Ignore:
Timestamp:
02/04/13 16:39:38 (11 years ago)
Author:
labetoulle
Message:

Cosmetics :

  • Convert tabs into space for better lisibility with different editors.
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/libIGCM/AA_create_ts

    r770 r785  
    100100TsTask=${TsTask:=2D} 
    101101if [ X${TsTask} = Xempty ] ; then 
    102     TsTask="" 
     102  TsTask="" 
    103103fi 
    104104 
    … …  
    165165MENAGE ()  
    166166{ 
    167     [ -f $3 ] && ( IGCM_sys_RshArchive rm -f $1/$2 ;) 
     167  [ -f $3 ] && ( IGCM_sys_RshArchive rm -f $1/$2 ;) 
    168168} 
    169169 
    … …  
    179179 
    180180if [ ${StandAlone} = true ] ; then 
    181     CARD_DIR=${SUBMIT_DIR} 
     181  CARD_DIR=${SUBMIT_DIR} 
    182182else 
    183     CARD_DIR=${RUN_DIR_PATH} 
    184     IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/config.card ${RUN_DIR_PATH} 
    185     IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/run.card    ${RUN_DIR_PATH} 
    186     IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/COMP        ${RUN_DIR_PATH} 
    187     IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/POST        ${RUN_DIR_PATH} 
     183  CARD_DIR=${RUN_DIR_PATH} 
     184  IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/config.card ${RUN_DIR_PATH} 
     185  IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/run.card    ${RUN_DIR_PATH} 
     186  IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/COMP        ${RUN_DIR_PATH} 
     187  IGCM_sys_Get_Master ${SUBMIT_DIR}/POST        ${RUN_DIR_PATH} 
    188188fi 
    189189 
    … …  
    228228# Determine Dimension of the produced time series : 2D or 3D 
    229229if (   [ X${TsTask} = XChunck2D ] || [ X${TsTask} = X2D ] ) ; then 
    230     Dimension=2D 
     230  Dimension=2D 
    231231elif ( [ X${TsTask} = XChunck3D ] || [ X${TsTask} = X3D ] ) ; then 
    232     Dimension=3D 
     232  Dimension=3D 
    233233else 
    234     Dimension="" 
     234  Dimension="" 
    235235fi 
    236236 
    … …  
    255255DoJob=false 
    256256for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
    257     # 
    258     ActiveComp=false 
    259     # 
    260     IGCM_card_DefineArrayFromOption ${CARD_DIR}/config.card ListOfComponents ${comp} 
    261     eval compname=\${config_ListOfComponents_${comp}[0]} > /dev/null 2>&1 
    262     # 
    263     card=${CARD_DIR}/COMP/${compname}.card 
    264  
    265     IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card} OutputFiles List 
    266     # 
    267     ListFilesName=${compname}_OutputFiles_List 
    268     eval FileName0=\${${ListFilesName}[0]} > /dev/null 2>&1 
    269     # 
    270     if [ X${FileName0} != X${NULL_STR} ] ; then 
    271         # 
    272         #IGCM_debug_Print 1 "Component      : ${compname}" 
    273         # 
    274         # INITIALISATION 
    275         # 
    276         typeset i 
    277         if [ ${FlagToRead} ] ; then 
    278             ((NbFiles=${FlagToRead})) 
    279             ((i=${NbFiles})) 
    280         else 
    281             eval NbFiles=\${#${ListFilesName}[@]} > /dev/null 2>&1 
    282             i=2 
    283         fi 
    284         # 
    285         until [ $i -gt $NbFiles ]; do 
    286             # 
    287             eval flag_post=\${${ListFilesName}[$i]} > /dev/null 2>&1 
    288             # 
    289             if [ X${flag_post} != XNONE ] ; then 
    290                 # 
    291                 # For each comp and each file who needs post-processing 
    292                 # determine which variables need time series. 
    293                 # 
    294                 FILE=$( echo ${flag_post} | awk "-FPost_" '{print $2}' ) 
    295                 IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card}    Post_${FILE} TimeSeriesVars${Dimension} 
    296                 IGCM_card_DefineVariableFromOption ${card} Post_${FILE} ChunckJob${Dimension} 
    297                 # 
    298                 # If TimeSeriesVars list is empty we skip 
    299                 # 
    300                 if [ $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_TimeSeriesVars${Dimension}} ) = ${NULL_STR} ] ; then 
    301                     # 
    302                     IGCM_debug_Print 3 "Nothing to do for ${FILE} according to ${card}" 
    303                     IGCM_debug_Print 3 "TimeSeriesVars${Dimension} for ${FILE} is empty" 
    304                     (( i=i+3 )) 
    305                     continue 
    306                     # 
    307                 fi 
    308                 # 
    309                 # If files/variables has been switch off by ChunckJob${Dimension}=0 we skip 
    310                 # 
    311                 if [ X$( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_ChunckJob${Dimension}} ) = XOFF ] ; then 
    312                     IGCM_debug_Print 3 "Nothing to do for ${FILE} according to ${card}" 
    313                     IGCM_debug_Print 3 "ChunckJob${Dimension}=OFF for ${FILE} so it has been switched off" 
    314                     (( i=i+3 )) 
    315                     continue 
    316                 fi 
    317                 # 
    318                 # If we are not a Chunck type task, we skip files/variables handled by chunck task 
    319                 # 
    320                 if ( [ ! X${TsTask} = XChunck${Dimension} ] && [ ! X${TsTask} = X ] && [ ! XChunck${Dimension} = XChunck ] ) ; then 
    321                     if [ ! $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_ChunckJob${Dimension}} ) = NONE ] ; then 
    322                         IGCM_debug_Print 3 "Nothing to do for ${FILE} TimeSeriesVars${Dimension} according to ${card}" 
    323                         IGCM_debug_Print 3 "Let another chunck task do the job $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_ChunckJob${Dimension}} )" 
    324                         (( i=i+3 )) 
    325                         continue 
    326                     fi 
    327                 fi 
    328                 # 
    329                 # Now on we know we have things to do 
    330                 # 
    331  
    332                 # 
    333                 #  We need coordinates axis to properly fill produced time series 
    334                 # 
    335                 IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card} Post_${FILE} GatherWithInternal 
    336                 # 
    337                 if [ $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_GatherWithInternal} ) = ${NULL_STR} ] ; then 
