= Work on the MERGE between STICS and ORCHIDEE = [wiki:/DevelopmentActivities/Orchidee-Stics/Merge_STICS_ORCHIDEE here] = How to install ORCHIDEE-STICS model ? = == Download modipsl framework == {{{ my_prompt>> svn co http://forge.ipsl.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk ORCHIDEE_STICS }}} == Add ORCHIDEE-STICS model into mod.def file == Under "util" directory, modify the mod.def fiel by adding the following lines: {{{ #- #-H- ORCHIDEE_STICS Modele ORCHIDEE-STICS #-H- ORCHIDEE_STICS ORCHIDEE-STICS trunk #-H- ORCHIDEE_STICS IOIPSL with tag 2.2.1 #-H- ORCHIDEE_STICS libIGCM tag libIGCM_v1_10 #-H- ORCHIDEE_STICS FCM svn version PATCHED/FCM_V1.2 #-M- ORCHIDEE_STICS nicolas.vuichard@lsce.ipsl.fr #-C- ORCHIDEE_STICS IOIPSL/tags/v2_2_1/src HEAD 8 IOIPSL/src modeles #-C- ORCHIDEE_STICS tags/libIGCM_v1_10 HEAD 10 libIGCM . #-C- ORCHIDEE_STICS PATCHED/FCM_V1.2 HEAD 13 tools/FCM/V1.2 . #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE ? 14 . #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL ? 14 . #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC_STO ? 14 config/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC_STO . #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC ? 14 . config/ORCHIDEE_OL #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/FORCESOIL ? 14 . config/ORCHIDEE_OL #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/TESTSTOMATE ? 14 . config/ORCHIDEE_OL #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/SPINUP ? 14 . config/ORCHIDEE_OL #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/ORCHIDEE_OL/FLUXNET ? 14 . config/ORCHIDEE_OL #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS/STICS ? 14 . #-C- ORCHIDEE_STICS branches/ORCHIDEE-STICS\ -N ? 14 AA_make util/ # - }}} == Install ORCHIDEE-STICS model under util dir. == {{{ my_prompt>> ./model ORCHIDEE_STICS }}} == Compilation of ORCHIDEE-STICS model == First, update the AA_make.gdef file under directory by typing the 2 command lines : {{{ my_prompt>> cp AA_make/AA_make.gdef . my_prompt>> \rm -rf AA_make my_prompt>> ./ins_make }}} Under "modeles/ORCHIDEE_OL" dir {{{ my_prompt>> gmake }}} == Launching a job under OOL_SEC_STO config == Under "util" dir, type : {{{ my_prompt>> ./ins_job }}} Under "modeles/ORCHIDEE_OL/OOL_SEC_STO" dir, add the following lines into the Job_* script before the Execution section: {{{ export OMP_NUM_THREADS=3 export OMP_WAIT_POLYCY=passive export OMP_NESTED=TRUE }}} You can then submit the Job. = Evolution du code ORCHIDEE-STICS = ---- == 01/12/2009 == '''Compte-rendu de la mise à jour d'O-S effectuée par D. Leclère et N. Vuichard'''[[BR]] On a utilisé trois codes-source pour cette mise à jour[[BR]] 1- code O-S (sous /home/users/dleclere/Orch-Stics/STICS/stics_orchidee_maj)[[BR]] 2- code d'ORCHIDEE utilisé lors du couplage O-S par Smith/Meurdesoif/Viovy (sous /home/users/dleclere/Orch-Stics/STICS/SOURCES_NICOLAS_VIOVY/commit)[[BR]] 3- version 1.9.4 du code ORCHIDEE (/home/users/dleclere/Orch-Stics/modipsl/modeles)[[BR]] Les appels à STICS ont été identifiés par diff entre 1 et 2 et injectés dans 3.[[BR]] Un journal a été réalisé mentionnant les fichiers sur lesquels nous sommes intervenus et les points - plutôt scientifiques - qui restent à travailler.