Report on the ORCHIDEE PROJECT meetings

Report of the meeting the 21 April 2011

Presents: Agnes, Jan, Catherine, Fabienne, Martial, Philippe P

Points abordees: Apres une discussion rapide sur les points en suspend de la reunion precedente (point 1), il a surtout ete question d'une description des actions engagees cote LSCE dans le developpement du modele durant cette derniere annees et les objectifs majeur en terme de version commune (point 2)

1) Points d'organisation laisse en suspend lors de la reunion precedente:

• "Comite de Suivit" - Reunion tous les jeudi matin de 10h a 11h.
• lieu: (utilisation de la teleconf) salle video conf cote LSCE + EVO pour les exterieurs LSCE; (qqs meeting au LMD a prevoir) - Responsables:

Nous avons propose 3 personnes pour l'annimation et la mise a jour de compte rendus reguliers: Nicolas Vui, Jan, et Martial

• Organigrame du Projet ORCHIDEE: La boite interaction ORC-LMDz a ete rajoute. Frederique Cheruy est presentis comme interlocuteur principal;

(Jan s'occupe de l'avertir en accord avec JLD et FH) L'organigrame sera rajouter sur le site web ORCHIDEE.

• "Groupe Utilisateur": correspond au groupe incluant tous les utilisateurs ORCHIDEE. Besoin d'avoir regulierement des seminaires varies soit

sur ORC soit sur des sujets connexes. Nicolas Vuichard annime cote LSCE cette activite (organisation des seminaires). Agnes se propose de participer aussi a cette activite. Les seminaires devront aussi permettre de diffuser a tous les decisions/directions prisent par le groupe projet et comite de suivit (reserver 15' a la fin de chaque seminaire pour ces infos generales). Besoin de mettre a jour la liste de diffusion IPSL, et d'arreter la liste lsce (eviter la redondance).

2) Description des actions engagees au LSCE. Une description exhaustive et complete sera faite sur le site web a partir de document deja existant; je resume donc ici les actions:

• Externalisation des parametres:

Action realisee par Didier Solyga; Les parametres sont regroupe dans des fichiers externes lus par le modele; Introduction de la notion de Meta-Classe (PFT actuels) avec parametres internes dans le modele et du coup nombre de PFT pouvant augmenter (en changeant seulement certains parametre de la meta-classe d'appartenance) voir ​https://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/wiki/ExternalisationParameters

• Spatialisation des parametres:

Travail prevu pour Didier; possibilite d'avoir certains parametres variable spatialement (fournir une carte de valeur); exemple: Dpu

• Resolution analytique du Spin-up des pools de carbone dans le sol:

Travail en cours par Didier S. afin d'accelerer la creation d'un "spin-up" du modele.

• Couplage ORCHIDEE-STICS: description de l'historique; travail en cours actuellement (porte plus specifiquement par Nicolas et Nathalie); Il

existe une version "couple" tournant actuellement; Travail vers une utilisation des modules STICS prevu (recrutement d'une personne dediee a effectuer!); cf wiki pour plus d'info.

• ORCHIDEE-Azote (OCN) et ORCHIDEE-FM (forest management):

Presentation du travail en cours pour merger dans la branche principale de ces deux developpement majeur! Voir pages dediees sur site wiki.

• ORCHIDEE-Adjoint: presentation des developpements en cours pour l'obtention du modele Tangent lineaire et Adjoint avec differentiateur

automatique (logiciel TAF) et aussi avec le logiciel YAO (S. Thiria)

Philippe

Report of the meeting the 20 Mai 2011

PRESENTS: Patricia, Nathalie, Frederique, Juliette, Catherine, Jan, Nicolas Vui, Nicolas Viov, Philippe P, Agnes.

A) Bilan et prospective des futures versions merge ORCHIDEE ("Trunc")

Discussion sur l'ordre dans lequel les developpements doivent etre integres (planning a court terme (6 mois)); De cette discussion il ressort:

1/ Finalisation de la version "AR5" (tag "AR5 bis") incluant

• La parallelisation OMP (travail en cours de validation par MM)
• La dynamique de la vegetation: le code marche mais certains problemes

physiques sont en cours de reglage (Nicolas, Martial, Nathalie,..)

• Inclure le flux net de CO2 dans les variables echangees avec LMDZ

(Martial reprend le code de Patricia) ==> Mise en place de ce nouveau tag courant Juin par Martial

REM: Martial finalisera ensuite la parallelisation OMP du driver afin de pouvoir faire des simuls en force parallelisee!