    338                     # 
    339                     IGCM_debug_Print 1 "ERROR !! We miss coordinate axis for ${FILE} according to ${card}" 
    340                     IGCM_debug_Print 1 "So no time series will be produced for ${FILE} !!" 
    341                     (( i=i+3 )) 
    342                     continue 
    343                     # 
    344                 fi 
    345                 # 
    346                 # We need LIST of variables not allready produced (useful for standalone mode) 
    347                 # 
    348                 FlagDir=$( echo ${FILE} | awk -F "_" '{print $1}' ) 
    349                 case ${FlagDir} in 
    350                     *Y)  TS_Dir=TS_YE  ;; 
    351                     *M)  TS_Dir=TS_MO  ;; 
    352                     *D)  TS_Dir=TS_DA  ;; 
    353                     HF)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
    354                     3H)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
    355                     INS) TS_Dir=TS_INS ;; 
    356                 esac 
    357                 # 
    358                 count=0 
    359                 for var in $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_TimeSeriesVars${Dimension}[*]} ) ; do 
    360                     # 
    361                     DIRECTORY=${R_SAVE}/${comp}/Analyse/${TS_Dir} 
    362                     TestedFile=${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${PeriodDateEnd}_${FlagDir}_${var}.nc 
    363                     # 
    364                     IGCM_sys_TestFileArchive ${DIRECTORY}/${TestedFile} 
    365                     if [ ! $? = 0 ] ; then 
    366                         eval set +A LISTE_VARS_${FILE} \${LISTE_VARS_${FILE}[*]} ${var} 
    367                         ActiveComp=true 
    368                         (( count = count + 1 )) 
    369                     fi 
    370                 done 
    371                 # 
    372                 if [ ${count} -gt 0 ] ; then 
    373                     # 
    374                     eval set +A LISTE_FILE_${comp} \${LISTE_FILE_${comp}[*]} ${FILE} 
    375                     eval set +A LISTE_AXIS_${FILE} \${${compname}_Post_${FILE}_GatherWithInternal[*]} 
    376                     # 
    377                     if [ ! X${RebuildFrequency} = Xtrue ] ; then 
    378                         IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card} Post_${FILE} Patches 
    379                         eval set +A LISTE_PATCHES_${FILE} \${${compname}_Post_${FILE}_Patches[*]} 
    380                         if [ X$( eval echo \${LISTE_PATCHES_${FILE}[0]} ) !=  X${NULL_STR} ]; then 
    381                             for Patch in $( eval echo \${LISTE_PATCHES_${FILE}[*]} ); do 
    382                                 if [ Xload${Patch} != X ] ; then 
    383                                     . ${libIGCM}/libIGCM_post/IGCM_${Patch}.ksh 
    384                                     eval load${Patch}=loaded 
    385                                 fi 
    386                             done 
    387                         fi 
    388                     fi 
    389                 fi 
    390             fi 
    391             (( i=i+3 )) 
    392         done 
     257  # 
     258  ActiveComp=false 
     259  # 
     260  IGCM_card_DefineArrayFromOption ${CARD_DIR}/config.card ListOfComponents ${comp} 
     261  eval compname=\${config_ListOfComponents_${comp}[0]} > /dev/null 2>&1 
     262  # 
     263  card=${CARD_DIR}/COMP/${compname}.card 
     264 
     265  IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card} OutputFiles List 
     266  # 
     267  ListFilesName=${compname}_OutputFiles_List 
     268  eval FileName0=\${${ListFilesName}[0]} > /dev/null 2>&1 
     269  # 
     270  if [ X${FileName0} != X${NULL_STR} ] ; then 
     271    # 
     272    #IGCM_debug_Print 1 "Component      : ${compname}" 
     273    # 
     274    # INITIALISATION 
     275    # 
     276    typeset i 
     277    if [ ${FlagToRead} ] ; then 
     278      ((NbFiles=${FlagToRead})) 
     279      ((i=${NbFiles})) 
     280    else 
     281      eval NbFiles=\${#${ListFilesName}[@]} > /dev/null 2>&1 
     282      i=2 
    393283    fi 
    394284    # 
    395     if [ ${ActiveComp} = true ] ; then 
    396         set +A ActiveListOfComponents ${ActiveListOfComponents[*]} ${comp} 
    397     fi 
     285    until [ $i -gt $NbFiles ]; do 
     286      # 
     287      eval flag_post=\${${ListFilesName}[$i]} > /dev/null 2>&1 
     288      # 
     289      if [ X${flag_post} != XNONE ] ; then 
     290        # 
     291        # For each comp and each file who needs post-processing 
     292        # determine which variables need time series. 
     293        # 
     294        FILE=$( echo ${flag_post} | awk "-FPost_" '{print $2}' ) 
     295        IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card}    Post_${FILE} TimeSeriesVars${Dimension} 
     296        IGCM_card_DefineVariableFromOption ${card} Post_${FILE} ChunckJob${Dimension} 
     297        # 
     298        # If TimeSeriesVars list is empty we skip 
     299        # 
     300        if [ $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_TimeSeriesVars${Dimension}} ) = ${NULL_STR} ] ; then 
     301          # 
     302          IGCM_debug_Print 3 "Nothing to do for ${FILE} according to ${card}" 
     303          IGCM_debug_Print 3 "TimeSeriesVars${Dimension} for ${FILE} is empty" 
     304          (( i=i+3 )) 
     305          continue 
     306          # 
     307        fi 
     308        # 
     309        # If files/variables has been switch off by ChunckJob${Dimension}=0 we skip 
     310        # 
     311        if [ X$( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_ChunckJob${Dimension}} ) = XOFF ] ; then 
     312          IGCM_debug_Print 3 "Nothing to do for ${FILE} according to ${card}" 
     313          IGCM_debug_Print 3 "ChunckJob${Dimension}=OFF for ${FILE} so it has been switched off" 
     314          (( i=i+3 )) 
     315          continue 
     316        fi 
     317        # 
     318          # If we are not a Chunck type task, we skip files/variables handled by chunck task 
     319          # 
     320        if ( [ ! X${TsTask} = XChunck${Dimension} ] && [ ! X${TsTask} = X ] && [ ! XChunck${Dimension} = XChunck ] ) ; then 
     321          if [ ! $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_ChunckJob${Dimension}} ) = NONE ] ; then 
     322            IGCM_debug_Print 3 "Nothing to do for ${FILE} TimeSeriesVars${Dimension} according to ${card}" 
     323            IGCM_debug_Print 3 "Let another chunck task do the job $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_ChunckJob${Dimension}} )" 
     324            (( i=i+3 )) 
     325            continue 
     326          fi 
     327        fi 
     328        # 
     329        # Now on we know we have things to do 
     330        # 
     331 
     332        # 
     333        #  We need coordinates axis to properly fill produced time series 
     334        # 
     335        IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card} Post_${FILE} GatherWithInternal 
     336        # 
     337        if [ $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_GatherWithInternal} ) = ${NULL_STR} ] ; then 
