Reports of technical meeting ORCHIDEE

22/09/2011

Present: Patricia Cadule, Philippe Ciais, Agnès Ducharne, Marie-Alice Foujols, Isabelle Gouttevin, Sebastiaan Luyssaert, Fabienne Maignan, Catherine Ottlé, Philippe Peylin, Jan Polcher, Didier Solyga, Nicolas Viovy, Nicolas Vuichard, Tao Wang

1 – Discussion on the summer work at LGGE (Isabelle)

Catherine first specifies that Tao is working on the snow model under the supervision of herself and Philippe C. He started from the Charlie's AR5 version. He will stay as a post-doc and use the Isabelle-Charlie-Bruno merged version, hereafter the High_latitudes_Merged_version, he has already been in contact with Isabelle. The High_latitudes_Merged_version results from:

• Charlie’s version from June 2010, very close to the AR5 version (+ cryoturbation, soil vertical discretization …),
• plus Bruno Ringeval’s modifications (topmodel, wetlands),
• plus Isabelle’s modifications (freezing with 11 layers hydrology).

This has implied to overcome several difficulties (for example veget versus veget_max for compatibility with stomate). This version is now working from a numerical point of view but still needs to be evaluated (specifically regarding the hydric stress). The 11 layers version is very similar to the one of Jan and Aurélien. Jan will work directly with Isabelle for the 11 layers merge. Bruno should also take part in this exchange. The forms defining the strategy are due beginning of October, so that the inclusion in the trunk can be made at the end of October. There is a need to compare the topmodel diagnostics to the FLOODPLAINS results. Didier Solyga will create an svn branch for Isabelle’s version.

2 – METAFOR CMIP5 questionnaire (Marie-Alice)

The objective is to document the CMIP5 models to render intercomparisons easier. The standardization of the vocabulary has required several years of work. Nathalie and Patricia are PIs for the ORCHIDEE questionnaire. The deadline is now three weeks at most. Patricia says that some ambiguities remain in the variable names, leading to erroneous calculations. Philippe P. proposes that Patricia send a mail to the project list, listing the questions she cannot answer by herself. Then one of the next weekly meetings will be dedicated to the questionnaire finalization. Agnès agrees to test her comprehension of the variables by performing some calculations.

3 – ORCHIDEE scientific documentation retreat (Philippe P.)

This retreat will last a day and a half and is open to every developer/user. Philippe P. will send a doodle to select an appropriate date between November and December. Several persons mention that their schedule is already full hence Philippe P. will extend the doodle till January but no longer. Jan may participate using either phone or video-conference. Martial, Sebastiaan and Fabienne have already done some preparation around the selected tool (doxygen) and will send some examples (allocation, phenology).

4 – Diverse

Marie-Alice mentions that the next meeting of the Scientific Committee of the IPSL Climatic Modeling Center is scheduled for September 30 (next ones in November and March). Patricia represents ORCHIDEE. Philippe P. will send a mail to know which priorities have to be reported to the Committee. Computing time has to be requested before October 17. There won’t be any more NEC in 2012, people have to be prepared to switch to titane (CCRT) and vargas (IDRIS). Agnès mentions a Sisyphe seminary on November 3, by Keith Beven, on topmodel and the uncertainties in models. Keith is also a jury member for Agnès HDR, on November 4. Congratulations to her!

15/09/2011

Présents: Marie-Alice Foujols, Sebastiaan Luyssaert, Martial Mancip, Didier Solyga, Nicolas Vuichard, Philippe Peylin, Catherine Ottle, Dorothee Lewden (invitee).

Objectif de la reunion: Site Web ORCHIDEE La question sousjacente etait: Doit on conserver le site standard gerer par un CMS (sous Joomla) ou peut on tout regrouper sur le site wiki du systeme Track gerant les versions du code et les "tickets".

1) Presentation par Martial de l'utilisation du site Joomla et de son CMS: Mise en page du texte relativement facile (comme dans un traitement de texte word) mais creation de nouvelle pages plus complexe. Le Wiki Track est quand a lui facile d'utilisation mais tres "Fruste" (peu d'aide pour la mise en page)

2) Nombreuses discussion autour des avantages et inconvenients des 2 systemes

3) BILAN:

• On conserve le site CMS/Joomla pour une description simple, de type "Vitrine", du modele ORCHIDEE qui

servira de base pour la promotion du code a l'exterieur et la description succinte de ses capacites et performances. Ce site sera relativement statique avec probablement des mises a jour seulement tous les 3 mois..

• On utilise le site TRACK-WIKI pour la VIE quotidienne du code et les echanges entre utilisateurs, developpeurs.

Une grande partie du contenu actuel sur le site standard (CMS/Joomla) sera donc migre sur le WIKI. Pour les questions de droit d'acces, on prevoit seulement 2 niveaux:

• Personne non enregistree: access restreint a quelques pages standard (doc, ref,...)
• Toutes les autres pages sont accessible seulement aux personnes "logger" (on donnera un login

a tous les utilisateurs d'ORCHIDEE)

4) ACTIONS

• Nicolas Vuichard: Realise un premier reformattage du site wiki pour hierachiser et restructurer le contenu
• Sebastiaan Luyssaert: Propose une maquette (qqs transparents) du contenu du site standard ORC (CMS/joomla)
• Philippe P.: se renseigne si IPSL pourrait fournir une aide ponctuelle pour implementer la nouvelle version

du site standard: si aucune aide possible, alors on pourra proposer un stage ou contracter une entreprise

08/09/2011

Présents: Marie-Alice Foujols, Juliette Lathière, Sebastiaan Luyssaert, Fabienne Maignan, Martial Mancip, Didier Solyga, Nicolas Viovy, Nicolas Vuichard.

1 - Bilan des actions effectuées suite aux précedentes réunions

• Forçage ERA-interim : suite à la réunion du 01/09/2011 Nicolas Vuichard a étudié la possibilité d'utiliser des forçages leap avec l'attribut calendar à noleap. Il vaut mieux selon lui rester avec des forçages noleap et éventuellemnt revenir plus tard sur le leap.
• Interpolation des données journalières : Nicolas Vuichard a synthétisé ce qui a déjà fait (à part le travail de Kun Tan). Didier a accepté de travailler sur l'interpolation de ces champs.
• Démarche qualité : une réunion avec un membre de l'IRFU est prévue avec Fabienne et les volontaires sur la bonne manière de remplir le questionnaire (dans une quizaine de jours)
• questionnaire Metafor : A voir avec Nathalie et Patricia.
• Page DGVM sur le wiki : Nicolas Viovy a entrepris la début de la rédaction de la page. Il doit indiquer encore les bugs corrigés par rapport à la version de Sonke.
• Simulation LMDZOR : bientôt
• Didier a crée la page pour le nettoyage prévue pour la version 2.0 CleanOrchidee

2 - Documentation

• Sebastiaan a crée une page sur le wiki résumant le travail effectué ces derniers mois avec Fabienne et Martial : OrchideeDocumentation?
• Martial a présenté les fonctionnalités de Doxygen (version 1.6.2) :
  • Doxygen permet d'associer la documentation à une version donnée ou à un tag en générant des pages html (web) ou en pdf (chacun peut donc générer sa doc)
  • Doxygen permet l'inclusion de liens dans la documentation technique pointant sur la documentation scientifique et réciproquement.
  • Doxygen permet de tracer les routines entre elles : caller graph (toutes les routines appelées par une routine donnée) et call graph ( toutes les routine qui appellent une routine donnée)
• Le travail de Martial pour la documentation d'ORCHIDEE est disponible sur sa version personnelle que chacun peut librement télécharger et tester. Il se compose de deux scripts dont l'un permettant de transformer les commentaires d'ORCHIDEE en commentaires lisibles par Doxygen. Ce traitement est à titre provisoire : dans l'avenir , on s'assurera que les commentaires sont au bon format pour Doxygen.
• Présentation des groupes : Doxygen permet de regrouper les variables par groupe comme les variables d'allocation, ce qui assure un tracé global de ces variables dans le code.
• Le pdf généré(doc scientifique + technique) par Martial est disponible sur Obelix (cf OrchideeDocumentation?)
• Pour une question de visibilité, Martial préfère que l'on sépare la documentation scientifique (en pdf) et technique (en html)
• Sebastiaan propose d'inclure en tête de chaque module un header d'une dizaine de lignes maximum qui résume le fonctionnement du module
• Sebastiaan et Martial proposent l'emploi d'un CDD après la création de la documentation scientifique et technique
• Marie-Alice et Juliette rappellent que la documentation doit rester simple et efficace
• Fabienne et Martial font tester la documentation sur la phénologie
• Rappel : fcm est installé dans modipsl. Pour générer la doc, faire makeorchidee_fcm -doc
• RETRAITE : Martial insiste sur le fait de choisir la date pour fin septembre pour une retraite prévue avant la fin de l'année. Avant cela, tout le monde se doit d'être au clair sur la documentation qui ne doit pas dépasser une dizaine de lignes par module. On souligne aussi qu'il faut des personnes qui s'occuperaient de la documentation de Sechiba. Juliette pose la question à posteriori sur les personnes concernées par cette retraite (permanents seulement, etc ...)

3 - Couplage INCA/ORCHIDEE

• Juliette a rappelé l'importance qu'aurait le couplage ORCHIDEE/INCA (impact de la pollution sur la végétation, cycle de l'Ozone..) pour la cohérence du modèle du système Terre et la prise en compte des interactions entre biosphère continentale et chimie atmosphérique.
• Nicolas Vuichard et Juliette ont tout d'abord corrigé et nettoyé la version COV afin de préparer le merge dans une prochaine version
• Anne Cozic a commencé à travailler sur le passage de veget_max dans INCA et a souligné un problème de grilles entre ORCHIDEE et INCA.
• D'un point de vue technique, ORCHIDEE et INCA s'échangent principalement des variables de Sechiba; l'interface se fera au niveau du module sechiba.f90. ORCHIDEE passera à INCA les variables liées à la distribution de la végétation (veget_max et LAI ou NPP, résistance stomatique) et aux flux d'émissions de composés organiques volatils d'origine biogéniques. En retour, INCA transmettra à ORCHIDEE des concentrations atmosphériques d'espèces chimiques. Problème soulevé des flux d'émissions dans le module diffuco.f90 : on propose la création d'un tableau de flux d'émissions.
• Sebastiaan souligne que le travail de James Ryder a également un intérêt fort pour les couplages ORCHIDEE-INCA: mise en place d'une structure verticale de la canopée pour l'amélioration du bilan énergétique.
• Une branche sera mise en place avec la participation d'Anne Cozic.

