DevelopmentActivities/Assimilation: REUION_19-11-10

* récupération de
  mmancip@obelix2.saclay.cea.fr:/home/satellites2/ekoffi/orchidee/modipsl_AR5_new/modeles0/try0
et 
mmancip@obelix2.saclay.cea.fr:/home/satellites2/ekoffi/orchidee/modipsl_AR5_new/modeles0/post
pour un test.


* On regarde pour les étapes de compilation :
try0/compil_orch
et 
try0/Makefile

* On revoie les 3 "make fw" dans compil_orch : 
On discute du conflit apparut avec le use de routing dans sechiba_init_alloc.f90 
=> on remplace le awk par un simple sed :
<<
sed -e 's/USE routing,ONLY/!USE routing,ONLY/' -i $path/$fic
#cat temp.f90 | awk 'begiN { i=0;} { i++; if (i==198) { print "!" $0;} else { print $0;}}'> $path/$fic 
>>

* "fw" pour modÚle forward => compilation directe. On a donc 
libfw.a = liborchidee.a + liborchidee_ol.a 

* on voit que src_modif_tl serait mieux renommé src_modif

* le conflit viens du 
 USE routing dans sechiba_init_alloc et du
 USE sechiba_init_alloc dans routing
  En effet, la premiÚre compile donne  
<<<
ifort  -c -cpp -D_ISNAN_  -DASSIMIL_DECL -diag-disable vec -g -traceback  -i4 -r8 -I../../lib/fw -module ../../lib/fw -I/usr/local/include ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90 
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(198): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [ROUTING]
USE routing,ONLY : routing_basins_p, routing_init, routing_diagnostic_p, routing_irrigmap,routing_clear
----^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(198): error #6580: Name in only-list does not exist.   [ROUTING_BASINS_P]
USE routing,ONLY : routing_basins_p, routing_init, routing_diagnostic_p, routing_irrigmap,routing_clear
-------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(198): error #6580: Name in only-list does not exist.   [ROUTING_INIT]
USE routing,ONLY : routing_basins_p, routing_init, routing_diagnostic_p, routing_irrigmap,routing_clear
-------------------------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(198): error #6580: Name in only-list does not exist.   [ROUTING_DIAGNOSTIC_P]
USE routing,ONLY : routing_basins_p, routing_init, routing_diagnostic_p, routing_irrigmap,routing_clear
---------------------------------------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(198): error #6580: Name in only-list does not exist.   [ROUTING_IRRIGMAP]
USE routing,ONLY : routing_basins_p, routing_init, routing_diagnostic_p, routing_irrigmap,routing_clear
-------------------------------------------------------------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(198): error #6580: Name in only-list does not exist.   [ROUTING_CLEAR]
USE routing,ONLY : routing_basins_p, routing_init, routing_diagnostic_p, routing_irrigmap,routing_clear
------------------------------------------------------------------------------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(1105): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name.   [ROUTING_INIT]
                CALL routing_init (kjit, kjpindex, index, dtradia, returnflow, irrigation, &
---------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(1117): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name.   [ROUTING_BASINS_P]
                    CALL routing_basins_p(kjpindex, lalo, neighbours, resolution, contfrac)
-------------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(1137): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name.   [ROUTING_IRRIGMAP]
                        CALL routing_irrigmap(kjpindex, index, lalo, neighbours, resolution, &
-----------------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(1145): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name.   [ROUTING_DIAGNOSTIC_P]
                CALL routing_diagnostic_p(kjpindex, index, resolution, contfrac, hist_id, hist2_id)
---------------------^
ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90(4271): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name.   [ROUTING_CLEAR]
    CALL routing_clear
---------^
compilation aborted for ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.f90 (code 1)
make: *** [../../lib/fw/libfw.a(ORCHIDEE/src_modif_tl/src_sechiba/sechiba_init_alloc.o)] Error 1
>>>

le conflit est levé dans 
/home/mancip/IPSL_CODE/ASSIMILATION/modipsl_AR5_new/try0/shell_compile_OK

=> Ã  voir : Tester  avec TAF et 
1) regarder les directives TAF présentes en en-tête de sechiba_init_alloc ???
2) regarder/modifier l'entrées pour TAF dans bin/preproc : ASSIMIL_DIRTAF_sechiba.txt

* On voit que l'on peut conserver la compilation standard d'ORCHIDEE et construire
  automatique les modules stomate_init_alloc et sechiba_init_alloc avec les étapes
  suivantes :
  1. reprendre et modifer si besoin les fonctions  stomate/sechiba_init_main ==>
     phase d'initialisation de stomate et sechiba.
  2. lister les fonctions utilisées à l'initialisation des modules à modifier =>
     mettre et commiter ces listes dans ORCHIDEE entre les phrases-clés suivantes :
!ASSIMIL_SUB
!END ASSIMIL_SUB
exemple :
!ASSIMIL_SUB
! condveg_init 
! condveg_clear 
! condveg_var_init 
! condveg_snow 
! condveg_soilalb
! condveg_z0logz
! condveg_z0cdrag
! condveg_albcalc
!END ASSIMIL_SUB

  3. déplacer les variables encapsulées entre les directives :
#IFNDEF ASSIMIL_DECL
#ENDIF
     dans le init_main correspondant.

