Entête des jobs et commandes occigen

Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS).

Un executable séquentiel

• Entête du job

  #!/bin/bash
  #SBATCH -J job_name
  #SBATCH -e job_name.e%j
  #SBATCH -o job_name.o%j
  #SBATCH --nodes=1
  #SBATCH --ntasks=1
  #SBATCH --ntasks-per-node=24
  #SBATCH --threads-per-core=1
  #SBATCH --time=00:10:00
  
  

• Commande

  time ./mon_executable param1 param2 …
  

Un executable parallélisé avec MPI seulement

• Entête du job

  #!/bin/bash
  #SBATCH -J job_name
  #SBATCH --nodes=2
  #SBATCH --ntasks=48
  #SBATCH --ntasks-per-node=24
  #SBATCH --threads-per-core=1
  #SBATCH --time=00:30:00
  #SBATCH --output job_name.output
  

• Commande

  module purge
  module load intel/15.0.0.090
  module load bullxmpi/1.2.8.3
  time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1  param2 …
  

• Résultat : srun lance 48 tâches MPI

NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur

• Merci à JMM, DRAKKAR et CINES
• Entête du job

  #!/bin/bash
  #SBATCH --nodes=554
  #SBATCH --ntasks=13296
  #SBATCH --ntasks-per-node=24
  #SBATCH --threads-per-core=1
  #SBATCH -J nemo_occigen
  #SBATCH -e nemo_occigen.e%j
  #SBATCH -o nemo_occigen.o%j
  #SBATCH --time=24:00:00
  #SBATCH --exclusive
  

• Commande (exemple) :

   time srun --mpi=pmi2  -m cyclic \
  --cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\
      --multi-prog  ./ztask_file.conf
  

  • avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement:

    0-295   ./xios_server.exe
    296-13295   ./opa
    

• Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS