivity for FEOH/H2S [l.mol-1.an-1] 
    97    rcfes    =  1E5     ! Reactivity for FE2+/H2S [l.mol-1.an-1] 
     105   rcfeh2s  =  8E3     ! Reactivity for FEOH/H2S [l.mol-1.an-1] 
     106   rcfes    =  1E6     ! Reactivity for FE2+/H2S [l.mol-1.an-1] 
    98107   rcfeso   =  3E5     ! Reactivity for FES/O2 [l.mol-1.an-1] 
    99108   xksedo2  =  1.E-6   ! Half-saturation constant for oxic remin [mol/l] 
    … …  
    105114&nam_btb     !   parameters for bioturbation and bioirrigation 
    106115!----------------------------------------------------------------------- 
    107    dbiot       =  5.        ! Bioturbation coefficient (in cm2/yr) 
    108    ln_btbz     =  .false.   ! Depth varying bioturbation  
    109    dbtbzsc     =  10.0      ! coefficient for btb attenuation. If no variation, depth of the mixed layer 
     116   dbiot       =  10.       ! Bioturbation coefficient (in cm2/yr) 
     117   ln_btbz     =  .true.    ! Depth varying bioturbation  
     118   dbtbzsc     =  6.0       ! coefficient for btb attenuation. If no variation, depth of the mixed layer 
    110119   adsnh4      =  1.3       ! Adsorption coefficient of NH4 
    111    ln_irrig    =  .true.   ! Bioirrigation in sediment 
     120   ln_irrig    =  .true.    ! Bioirrigation in sediment 
    112121   xirrzsc     =  1.5       ! Vertical scale of the attentuation of bioirrigation [cm] 
    113122/  
    … …  
    115124&nam_rst     !   parameters for restarting the sediment module 
    116125!----------------------------------------------------------------------- 
    117    ln_rst_sed   =  .false.       !  restart flag 
     126   ln_rst_sed   =  .false.         !  restart flag 
    118127   cn_sedrst_in  = "restart_sed"   !  name of the input restart file name of the sediment module 
    119128   cn_sedrst_indir = "."           !  directory from which to read input sediment restarts 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.