4 - Tickets

• Pour se faire une idée, des exemples de tickets sont disponibles aux adresses suivantes : ​http://trac.edgewall.org/report ; ​http://trac.edgewall.org/report/6 ; ​https://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/report/2 ; ​https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/report/3
• Martial propose la création d'une feuille de route voir par exemple ​http://trac.edgewall.org/roadmap ou ​https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/roadmap
• Suite aux mails échangés et aux discussions, une dizaine de tickets en anglais va être créee :
  • Biogeochemical processes (including nitrogen, phenology, allocation, ...)
  • Anthropogenic processes (including agricultural management, forest management, land-use change, ...)
  • Physical processes (including energy, hydrology, routing, ...)
  • Driver files (including watchouts, history, parameters, ...)
  • Tools (including scripts, post-processing, ...)
  • Model architecture (including subversioning, externalisation, parallelisation, ...)
  • Validation (including observation files for validation, processing chains, ...)
  • Documentation (including dOxygen, principles, ...)
  • Communication channels (including licence, website, wiki, mailing lists, newsletter, ...)
  • Personal interactions (including meetings, projects, seminars, tutorials, ...)
• Pour l'instant, on envisage un milestone : ORCHIDEE 2.0
• Nicolas Vuichard pose la question de l'archivage des mails de la future liste orchidee-help dans un ticket ; on envisage plutôt la création d'une FAQ.
• Martial va créer une page d'aide wiki où il résumera dans quelle partie ouvrir un ticket
• Marie-Alice souligne que dans le code NEMO,les tickets sont classés par version. Lors d'une mise à jour, tous les tickets précédant la version sont envoyés. A envisager.

5 - Orchidee Hautes Latitudes

• Isabelle, Charlie et Bruno travaillent au merge d'une version ORCHIDEE boréale. On envisage la création d'une branche sur le serveur svn. Une réunion est prévue bientôt.

01/09/2011

Présents: Juliette Lathière, Sebastiaan Luyssaert, Fabienne Maignan, Martial Mancip, Nathalie de Noblet, Didier Solyga, Nicolas Viovy, Nicolas Vuichard.

1 - Points sur les forçages atmosphériques

• ERA-interim
  • Nicolas Vuichard a généré les forçages ERA-interim reformatés en 3h pour orchidee. Fabienne et Nicolas Vui les ont comparé à ceux produit antérieurement à 6h pour vérification.
  • Ces forçages sont générés pour une grille régulière lat/lon à 0.7 et non plus en points de terre comme auparavant. Ceci induit un doublement de leur taille (de 6 à 13 Go). Cependant, les fichiers produits en 2D sont pratiques afin de visuliser les données rapidement. Une solution pourrait être de travailler avec des fichiers en pts de terre et de développer un outil pour passer du 1D au 2D rapidement pour les visualiser. Pas de décision pour l'instant sur ce point.
  • Pour être utilisé simplement dans le cadre d'un spinup, les forçages ont été générés en "noleap" (365 jours pour chaque année). Pourrait-on obtenir le même résultat en spécifiant uniquement l'attribut calendar à noleap et en conservant 366 jours pour les années bissextiles ? ACTION : Nicolas Vuichard étudie cette dernière possibilité.
  • Avant de les déposer sur le compte de Martial en local (en 'mirroir' au CCRT et à l'IDRIS), s'assurer qu'on a le droit de les diffuser à l'ensemble du groupe. ACTION : Nicolas Vuichard contacte Frédéric Chevallier pour une demande d'autorisation puis le service des données de l'IPSL si nécessaire.

• ERA-WATCH
  • C'est un jeu de donées produit dans le cadre du projet WATCH. Il fournit des champs journaliers que le moteur standard d'ORCHIDEE ne peut pas lire actuellement. ERA-WATCH est utilisé dans de nombreux projets dans lesquels ORCHIDEE est impliqué, d'où la nécessité de pouvoir rapidement traiter des forçages journaliers dans ORCHIDEE.
  • ACTION : Nicolas Vuichard recense les développements qui ont été fait autour de l'interpolation journalière (moteur de Nicolas Viovy, routine de weather.f90, Yan Zhao, Kun Tan + réponses au mail de Nathalie au groupe Projet il y a quelque mois sur cette question).
  • Avant d'envisager un dépôt futur sur un compte commun, s'assurer qu'on a le droit de les diffuser à l'ensemble du groupe. ACTION : Qui ?

• CRU-NCEP
  • Tomomichi Kato a formaté le forçage CRU-NCEP de Nicolas Viovy pour qu'il soit lisible par le moteur standard d'ORCHIDEE.
  • ACTION: Ces données doivent être déposées sur le compte de Martial. Qui ?

2 - Nouveaux disques ORCHIDEE au LSCE:

Les disques orchidee sont maintenant:

• orchidee01: taille 10To occupé a 97%
• orchidee02: taille 20To occupé a 7%
• orchidee03: taille 20To vide
  

Nicolas Viovy a envoyé un mail rappelant les règles de bon usage de ces disques qui sont à diffuser à tout nouvel arrivant. Rappeler notamment que les forçages sont disponibles (en local au LSCE, au CCRT ou à l'IDRIS) sur des dépots communs et qu'il est donc inutile de les re-copier sur des répertoires perso.
ACTION: Nicolas Viovy recense les comptes des étudiants/thésards qui n'ont plus d'activité autour d'ORCHIDEE et fait le point avec les permanents afin de détruire ces répertoires et d'archiver les données qui doivent l'être.

3 - Démarche Qualité

L'analyse de risques à réaliser pour DSM est une bonne opportunité, pour nous, d'évaluer notre groupe projet ORCHIDEE.
ACTION: Juliette Lathière, Sebastiaan Luyssaert, Didier Solyga, Nicolas Viovy et Nicolas Vuichard sont volontaires pour remplir le questionnaire envoyé par Fabienne. Un point sera fait la semaine prochaine

4 - Questionnaire METAFOR

Deux PI sont en charge du questionnaire côté ORCHIDEE: Nathalie de Noblet pour SECHIBA et Patricia Cadule pour STOMATE. Une relecture du questionnaire une fois rempli par le plus grand nombre sera nécessaire.
ACTION: Nathalie fait le point avec Patricia sur l'avancée de cette tâche.