     338          # 
     339          IGCM_debug_Print 1 "ERROR !! We miss coordinate axis for ${FILE} according to ${card}" 
     340          IGCM_debug_Print 1 "So no time series will be produced for ${FILE} !!" 
     341          (( i=i+3 )) 
     342          continue 
     343          # 
     344        fi 
     345        # 
     346        # We need LIST of variables not allready produced (useful for standalone mode) 
     347        # 
     348        FlagDir=$( echo ${FILE} | awk -F "_" '{print $1}' ) 
     349        case ${FlagDir} in 
     350          *Y)  TS_Dir=TS_YE  ;; 
     351          *M)  TS_Dir=TS_MO  ;; 
     352          *D)  TS_Dir=TS_DA  ;; 
     353          HF)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
     354          3H)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
     355          INS) TS_Dir=TS_INS ;; 
     356        esac 
     357        # 
     358        count=0 
     359        for var in $( eval echo \${${compname}_Post_${FILE}_TimeSeriesVars${Dimension}[*]} ) ; do 
     360          # 
     361          DIRECTORY=${R_SAVE}/${comp}/Analyse/${TS_Dir} 
     362          TestedFile=${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${PeriodDateEnd}_${FlagDir}_${var}.nc 
     363          # 
     364          IGCM_sys_TestFileArchive ${DIRECTORY}/${TestedFile} 
     365          if [ ! $? = 0 ] ; then 
     366            eval set +A LISTE_VARS_${FILE} \${LISTE_VARS_${FILE}[*]} ${var} 
     367            ActiveComp=true 
     368            (( count = count + 1 )) 
     369          fi 
     370        done 
     371        # 
     372        if [ ${count} -gt 0 ] ; then 
     373          # 
     374          eval set +A LISTE_FILE_${comp} \${LISTE_FILE_${comp}[*]} ${FILE} 
     375          eval set +A LISTE_AXIS_${FILE} \${${compname}_Post_${FILE}_GatherWithInternal[*]} 
     376          # 
     377          if [ ! X${RebuildFrequency} = Xtrue ] ; then 
     378            IGCM_card_DefineArrayFromOption ${card} Post_${FILE} Patches 
     379            eval set +A LISTE_PATCHES_${FILE} \${${compname}_Post_${FILE}_Patches[*]} 
     380            if [ X$( eval echo \${LISTE_PATCHES_${FILE}[0]} ) !=  X${NULL_STR} ]; then 
     381              for Patch in $( eval echo \${LISTE_PATCHES_${FILE}[*]} ); do 
     382                if [ Xload${Patch} != X ] ; then 
     383                  . ${libIGCM}/libIGCM_post/IGCM_${Patch}.ksh 
     384                  eval load${Patch}=loaded 
     385                fi 
     386              done 
     387            fi 
     388          fi 
     389        fi 
     390      fi 
     391      (( i=i+3 )) 
     392    done 
     393  fi 
     394  # 
     395  if [ ${ActiveComp} = true ] ; then 
     396    set +A ActiveListOfComponents ${ActiveListOfComponents[*]} ${comp} 
     397  fi 
    398398done 
    399399 
    … …  
    414414 
    415415if [ ${StandAlone} != true ] ; then 
    416     Running_Flag=$( IGCM_sys_RshMaster "IGCM_card_DefineVariableFromOption \ 
    417        ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesRunning ; \ 
    418        echo \${run_PostProcessing_TimeSeriesRunning}" ) 
    419  
    420     #if [ X${Running_Flag} = Xy ] ; then 
    421     #    # Time Series Job allready running 
    422     #   IGCM_debug_Print 1 "Time Series Job allready running exit" 
    423     #   exit 
    424     #fi 
    425     # Now run.card know we are running 
    426  
    427  
    428  
    429  
    430     IGCM_sys_RshMaster IGCM_card_WriteOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesRunning "y" 
    431  
    432  
    433  
    434  
    435  
    436     # Get information from last execution 
    437     #CompletedFlag=$( IGCM_sys_RshMaster \ 
    438     #   "IGCM_card_DefineVariableFromOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesCompleted ;\ 
    439     #        echo \${run_PostProcessing_TimeSeriesCompleted}" ) 
     416  Running_Flag=$( IGCM_sys_RshMaster "IGCM_card_DefineVariableFromOption \ 
     417  ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesRunning ; \ 
     418  echo \${run_PostProcessing_TimeSeriesRunning}" ) 
     419 
     420  #if [ X${Running_Flag} = Xy ] ; then 
     421  #  # Time Series Job allready running 
     422  #  IGCM_debug_Print 1 "Time Series Job allready running exit" 
     423  #  exit 
     424  #fi 
     425  # Now run.card know we are running 
     426 
     427 
     428 
     429 
     430  IGCM_sys_RshMaster IGCM_card_WriteOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesRunning "y" 
     431 
     432 
     433 
     434 
     435 
     436  # Get information from last execution 
     437  #CompletedFlag=$( IGCM_sys_RshMaster \ 
     438  # "IGCM_card_DefineVariableFromOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesCompleted ;\ 
     439  #        echo \${run_PostProcessing_TimeSeriesCompleted}" ) 
    440440fi 
    441441 
    … …  
    443443 
    444444if ( [ X${CompletedFlag} = X ] || [ X${CompletedFlag} = X$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DateBegin} -1 ) ] ) ; then 
    445     # First Time Series Submission 
    446     FIRST_PASS=TRUE 
    447     Length=$( IGCM_date_DaysInPreviousPeriod ${DateBegin} ${config_UserChoices_PeriodLength} begin) 
    448     DATE_FIN_JOB_B=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DateBegin} $(( Length - 1 )) ) 
     445  # First Time Series Submission 
     446  FIRST_PASS=TRUE 
     447  Length=$( IGCM_date_DaysInPreviousPeriod ${DateBegin} ${config_UserChoices_PeriodLength} begin) 
     448  DATE_FIN_JOB_B=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DateBegin} $(( Length - 1 )) ) 
    449449else 
    450     # Last Completed Time Series 
    451     FIRST_PASS=FALSE 
    452     DATE_FIN_JOB_B=${CompletedFlag} 
    453     date=${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B} 
    454     for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
    455         # 
    456         IGCM_sys_Mkdir ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
    457         # 
    458         IGCM_sys_Cd ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
    459         # 
    460         #set -A liste_file 
    461         unset liste_file 
    462         # 
    463         file_path=${R_SAVE}/${comp}/Analyse 
    464         # 
    465         i=0 
    466         file=${NULL_STR} 
    467         # 
    468         for file in $( eval echo \${LISTE_FILE_${comp}[*]} ); do 
    469             # 
    470             # Determine in which output can we find file 
    471             # IE : Analyse/TS or Analyse/DA2TS or ... 
