portage de libIGCM sur ciclad

[jgipsl]

Il y a un besoin de tourner sur ciclad avec libIGCM pour les configurations LMDZOR et ORCHIDEE offine. En ce moment c'est Agnes Ducharne demande si c'est possible que ca soit fait pour debut avril. Elle aurait besoin pour un stagiaire qui va travailler avec ORCHIDEE offline.

[sdipsl]

Il faut REBUILD? TS? SE? ou il faut atlas et monitoring aussi?

[jgipsl]

Il faudrait surtout REBUILD et TS.

J'ai installé temporairement rebuild chez moi ici : /home/jgipsl/IOIPSL/modipsl/bin
Je peux le faire sur le compte commun.

Pour lancer il faut

module load netcdf4/4.2.1.1-ifort
module load openmpi/1.4.5-ifort

qui pourront etre mise dans le fichier /home/igcmg/.atlas_env_ciclad_ksh

[jgipsl]

Voici un simple cas test avec ORCHIDEE offline:

• Installer modipsl et le configuration ORCHIDEE_trunk, ou LMDZOR_v5.2.
• Si installation de LMDZOR_v5.2 il faut aussi mettre a jour les arch de LMDZ et ORCHIDEE.

cd modipsl/modeles/LMDZ/arch
svn update
cd ../../ORCHIDEE/arch
svn update

• Compilation par defaut avec gmake
• Voici le job d'un simple cas test orchidee offline. Modifier le chemin vers l'executable puis lancer avec qsub.

  #PBS -S  /bin/bash
  #PBS -N  job_mpi8
  ###PBS -q short
  #PBS -j eo
  #PBS -l nodes=1:ppn=8
  #PBS -l walltime=00:15:00
  #PBS -l mem=6gb
  #PBS -l vmem=20gb
  
  ulimit -s unlimited
  module load netcdf4/4.2.1.1-ifort
  module load openmpi/1.4.5-ifort
  
  # Go to directory where the job was launched
  cd $PBS_O_WORKDIR
  
  # Clean previous run
  rm -f *rest_out* restart* *history* used_* out_orchidee_000* gcm.out
  
  ln -s ../../bin/orchidee_ol .
  ln -s /prodigfs/ipslfs/igcmg/IGCM/BC/OOL/OL2/NCC/ncc_for_1982.nc forcing_file.nc
  ln -s /prodigfs/ipslfs/igcmg/IGCM/BC/SRF/OL2/PFTmap_1850to2005_AR5_LUHa.rc2/PFTmap_IPCC_1982.nc PFTmap.nc
  ln -s /prodigfs/ipslfs/igcmg/IGCM/INIT/SRF/OL2/soils_param.nc .
  ln -s /prodigfs/ipslfs/igcmg/IGCM/BC/SRF/OL2/reftemp.nc .
  echo "TIME_LENGTH=1D" > run.def
  echo "LIMIT_WEST =  -10.">> run.def
  echo "LIMIT_EAST =  0.">> run.def
  echo "LIMIT_NORTH =  10." >> run.def
  echo "LIMIT_SOUTH =  0." >> run.def
  
  /usr/lib64/openmpi/1.4.5-ifort/bin/mpirun orchidee_ol > gcm.out 2>&1
  
  /home/jgipsl/IOIPSL/modipsl/bin/rebuild -o sechiba_history.nc sechiba_history_000*
  
  

[jgipsl]

Rebuild is now installed at shared acount here(but not yet tested):
/home/igcmg/rebuild/src_X64_CICLAD/modipsl_v2_2_3_netcdf4.2/bin

[sdipsl]

Done. See r1184. Need testing.

[sdipsl]

Testing done by Josefine. It's ok. All working except ATLAS and DODS. Need to check if ATLAS repo is up to date on ciclad. /data will be available from an esgf node at ipsl soon.