1 | /*! |
---|
2 | \file mesh.cpp |
---|
3 | \author Olga Abramkina |
---|
4 | \brief Definition of class CMesh. |
---|
5 | */ |
---|
6 | |
---|
7 | #include "mesh.hpp" |
---|
8 | |
---|
9 | namespace xios { |
---|
10 | |
---|
11 | /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// /// |
---|
12 | |
---|
13 | CMesh::CMesh(void) : nbFaces{0}, nbNodes{0}, nbEdges{0} |
---|
14 | , nvertex{0} |
---|
15 | , nodesAreWritten{false}, edgesAreWritten{false}, facesAreWritten{false} |
---|
16 | , node_lon(), node_lat() |
---|
17 | , edge_lon(), edge_lat(), edge_nodes() |
---|
18 | , face_lon(), face_lat() |
---|
19 | , face_nodes() |
---|
20 | { |
---|
21 | } |
---|
22 | |
---|
23 | |
---|
24 | CMesh::~CMesh(void) |
---|
25 | { |
---|
26 | } |
---|
27 | |
---|
28 | std::map <StdString, CMesh> CMesh::meshList = std::map <StdString, CMesh>(); |
---|
29 | //CMesh* CMesh::getMesh; |
---|
30 | |
---|
31 | ///--------------------------------------------------------------- |
---|
32 | /*! |
---|
33 | * \fn bool CMesh::getMesh (StdString meshName) |
---|
34 | * Returns a pointer to a mesh. If a mesh has not been created, creates it and adds its name to the list of meshes meshList. |
---|
35 | * \param [in] meshName The name of a mesh ("name" attribute of a domain). |
---|
36 | */ |
---|
37 | CMesh* CMesh::getMesh (StdString meshName) |
---|
38 | { |
---|
39 | if ( CMesh::meshList.begin() != CMesh::meshList.end() ) |
---|
40 | { |
---|
41 | for (std::map<StdString, CMesh>::iterator it=CMesh::meshList.begin(); it!=CMesh::meshList.end(); ++it) |
---|
42 | { |
---|
43 | if (it->first == meshName) |
---|
44 | return &meshList[meshName]; |
---|
45 | else |
---|
46 | { |
---|
47 | CMesh newMesh; |
---|
48 | CMesh::meshList.insert( make_pair(meshName, newMesh) ); |
---|
49 | return &meshList[meshName]; |
---|
50 | } |
---|
51 | } |
---|
52 | } |
---|
53 | else |
---|
54 | { |
---|
55 | CMesh newMesh; |
---|
56 | CMesh::meshList.insert( make_pair(meshName, newMesh) ); |
---|
57 | return &meshList[meshName]; |
---|
58 | } |
---|
59 | } |
---|
60 | |
---|
61 | ///---------------------------------------------------------------- |
---|
62 | int hashPair(int first, int second) |
---|
63 | { |
---|
64 | int seed = first + 0x9e3779b9 ; |
---|
65 | seed ^= second + 0x9e3779b9 + (seed << 6) + (seed >> 2); |
---|
66 | return seed ; |
---|
67 | } |
---|
68 | |
---|
69 | ///---------------------------------------------------------------- |
---|
70 | /*! |
---|
71 | * \fn size_t CMesh::nodeIndex (double lon, double lat) |
---|
72 | * Returns its index if a node exists; otherwise adds the node and returns -1. |
---|
73 | * Precision check is implemented with two hash values for each dimension, longitude and latitude. |
---|
74 | * \param [in] lon Node longitude in degrees. |
---|
75 | * \param [in] lat Node latitude in degrees ranged from 0 to 360. |
---|
76 | * \return node index if a node exists; -1 otherwise |
---|
77 | */ |
---|
78 | size_t CMesh::nodeIndex (double lon, double lat) |
---|
79 | { |
---|
80 | double minBoundLon = 0. ; |
---|
81 | double maxBoundLon = 360. ; |
---|
82 | double minBoundLat = -90 ; |
---|
83 | double maxBoundLat = 90 ; |
---|
84 | double prec=1e-11 ; |
---|
85 | double precLon=prec ; |
---|
86 | double precLat=prec ; |
---|
87 | |
---|
88 | size_t maxsize_t=numeric_limits<size_t>::max() ; |
---|
89 | if ( (maxBoundLon-minBoundLon)/maxsize_t > precLon) precLon=(maxBoundLon-minBoundLon)/maxsize_t ; |
---|
90 | if ( (maxBoundLat-minBoundLat)/maxsize_t > precLat) precLat=(maxBoundLat-minBoundLat)/maxsize_t ; |
---|
91 | |
---|
92 | size_t iMinLon=0 ; |
---|
93 | size_t iMaxLon=(maxBoundLon-minBoundLon)/precLon ; |