    472             # 
    473             FlagDir=$( echo ${file} | awk -F "_" '{print $1}' ) 
    474             case ${FlagDir} in 
    475                 *Y)  TS_Dir=TS_YE  ;; 
    476                 *M)  TS_Dir=TS_MO  ;; 
    477                 *D)  TS_Dir=TS_DA  ;; 
    478                 HF)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
    479                 3H)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
    480                 INS) TS_Dir=TS_INS ;; 
    481             esac 
    482             for var in $( eval echo \${LISTE_VARS_${file}[*]} ) ; do 
    483                 # 
    484                 #set +A liste_file ${liste_file[*]} ${file_path}/${TS_Dir}/${config_UserChoices_JobName}_${date}_${FlagDir}_${var}.nc 
    485                 liste_file[${#liste_file[*]}]=${file_path}/${TS_Dir}/${config_UserChoices_JobName}_${date}_${FlagDir}_${var}.nc 
    486                 # 
    487             done 
    488         done 
    489         if [ X${file} != X${NULL_STR} ] ; then 
    490             IGCM_sys_Get /l liste_file[*] ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
    491             # Even if some files are missing we tried to continue 
    492             # Either ListVar in compname.card are asked but not present in original history file 
    493             # Either a previous TS task failed 
    494             ExitFlag=false 
    495             IGCM_debug_Verif_Exit_Post 
    496         fi 
     450  # Last Completed Time Series 
     451  FIRST_PASS=FALSE 
     452  DATE_FIN_JOB_B=${CompletedFlag} 
     453  date=${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B} 
     454  for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
     455    # 
     456    IGCM_sys_Mkdir ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
     457    # 
     458    IGCM_sys_Cd ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
     459    # 
     460    #set -A liste_file 
     461    unset liste_file 
     462    # 
     463    file_path=${R_SAVE}/${comp}/Analyse 
     464    # 
     465    i=0 
     466    file=${NULL_STR} 
     467    # 
     468    for file in $( eval echo \${LISTE_FILE_${comp}[*]} ); do 
     469      # 
     470      # Determine in which output can we find file 
     471      # IE : Analyse/TS or Analyse/DA2TS or ... 
     472      # 
     473      FlagDir=$( echo ${file} | awk -F "_" '{print $1}' ) 
     474      case ${FlagDir} in 
     475        *Y)  TS_Dir=TS_YE  ;; 
     476        *M)  TS_Dir=TS_MO  ;; 
     477        *D)  TS_Dir=TS_DA  ;; 
     478        HF)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
     479        3H)  TS_Dir=TS_HF  ;; 
     480        INS) TS_Dir=TS_INS ;; 
     481      esac 
     482      for var in $( eval echo \${LISTE_VARS_${file}[*]} ) ; do 
     483        # 
     484        #set +A liste_file ${liste_file[*]} ${file_path}/${TS_Dir}/${config_UserChoices_JobName}_${date}_${FlagDir}_${var}.nc 
     485        liste_file[${#liste_file[*]}]=${file_path}/${TS_Dir}/${config_UserChoices_JobName}_${date}_${FlagDir}_${var}.nc 
     486        # 
     487      done 
    497488    done 
    498     # 
    499     LEVEL=0 
    500     # 
     489    if [ X${file} != X${NULL_STR} ] ; then 
     490      IGCM_sys_Get /l liste_file[*] ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
     491      # Even if some files are missing we tried to continue 
     492      # Either ListVar in compname.card are asked but not present in original history file 
     493      # Either a previous TS task failed 
     494      ExitFlag=false 
     495      IGCM_debug_Verif_Exit_Post 
     496    fi 
     497  done 
     498  # 
     499  LEVEL=0 
     500  # 
    501501fi 
    502502 
    … …  
    513513 
    514514if [ ${DoJob} = true ] ; then 
    515     while [ ${DATE_COUNT} -lt ${PeriodDateEnd} ] ; do 
    516         (( NBRE_FILE_TOT = NBRE_FILE_TOT + 1 )) 
    517         Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_COUNT} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
    518         DATE_COUNT=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_COUNT} ${Length} ) 
    519     done 
     515  while [ ${DATE_COUNT} -lt ${PeriodDateEnd} ] ; do 
     516    (( NBRE_FILE_TOT = NBRE_FILE_TOT + 1 )) 
     517    Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_COUNT} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
     518    DATE_COUNT=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_COUNT} ${Length} ) 
     519  done 
    520520else 
    521     NBRE_FILE_TOT=0 
     521  NBRE_FILE_TOT=0 
    522522fi 
    523523 
    524524if [ ${NBRE_FILE_TOT} -le ${UNIX_MAX_LIMIT} ] ; then 
    525     NBRE_TOUR=1  
     525  NBRE_TOUR=1  
    526526elif [ ${NBRE_FILE_TOT}%${UNIX_MAX_LIMIT} -eq 0 ] ; then 
    527     let NBRE_TOUR=${NBRE_FILE_TOT}/${UNIX_MAX_LIMIT}  
     527  let NBRE_TOUR=${NBRE_FILE_TOT}/${UNIX_MAX_LIMIT}  
    528528else 
    529     let NBRE_TOUR=${NBRE_FILE_TOT}/${UNIX_MAX_LIMIT}+1 
     529  let NBRE_TOUR=${NBRE_FILE_TOT}/${UNIX_MAX_LIMIT}+1 
    530530fi 
    531531 
    … …  
    538538 
    539539while [ ${CURRENT_LOOP} -le  ${NBRE_TOUR} ] ; do 
    540        
    541     if [ ${NBRE_FILE_TOT} -le ${UNIX_MAX_LIMIT} ] ; then  
    542         # - LEVEL 1 : JUST ONE LOOP TO COMPLETE 
    543         NBRE_FILE_LOOP=${NBRE_FILE_TOT} 
    544  
    545         if [ ${FIRST_PASS} = TRUE ] ; then 
    546             DATE_COURANTE=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} 
    547         else 
    548             Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
    549             DATE_COURANTE=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${Length} ) 
    550         fi 
    551  
    552         DATE_FIN=${PeriodDateEnd} 
    553         DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} 
    554  
    555         [ -n "${DATE_LOOP}" ] && DATE_FIN_JOB_B_LOOP=${DATE_LOOP} 
    556         [ -n "${LEVEL}" ] && FLAG_B="TRUE" || FLAG_B="FALSE" 
    557  
    558         LEVEL=1 
    559         DEPOT="TRUE"      
    560     elif [ ${CURRENT_LOOP} -ne  ${NBRE_TOUR} ] ; then 
    561         # - LEVEL 2 : WE ARE IN THE "DEEP" LOOP 
    562         NBRE_FILE_LOOP=${UNIX_MAX_LIMIT} 
    563  
    564         if [ ! ${FIRST_PASS} = TRUE ] && [ ${CURRENT_LOOP} -eq 1 ] ; then 
    565             Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
    566             DATE_COURANTE=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${Length} ) 
    567         elif [ -z "${DATE_COURANTE}" ] ; then 
    568             DATE_COURANTE=${DATE_FIN_JOB_B} 
    569         else 
    570             Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
    571             DATE_COURANTE=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN} ${Length} ) 
    572         fi 
    573           
    574         (( TotLength = 0 )) 
    575         COMPTEUR=1 
    576         DATE_LOOP=${DATE_COURANTE} 
    577  
    578         while [ ${COMPTEUR} -lt ${NBRE_FILE_LOOP} ] ; do 
    579             # 
    580             Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
    581             DATE_LOOP=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} ${Length} ) 
    582             (( TotLength = TotLength + Length )) 
    583             (( COMPTEUR = COMPTEUR + 1 )) 
    584             # 
    585         done # while [ ${COMPTEUR} -le ${NBRE_FILE_LOOP} ] done 
    586         DATE_FIN=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_COURANTE} ${TotLength} ) 
    587  
    588         [ -n "${DATE_LOOP}" ] && DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ; DATE_FIN_JOB_B_LOOP=${DATE_LOOP} 
    589         [ -n "${LEVEL}" ] && [ ${LEVEL} -eq 0 ] && FLAG_B="TRUE" || [ ${CURRENT_LOOP} -gt 1 ] && FLAG_B="TRUE" || FLAG_B="FALSE" 
    590         DEPOT="FALSE" 
    591         LEVEL=2 
     540 
     541  if [ ${NBRE_FILE_TOT} -le ${UNIX_MAX_LIMIT} ] ; then  
     542    # - LEVEL 1 : JUST ONE LOOP TO COMPLETE 
     543    NBRE_FILE_LOOP=${NBRE_FILE_TOT} 
     544 
     545    if [ ${FIRST_PASS} = TRUE ] ; then 
     546      DATE_COURANTE=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} 
    592547    else 
    593         # - LEVEL 3 : WE ARE IN THE LAST LOOP 
    594         NBRE_FILE_LOOP=$(( ${NBRE_FILE_TOT} % ( ${UNIX_MAX_LIMIT} * ( ${CURRENT_LOOP} - 1 ) ) )) 
    595         [ ${NBRE_FILE_LOOP} -eq 0 ] && NBRE_FILE_LOOP=${UNIX_MAX_LIMIT} 
    596  
    597         Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
    598         DATE_COURANTE=$(IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN} ${Length} ) 
    599         DATE_FIN=${PeriodDateEnd} 
    600         [ -n "${DATE_LOOP}" ] && DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ; DATE_FIN_JOB_B_LOOP=${DATE_LOOP} 
    601  
    602         LEVEL=3 
    603         DEPOT="TRUE" 
    604         FLAG_B="TRUE" 
     548      Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
     549      DATE_COURANTE=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${Length} ) 
    605550    fi 
    606551 
    607     # THEN FOR EACH FILE TYPE WE LOOP BETWEEN DATE_COURANTE AND DATE_FIN. 
    608     for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
    609         # 
    610         IGCM_sys_Mkdir ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
    611         # 
    612         IGCM_sys_Cd ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
    613         # 
    614         eval R_OUT_${comp}=${R_SAVE}/${comp} 
    615         # 
    616         i=0 
    617         # 
    618         for file in $( eval echo \${LISTE_FILE_${comp}[*]} ); do 
    619             # 
    620             # Determine in which output can we find file 
    621             # IE : Output/MO or Output/DA or ... 
    622             # 
    623             FlagDir=$( echo ${file} | awk -F "_" '{print $1}' ) 
    624             case ${FlagDir} in 
    625                 *Y)    TS_Dir=TS_YE  ; FreqDir=YE  ;; 
    626                 *M)    TS_Dir=TS_MO  ; FreqDir=MO  ;; 
    627                 *D)    TS_Dir=TS_DA  ; FreqDir=DA  ;; 
    628                 HF)    TS_Dir=TS_HF  ; FreqDir=HF  ;; 
    629                 3H)    TS_Dir=TS_HF  ; FreqDir=HF  ;; 
    630                 INS)   TS_Dir=TS_INS ; FreqDir=INS ;; 
    631                 *)  
    632                        IGCM_debug_Print 1 "Error in FlagDir=${FlagDir} for file ${file}." 
    633                        IGCM_sys_Exit "Job create_ts" ;; 
    634             esac 
    635  
    636             # Initialize array 
    637             #set -A liste_file 
    638             #set -A liste_file_tmp 
    639             unset liste_file 
    640             unset liste_file_tmp 
    641             eval file_path=\${R_OUT_${comp}}/Output/${FreqDir}/ 
    642  
    643             COMPTEUR=1 
    644             DATE_LOOP=${DATE_COURANTE} 
    645  
    646             while [ ${COMPTEUR} -le ${NBRE_FILE_LOOP} ] ; do 
    647                 # 
    648                 Length1=$( IGCM_date_DaysInPreviousPeriod ${DATE_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} end) 
    649                 DATE_TAB=$(  IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} $(( 1 - Length1 )) )_${DATE_LOOP} 
    650  
    651                 Length2=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
    652                 DATE_LOOP=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} ${Length2} ) 
    653  
    654                 #set +A liste_file ${liste_file[*]} ${file_path}${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
    655                 #set +A liste_file_tmp ${liste_file_tmp[*]} ${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
    656                 liste_file[${#liste_file[*]}]=${file_path}${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
    657                 liste_file_tmp[${#liste_file_tmp[*]}]=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
    658                 (( COMPTEUR = COMPTEUR + 1 )) 
    659                 # 
    660             done # while [ ${COMPTEUR} -le ${NBRE_FILE_LOOP} ] done 
    661             DATE_LOOP=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} -${Length2} ) 
    662  
    663             # Get selected files 
    664             IGCM_sys_Get /l liste_file[*] ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
    665             IGCM_debug_Verif_Exit_Post 
    666  
    667             # Apply IGCM_Patch if needed 
    668             if [ ! X${RebuildFrequency} = Xtrue ] ; then 
    669                 if [ X$( eval echo \${LISTE_PATCHES_${file}[0]} ) !=  X${NULL_STR} ]; then 
    670                     for file_t in $( eval echo ${liste_file_tmp[*]} ); do                
    671                         for Patch in $( eval echo \${LISTE_PATCHES_${file}[*]} ); do 
    672                             IGCM_${Patch} ${file_t} 
    673                             IGCM_debug_Verif_Exit_Post 
    674                         done 
    675                     done 
    676                 fi 
    677             fi 
    678  
    679             # WE CAN CONCATENATE FILES AT THIS POINT 
    680             [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] && DATE_BUILD_B=${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC} 
    681             Length=$( IGCM_date_DaysInPreviousPeriod ${DATE_COURANTE} ${config_UserChoices_PeriodLength} end) 
    682             DATE_BUILD1=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_COURANTE} -$(( Length - 1 )) ) 
    683             DATE_BUILD=${DATE_BUILD1}_${DATE_FIN} 
    684             DATE_BUILD_END=${DateBegin}_${DATE_FIN} 
    685  
    686             liste_coord=" " 
    687             for axis in $( eval echo \${LISTE_AXIS_${file}[*]} ); do 
    688               liste_coord=${liste_coord}${axis}"," 
    689             done 
    690  
    691             # Time axis must be the last dimension 
    692             time_axis=${axis} 
    693  
    694             # SWITCH BETWEEN MODEL TO FIT PARTICULAR CASE 
    695             for var in $( eval echo \${LISTE_VARS_${file}[*]} ) ; do 
    696                 # 
    697                 if [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] ; then 
    698                     # WE CONCATENATE WITH EXISTING FILES 
    699                     file1=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD_B}_${FlagDir}_${var}.nc 
    700                     file_out=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD_END}_${FlagDir}_${var}.nc 
    701                     IGCM_sys_ncrcat --hst -v ${liste_coord}${var} ${file1} ${liste_file_tmp[*]} ${file_out} 
    702                     # 
    703                     IGCM_sys_Rm ${file1} 
    704                     if [ ! "${DEPOT}" = "TRUE" ] ; then 
    705                         eval IGCM_sys_Put_Out ${file_out} \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir}/${file_out} 
    706                         # "${file1} = file_before ? 