[[BR]] Journal stocké sous /home/users/dleclere/Orch-Stics/JOURNAL_MERGE.txt et en pièce jointe. '''Compilation et exécution d'un cas test'''[[BR]] sous platine (/work/cont003/p529vui/MERGE_ORCHIDEE_STICS)[[BR]] en utilisant comme forçages météo ERA interim (/dmnfs12/cont003/p529maig/ANNUELS_IERA/DRIVER_FORTRAN) '''A FAIRE'''[[BR]] * Comparaison sur le cas test entre nouvelle version d'O-S et ancienne => N. Vuichard[[BR]] * Basculement de la technologie CORBA vers la techno MULTI-THREAD[[BR]] * Réfléchir à la possibilité de faire un restart de STICS en fin d'année[[BR]] * Résoudre les questions scientifiques levées lors de la mise à jour du couplage O-S (cf JOURNAL_MERGE.txt) ---- == 08/09/2009 == '''Réunion pour préparer le changement de version d'ORCHIDEE''' (vers la 1.9.4) dans le modèle couplé ORCHIDEE-STICS[[BR]] Compte-rendu orchidee_stics_08_09_2009.doc en pièce jointe ---- == 10/07/2009 == '''Avancées sur le code ORCHIDEE-STICS à mettre à jour''' On avait besoin : 1. du dernier code (ORCHIDEE - DRIVER en c) de Nicolas Viovy correspondant à la version MERGE orchidee_MERGE_1_8_2 2. de la version d'ORCHIDEE utilisée par Pascalle Smith en 2005 pour faire la "seconde" version (après Gervois) du couplage ORCHIDEE-STICS. On a donc chercher dans le home et le scratch platine de Nicolas Viovy (login viovy mercure) pour identifier ces versions.[[BR]] Nous y avons trouver et récupérer les répertoires suivant : ||Nom répertoire Viovy || Répertoire ORCHIDEE || Date dernier source modifié || ||orc_test || ORCHIDEE_OL || 10-07-09 || ||orc_test || ORCHIDEE || 10-07-09 || ||orc_0608 || ORCHIDEE_OL || 17-04-09 || ||orc_0608 || ORCHIDEE || 08-06-09 || ||orc_0609 || ORCHIDEE_OL || 08-06-09 || ||orc_0609 || ORCHIDEE || 08-06-09 || ||orc_merge || ORCHIDEE_OL || 10-07-09 || ||orc_merge || ORCHIDEE || 24-07-08 || Ancienne version : ||commit || ORCHIDEE_OL || 24-10-05 || ||commit || ORCHIDEE || 07-07-05 || Nous avons vérifier que la version 'commit' est bien proche de la version de départ de Pascalle S.[[BR]] => diff_stics_orchidee_maj-commit.diff A FAIRE : 0. Martial (fait): page forge ORCHIDEE -> STICS => inscription Nicolas Vuichard 1. Vuichard : historique, mettre les rapports réunions STICS 2. Martial (fait): identifier la version récente de Nicolas Viovy la plus proche de la orchidee_MERGE_1_8_2 [[BR]] (=> compatibilités des modifications du DRIVER c de Nicolas). 3. Nicolas Vuichard / David Leclerc : reprendre cette version identifiée pour MAJ ORCHIDEE-STICS avec nouveau driver Viovy / nouvelle version ORCHIDEE. 4. Martial : création d'une banche ORCHIDEE-STICS partant du TAG orchidee_MERGE_1_8_2 5. Martial : Mise à jour de la orchidee_MERGE_1_8_2 => TAG orchidee_MERGE_1_8_3 6. Nathalie De Noblet : récupération Rapport Pascalle Smith CR_SMITH_18-08-08 Passer à Nicolas : 1. stics_orchidee_maj = commit + 14 PFTs[[BR]] -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 165159 2009-08-04 18:52 diff_stics_orchidee_maj-commit.diff 2. version Nicolas : avant la ORCHIDEE_1_8_1 ! (très vieux par rapport à la branche ORCHIDEE_1_8_merge ...)[[BR]] -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 337894 2009-08-04 18:42 diff_ORCHIDEE_1_8_1_orc_0609.diff [[BR]] -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 266849 2009-08-04 18:42 diff_ORCHIDEE_1_8_1_orc_merge.diff [[BR]] -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 269744 2009-08-04 18:42 diff_ORCHIDEE_1_8_1_orc_test.diff [[BR]]