---|
94 | size_t iMinLat=0 ; |
---|
95 | size_t iMaxLat=(maxBoundLat-minBoundLat)/precLat ; |
---|
96 | |
---|
97 | size_t hash0,hash1,hash2,hash3 ; |
---|
98 | size_t lon0,lon1,lat0,lat1 ; |
---|
99 | |
---|
100 | lon0=(lon-minBoundLon)/precLon ; |
---|
101 | if ( ((lon0+1)*precLon + lon0*precLon)/2 > lon-minBoundLon) |
---|
102 | { |
---|
103 | if (lon0==iMinLon) lon1=iMaxLon ; |
---|
104 | else lon1=lon0-1 ; |
---|
105 | } |
---|
106 | else |
---|
107 | { |
---|
108 | if (lon0==iMaxLon) lon1=iMinLon ; |
---|
109 | else lon1=lon0+1 ; |
---|
110 | } |
---|
111 | |
---|
112 | lat0=(lat-minBoundLat)/precLat ; |
---|
113 | if ( ((lat0+1)*precLat + lat0*precLat)/2 > lat-minBoundLat) |
---|
114 | { |
---|
115 | if (lat0==iMinLat) lat1=lat0 ; |
---|
116 | else lat1=lat0-1 ; |
---|
117 | } |
---|
118 | else |
---|
119 | { |
---|
120 | if (lat0==iMaxLat) lat1=lat0 ; |
---|
121 | else lat1=lat0+1 ; |
---|
122 | } |
---|
123 | |
---|
124 | hash0=hashPair(lon0,lat0) ; |
---|
125 | hash1=hashPair(lon0,lat1) ; |
---|
126 | hash2=hashPair(lon1,lat0) ; |
---|
127 | hash3=hashPair(lon1,lat1) ; |
---|
128 | |
---|
129 | boost::unordered_map<size_t, size_t>::iterator end = hashed_map_nodes.end() ; |
---|
130 | size_t mapSize = hashed_map_nodes.size(); |
---|
131 | if (hashed_map_nodes.find(hash0)==end && hashed_map_nodes.find(hash1)==end && hashed_map_nodes.find(hash2)==end && hashed_map_nodes.find(hash3)==end) |
---|
132 | { |
---|
133 | hashed_map_nodes[hash0] = mapSize ; |
---|
134 | hashed_map_nodes[hash1] = mapSize + 1; |
---|
135 | hashed_map_nodes[hash2] = mapSize + 2; |
---|
136 | hashed_map_nodes[hash3] = mapSize + 3; |
---|
137 | return -1; |
---|
138 | } |
---|
139 | else |
---|
140 | return ( (hashed_map_nodes[hash0]+1) / 4 ); |
---|
141 | |
---|
142 | } // nodeIndex() |
---|
143 | |
---|
144 | ///---------------------------------------------------------------- |
---|
145 | /*! |
---|
146 | * \fn CArray<size_t,1>& CMesh::createHashes (double lon, double lat) |
---|
147 | * Creates two hash values for each dimension, longitude and latitude. |
---|
148 | * \param [in] lon Node longitude in degrees. |
---|
149 | * \param [in] lat Node latitude in degrees ranged from 0 to 360. |
---|
150 | */ |
---|
151 | |
---|
152 | vector<size_t> CMesh::createHashes (double lon, double lat) |
---|
153 | { |
---|
154 | double minBoundLon = 0. ; |
---|
155 | double maxBoundLon = 360. ; |
---|
156 | double minBoundLat = -90 ; |
---|
157 | double maxBoundLat = 90 ; |
---|
158 | double prec=1e-11 ; |
---|
159 | double precLon=prec ; |
---|
160 | double precLat=prec ; |
---|
161 | |
---|
162 | size_t maxsize_t=numeric_limits<size_t>::max() ; |
---|
163 | if ( (maxBoundLon-minBoundLon)/maxsize_t > precLon) precLon=(maxBoundLon-minBoundLon)/maxsize_t ; |
---|
164 | if ( (maxBoundLat-minBoundLat)/maxsize_t > precLat) precLat=(maxBoundLat-minBoundLat)/maxsize_t ; |
---|
165 | |
---|
166 | size_t iMinLon=0 ; |
---|
167 | size_t iMaxLon=(maxBoundLon-minBoundLon)/precLon ; |
---|
168 | size_t iMinLat=0 ; |
---|
169 | size_t iMaxLat=(maxBoundLat-minBoundLat)/precLat ; |
---|
170 | |
---|
171 | vector<size_t> hash(4); |
---|
172 | size_t lon0,lon1,lat0,lat1 ; |
---|
173 | |
---|
174 | lon0=(lon-minBoundLon)/precLon ; |
---|
175 | if ( ((lon0+1)*precLon + lon0*precLon)/2 > lon-minBoundLon) |
---|
176 | { |
---|
177 | if (lon0==iMinLon) lon1=iMaxLon ; |
---|
178 | else lon1=lon0-1 ; |
---|
179 | } |
---|
180 | else |
---|
181 | { |
---|
182 | if (lon0==iMaxLon) lon1=iMinLon ; |
---|
183 | else lon1=lon0+1 ; |
---|
184 | } |
---|
185 | |
---|
186 | lat0=(lat-minBoundLat)/precLat ; |
---|