5 - DGVM

ACTIONS:

• Nicolas Vui montre à Nicolas Viovy la page WIki où il doit décrire les modifs qui ont été apportées au DGVM.
• Martial refait le point avec Masa pour s'assurer que cette version sera testée rapidement en mode LMDZ-OR sans Land-Use.
• Une simul en mode LMDZ-OR avec Land-Use serait à réaliser.

6 - Branche OpenMP

• Martial a commencé à tester cette version en model LMDZ-OR, et beaucoup de points ont été résolus côté LMDZ pour l'essentiel. Néanmoins, les résultats diffèrent encore selon le nombre de procs utilisés.
• Didier Solyga peut d'ores et déjà merger sa branche 'Externalisation' avec la branche 'OpenMP' de Martial.

7 - Spatialisation des paramètres d'ORCHIDEE

• Dider Solyga a réalisé une étude préliminaire pour étendre d'une dimension supplémentaire (points de terre) certains paramètres. Cette étude a été faite pour les paramètres 'dpu' et 'vcmax_opt'.
• Martial a suggéré d'utiliser une fonction de transfert qui permettrait de traiter de manière transparente un paramètre que celui-ci soit défini par points de terre ou non. A étudier par Didier.

8 - Documentation

• Fabienne a envoyé un mail à Marie-Alice et Pascalle Braconnot pour recenser ce qui a été fait au Pôle de Modélisation en terme de documentation. Seul OASIS travaille a priori avec un outil automatique, qui est D-Oxygen.
• Martial a résolu tous les problèmes techniques et est capable maintenant de créer automatiquement un doc PDF via D-Oxygen.
• ACTION: Martial présentera cela la semaine prochaine et proposera après concertation avec Fabienne et Sebastiaan un template de documentation. Le point des tickets sur le wiki et leur classification sera également abordé

9 - Nettoyage du code

• Une phase de nettoyage du code est prévue (Tag 2.0 ?). Afin de préparer, Didier suggère d'alimenter une page Wiki afin que chacun puisse spécifier des parties/variables du code à nettoyer.
• ACTION: Dider crée cette page et en informe le groupe Projet.

25/08/2011

Présents: Fabienne Maignan, Nicolas Vuichard, Sebastiaan Luyssaert, Philippe Peylin, Juliette Lathière.

1 - Site Web

Il existe actuellement 2 sites autour du modèle ORCHIDEE : CMS : plus flexible, avec modification facile de la mise en page par exemple; Wiki : plus rapide pour la mise en ligne mais moins flexible dans le format.

Y a-t-il un intérêt à garder les 2 sites ? Si l'on garde ces 2 sites, besoin de les homogénéiser, avec par exemple une page d’accueil commune qui redirigera vers l’un ou l’autre site selon les informations recherchées.

Philippe propose une réunion spécifique sur ce point : tutorial par Martial permettrait d’appuyer la discussion + présence de Marie-Alice et de Dorothée Lewden.

ACTIONS :

• date de la réunion à planifier
• rédiger avant la réunion la liste des questions (avantages/inconvénients, difficultés techniques…)

2 - Liste mails

Évolution vers des listes qui permettent de mieux cibler les personnes concernées, et suppression de la liste interne LSCE. Toutes les listes seront hébergées à l’IPSL, avec formulaire d’abonnement accessible en ligne. Philippe propose que Marie-Alice soit responsable de ces différentes listes.

5 listes sont proposées :

• orchidee_dev : diffusion des comit

• orchidee_projet: groupe projet existant actuellement

• orchidee_users: comprend tous les utilisateurs d’ORCHIDEE, y compris les collaborateurs étrangers. Liste permettant la diffusion d’information type Newsletter avec les dernières nouvelles du modèle (nouveau tag, correction gros bug…)

• orchidee_help: liste support

• orchidee_meetings: diffusion des informations concernant plus spécifiquement l’animation autour d’ORCHIDEE (LGGE, LMD, LSCE).

Les comptes-rendus des réunions seront également envoyés généralement à la liste orchidee_dev.

ACTIONS :

• point à mettre au programme de la réunion « site web » pour discussion
• vérifier qu’un mail peut effectivement être envoyé à chaque comit sur SVN.

3 - Documentation

Philippe et Nicolas proposent de faire une retraite d’1 jour ½ (par exemple au Domaine de Saint-Paul à Saint-Rémy-lès-Chevreuse), dédiée à la rédaction de la documentation ORCHIDEE.

ACTIONS :

• Sebastiaan et Fabienne regardent les possibilités de documentation « dynamique » (D-Oxygen, mais problème avec FORTRAN et très orienté variables ; autres possibilités existantes ?)+demande d’info à Pascale Braconnot
• répartition des modules et éventuels tests « techniques » à faire avant la retraite

4 - Démarche Qualité

Tous les instituts de la DSM sont invités à réaliser une analyse de risques sur leur code. Au LSCE c’est Fabienne qui, en tant que chargée de mission qualité, organise cette analyse pour le modèle ORCHIDEE (1 seul modèle par institut).

Fabienne nous a diffusé la liste de la trentaine de risques sélectionnés (sur les 150 existants). L’objectif est de commencer chacun à regarder ces différents critères, et de pouvoir en discuter ensuite lors d’une prochaine réunion afin d’aboutir à un classement « collectif ».

ACTION :

• Voir le mail de Fabienne du 25 août et regarder ces différents critères

5 - Informations générales

• Bruno Ringeval, Charlie Koven et Isabelle Gouttevin travaillent actuellement au merge de leurs différents développements dans une même version à partir de la version ORCHIDEE AR5.

