1 | #!/bin/bash |
---|
2 | # |
---|
3 | # BENCH launching scripts for beaufix, Meteo-France |
---|
4 | # and curie, TGCC |
---|
5 | # To be modified for other machines |
---|
6 | # |
---|
7 | set -u |
---|
8 | #set -vx |
---|
9 | # |
---|
10 | cores=$1 |
---|
11 | ncore_node=$2 |
---|
12 | resolution=$3 |
---|
13 | dateref=$4 |
---|
14 | machine=$( hostname | sed -e "s/[0-9]*//g" ) |
---|
15 | # |
---|
16 | # number of processes for each executable |
---|
17 | nproc_exe1=$( echo $cores | bc ) |
---|
18 | nproc=$nproc_exe1 |
---|
19 | nnode=$(( ( $nproc + $ncore_node - 1 ) / $ncore_node )) |
---|
20 | |
---|
21 | nproc5=$( printf "%05d\n" ${nproc_exe1} ) |
---|
22 | |
---|
23 | case ${resolution} in |
---|
24 | "1") |
---|
25 | if [ $nproc_exe1 -lt 50 ] |
---|
26 | then |
---|
27 | timejob=3600 |
---|
28 | elif [ $nproc_exe1 -lt 100 ] |
---|
29 | then |
---|
30 | timejob=1800 |
---|
31 | elif [ $nproc_exe1 -lt 200 ] |
---|
32 | then |
---|
33 | timejob=900 |
---|
34 | else |
---|
35 | timejob=600 |
---|
36 | fi |
---|
37 | ;; |
---|
38 | "025") |
---|
39 | if [ $nproc_exe1 -lt 50 ] |
---|
40 | then |
---|
41 | timejob=15000 |
---|
42 | elif [ $nproc_exe1 -lt 100 ] |
---|
43 | then |
---|
44 | timejob=7000 |
---|
45 | elif [ $nproc_exe1 -lt 200 ] |
---|
46 | then |
---|
47 | timejob=3600 |
---|
48 | elif [ $nproc_exe1 -lt 400 ] |
---|
49 | then |
---|
50 | timejob=2000 |
---|
51 | elif [ $nproc_exe1 -lt 800 ] |
---|
52 | then |
---|
53 | timejob=1000 |
---|
54 | else |
---|
55 | timejob=600 |
---|
56 | fi |
---|
57 | ;; |
---|
58 | "12") |
---|
59 | if [ $nproc_exe1 -lt 200 ] |
---|
60 | then |
---|
61 | timejob=30000 |
---|
62 | elif [ $nproc_exe1 -lt 400 ] |
---|
63 | then |
---|
64 | timejob=15000 |
---|
65 | elif [ $nproc_exe1 -lt 800 ] |
---|
66 | then |
---|
67 | timejob=20000 |
---|
68 | elif [ $nproc_exe1 -lt 1600 ] |
---|
69 | then |
---|
70 | timejob=15000 |
---|
71 | elif [ $nproc_exe1 -lt 3200 ] |
---|
72 | then |
---|
73 | timejob=7500 |
---|
74 | elif [ $nproc_exe1 -lt 10000 ] |
---|
75 | then |
---|
76 | timejob=5000 |
---|
77 | elif [ $nproc_exe1 -lt 20000 ] |
---|
78 | then |
---|
79 | timejob=2500 |
---|
80 | else |
---|
81 | timejob=1200 |
---|
82 | fi |
---|
83 | ;; |
---|
84 | esac |
---|
85 | |
---|
86 | |
---|
87 | ###################################################################### |
---|
88 | ### beaufixlogin |
---|
89 | ###################################################################### |
---|
90 | |
---|
91 | if [ "$machine" == "beaufixlogin" ] |
---|
92 | then |
---|
93 | |
---|
94 | cat > Log/run_bench << EOF |
---|
95 | #!/bin/bash |
---|
96 | #SBATCH --time=00:1:00 |
---|
97 | #SBATCH -p normal64 # partition/queue |
---|
98 | #SBATCH --job-name=bench # job name |
---|
99 | #SBATCH -N $nnode # number of nodes |
---|
100 | #SBATCH -n $nproc # number of procs |
---|
101 | #SBATCH -o /scratch/work/cglo315/ESIWACE/dev_r9759_HPC09_ESIWACE/tests/LBENCH_RN/EXP00/Log/job.out%j |
---|
102 | #SBATCH -e /scratch/work/cglo315/ESIWACE/dev_r9759_HPC09_ESIWACE/tests/LBENCH_RN/EXP00/Log/job.out%j |
---|
103 | #SBATCH --exclusive |
---|
104 | |
---|
105 | module unload intelmpi intel grib_api |
---|
106 | module load intel/16.1.150 intelmpi/5.1.2.150 |
---|
107 | |
---|
108 | itac=0 |