187 | if ( ((lat0+1)*precLat + lat0*precLat)/2 > lat-minBoundLat) |
---|
188 | { |
---|
189 | if (lat0==iMinLat) lat1=lat0 ; |
---|
190 | else lat1=lat0-1 ; |
---|
191 | } |
---|
192 | else |
---|
193 | { |
---|
194 | if (lat0==iMaxLat) lat1=lat0 ; |
---|
195 | else lat1=lat0+1 ; |
---|
196 | } |
---|
197 | |
---|
198 | hash[0] = hashPair(lon0,lat0) ; |
---|
199 | hash[1] = hashPair(lon0,lat1) ; |
---|
200 | hash[2] = hashPair(lon1,lat0) ; |
---|
201 | hash[3] = hashPair(lon1,lat1) ; |
---|
202 | |
---|
203 | return hash; |
---|
204 | |
---|
205 | } // createHashes |
---|
206 | |
---|
207 | ///---------------------------------------------------------------- |
---|
208 | std::pair<int,int> make_ordered_pair(int a, int b) |
---|
209 | { |
---|
210 | if ( a < b ) |
---|
211 | return std::pair<int,int>(a,b); |
---|
212 | else |
---|
213 | return std::pair<int,int>(b,a); |
---|
214 | } |
---|
215 | |
---|
216 | ///---------------------------------------------------------------- |
---|
217 | //#include <random> |
---|
218 | // size_t randNum() |
---|
219 | // { |
---|
220 | // typedef mt19937 rng; |
---|
221 | // size_t max = numeric_limits<size_t>::max(); |
---|
222 | // uniform_int_distribution<> distr(0, max); |
---|
223 | // return distr(rng); |
---|
224 | // } |
---|
225 | |
---|
226 | ///---------------------------------------------------------------- |
---|
227 | /*! |
---|
228 | * \fn void CMesh::createMesh(const CArray<double, 1>& lonvalue, const CArray<double, 1>& latvalue, |
---|
229 | const CArray<double, 2>& bounds_lon, const CArray<double, 2>& bounds_lat) |
---|
230 | * Creates or updates a mesh for the three types of mesh elements: nodes, edges, and faces. |
---|
231 | * \param [in] lonvalue Array of longitudes. |
---|
232 | * \param [in] latvalue Array of latitudes. |
---|
233 | * \param [in] bounds_lon Array of boundary longitudes. Its size depends on the element type. |
---|
234 | * \param [in] bounds_lat Array of boundary latitudes. Its size depends on the element type. |
---|
235 | */ |
---|
236 | void CMesh::createMesh(const CArray<double, 1>& lonvalue, const CArray<double, 1>& latvalue, |
---|
237 | const CArray<double, 2>& bounds_lon, const CArray<double, 2>& bounds_lat) |
---|
238 | { |
---|
239 | nvertex = (bounds_lon.numElements() == 0) ? 1 : bounds_lon.rows(); |
---|
240 | |
---|
241 | if (nvertex == 1) |
---|
242 | { |
---|
243 | nbNodes = lonvalue.numElements(); |
---|
244 | node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
245 | node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
246 | for (int nn = 0; nn < nbNodes; ++nn) |
---|
247 | { |
---|
248 | if (map_nodes.find(make_pair (lonvalue(nn), latvalue(nn))) == map_nodes.end()) |
---|
249 | { |
---|
250 | map_nodes[make_pair (lonvalue(nn), latvalue(nn))] = nn ; |
---|
251 | node_lon(nn) = lonvalue(nn); |
---|
252 | node_lat(nn) = latvalue(nn); |
---|
253 | } |
---|
254 | } |
---|
255 | } |
---|
256 | else if (nvertex == 2) |
---|
257 | { |
---|
258 | nbEdges = bounds_lon.shape()[1]; |
---|
259 | |
---|
260 | // Create nodes and edge_node connectivity |
---|
261 | node_lon.resizeAndPreserve(nbEdges*nvertex); // Max possible number of nodes |
---|
262 | node_lat.resizeAndPreserve(nbEdges*nvertex); |
---|
263 | edge_nodes.resizeAndPreserve(nvertex, nbEdges); |
---|
264 | |
---|
265 | for (int ne = 0; ne < nbEdges; ++ne) |
---|
266 | { |
---|
267 | for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) |
---|
268 | { |
---|
269 | if (map_nodes.find(make_pair (bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv ,ne))) == map_nodes.end()) |
---|
270 | { |
---|
