New metrics : LMDZ_JetLat, LMDZ_OverOceanRegions, NEMO_PCMDI, NEMO_LatBandsAndRegions, NEMO_VertLevels and ORCHIDEE_PCMDI

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voici donc l'organisation de la prod des métriques.
J'utilise aujourd'hui un script python AllComponents-run-metrics-CCRT-TGCC_v2.py . Tu pourras le trouver ici au TGCC:
/ccc/work/cont003/dsm/p86jser/PCMDI-MP/compute_metrics_on_a_list_of_files
Ce script utilise le python installé ici (inchangé):
/ccc/work/cont003/dsm/p86ipsl/PCMDI-MP/work_install_v2/PCMDI_METRICS/bin/python
Et cette version du Metrics Package (nouveau):
/ccc/work/cont003/dsm/p86ipsl/PCMDI-MP/work_install_v2.12/PCMDI_METRICS/
Les obs sont dans ce répertoire (toujours le même):
/ccc/work/cont003/dsm/p86ipsl/PCMDI-MP/references-for-metrics/obs/

Il y 7 fichiers de paramètres, permettant le calcul de 7 groupes (au sens de la base de données); comme avant, les fichiers de paramètres sont stockés dans le sous-répertoire doc/parameter_files (à partir du répertoire du Metrics Package). Les fichiers de paramètres ont la syntaxe suivante: input_parameters_GROUP_template.py

• GROUP = LMDZ_PCMDI et LMDZ_JetLat: Prennent comme fichier d'entrée les histmth.nc pour les variables 2D de surface et les variables radiatives, et les fichiers NMC pour les variables sur la verticale. Dans mon script AllComponents-run-metrics-CCRT-TGCC_v2.py, je fais une boucle sur les deux types de fichier (deux appels différents du Metrics Package)

• GROUP = LMDZ_OverOceanRegions: uniquement les histmth.nc

• GROUP = NEMO_PCMDI, NEMO_LatBandsAndRegions et NEMO_VertLevels: Prennent comme fichier d'entrée les grid_T.

Pour ces groupes, il faut réaliser un ensemble de pré-traitements sur le fichier grid_T avant de lancer le calcul des métriques:

• renommer des variables: pour faire face au problème des variables qui ont pris plusieurs noms au cours de l'histoire du modèle, j'ai choisi de renommer systématiquement certaines variables. J'utilise la fonction isVarInNetcdf() (définie dans AllComponents?-run-metrics-CCRT-TGCC_v2.py, ligne 117) pour vérifier la présence des variables concernées dans le fichier; si elles sont présentes, je les renomme (ncrename):

-> votemper et thetao ==> to
-> vosaline ==> so
-> somxl010 et mldr10_1 ==> mldpt
-> sosstsst ==> tos
-> sosaline ==> sos
-> sowaflup ==> wfo
-> sossheig ==> zos

• rajouter les bounds_lon et bounds_lat: j'utilise la fonction whichORCAGrid(file) (définie ligne 130) pour savoir quelle est la grille: ORCA2, ORCA1 ou eORCA1. Dans AllComponents?-run-metrics-CCRT-TGCC_v2.py, à partir de la ligne 272, tu trouveras le path vers les fichiers dans lesquels je prends ces bounds. Petite particularité: il faut que les bounds soient de dimension 3 (x, y, 4 vertices), et pas de dimension 4 (two1, two2, y, x). Ensuite, je passe les 3 commandes de la ligne 278 à 280.
• interpoler la salinité et la température potentielle sur des niveaux standards de profondeurs: 50, 100, 250, 500 et 1000m

Voir la commande cdo, ligne 243.
!! Attention: le fait qu'on modifie les fichiers grid_T (avec des renommages et création de nouvelles variables implique soit d'avoir toutes ces variables dans le même fichier grid_T, soit de créer un fichier avec les variables 2D de surface (_1M2D_grid_T.nc) et un avec les variables en profondeur (_1MVertLevels_grid_T.nc). J'ai personnellement pris la deuxième option.

• GROUP = ORCHIDEE_PCMDI: prend les fichiers SRF

Il faut calculer la gpp totale sur les différents types de végétation: voir les commandes lignes 311 et 312

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On attend de savoir comment trouver les fichiers de grille océan, une solution valable pour toute nos configurations.

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Done see r1307 r1308 r1309 r1310 r1311