• Nicolas : forçages ERA-interim vont être régénérés à un pas de temps de 3h : permettra une utilisation directe dans ORCHIDEE sans modifier le driver; en cours de finalisation

• Nicolas : mise à jour des chaînes FLUXNET, ajout de diagnostiques, ajout du diagramme de Taylor, multi-sites et possibilité d’utilisation à plusieurs échelles de temps ; va être comité

• Philippe : financements disponibles sur plusieurs projets qui permettraient de recruter une personne en CDD. Sur quel axe (simulations, gestion des sorties et forçages demandées…) ? à discuter.

04/08/2011

Present: Fabienne, Juliette, Marie-Alice (audio-conf), Didier, Martial

1. refonte du site trac
   • taille des pièces joints sur le trac

     How do I overcome the limitation of attachment size in TracWiki?
           > I was trying to upload a 700KB file when I got an error return page that
           > says the maximum size limit of an attachement is 263KB+ or something.
           Look in your trac.ini [attachment] section.
           max_size 	 Maximum allowed file size for ticket and wiki attachments
     

     dans notre trac.ini :

     [attachment]
     max_size = 262144
     render_unsafe_content = false
     

   • site web du pôle d'après Marie-Alice
     1. ICMC, CMS "professionnel" : icmc.ipsl.fr
     2. forge, wiki/trac "cahier de travail" : ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg Donc deux sites.
        C'est pareil pour Nemo et LMDz :
     • ​http://www.nemo-ocean.eu/, ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo
     • ​http://lmdz.lmd.jussieu.fr/, ​http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac qui sont sur le même serveur.
   • Une question reste en suspens : sur le CMS, les utilisateurs ne peuvent pas créer des articles ?
2. evo : Le tutorial sur le site web LSCE
   conf ou numéro d'appel dans la salle du LSCE ?
   retour d'infos (documentation) de Phillipe et Nicolas ?
3. nouveau tag orchidee_1_9_5_2
   • trunk fini : prêt à être taggué
   • va être utilisée par Patricia : Historique (et future) + DGVM
   • corrections de bogue sur les drivers + remise à plat de la chaîne de SPINUP
   • Les derniers tests en cours : reproduire et comparer avec les runs de Patricia pour créer les états initiaux des deux résolutions CMIP5.
     1. IPSLCM5A-LR (Low-Resolution) 96x95x39 : run OOL-CM5PIRC9-CRU-CLIM 3000 ans (parti d'un autre restart OOL-CTRLPI-1_9_5_SPIN_v2ORC_43).
        La page de description du démarrage du couplé IPSLCM5A-LR est ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/IPSLCMIP5/Centennal. Voir notamment ​de pdf qui retrace les différentes étapes de la mise en place du couplé. D'autres informations sont ​Là et la page de la liste des simulations CMIP5 de ce couplé est ​celle-ci.
     2. IPSLCM5A-MR (Medium-Resolution) 144x142x39 : partie d'un état initial piControlMR2 (23 itérations de 30 = 690 ans). Les informations sur les simulations de tests sont sur le site des simulation CMIP5 : ​ContinentIPSLCM5 et en particulier ​ORCHIDEE.
        L'utilitaire de projection des restarts est dans : ORCHIDEE_OL/Utilitaire/Regrid_restart/script_regrid.
   • pour le orchidee_1.9.6 : reste à merger OpenMP (après quelques tests LMDZOR avec la branche OpenMP)
4. 'Questionnaire METAFOR CMIP5 : est reproduit dans cette page? On demande finalement le protocole 1/2 journée pour remplir le METAFOR.
   Rappel dans la réunion précédente, on a proposé que chacun "rempli" sa partie (à vérifier).
5. Martial sait transformer du doc/html/pdf en trac/wiki
6. Concernant les nouvelles liste de diffusion :
   • Marie-Alice a relancé les ingénieurs système IPSL
   • Martial propose que l'on ait une seule adresse par personne sur les listes de diffusion pour diminuer.
   • Marie-Alice pointe la difficulté des listes incluses avec les authorisations
   • Personne n'écrit directement sur la liste ORCHIDEE IPSL. Martial authorise les courriels à la main.
   • La liste ORCHIDEE-lsce est ouverte à tous les personnes inscrites
   • Résumé des listes de diffusion :
     actuelles :
     1. orchidee@ipsl
     2. orchidee-lsce@lsce
     3. orchidee-projet@lsce
        futures :
     4. orchidee-help@ipsl
     5. orchidee-dev@ipsl
7. cours utilisateur svn ORCHIDEE en cours de rédaction par Didier (et Martial) :
   script pour modifier ORCHIDEE_SVN_DEV pour récuper sa branche ou sa version personnelle.
8. mise en place des versions personnelles : Une question importantes est qui le fait : les ingénieurs ? ou chacun qui le fait avec de la doc ?
   • Juliette se rappelle que pour un nouvel arrivant, on lui donne une version décidé avec son encadrant en crééant son réperso.
   • Didier pose le problème du merge des vieilles versions : svn copy + MERGE ou svn import de la vieille
   • Une réponse possible est : ça dépend ... mais il faut pousser et expliquer pourquoi et vaincre les réticences avec le cours.
9. tour de table :
   • Julliette a commencé. En cours de test sur mercure. Martial voit Julliette à 14h avec pour le dépot de la version temporaire dans son perso (fait et commité !)
   • Didier avance sur la version ORCHIDEE_EXT : travail avec Martial pour extraire la liste des nouveaux paramètres sur wiki.
   • Fabienne : recherche des sorties de SPINUP pour comparer avec des données de stock de carbone en haute résolution en cartes.
     