271 | map_nodes[make_pair (bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv, ne))] = nbNodes ; |
---|
272 | edge_nodes(nv,ne) = nbNodes ; |
---|
273 | node_lon(nbNodes) = bounds_lon(nv, ne); |
---|
274 | node_lat(nbNodes) = bounds_lat(nv, ne); |
---|
275 | ++nbNodes ; |
---|
276 | } |
---|
277 | else |
---|
278 | edge_nodes(nv,ne) = map_nodes[make_pair (bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv ,ne))]; |
---|
279 | } |
---|
280 | } |
---|
281 | node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
282 | node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
283 | |
---|
284 | // Create edges |
---|
285 | edge_lon.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
286 | edge_lat.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
287 | |
---|
288 | for (int ne = 0; ne < nbEdges; ++ne) |
---|
289 | { |
---|
290 | if (map_edges.find(make_ordered_pair (edge_nodes(0,ne), edge_nodes(1,ne))) == map_edges.end()) |
---|
291 | { |
---|
292 | map_edges[make_ordered_pair ( edge_nodes(0,ne), edge_nodes(1,ne) )] = ne ; |
---|
293 | edge_lon(ne) = lonvalue(ne); |
---|
294 | edge_lat(ne) = latvalue(ne); |
---|
295 | } |
---|
296 | |
---|
297 | } |
---|
298 | edgesAreWritten = true; |
---|
299 | } |
---|
300 | else |
---|
301 | { |
---|
302 | nbFaces = bounds_lon.shape()[1]; |
---|
303 | |
---|
304 | // Create nodes and face_node connectivity |
---|
305 | node_lon.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); // Max possible number of nodes |
---|
306 | node_lat.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); |
---|
307 | face_nodes.resize(nvertex, nbFaces); |
---|
308 | |
---|
309 | for (int nf = 0; nf < nbFaces; ++nf) |
---|
310 | { |
---|
311 | for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) |
---|
312 | { |
---|
313 | if (map_nodes.find(make_pair (bounds_lon(nv, nf), bounds_lat(nv ,nf))) == map_nodes.end()) |
---|
314 | { |
---|
315 | map_nodes[make_pair (bounds_lon(nv, nf), bounds_lat(nv, nf))] = nbNodes ; |
---|
316 | face_nodes(nv,nf) = nbNodes ; |
---|
317 | node_lon(nbNodes) = bounds_lon(nv, nf); |
---|
318 | node_lat(nbNodes) = bounds_lat(nv ,nf); |
---|
319 | ++nbNodes ; |
---|
320 | } |
---|
321 | else |
---|
322 | { |
---|
323 | face_nodes(nv,nf) = map_nodes[make_pair (bounds_lon(nv, nf), bounds_lat(nv ,nf))]; |
---|
324 | } |
---|
325 | } |
---|
326 | } |
---|
327 | node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
328 | node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
329 | |
---|
330 | // Create edges and edge_nodes connectivity |
---|
331 | edge_lon.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); // Max possible number of edges |
---|
332 | edge_lat.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); |
---|
333 | edge_nodes.resizeAndPreserve(2, nbFaces*nvertex); |
---|
334 | edge_faces.resize(2, nbFaces*nvertex); |
---|
335 | face_edges.resize(nvertex, nbFaces); |
---|
336 | face_faces.resize(nvertex, nbFaces); |
---|
337 | |
---|
338 | vector<int> countEdges(nbFaces*nvertex); // needed in case if edges have been already generated |
---|
339 | vector<int> countFaces(nbFaces); |
---|
340 | countEdges.assign(nbFaces*nvertex, 0); |
---|
341 | countFaces.assign(nbFaces, 0); |
---|
342 | int edge; |
---|
343 | for (int nf = 0; nf < nbFaces; ++nf) |
---|
344 | { |
---|
345 | for (int nv1 = 0; nv1 < nvertex; ++nv1) |
---|
346 | { |
---|
347 | int nv = 0; |
---|
348 | int nv2 = (nv1 < nvertex -1 ) ? (nv1 + 1) : (nv1 + 1 - nvertex); // cyclic rotation |
---|
349 | if (map_edges.find(make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))) == map_edges.end()) |
---|
350 | { |
---|
351 | map_edges[make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))] = nbEdges ; |