2/ Le "tag" suivant devra inclure, l'hydrologie 11 couches (cf point B) ainsi que "l'externalisation des parametres" developpee par D. Solyga (travail finisalise, developpe sur une branche issue de la version AR5)

La discussion a porte sur l'ordre du merge: soit merger la version hydro-11 couches en premier puis inclure l'externalisation, soit l'inverse (avis divergents). Nicolas Viuchard a renvoye le descriptif de l'externalisation afin que chacun (notamment Jan) puisse se faire un avis. Decision a prendre debut Juin. REM: Patricia signale qu'une personne sera recrute en septembre pour paralleliser la version Azote (OCN) et son complage avec le travail sur les emission de CH4 pour les besoins du projet COMBINE.

B) Bilan sur la version merge incluant Hydro 11 Couches

• La discussion a ete longue portant sur la suite des differences

identifiee par Nicolas, Mathieu, Martial entre la version "hydro-lmd" actuelle et la version Trunc (1.9) de laquelle elle est issue. REM: Discussion trop longue qu'il faut imperativement garder pour les reunions de suivit

• diff concernant l'inclusion de T2m et Q2m: on est d'accord qu'a terme le

calcul des forcages a 2m doit etre fait dans/par ORCHIDEE. Jan propose d'utiliser 2 routines prevues a cet effet et de rajouter ce calcul a partir des grandeurs prognostiques du modele d'atmosphere (Jan et Martial)

• Bilan (apres discussion de qqs autres points): On realise un merge

en utilisant les developpements actuels sans envisager d'amelioration qui necessite de developpement significatifs. Seul les bugs sont corriges! Proposition d'avoir un document "feuille de route" pour le merge incluant pour chaque differences discutee (description, choix realise, mise en oeuvre pratique du merge, test a realiser).

• Nicolas, Martial, Mathieu vont finir l'analyse des differences entre les

2 versions mentionnee (reunion ayant eut lieu Mardi 24)

• Organisation d'une autre reunion specifique le Vendredi 27 Mai (11H-12H)

pour finir de discuter les points scientifiques sur lesquels nous devons faire un choix.

C) Divers: Interface, Driver, et Site Web

• Gestion des interfaces avec le modele d'atmosphere: Organisation

d'une reunion en septembre sur ce point particulier afin de simplifier l'interface et de la rendre plus generale/souple; besoin d'inclure les specificite de type modele WRF dans la discussion.

• Nous avons ensuite discute en groupe restreint les aspects Driver/Web?

DRIVER: Jan est en train de refaire une structure de driver plus simple et plus general (pour WRF) qui pourra servir de base de discussion pour la refonte du driver; Organisation d'une reunion en Juillet sur ce theme (ou a la rentree) WEB: Nicolas/Philippe? vont faire circuler une proposition d'organisation du contenue (menus et sous menus) pour discussion/amelioration par tous.

Philippe

Report of the meeting of the 30 June 2011

LIEU : Jussieu (salle Darcy)

PRESENTS: Agnes, Jan, Juliette, Nicolas Viovy, Nicola Vuichard, Martial, Philippe P (tentative de connection par EVO infructueuse pour Nathalie, Patricia, Frederique)

Diapositives en support du meeting :

A) AVANCEMENT DU MERGE Hydro-LMD DANS LA VERSION PRINCIPALE (AR5)

Voir transparent 2 (ppt attache) pour les actions passees: Differences entre la version HYDRO-LMD actuelle et la version ayant servit de point de depart (1.9) realise par Matthieu, Nicolas, Martial; Bilan des differences et des choix associes pour le merge en cours de realisation sous forme de fiches resumees. Actions proposees: Pour Jeudi 7 juillet chacun doit fournir une ebauche des fiches dont il est responsable; On fera alors le bilan sur la meilleur strategie du merge effectif (Martial seul, Jan + Martial, Partage entr tous)!

B) STRATEGIE DE MERGE DES DEVELOPPEMENTS PASSES/EN COURS

Voir transparent 3 decrivant un ordre possible des Merges. L'objectif propose est de : 1) contruction de la version AR5-Bis (1.9.6) incluant le DGVM + parallelisation OMP + echanges variables specifice LMDz 2) Inclusion de la Generalisation des PFTs + externalisation des parametres par D. Solyga cet ete: 1.9.7 (Didier S.) 3) EN Parallele: Construction d'une branche AR5-bis incluant l'hydro LMD; Merge de cette branche avec le tronc principale: 1.9.8 (Tous) 4) Inclusion des developpements sur la Phenologie, COV, et resolution analytique de la GPP-Farquhard : 1.9.9 (Nicolas V) 5) Netoyage du code + restructuration de Stomate sous le meme format que Sechiba ==> version 2.0 (Tous)

Notes:

• Ne pas sous-estimer le travail de validation des aspects parallelisation OMP.
• Besoin d'une discussion lors de l'implementation de la GPP analytique

autour du calcul de l'evaporation Sechiba seul (formulation A. Perrier)

• La version 2.0 pourra faire l'objet d'une publication.