---|
109 | xpmpi=0 |
---|
110 | |
---|
111 | if [ \$xpmpi == 1 ]; then |
---|
112 | module load bullxde |
---|
113 | module load xPMPI/1.1_intelmpi |
---|
114 | fi |
---|
115 | |
---|
116 | [ \$itac == 1 ] && module load itac/2017.2.028 |
---|
117 | |
---|
118 | set -vx |
---|
119 | |
---|
120 | cd \${TMPDIR} |
---|
121 | cp /scratch/work/cglo315/ESIWACE/dev_r9759_HPC09_ESIWACE/tests/LBENCH_RN/EXP00/* . |
---|
122 | |
---|
123 | # Best decompositions BENCH-1 |
---|
124 | jpni=${cores/\**/} |
---|
125 | jpnj=${cores/?*\*/} |
---|
126 | |
---|
127 | sed -e "s/jpni *=.*/jpni = \${jpni}/" -e "s/jpnj *=.*/jpnj = \${jpnj}/" namelist_cfg_orca${resolution}_like > namelist_cfg |
---|
128 | |
---|
129 | export OMP_NUM_THREADS=1 |
---|
130 | ulimit -s unlimited |
---|
131 | # |
---|
132 | if [ \$itac == 1 ]; then |
---|
133 | source /opt/softs/intel/2017/update_1/itac_latest/bin/itacvars.sh |
---|
134 | time mpirun -ordered-output -prepend-rank -trace -np $nproc_exe1 ./nemo > jobout 2>joberr |
---|
135 | else |
---|
136 | time mpirun -ordered-output -prepend-rank -np $nproc_exe1 ./nemo > jobout_${resolution}_${nproc5} |
---|
137 | fi |
---|
138 | /opt/softs/bin/ja |
---|
139 | |
---|
140 | if [ \$xpmpi == 1 ]; then |
---|
141 | module unload xPMPI/1.1_intelmpi |
---|
142 | module unload bullxde |
---|
143 | fi |
---|
144 | # |
---|
145 | EOF |
---|
146 | |
---|
147 | |
---|
148 | ### 4. Execute the model |
---|
149 | |
---|
150 | echo 'Submitting the job to queue using sbatch' |
---|
151 | sbatch Log/run_bench |
---|
152 | squeue -u cglo315 |
---|
153 | |
---|
154 | echo 'is executed or submitted to queue.' |
---|
155 | |
---|
156 | |
---|
157 | fi |
---|
158 | |
---|
159 | ###################################################################### |
---|
160 | ### curie or irene |
---|
161 | ###################################################################### |
---|
162 | |
---|
163 | if [[ ( "$machine" == "curie" ) || ( "$machine" == "irene" ) ]] |
---|
164 | then |
---|
165 | |
---|
166 | [ "$machine" == "curie" ] && queuename=standard || queuename=skylake |
---|
167 | |
---|
168 | EXPjob=../EXP_${resolution}_${nproc5}_${dateref} |
---|
169 | mkdir -p ${EXPjob} |
---|
170 | cd ${EXPjob} |
---|
171 | jobname=jobbench |
---|
172 | cat > $jobname << EOF |
---|
173 | #!/bin/bash |
---|
174 | #MSUB -r bench${nproc5} |
---|
175 | #MSUB -n ${nproc_exe1} |
---|
176 | #MSUB -T $timejob |
---|
177 | #MSUB -e bench_${resolution}_${nproc5}_%I.eo |
---|
178 | #MSUB -o bench_${resolution}_${nproc5}_%I.eo |
---|
179 | #MSUB -j oe |
---|
180 | #MSUB -x |
---|
181 | #MSUB -q ${queuename} |
---|
182 | #MSUB -A gen6895 |
---|
183 | #========================================== |
---|
184 | set -u |
---|
185 | # |
---|
186 | |
---|
187 | cd \${BRIDGE_MSUB_PWD} |
---|
188 | |
---|
189 | for ff in \${BRIDGE_MSUB_PWD}/../EXPREF/namelist_*cfg \${BRIDGE_MSUB_PWD}/../EXPREF/namelist_*ref \${BRIDGE_MSUB_PWD}/../BLD/bin/nemo.exe |
---|
190 | do |
---|
191 | cp \$ff . |
---|
192 | done |
---|
193 | |
---|
194 | jpni=${cores/\**/} |
---|
195 | jpnj=${cores/?*\*/} |
---|
196 | |
---|
197 | sed -e "s/jpni *=.*/jpni = \${jpni}/" \ |
---|
198 | -e "s/jpnj *=.*/jpnj = \${jpnj}/"\ |
---|
199 | -e "s/ln_timing *= *.false./ln_timing = .true./" \ |