     2. Poulter veut lancer un CRU-NCEP avec les données 0.5°. Bruno à 1° et Tomomichi fabrique les données 0.5°.

28/07/2011

Presents: Philippe, Juliette, Martial, Nathalie, Nicolas Vui, Patricia, Didier

1 - DGVM

• Nicolas a crée une page sur le wiki présentant les résultats obtenus avec le nouveau DGVM
• Nicolas Viovy devrait compléter cette page en listant les changements effectués dans cette nouvelle version du DGVM
• Martial enverra un mail à Masa dès que le nouveau tag AR5-BIS sera effectif pour l'utilisation du nouveau DGVM en couplé et OFF-line (prévu début août)
• Problème DGVM + land_use (voir point 5 du 21/07/2011) : Martial a modifié slowproc_update et le commitera d'ici peu

2 - Evolutions futures du trunk

• Martial : - a terminé la parallélisation de teststomate et a corrigé la prallélisation de forcesoil : les tests sont OK.
  • a également corrigé un bug dans forcesoil lié à la lecture des forçages et plusieurs bugs dans teststomate
  • va lancer un spinup reprenant la configuration du spinup de Patricia (conditions initiales du run 14000Y)
• IO server : l'implémentation se fait actuellement dans NEMO, puis ce sera le tour d'ORCHIDEE (remplacement + simplification de tous les appels à histwrite)
• Le tag 1.9.5.2 verra le jour début août
• La branche OpenMP est prête à l'exception du driver et sera mergée courant août dans le trunk. Puis viendra le tour de l'externalisation à la rentrée (fin août).

3 - Autres versions d'ORCHIDEE :

• Création de la branche COV sur le serveur SVN et importation de la version de Juliette
• Importation de la version de Bruno Ringeval dans son dossier personnel
• Externalisation des paramètres : Didier doit documenter dans la mesure du possible les paramètres externalisés en utilisant le modèle d'étiquette déjà présentes dans ORCHIDEE. L'utilisation d'un script permettra de les extraire facilement et les mettre dans le run.def et de l'exporter en html.
• la branche hydrol sera créee courant août

4 - Concernant la documentation

• une retraite pour écrire la documentation scientifique d'ORCHIDEE devrait être organisée début septembre
• l'idée de conventions d'écriture pour le code ORCHIDEE (charte+règles de syntax) comme dans NEMO a été avancée mais cela nécessité beaucoup de travail

5- Divers

• Début de rédaction du cours svn + document de travail sur la spatialisation (Didier)
• Patricia va organiser une réunion utilisateurs pour les simulations CMIP5
  Page wiki questionnaire METAFOR CMIP5?.

21/07/2011

Presents: Didier, Juliette, Martial, Nathalie, Nicolas, Patricia

1 - Travail sur les flux de COV (Juliette)

• Juliette a un problème (à l'exécution) pour faire tourner le code sur Mercure. A régler avec Martial/Nicolas? avant fin juillet pour que des simulations puissent être lancées en août.
• Autre point discuté : la fermeture du bilan Carbone. Pour l'instant les flux de COV ne sont que des diagnostiques. Le Carbone associé à ces flux n'est ni pris de l'atmosphère, ni de la végétation. Afin de fermer le bilan, on suggère de prendre le carbone des COV directement de l'atmosphère, ce qui n'impactera pas le cycle du carbone dans la végétation (GPP et devenir des assimilats). Il est important de faire le point à ce sujet sur l'approche retenue dans les autres modèles de végétation/émissions bioégéniques existant, afin de pouvoir l'intégrer également, à moyen terme, dans ORCHIDEE.

2 - Mise à l'équilibre accélérée - Accélération de convergence (Didier)

• La méthode développée n'est pas plus performante (précision et rapidité) que l'utilisation combinée d'orchidee et de forcesoil.
• Ce travail est pour l'instant en stand-by. Didier documente le travail d'ores et déjà réalisé.
• Un point sera fait à la rentrée afin de voir comment poursuivre ce travail

3 - Nouveaux monitoring (Martial)

• ajout de la variable 'Adaptation' utilisée dans la partie DGVM
• ajout de deux variables dans le code et dans les monitoring ('Mass Balance' et 'Error Mass Balance') qui servent à s'assurer de la fermeture du bilan carbone.

4 - DGVM (Martial, Nicolas)

• Une page sur le wiki doit être crée afin de décrire ce qui a été fait en terme de changement dans le module DGVM de LPJ et en terme de simulations de test. Nicolas Vuichard crée cette page que Nicolas Viovy complétera par la suite.
• La version que Martial a commité, doit être distribuée de suite à Masa et al. pour runs paléo. Martial lui envoie un mail indiquant comment récupérer cette nouvelle version.