* On voit les outils déjà construits par TL dans bin/preproc :
bin/preproc:
  total used in directory 92 available 18099592
  drwxr-xr-x 3 mancip mancip  4096 2010-11-19 18:32 .
  -rwxr-xr-x 1 mancip mancip    89 2010-11-19 18:32 commente_lignes
  drwxr-xr-x 4 mancip mancip  4096 2010-08-02 12:20 ..
  -rw-rw-r-- 1 mancip mancip 12252 2010-08-02 12:20 find_and_rename.py
  drwxrwxr-x 2 mancip mancip  4096 2010-08-02 12:20 OLD
  -rw-r--r-- 1 mancip mancip  6299 2010-06-15 16:48 ASSIMIL_DIRTAF_sechiba.txt
  -rw-r--r-- 1 mancip mancip  6299 2010-06-14 17:57 ASSIMIL_DIRTAF_sechiba.txt~
  -rw-r--r-- 1 mancip mancip  5580 2010-06-14 10:50 ASSIMIL_DIRTAF_stomate.txt
  -rw-r--r-- 1 mancip mancip  8008 2010-06-09 14:15 ASSIMIL_SUBINIT_sechiba.txt
  -rw-r--r-- 1 mancip mancip  4480 2010-06-09 13:27 ASSIMIL_SUBINIT_stomate.txt
  -rwxr-xr-x 1 mancip mancip  3439 2010-04-01 09:48 CREATE_INIT_MODULE
  -rwxrwxr-x 1 mancip mancip   891 2010-03-17 18:24 launch_preproc.ksh
  -rwxr-xr-x 1 mancip mancip   125 2009-01-09 13:44 commente_lignes~
  -rwxr-xr-x 1 mancip mancip  1454 2009-01-06 16:33 extract_subcode.awk
  -r--r--r-- 1 mancip mancip  4248 2008-02-14 17:28 ASSIMIL_SUBINIT.txt

Pour automatiser la création du modÚle modifier, on doit re-travailler le 
script launch_preproc.ksh. On aura l'arborescence classique 
aprÚs récupération du modÚle avec util/model
puis installation standard des Makefiles avec util/ins_make.
A partir de cette arborescence, l'idée est de simplifiée la production
et la compilation du modÚle pour TAF avec l'arbo modipsl suivante :
modipsl:
  total used in directory 10308 available 18099568
  drwxr-xr-x 12 mancip mancip    4096 2010-11-19 18:08 .
  drwxrwxr-x  3 mancip mancip    4096 2010-08-02 10:13 ..
  drwxr-xr-x  4 mancip mancip    4096 2010-08-02 12:20 bin
  drwxr-xr-x  3 mancip mancip    4096 2010-06-03 15:07 config
  drwxr-xr-x  3 mancip mancip    4096 2010-07-01 10:21 doc
  drwxr-xr-x  5 mancip mancip    4096 2010-07-27 14:26 lib
  drwxr-xr-x 10 mancip mancip    4096 2010-06-03 15:09 libIGCM
  drwxr-xr-x 11 mancip mancip    4096 2010-11-19 18:40 modeles
  drwxr-xr-x 11 mancip mancip    4096 2010-11-19 18:40 modeles_Assimil
  drwxr-xr-x  6 mancip mancip    4096 2010-06-03 15:09 .svn
  drwxr-xr-x  3 mancip mancip    4096 2010-06-03 15:09 tools
  drwxr-xr-x  3 mancip mancip    4096 2010-07-27 14:26 util
et la compilation classique de orchidee pourrait être lancée.

* Rajout des stomate/sechiba_init_alloc dans les Makefiles

* ProblÚme avec le répertoire modeles/f90  : dépendance avec netcdf => on doit avoir
  le chemin vers les sources netcdf et on a uniquement besoin de 
/usr/local/src/netcdf-3.6.2-beta4/f90:
  total used in directory 1416 available 2109988
  -rw-r--r--  1 root root   3801 2005-05-20 21:05 netcdf_constants.f90
  -rw-r--r--  1 root root   2551 2000-10-24 00:07 typeSizes.f90
  

* A voir : suppression des lignes entre les directives #IFDEF CPP_PARA #ELSE ou #ENDIF