    707                         [ ! "${file1}" = "${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_${FlagDir}_${var}.nc" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir} ${file1} ${file_out} 
    708                     fi 
    709  
    710                     ExitFlag=false 
    711                 else 
    712                     # OR NOT 
    713                     IGCM_sys_ncrcat --hst -v ${liste_coord}${var} ${liste_file_tmp[*]} ${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD}_${FlagDir}_${var}.nc 
    714                 fi 
    715  
    716                 # 
    717                 if [ "${DEPOT}" = "TRUE" ] ; then 
    718                     # WE PUT FINAL FILE ON FILE SYSTEM 
    719                     [ "${FLAG_B}" = "FALSE" ] && file_out=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD}_${FlagDir}_${var}.nc 
    720                     file_before=${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_${FlagDir}_${var}.nc 
    721                     # 
    722                     eval IGCM_sys_Put_Out ${file_out} \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir}/${file_out} 
    723                     [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir} ${file_before} ${file_out} 
    724                     if [ ! "X${file1}" = "X" ] ; then 
    725                         [ ! "${file1}" = "${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_${FlagDir}_${var}.nc" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir} ${file1} ${file_out} 
    726                     fi 
    727                     # 
    728                     if ( [ ${FlagDir} = "1M" ] && [ -f ${file_out} ] ) ; then 
    729                         file_before_YE=${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_1Y_${var}.nc 
    730                         file_out_YE=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD_END}_1Y_${var}.nc 
    731                         # 
    732                         # Compute yearly average considering calendar 
    733                         # and set date of the mid year to 01/07 at 00:00 
    734                         IGCM_sys_cdo -settime,00:00 -setday,1 -setmon,7 -settunits,days -divdpy -yearsum -muldpm -selvar,${var} ${file_out} ${file_out_YE} 
    735                         # Extract all ancillary variables except $var, they will be appended after the cdo command 
    736                         # Needed because cdo applies calculs on all variables 
    737                         IGCM_sys_ncks -Oh -x -v ${var} ${file_out} ${file_out_YE%%.nc}_tmp1.nc 
    738                         # This will remove the time axis because cdo rewrites severely with only considered useful variables 
    739                         IGCM_sys_cdo -mulc,1 ${file_out_YE%%.nc}_tmp1.nc ${file_out_YE%%.nc}_tmp2.nc 2>/dev/null 
    740                         if [ $? -eq 0 ] ; then 
    741                                 # Now append all ancillary variables if previous cdo operator ok 
    742                                 IGCM_sys_ncks -h -A ${file_out_YE%%.nc}_tmp2.nc ${file_out_YE} 
    743                         fi 
    744  
    745                         # Put global history attribut 
    746                         IGCM_sys_ncatted -Oh -a history,global,o,c,"build by libIGCM/create_ts" ${file_out_YE} 
    747                         # 
    748                         eval IGCM_sys_Put_Out ${file_out_YE} \${R_OUT_${comp}}/Analyse/TS_MO_YE/${file_out_YE} 
    749                         [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/TS_MO_YE/ ${file_before_YE} ${file_out_YE} 
    750                         IGCM_sys_Rm ${file_out_YE%%.nc}_tmp*.nc 
    751                     fi 
    752                     # 
    753                     IGCM_sys_Rm ${file_out} 
    754                     ExitFlag=false 
    755                     # 
    756                 fi 
    757                 # 
    758             done     # for var in ${liste_var} ; do 
    759             IGCM_sys_Rm ${liste_file_tmp[*]} 
    760         done         # for file in ${liste_file_brut} do 
    761     done             # for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
    762     # GO AHEAD IN DEEPEST LOOP 
    763     (( CURRENT_LOOP = CURRENT_LOOP + 1 )) 
     552    DATE_FIN=${PeriodDateEnd} 
     553    DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} 
     554 
     555    [ -n "${DATE_LOOP}" ] && DATE_FIN_JOB_B_LOOP=${DATE_LOOP} 
     556    [ -n "${LEVEL}" ] && FLAG_B="TRUE" || FLAG_B="FALSE" 
     557 
     558    LEVEL=1 
     559    DEPOT="TRUE"        
     560  elif [ ${CURRENT_LOOP} -ne  ${NBRE_TOUR} ] ; then 
     561    # - LEVEL 2 : WE ARE IN THE "DEEP" LOOP 
     562    NBRE_FILE_LOOP=${UNIX_MAX_LIMIT} 
     563 
     564    if [ ! ${FIRST_PASS} = TRUE ] && [ ${CURRENT_LOOP} -eq 1 ] ; then 
     565      Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
     566      DATE_COURANTE=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ${Length} ) 
     567    elif [ -z "${DATE_COURANTE}" ] ; then 
     568      DATE_COURANTE=${DATE_FIN_JOB_B} 
     569    else 
     570      Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
     571      DATE_COURANTE=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN} ${Length} ) 
     572    fi 
     573 
     574    (( TotLength = 0 )) 
     575    COMPTEUR=1 
     576    DATE_LOOP=${DATE_COURANTE} 
     577 
     578    while [ ${COMPTEUR} -lt ${NBRE_FILE_LOOP} ] ; do 
     579      # 
     580      Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
     581      DATE_LOOP=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} ${Length} ) 
     582      (( TotLength = TotLength + Length )) 
     583      (( COMPTEUR = COMPTEUR + 1 )) 
     584      # 
     585    done # while [ ${COMPTEUR} -le ${NBRE_FILE_LOOP} ] done 
     586    DATE_FIN=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_COURANTE} ${TotLength} ) 
     587 
     588    [ -n "${DATE_LOOP}" ] && DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ; DATE_FIN_JOB_B_LOOP=${DATE_LOOP} 
     589    [ -n "${LEVEL}" ] && [ ${LEVEL} -eq 0 ] && FLAG_B="TRUE" || [ ${CURRENT_LOOP} -gt 1 ] && FLAG_B="TRUE" || FLAG_B="FALSE" 
     590    DEPOT="FALSE" 
     591    LEVEL=2 
     592  else 
     593    # - LEVEL 3 : WE ARE IN THE LAST LOOP 
     594    NBRE_FILE_LOOP=$(( ${NBRE_FILE_TOT} % ( ${UNIX_MAX_LIMIT} * ( ${CURRENT_LOOP} - 1 ) ) )) 
     595    [ ${NBRE_FILE_LOOP} -eq 0 ] && NBRE_FILE_LOOP=${UNIX_MAX_LIMIT} 
     596 
     597    Length=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_FIN} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
     598    DATE_COURANTE=$(IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_FIN} ${Length} ) 
     599    DATE_FIN=${PeriodDateEnd} 
     600    [ -n "${DATE_LOOP}" ] && DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC=${DATE_FIN_JOB_B_LOOP} ; DATE_FIN_JOB_B_LOOP=${DATE_LOOP} 
     601 
     602    LEVEL=3 
     603    DEPOT="TRUE" 
     604    FLAG_B="TRUE" 
     605  fi 
     606 
     607  # THEN FOR EACH FILE TYPE WE LOOP BETWEEN DATE_COURANTE AND DATE_FIN. 
