source: XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.hpp @ 676

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Add support for indexed output.

If the new field attribute "indexed_output" is set to true and a mask is defined (either at grid, domain or axis level), the indexed data will be outputed instead of the full data with missing values.

See ​http://cfconventions.org/Data/cf-conventions/cf-conventions-1.5/build/cf-conventions.html#compression-by-gathering for more information.
  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 4.3 KB
RevLine 
[591]1#ifndef __XIOS_NC4_DATA_OUTPUT__
2#define __XIOS_NC4_DATA_OUTPUT__
[219]3
[591]4/// XIOS headers ///
5#include "xios_spl.hpp"
[219]6#include "onetcdf4.hpp"
7#include "data_output.hpp"
8
[335]9namespace xios
[219]10{
11      /// ////////////////////// Déclarations ////////////////////// ///
12
13      class CNc4DataOutput
14         : protected CONetCDF4
15         , public virtual CDataOutput
16      {
17         public :
18
19            /// Définition de type ///
20            typedef CONetCDF4   SuperClassWriter;
21            typedef CDataOutput SuperClass;
22
23            /// Constructeurs ///
24            CNc4DataOutput
25               (const StdString & filename, bool exist);
26            CNc4DataOutput
[517]27               (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat,
28                MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective=true);
[219]29
30            CNc4DataOutput(const CNc4DataOutput & dataoutput);       // Not implemented.
31            CNc4DataOutput(const CNc4DataOutput * const dataoutput); // Not implemented.
32
33            /// Accesseur ///
34            const StdString & getFileName(void) const;
35
36            /// Destructeur ///
37            virtual ~CNc4DataOutput(void);
[318]38            bool singleDomain ;
[335]39            bool isCollective ;
[219]40         protected :
41
42            /// Ecriture ///
[676]43            virtual void writeDomain_   (CDomain* domain);
44            virtual void writeAxis_     (CAxis* axis);
45            virtual void writeGridCompressed_(CGrid* grid);
[391]46            virtual void writeTimeDimension_(void);
[676]47            virtual void writeField_    (CField* field);
48            virtual void writeAttribute_(CVariable* var);
49            virtual void writeAttribute_(CVariable* var, const string& fieldId);
50            virtual void writeFieldData_(CField* field);
51            virtual void writeFile_     (CFile* file);
52            virtual void closeFile_     (void);
[321]53            virtual void syncFile_      (void);
[676]54            virtual void writeTimeAxis_ (CField* field,
55                                         const boost::shared_ptr<CCalendar> cal);
[219]56
57         protected :
[488]58            void writeUnstructuredDomain (CDomain* domain);
[219]59            void writeLocalAttributes(int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid);
[628]60            void writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
61                                             int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size);
[219]62            void writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
63                                         const StdString & calendar,
64                                         const StdString & units,
65                                         const StdString & time_origin,
[488]66                                         const StdString & time_bounds   = StdString("bounds"),
[219]67                                         const StdString & standard_name = StdString("time"),
[613]68                                         const StdString & long_name     = StdString("Time axis"));
[219]69
70            void writeFileAttributes(const StdString & name,
71                                     const StdString & description,
72                                     const StdString & conventions,
73                                     const StdString & production,
74                                     const StdString & timeStamp);
75
76            void writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
77                                     int data_dim,
78                                     int data_ni     = 0,
79                                     int data_nj     = 0,
80                                     int data_ibegin = 0,
81                                     int data_jbegin = 0);
82
83            void writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
84                                     const StdString & axis,
85                                     const StdString & standard_name,
86                                     const StdString & long_name,
87                                     const StdString & units,
88                                     const StdString & nav_model);
[369]89
[219]90         private :
91
92            /// Traitement ///
93            StdString getTimeStamp(void) const;
94
95            /// Propriétés privées ///
[379]96            MPI_Comm comm_file;
[219]97            const StdString filename;
98
99      }; // class CNc4DataOutput
100
[335]101} // namespace xios
[219]102
[591]103#endif //__XIOS_NC4_DATA_OUTPUT__
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.