Work on the MERGE between STICS and ORCHIDEE

here

How to install ORCHIDEE-STICS model ?

Download modipsl framework

my_prompt>> svn co http://forge.ipsl.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk ORCHIDEE_STICS

Add ORCHIDEE-STICS model into mod.def file

Under "util" directory, modify the mod.def fiel by adding the following lines:

#-
#-H- ORCHIDEE_STICS  Modele ORCHIDEE-STICS
#-H- ORCHIDEE_STICS  ORCHIDEE-STICS trunk
#-H- ORCHIDEE_STICS  IOIPSL with tag 2.2.1
#-H- ORCHIDEE_STICS  libIGCM tag libIGCM_v1_10
#-H- ORCHIDEE_STICS  FCM svn version PATCHED/FCM_V1.2
#-M- ORCHIDEE_STICS  nicolas.vuichard@lsce.ipsl.fr
#-C- ORCHIDEE_STICS  IOIPSL/tags/v2_2_1/src HEAD   8 IOIPSL/src      modeles
#-C- ORCHIDEE_STICS  tags/libIGCM_v1_10     HEAD  10 libIGCM         .
#-C- ORCHIDEE_STICS  PATCHED/FCM_V1.2       HEAD  13 tools/FCM/V1.2  .
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE                 ?       14 .
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL              ?       14 .
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC_STO  ?       14 config/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC_STO .
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC      ?       14 . config/ORCHIDEE_OL
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/FORCESOIL    ?       14 . config/ORCHIDEE_OL
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/TESTSTOMATE  ?       14 . config/ORCHIDEE_OL
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/SPINUP       ?       14 . config/ORCHIDEE_OL
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/FLUXNET      ?       14 . config/ORCHIDEE_OL
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS/STICS                    ?       14 .
#-C- ORCHIDEE_STICS  branches/ORCHIDEE-STICS\ -N                      ?       14 AA_make util/
# -

Install ORCHIDEE-STICS model under util dir.

my_prompt>> ./model ORCHIDEE_STICS

Compilation of ORCHIDEE-STICS model

First, update the AA_make.gdef file under directory by typing the 2 command lines :

my_prompt>> cp AA_make/AA_make.gdef .
my_prompt>> \rm -rf AA_make
my_prompt>> ./ins_make

Under "modeles/ORCHIDEE_OL" dir

my_prompt>> gmake

Launching a job under OOL_SEC_STO config

Under "util" dir, type :

my_prompt>> ./ins_job

Under "modeles/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC_STO" dir, add the following lines into the Job_* script before the Execution section:

export OMP_NUM_THREADS=3
export OMP_WAIT_POLYCY=passive
export OMP_NESTED=TRUE

You can then submit the Job.

Evolution du code ORCHIDEE-STICS

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01/12/2009

Compte-rendu de la mise à jour d'O-S effectuée par D. Leclère et N. Vuichard
On a utilisé trois codes-source pour cette mise à jour
1- code O-S (sous /home/users/dleclere/Orch-Stics/STICS/stics_orchidee_maj)
2- code d'ORCHIDEE utilisé lors du couplage O-S par Smith/Meurdesoif/Viovy? (sous /home/users/dleclere/Orch-Stics/STICS/SOURCES_NICOLAS_VIOVY/commit)
3- version 1.9.4 du code ORCHIDEE (/home/users/dleclere/Orch-Stics/modipsl/modeles)
Les appels à STICS ont été identifiés par diff entre 1 et 2 et injectés dans 3.
Un journal a été réalisé mentionnant les fichiers sur lesquels nous sommes intervenus et les points - plutôt scientifiques - qui restent à travailler.
Journal stocké sous /home/users/dleclere/Orch-Stics/JOURNAL_MERGE.txt et en pièce jointe.

Compilation et exécution d'un cas test
sous platine (/work/cont003/p529vui/MERGE_ORCHIDEE_STICS)
en utilisant comme forçages météo ERA interim (/dmnfs12/cont003/p529maig/ANNUELS_IERA/DRIVER_FORTRAN)

A FAIRE

• Comparaison sur le cas test entre nouvelle version d'O-S et ancienne => N. Vuichard
  
• Basculement de la technologie CORBA vers la techno MULTI-THREAD
  
• Réfléchir à la possibilité de faire un restart de STICS en fin d'année
  
• Résoudre les questions scientifiques levées lors de la mise à jour du couplage O-S (cf JOURNAL_MERGE.txt)

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08/09/2009

Réunion pour préparer le changement de version d'ORCHIDEE (vers la 1.9.4) dans le modèle couplé ORCHIDEE-STICS
Compte-rendu orchidee_stics_08_09_2009.doc en pièce jointe

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10/07/2009

Avancées sur le code ORCHIDEE-STICS à mettre à jour

On avait besoin :

1. du dernier code (ORCHIDEE - DRIVER en c) de Nicolas Viovy correspondant à la version MERGE orchidee_MERGE_1_8_2
2. de la version d'ORCHIDEE utilisée par Pascalle Smith en 2005 pour faire la "seconde" version (après Gervois) du couplage ORCHIDEE-STICS.

On a donc chercher dans le home et le scratch platine de Nicolas Viovy (login viovy mercure) pour identifier ces versions.
Nous y avons trouver et récupérer les répertoires suivant :

Nom répertoire Viovy	Répertoire ORCHIDEE	Date dernier source modifié
orc_test	ORCHIDEE_OL	10-07-09
orc_test	ORCHIDEE	10-07-09
orc_0608	ORCHIDEE_OL	17-04-09
orc_0608	ORCHIDEE	08-06-09
orc_0609	ORCHIDEE_OL	08-06-09
orc_0609	ORCHIDEE	08-06-09
orc_merge	ORCHIDEE_OL	10-07-09
orc_merge	ORCHIDEE	24-07-08

Ancienne version :

commit	ORCHIDEE_OL	24-10-05
commit	ORCHIDEE	07-07-05

Nous avons vérifier que la version 'commit' est bien proche de la version de départ de Pascalle S.
=> diff_stics_orchidee_maj-commit.diff

A FAIRE :

1. Martial (fait): page forge ORCHIDEE -> STICS => inscription Nicolas Vuichard
2. Vuichard : historique, mettre les rapports réunions STICS
3. Martial (fait): identifier la version récente de Nicolas Viovy la plus proche de la orchidee_MERGE_1_8_2
   (=> compatibilités des modifications du DRIVER c de Nicolas).
4. Nicolas Vuichard / David Leclerc : reprendre cette version identifiée pour MAJ ORCHIDEE-STICS avec nouveau driver Viovy / nouvelle version ORCHIDEE.
5. Martial : création d'une banche ORCHIDEE-STICS partant du TAG orchidee_MERGE_1_8_2
6. Martial : Mise à jour de la orchidee_MERGE_1_8_2 => TAG orchidee_MERGE_1_8_3
7. Nathalie De Noblet : récupération Rapport Pascalle Smith CR_SMITH_18-08-08

Passer à Nicolas :

1. stics_orchidee_maj = commit + 14 PFTs
   -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 165159 2009-08-04 18:52 diff_stics_orchidee_maj-commit.diff
2. version Nicolas : avant la ORCHIDEE_1_8_1 ! (très vieux par rapport à la branche ORCHIDEE_1_8_merge ...)
   -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 337894 2009-08-04 18:42 diff_ORCHIDEE_1_8_1_orc_0609.diff
   -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 266849 2009-08-04 18:42 diff_ORCHIDEE_1_8_1_orc_merge.diff
   -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 269744 2009-08-04 18:42 diff_ORCHIDEE_1_8_1_orc_test.diff