     608  for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
     609    # 
     610    IGCM_sys_Mkdir ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
     611      # 
     612    IGCM_sys_Cd ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
     613    # 
     614    eval R_OUT_${comp}=${R_SAVE}/${comp} 
     615    # 
     616    i=0 
     617    # 
     618    for file in $( eval echo \${LISTE_FILE_${comp}[*]} ); do 
     619      # 
     620      # Determine in which output we can find file 
     621      # IE : Output/MO or Output/DA or ... 
     622      # 
     623      FlagDir=$( echo ${file} | awk -F "_" '{print $1}' ) 
     624      case ${FlagDir} in 
     625        *Y)    TS_Dir=TS_YE  ; FreqDir=YE  ;; 
     626        *M)    TS_Dir=TS_MO  ; FreqDir=MO  ;; 
     627        *D)    TS_Dir=TS_DA  ; FreqDir=DA  ;; 
     628        HF)    TS_Dir=TS_HF  ; FreqDir=HF  ;; 
     629        3H)    TS_Dir=TS_HF  ; FreqDir=HF  ;; 
     630        INS)   TS_Dir=TS_INS ; FreqDir=INS ;; 
     631        *)     IGCM_debug_Print 1 "Error in FlagDir=${FlagDir} for file ${file}." 
     632               IGCM_sys_Exit "Job create_ts" ;; 
     633      esac 
     634 
     635      # Initialize array 
     636      #set -A liste_file 
     637      #set -A liste_file_tmp 
     638      unset liste_file 
     639      unset liste_file_tmp 
     640      eval file_path=\${R_OUT_${comp}}/Output/${FreqDir}/ 
     641 
     642      COMPTEUR=1 
     643      DATE_LOOP=${DATE_COURANTE} 
     644 
     645      while [ ${COMPTEUR} -le ${NBRE_FILE_LOOP} ] ; do 
     646        # 
     647        Length1=$( IGCM_date_DaysInPreviousPeriod ${DATE_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} end) 
     648        DATE_TAB=$(  IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} $(( 1 - Length1 )) )_${DATE_LOOP} 
     649 
     650        Length2=$( IGCM_date_DaysInNextPeriod ${DATE_LOOP} ${config_UserChoices_PeriodLength} ) 
     651        DATE_LOOP=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} ${Length2} ) 
     652 
     653        #set +A liste_file ${liste_file[*]} ${file_path}${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
     654        #set +A liste_file_tmp ${liste_file_tmp[*]} ${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
     655        liste_file[${#liste_file[*]}]=${file_path}${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
     656        liste_file_tmp[${#liste_file_tmp[*]}]=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_TAB}_${file}.nc 
     657        (( COMPTEUR = COMPTEUR + 1 )) 
     658        # 
     659      done # while [ ${COMPTEUR} -le ${NBRE_FILE_LOOP} ] done 
     660      DATE_LOOP=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_LOOP} -${Length2} ) 
     661 
     662      # Get selected files 
     663      IGCM_sys_Get /l liste_file[*] ${RUN_DIR_PATH}/${comp} 
     664      IGCM_debug_Verif_Exit_Post 
     665 
     666      # Apply IGCM_Patch if needed 
     667      if [ ! X${RebuildFrequency} = Xtrue ] ; then 
     668        if [ X$( eval echo \${LISTE_PATCHES_${file}[0]} ) !=  X${NULL_STR} ]; then 
     669          for file_t in $( eval echo ${liste_file_tmp[*]} ); do          
     670            for Patch in $( eval echo \${LISTE_PATCHES_${file}[*]} ); do 
     671              IGCM_${Patch} ${file_t} 
     672              IGCM_debug_Verif_Exit_Post 
     673            done 
     674          done 
     675        fi 
     676      fi 
     677 
     678      # WE CAN CONCATENATE FILES AT THIS POINT 
     679      [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] && DATE_BUILD_B=${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B_LOOP_PREC} 
     680      Length=$( IGCM_date_DaysInPreviousPeriod ${DATE_COURANTE} ${config_UserChoices_PeriodLength} end) 
     681      DATE_BUILD1=$( IGCM_date_AddDaysToGregorianDate ${DATE_COURANTE} -$(( Length - 1 )) ) 
     682      DATE_BUILD=${DATE_BUILD1}_${DATE_FIN} 
     683      DATE_BUILD_END=${DateBegin}_${DATE_FIN} 
     684 
     685      liste_coord=" " 
     686      for axis in $( eval echo \${LISTE_AXIS_${file}[*]} ); do 
     687        liste_coord=${liste_coord}${axis}"," 
     688      done 
     689 
     690      # Time axis must be the last dimension 
     691      time_axis=${axis} 
     692 
     693      # SWITCH BETWEEN MODEL TO FIT PARTICULAR CASE 
     694      for var in $( eval echo \${LISTE_VARS_${file}[*]} ) ; do 
     695        # 
     696        if [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] ; then 
     697          # WE CONCATENATE WITH EXISTING FILES 
     698          file1=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD_B}_${FlagDir}_${var}.nc 
     699          file_out=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD_END}_${FlagDir}_${var}.nc 
     700          IGCM_sys_ncrcat --hst -v ${liste_coord}${var} ${file1} ${liste_file_tmp[*]} ${file_out} 
     701          # 
     702          IGCM_sys_Rm ${file1} 
     703          if [ ! "${DEPOT}" = "TRUE" ] ; then 
     704            eval IGCM_sys_Put_Out ${file_out} \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir}/${file_out} 
     705            # "${file1} = file_before ? 