5 - Configuration associant DGVM et Land-Use (Martial)

• Travail mené par Nicolas Viovy et Martial visant à contraindre les surfaces agricoles par le fichier de land-use (=vegetation) et à laisser le DGVM définir la distribution de PFT naturels.
• Les régles implémentées sont :
  • lorsque les fractions agricoles augmentent, on réduit d'autant les fractions de PFT naturels (au prorata de la fraction que chaque PFT occupe)
  • lorsque les fractions agricoles diminuent (= déprise agricole), on augmente d'autant les fractions de PFT naturels (au prorata de la fraction que chaque PFT occupe)
• Nathalie souligne que cette dernière règle est probablement à revoir, et qu'il serait plus correct lorsque les fractions agricoles diminuent, de n'augmenter que la fraction de sol nu et de laisser le DGVM définir par la suite quels PFTs recoloniseront cette surface et à quelle vitesse.
• On essaye de faire le point avec N. Viovy afin de trouver un consensus et commiter ce travail rapidement.
• D'après les monitoring mis en place par Martial (voir ci-dessus) l'utilisation combinée du DGVM et du land-use semble 'dégrader' la fermeture du bilan carbone (conservation de la masse). A vérifier (Nicolas+Martial)

6 - Module de Feu, Spitfire (Patricia)

• Patricia et Chao sont en train de remettre à jour la partie Orchidee du couplage entre Spitfire et Orchidee (passage de la version AR4 à AR5).
• Une branche de travail pour ce modèle sera créée sous SVN (avec l'aide ponctuelle de Martial)
• Proposition d'avoir faire le point à la rentrée sur cette question des feux (lors d'une réunion projet).

7/07/2011

Present: Martial, Fabienne, Sebastiaan, Didier, Nicolas Vio, Marie-Alice, Philippe

Apres un tour de table general, les points qui ressortent sont:

1) DGVM Les divers bug ont ete corriges; les resultats obtenus sont correcte sauf pour certaines regions (notamment Hlat). Les Nicolas realisent encore qqs tests pour ameliorer les H.lat PUIS "Tag" de la version par Martial (date limite au 14 Jui);

Ensuite prise en charge/test par les personnes directement interessee (ex: Masa)

2) Listes de diffusion Besoin d'une liste pour la diffusion des "commit" (differente de la liste projet); liste de developpement.

Au total nous auront 4 liste de diffusion:

• liste global ORCHIDEE@ipsl

• ORCHIDEE_projet (a migrer a ipsl)

• ORCHIDEE developpement: pour tous les mails d'info technique

• ORCHIDEE support: help-orchidee@ipsl

La demande pour la liste help a ete faite; probleme de personnel en vacance pour sa creation imediate (MA s'en occupe)

3) DOCUMENTATION

Martial, Sebastiaan ont regarde l'utilisation du logiciel Doxygen; les fonctionnalites desirees existent pour les prog C mais il faut regarder encore pour f90 ==> Bilan final en Septembre

Ensuite Organisation d'une RETRAITE de 1 Jour dans un lieu "agreable" pour ecrire ensemble la DOC (solution retenue par tous!)

IL existe une pression supplementaire pour la DOC, suite a l'initiative QUALITE engagee par le CEA (Fabienne est responsable cote LSCE); ORC est une composante ciblee, i.e. la direction du CEA sera attentive a nos efforts.

METAPHORE: Ce document en cours de creation doit decrir les composantes du systeme terre ipsl. On pourra utiliser ce document comme premiere base pour la documentation. (a remplir par tous durant l'ete) (Martial peut le faire circuler ?)

2) DIVERS

• Parallelisation de Test_stomate en cours (Martial)

• Poste Benchmark simulations couple ouvert par CEA (Pascal B.): verifier

aupres de Pascal quel support cela peut apporter pour ORC? (Philippe P)

• Mise en place du cours sur l'utilisation du systeme subversion: Martial+Didier

17/11/2010

Presentation of the new versioning system svn by Martial Mancip

1 - Design (see ​https://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/browser)

• The tag directory was first created by importing the last cvs 1_9_5 tag (AR5 version) including both ORCHIDEE and ORCHIDEE_OL (meaning source code, scripts, diagnostics and documentation).
  
• The trunk directory was then created by copying this first tag. This directory represents the current version under development and is to be tagged when ready.
  
• The branches directory will include separately the major on-going developments (nitrogen, phenology, assimilation, ...). When ready, they will be merged into the trunk directory.
  
• The perso directory will include separately all developments made by students and post-docts.
  
• Note that the release number is globally incremented each time any file is modified (this is a major difference from cvs).
  
• Click on Revtree (upper right) to visualize the Revision Tree and see the model evolution (select options then click on 'Update').
  

2 - Project Management Tools (labels 'See Tickets', 'New Ticket', 'Roadmap', 'Timeline')

• A New Ticket is created each time an action is required (bug to resolve, new branch to create, enhancement required, ...).
  
• Tickets are associated to Milestones, defining the main objectives we are currently trying to reach.
  
• Tickets are listed and discussed every two weeks during the technical meetings.
  
• The Roadmap enables to visualize the different Milestones completion.
  

3 - Authorizations

• Each user will have a wiki login and password.
  
• Already existing groups are adm (Martial Mancip, Nicolas Vuichard, Didier Solyga, Fabienne Maignan), group (orchidee project), users and assimilation. A group can be created for each corresponding branch (e.g. pheno).
• Trunk commits are decided within the orchidee project meetings.
  

4 - Next actions

• Decide which commits are sent by e-mail to which list.
  
• Foresee another technical meeting to declare Milestones, create branches, ...
  