Pour les autres developpements:

i) Une Version Hautes latitudes (finalisee a Grenoble) incluant le Permafrost (Charlie K) sera finalise cet ete. BESOIN de plus d'info de la part de Philippe C. et Catherine sur ce travail. Inclusion ou non de la partie emission de CH4 par les wetlands ? => a priori le travail sur le CH4 est independant car non liee a l'hydro 11 couches. Besoin d'une discussion general sur les plaines inondation et le routage version LMD et les developpement LSCE pour le CH4 (B. Ringeval) On propose de faire le bilan fin Septembre pour voir si le Permafrost et les developpements d'Isabelle G. seront integrees dans une version 2.1 ou dans la version 2.0.

ii) Branche AR5-Forestry: Prise en compte de la gestion forestiere (module independant avec relativement peu d'impact sur le fonctionnement du modele); Maintenir cette branche en parallele; inclusion potentielle dans la version 2.1

iii) Version Azotee: Code OCN fortement different du code ORC. Besoin d'une reflexion ulterieure pour l'inclusion dans le TRUNC

iv) version Tangent lineaire: branche basee sur AR5; besoin d'une reunion pour expliquer les potentialite et les contraintes informatique (des que la differentiation automatique sera valide)

v) Version ORC-STICS: branche maintenue par Nicolas V.

Notes: Reflection en cours pour le couplage ORC - INCA - LMDZ (Juliette enverra un compte rendu de reunion a ce sujet); Rajout d'une nouvelle interface "chimie" differente de l'interface pour la physique avec LMDz Reflexion eventuelle sur un passage au coupleur OASIS (suggestion de Jan)

C) DISCUSSION SUR DES AMELIORATIONS DU FONCTIONNEMENT DU PROJET ORC

Voir transparent 4

1) Marie Alice Foujols a ete rajoute a liste projet pour une meilleure interaction avec le pole de modelisation (suggestion initial de JLouis)

2) Probleme de la faible integration des Non Permanents aux discussions generales sur les developpements d'ORCHIDEE

• La proposition 1 a ete adoptee: Tous les 3/4 mois on transforme une

reunion projet en reunion ouverte a tous (post-doc, thesards,...) pour Informer, discuter des developpement en cours/prevus; avec possibilite de presentations tres courtes sur des dev prevus.

• De plus TOUS les comptes rendus (reunions projet et de suivi) seront

envoyes a une liste ORCHIDEE etendue.

3) Organisation du SUPPORT sur ORCHIDEE Probleme actuel: la pluspart des requetes sont envoyees directement a Martial; besoin de partager cette charge qui devient tres lourde Proposition de fonctionnement nouveau (valide par les presents):

• creation d'une liste help-ORCHIDEE
• TOUTES les requetes devront etre adresse a la liste
• Traitement par les differentes personnes de la liste et bilan chaque

semaine lors des reunions de suivi pour se partager la reponses aux diverses requetes

• Creation par la suite d'un systeme de "TICKET" sur le site WEB

comprenant les requetes relatives a un probleme scientifique ou technique precis: requetes qui seront donc visibles de tous

• Liste Help: Martial, Didier, Jan, Nicolas 1 & 2, Nathalie, Fabienne,

Patricia et Philippe SI L'UN DE VOUS NE VEUT PAS ETRE SUR LA LISTE, le signaler!!

D) POINTS DIVERS (transparent 5)

1) Prolongement du contrat de Didier Solyga: besoin d'une projet NON CEA permettant de payer Didier 18 mois qui sera rembourse par des contributions de divers projets. TOUTE suggestion est bienvenue ? (Labex IPSL ?)

2) "Special Issue" sur le couple Divers article incluant ORC sont prevus mai pas d'article specifique decrivant la version actuelle; besoin d'avoir une coherence dans la description d'ORC et de decrire l'ensemble des modifs depuis version AR4 (souhait de Pascale B.)

3) Simulations AR5: Patricia proposera une reunion pour decrire les simuls realiser et echanger sur les projets d'analyse de chacun (pour une meilleur coordination)

E) SITE WEB (transparent 8)

• Proposition de fusion des 2 sites (site officiel + site wiki) et de

hierachisation/structuration du contenu.

• Effort que Nicolas et Martial peuvent initier (Mise en place d'une

nouvelle structure) mais le site sera ensuite alimente par TOUS

• Besoin d'avoir des pages privees (visible par le groupe ORC) et pages

accessibles a tous

Actions:

• Martial verifie si l'on peut avoir des contenus prive/public sur le wiki
• Ensuite on decide si l'on met tout sur le wiki ou si l'on garde 2 sites
• TOUS: COMMENTER/MODIFIER LA Proposition de rubriques detaillee dans le

​document ppt (transparents 8-15)

F) PLANNING MARTIAL / DIDIER / NICOLAS

Nous n'avons pas eut le temps d'aborder ce point. Je propose que chacun regarde les transparents 6-7 pour eventuellement modifier/rajouter/donner des priorites aux taches proposees. Reprise lors de la prochaine reunion projet

Philippe