Changes between Initial Version and Version 1 of IntegrationOpenMP/EnteteCommandesOccigen

Timestamp:

02/03/15 17:58:23 (9 years ago)

Author:

mafoipsl

Comment:

--

IntegrationOpenMP/EnteteCommandesOccigen

@@ +1 @@
+= Entête des jobs et commandes occigen =
+
+Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS).
+
+[[PageOutline]]
+
+== Un executable séquentiel ==
+ * Entête du job
+{{{
+#!/bin/bash
+#SBATCH -J job_name
+#SBATCH -e job_name.e%j
+#SBATCH -o job_name.o%j
+#SBATCH --nodes=1
+#SBATCH --ntasks=1
+#SBATCH --ntasks-per-node=24
+#SBATCH --threads-per-core=1
+#SBATCH --time=00:10:00
+
+}}}
+ * Commande 
+{{{
+time ./mon_executable param1 param2 …
+}}}
+
+== Un executable parallélisé avec MPI seulement ==
+ * Entête du job
+{{{
+#!/bin/bash
+#SBATCH -J job_name
+#SBATCH --nodes=2
+#SBATCH --ntasks=48
+#SBATCH --ntasks-per-node=24
+#SBATCH --threads-per-core=1
+#SBATCH --time=00:30:00
+#SBATCH --output job_name.output
+}}}
+ * Commande 
+{{{
+module purge
+module load intel/15.0.0.090
+module load bullxmpi/1.2.8.3
+time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1  param2 …
+}}}
+
+ * Résultat : srun lance 48 tâches MPI
+
+== NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur  ==
+ * Merci à JMM, DRAKKAR et CINES
+ * Entête du job
+{{{
+#!/bin/bash
+#SBATCH --nodes=554
+#SBATCH --ntasks=13296
+#SBATCH --ntasks-per-node=24
+#SBATCH --threads-per-core=1
+#SBATCH -J nemo_occigen
+#SBATCH -e nemo_occigen.e%j
+#SBATCH -o nemo_occigen.o%j
+#SBATCH --time=24:00:00
+#SBATCH --exclusive
+}}}
+ * Commande (exemple) :
+{{{
+ time srun --mpi=pmi2  -m cyclic \
+--cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\
+    --multi-prog  ./ztask_file.conf
+}}}
+  * avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement:
+{{{
+0-295   ./xios_server.exe
+296-13295   ./opa
+}}}
+ * Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS
+
+