04/11/2010

1 - SVN :
As all peole asked to at the last meeting, Martial install the new version management software : SVN (subversion). SVN will replace the current version management software CVS. More detailed talk about the characteristics and the possibilties of SVN at the next meeting.
You could find the (free) SVN-book (in french) here : ​http://svnbook.red-bean.com/

2 - About the externalisation of the parameters
(see attached files : work doc​ and presentation​)

• We agreed to externalise all the potential parameters
• Concerning the splitting of the run.def : the run.def will be divided in three parts. one part called orchidee_run.def, containing all the options of the run. Two parts containing all the physical parameters of the model called sechiba_param.def and stomate_parameters.def. These two last files will be joined by two files called sechiba_parameters.txt and stomate_parameters.txt containing the list of the default valuesof all the "externalised" parameters.
• When it is possible, we agreed that the config key in the run.def and the name of the parameter in the code will be the same.
• Didier should write a script which will test if a parameter is already defined in one of the run.def

3 - Next Technical Meeting : 18th November 2010 (10h)

Suggested topics : Presentation of SVN by Martial

From Peylin's mail 21/11/10

Discussion sur l'externalisation des parametres et le travail de Didier Solyga :

• Externalisation de tous les parametres possible (regroupement dans 3 fichiers differents)
• Le fichier run.def contient seulement les include pour ces 3 fichiers:
  • orchidee_run.def: contient que les options du run
  • sechiba_param.def: contient param physiques
  • stomate_param.def: contient param biophysiques
• Ces trois fichiers contiendront seulement les parametres que l'on veut modifier (parametres des PFT que l'on redefinit a partir des metaclass du modele)
• On créé aussi 3 fichiers (orchidee_run.txt, sechiba_param.txt, stomate_param.txt) qui contiennent TOUS les parametres possibles avec leur valeur par defaut. Ces fichiers ne sont pas utiliser par ORC mais servent de documentation/reference.

18/10/2010

• Work on the externalisation of the I/O of ORCHIDEE. Yann Meurdesoif presents the development of XMLIO-Server aiming at replacing IOIPSL in the future. Before this, it can serve as an interface between a code (such as ORCHIDEE) and IOIPSL. It is based on a XML file and a library (initially written in Fortran -> move to C). (see attached file XMLIO_SERVER_ORCHIDEE.pdf​)
  
  • We can expect to have a version of ORCHIDEE using XMLIO-Server for February 2011.
    
  • We can already work on the groups of variables that have to be defined in the XML file.
    
• Point on the SVN server: We agree to move now from CVS to SVN. We will maintain the CVS system as long as needed for the CMIP5 exercise (normally just one update has to be done when Patricia will be back).
• Next technical meeting : 4th November 2010 10pm
  Suggested topics :
  1. report of Didier on the externalization

30/09/2010

• Bug report on interpolation of a 6-hourly climate dataset (see attached file 6_hourly_interpolation.pdf​)
  The routine 'forcing_read_interpol' in readdim2.f90 file works fine with climate datasets such as NCEP/NCAR in which:
  
  • State variables are forecasts valid 6 hours after the reference time
    
  • Flux variables are 6 hour averages starting at the reference time
    For dataset such as ERA-interim, there are different time lags for state variables and flux variables and a specific problem
    for the interpolation of SWdown. Cédric Bacour already fixed this last bug.
    To be done
  • To define different flags helping to characterize the temporal structure of a climate dataset:
    Instanteous vs Average variables, Centered vs shifted(+1 timestep) value, GMT vs local-time data
  • To auto-document any Netcdf dataset used by ORCHIDEE with these flags. This will prevent of using datasets without knowing these characteristics
  • To modify the 'forcing_read_interpol' routine in order to account for these flags
    

• Output variables
  In order to reduce the number of output variables (ie avoid 2 variables for a same physical entity), we (N. Vuichard and M. Mancip) will circulate the ALMA and CMIP5 standard and the list of output variables that are not in these 2 standards.
  Specific request :
  • to modify the standard driver for being able to specify as a list, the variables that a user wants as outputs
  • modification of the call to histdef function : loop over the outputs variables stored in a text file (like in viovy's driver)
    
• Next technical meeting : 14th October 2010 10pm
  Suggested topics :
  1. report of Didier on the externalization
  2. work on the output variables (to continue)

16/09/2010

• introduction on forge ORCHIDEE wiki : create this page
• short words from Phillipe on the organization of those meetings
  • every two weeks
  • organized by Martial, supplied by Nicolas Vuichard
  • reports are done during the meeting or just after
    and all participants have to read and perhaps correct the report
• presentation of work on externalization of parameters (see attached file ​pdf)
  • definition of readding PFTs versus Meta-Classes : discution of idea of Didier versus Sebastiaan.
    We don't keep idea that definition of PFT are in MTC sets (Sebastiaan)
    But for clearing the def file, Nicolas has proposed that we give number of MTC for each PFT per line. Accepted.
  • simplification of all parameters in code : regroup all constant modules (MTC parameters) in src_parameters and stomate_constants (all participant are agreed ).
    Discussion on initialization functions
    We have to talk to all ORCHIDEE developpers before this fusion. Two steps
    
    1. put all STOMATE constant in src_parameter
    2. fusion if needed all constant files. Some SAVE values are not parameters and lot of MTC array are SAVE and will be PARAMETER.
  • Possible flags related to the externalization
    
    1. flag CONFIG_AR5 in order to get back to the AR5 config (13 PFT with default values for all PFT parametes)
       This corresponds to only define nvm=13 and pft_to_mtc = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
       We wont' implement the CONFIG_AR5 flag
       
    2. flag IMPOSE_PARAM : a user has developed a orchidee.def with for instance 16 PFT and has modified some parameter values
       In order to be able to use this .def file but for a run with default values (eg without removing the lines in the .def that redefined the parameter values)
       we set IMPOSE_PARAM to FALSE else we set it to TRUE.
  • All vegetation maps for variable number of PFTs will be land use like maps (result of pre-process in the right number of types).
• Spacialization of variables : Didier has asked for a list of spatialization parameters to begin change in the code.
  We decide to begin the work with vcmax_opt. Nicolas Viovy has proposed to build a map by PFTs.
  
• Next technical meeting : 30th September 2010 2pm
  Suggested topics (to be confirmed) :
  1. interpolation of 6-hourly climatology
  2. bug reported by Tea/Pierre? on water stress