     706            [ ! "${file1}" = "${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_${FlagDir}_${var}.nc" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir} ${file1} ${file_out} 
     707          fi 
     708 
     709          ExitFlag=false 
     710        else 
     711          # OR NOT 
     712          IGCM_sys_ncrcat --hst -v ${liste_coord}${var} ${liste_file_tmp[*]} ${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD}_${FlagDir}_${var}.nc 
     713        fi 
     714 
     715        # 
     716        if [ "${DEPOT}" = "TRUE" ] ; then 
     717          # WE PUT FINAL FILE ON FILE SYSTEM 
     718          [ "${FLAG_B}" = "FALSE" ] && file_out=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD}_${FlagDir}_${var}.nc 
     719          file_before=${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_${FlagDir}_${var}.nc 
     720          # 
     721          eval IGCM_sys_Put_Out ${file_out} \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir}/${file_out} 
     722          [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir} ${file_before} ${file_out} 
     723          if [ ! "X${file1}" = "X" ] ; then 
     724            [ ! "${file1}" = "${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_${FlagDir}_${var}.nc" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/${TS_Dir} ${file1} ${file_out} 
     725          fi 
     726          # 
     727          if ( [ ${FlagDir} = "1M" ] && [ -f ${file_out} ] ) ; then 
     728            file_before_YE=${config_UserChoices_JobName}_${DateBegin}_${DATE_FIN_JOB_B}_1Y_${var}.nc 
     729            file_out_YE=${config_UserChoices_JobName}_${DATE_BUILD_END}_1Y_${var}.nc 
     730            # 
     731            # Compute yearly average considering calendar 
     732            # and set date of the mid year to 01/07 at 00:00 
     733            IGCM_sys_cdo -settime,00:00 -setday,1 -setmon,7 -settunits,days -divdpy -yearsum -muldpm -selvar,${var} ${file_out} ${file_out_YE} 
     734            # Extract all ancillary variables except $var, they will be appended after the cdo command 
     735            # Needed because cdo applies calculs on all variables 
     736            IGCM_sys_ncks -Oh -x -v ${var} ${file_out} ${file_out_YE%%.nc}_tmp1.nc 
     737            # This will remove the time axis because cdo rewrites severely with only considered useful variables 
     738            IGCM_sys_cdo -mulc,1 ${file_out_YE%%.nc}_tmp1.nc ${file_out_YE%%.nc}_tmp2.nc 2>/dev/null 
     739            if [ $? -eq 0 ] ; then 
     740              # Now append all ancillary variables if previous cdo operator ok 
     741              IGCM_sys_ncks -h -A ${file_out_YE%%.nc}_tmp2.nc ${file_out_YE} 
     742            fi 
     743 
     744            # Put global history attribut 
     745            IGCM_sys_ncatted -Oh -a history,global,o,c,"build by libIGCM/create_ts" ${file_out_YE} 
     746            # 
     747            eval IGCM_sys_Put_Out ${file_out_YE} \${R_OUT_${comp}}/Analyse/TS_MO_YE/${file_out_YE} 
     748            [ "${FLAG_B}" = "TRUE" ] && eval MENAGE \${R_OUT_${comp}}/Analyse/TS_MO_YE/ ${file_before_YE} ${file_out_YE} 
     749            IGCM_sys_Rm ${file_out_YE%%.nc}_tmp*.nc 
     750          fi 
     751          # 
     752          IGCM_sys_Rm ${file_out} 
     753          ExitFlag=false 
     754          # 
     755        fi 
     756        # 
     757      done     # for var in ${liste_var} ; do 
     758      IGCM_sys_Rm ${liste_file_tmp[*]} 
     759    done         # for file in ${liste_file_brut} do 
     760  done             # for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
     761  # GO AHEAD IN DEEPEST LOOP 
     762  (( CURRENT_LOOP = CURRENT_LOOP + 1 )) 
    764763done                 # while [ ${CURRENT_LOOP} -le  ${NBRE_TOUR} ] do 
    765764# FINISH 
    … …  
    767766# DODS copy 
    768767for comp in ${config_ListOfComponents[*]} ; do 
    769     for TS_Dir in TS_YE TS_MO TS_MO_YE TS_DA TS_HF TS_INS ; do 
    770         IGCM_sys_TestDirArchive ${R_SAVE}/${comp}/Analyse/${TS_Dir} 
    771         [ $? = 0 ] && IGCM_sys_Put_Dods ${comp}/Analyse/${TS_Dir} 
    772     done 
     768  for TS_Dir in TS_YE TS_MO TS_MO_YE TS_DA TS_HF TS_INS ; do 
     769    IGCM_sys_TestDirArchive ${R_SAVE}/${comp}/Analyse/${TS_Dir} 
     770    [ $? = 0 ] && IGCM_sys_Put_Dods ${comp}/Analyse/${TS_Dir} 
     771  done 
    773772done 
    774773 
    … …  
    788787# -------------------------------------------------------------------- 
    789788if ( [ X${TsTask} = X2D ] || [ X${TsTask} = X3D ] || [ X${TsTask} = X ] ) ; then 
    790     Script_Post_Output=monitoring.${PeriodDateEnd} 
    791     IGCM_sys_QsubPost monitoring 
     789  Script_Post_Output=monitoring.${PeriodDateEnd} 
     790  IGCM_sys_QsubPost monitoring 
    792791fi 
    793792 
    … …  
    797796# -------------------------------------------------------------------- 
    798797if [ ${StandAlone} != true ] ; then 
    799     # Put in run.card end period of time series 
    800     [ X"${DATE_FIN}" = X ] || IGCM_sys_RshMaster IGCM_card_WriteOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesCompleted "${DATE_FIN}" 
    801     # We have finish the job ! 
    802     IGCM_sys_RshMaster IGCM_card_WriteOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesRunning "n" 
     798  # Put in run.card end period of time series 
     799  [ X"${DATE_FIN}" = X ] || IGCM_sys_RshMaster IGCM_card_WriteOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesCompleted "${DATE_FIN}" 
     800  # We have finish the job ! 
     801  IGCM_sys_RshMaster IGCM_card_WriteOption ${SUBMIT_DIR}/run.card PostProcessing TimeSeriesRunning "n" 
    803802fi 
    804803 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.