---|
200 | \${BRIDGE_MSUB_PWD}/../EXPREF/namelist_cfg_orca${resolution}_like > namelist_cfg |
---|
201 | |
---|
202 | time ccc_mprun -n \${BRIDGE_MSUB_NPROC} ./nemo.exe > jobout_${resolution}_${nproc5}_${dateref} 2>&1 |
---|
203 | |
---|
204 | EOF |
---|
205 | |
---|
206 | ccc_msub $jobname |
---|
207 | |
---|
208 | fi |
---|
209 | |
---|
210 | ###################################################################### |
---|
211 | ### Jean-Zay |
---|
212 | ###################################################################### |
---|
213 | |
---|
214 | if [ "$machine" == "jean-zay" ] |
---|
215 | then |
---|
216 | hh=$( printf "%02d\n" $(( ${timejob} / 3600 )) ) |
---|
217 | mm=$( printf "%02d\n" $(( ( ${timejob} % 3600 ) / 60 )) ) |
---|
218 | ss=$( printf "%02d\n" $(( ( ${timejob} % 3600 ) % 60 )) ) |
---|
219 | |
---|
220 | EXPjob=../EXP_${resolution}_${nproc5}_${dateref} |
---|
221 | mkdir -p ${EXPjob} |
---|
222 | cd ${EXPjob} |
---|
223 | jobname=jobbench |
---|
224 | cat > $jobname << EOF |
---|
225 | #!/bin/bash |
---|
226 | #SBATCH --job-name=Seq # nom du job |
---|
227 | #SBATCH --partition=cpu_gct3 # demande d'allocation sur la partition CPU |
---|
228 | #SBATCH --nodes=${nnode} # nombre de noeuds |
---|
229 | #SBATCH --ntasks-per-node=${ncore_node} # nombre de taches MPI par noeud |
---|
230 | #SBATCH --ntasks-per-core=1 # 1 processus MPI par coeur physique (pas d'hyperthreading) |
---|
231 | #SBATCH --time=${hh}:${mm}:${ss} # temps d execution maximum demande (HH:MM:SS) |
---|
232 | #SBATCH --output=bench_${resolution}_${nproc5}_%j.eo # nom du fichier de sortie |
---|
233 | #SBATCH --error=bench_${resolution}_${nproc5}_%j.eo # nom du fichier d'erreur (ici en commun avec la sortie) |
---|
234 | #========================================== |
---|
235 | set -u |
---|
236 | #set -xv |
---|
237 | # |
---|
238 | #cd \${SLURM_SUBMIT_DIR} |
---|
239 | cd \${JOBSCRATCH} |
---|
240 | pwd |
---|
241 | |
---|
242 | for ff in \${SLURM_SUBMIT_DIR}/../EXPREF/namelist_*cfg \${SLURM_SUBMIT_DIR}/../EXPREF/namelist_*ref \${SLURM_SUBMIT_DIR}/../BLD/bin/nemo.exe |
---|
243 | do |
---|
244 | cp \$ff . |
---|
245 | done |
---|
246 | |
---|
247 | jpni=${cores/\**/} |
---|
248 | jpnj=${cores/?*\*/} |
---|
249 | |
---|
250 | sed -e "s/jpni *=.*/jpni = \${jpni}/" \ |
---|
251 | -e "s/jpnj *=.*/jpnj = \${jpnj}/" \ |
---|
252 | -e "s/ln_timing *= *.false./ln_timing = .true./" \ |
---|
253 | \${SLURM_SUBMIT_DIR}/../EXPREF/namelist_cfg_orca${resolution}_like > namelist_cfg |
---|
254 | |
---|
255 | ls -l |
---|
256 | |
---|
257 | echo |
---|
258 | echo |
---|
259 | echo " =========== start the model ===========" |
---|
260 | echo |
---|
261 | echo |
---|
262 | |
---|
263 | time srun --mpi=pmi2 --cpu-bind=cores -K1 -n ${nproc} ./nemo.exe > jobout_${resolution}_${nproc5}_${dateref} 2>&1 |
---|
264 | |
---|
265 | ls -l |
---|
266 | |
---|
267 | if [ "\$( pwd )" != "\${SLURM_SUBMIT_DIR}" ] |
---|
268 | then |
---|
269 | rsync -av namelist_cfg time.step ocean.output jobout_${resolution}_${nproc5}_${dateref} communication_report.txt layout.dat timing.output output.namelist* \${SLURM_SUBMIT_DIR} |
---|
270 | fi |
---|
271 | |
---|
272 | EOF |
---|
273 | |
---|
274 | sbatch $jobname |
---|
275 | |
---|
276 | fi |
---|