---|
352 | face_edges(nv1,nf) = map_edges[make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))]; |
---|
353 | edge_faces(0,nbEdges) = nf; |
---|
354 | edge_faces(1,nbEdges) = -999; |
---|
355 | face_faces(nv1,nf) = -1; |
---|
356 | edge_nodes(Range::all(),nbEdges) = face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf); |
---|
357 | edge_lon(nbEdges) = ( abs( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) - node_lon(face_nodes(nv2,nf))) < 180.) ? |
---|
358 | (( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) + node_lon(face_nodes(nv2,nf))) * 0.5) : |
---|
359 | (( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) + node_lon(face_nodes(nv2,nf))) * 0.5 -180.);; |
---|
360 | edge_lat(nbEdges) = ( node_lat(face_nodes(nv1,nf)) + node_lat(face_nodes(nv2,nf)) ) * 0.5; |
---|
361 | ++nbEdges; |
---|
362 | } |
---|
363 | else |
---|
364 | { |
---|
365 | edge = map_edges[make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))]; |
---|
366 | face_edges(nv1,nf) = edge; |
---|
367 | if (edgesAreWritten) |
---|
368 | { |
---|
369 | edge_faces(countEdges[edge], edge) = nf; |
---|
370 | if (countEdges[edge]==0) |
---|
371 | { |
---|
372 | face_faces(nv1,nf) = -1; |
---|
373 | } |
---|
374 | else |
---|
375 | { |
---|
376 | int face1 = nf; // = edge_faces(1,edge) |
---|
377 | int face2 = edge_faces(0,edge); |
---|
378 | face_faces(countFaces[face1], face1) = face2; |
---|
379 | face_faces(countFaces[face2], face2) = face1; |
---|
380 | ++(countFaces[face1]); |
---|
381 | ++(countFaces[face2]); |
---|
382 | } |
---|
383 | } |
---|
384 | else |
---|
385 | { |
---|
386 | edge_faces(1,edge) = nf; |
---|
387 | int face1 = nf; // = edge_faces(1,edge) |
---|
388 | int face2 = edge_faces(0,edge); |
---|
389 | face_faces(countFaces[face1], face1) = face2; |
---|
390 | face_faces(countFaces[face2], face2) = face1; |
---|
391 | ++(countFaces[face1]); |
---|
392 | ++(countFaces[face2]); |
---|
393 | } |
---|
394 | ++(countEdges[edge]); |
---|
395 | } |
---|
396 | } |
---|
397 | } |
---|
398 | edge_nodes.resizeAndPreserve(2, nbEdges); |
---|
399 | edge_faces.resizeAndPreserve(2, nbEdges); |
---|
400 | edge_lon.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
401 | edge_lat.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
402 | |
---|
403 | // Create faces |
---|
404 | face_lon.resize(nbFaces); |
---|
405 | face_lat.resize(nbFaces); |
---|
406 | face_lon = lonvalue; |
---|
407 | face_lat = latvalue; |
---|
408 | facesAreWritten = true; |
---|
409 | |
---|
410 | } // nvertex > 2 |
---|
411 | |
---|
412 | } // createMesh() |
---|
413 | |
---|
414 | ///---------------------------------------------------------------- |
---|
415 | /*! |
---|
416 | * \fn void CMesh::createMeshEpsilon(const CArray<double, 1>& lonvalue, const CArray<double, 1>& latvalue, |
---|
417 | const CArray<double, 2>& bounds_lon, const CArray<double, 2>& bounds_lat) |
---|
418 | * Creates or updates a mesh for the three types of mesh elements: nodes, edges, and faces. |
---|
419 | * Precision check is implemented with two hash values for each dimension, longitude and latitude. |
---|
420 | * \param [in] lonvalue Array of longitudes. |
---|
421 | * \param [in] latvalue Array of latitudes. |
---|
422 | * \param [in] bounds_lon Array of boundary longitudes. Its size depends on the element type. |
---|
423 | * \param [in] bounds_lat Array of boundary latitudes. Its size depends on the element type. |
---|
424 | */ |
---|
425 | void CMesh::createMeshEpsilon(const MPI_Comm& comm, const CArray<double, 1>& lonvalue, const CArray<double, 1>& latvalue, |
---|
426 | const CArray<double, 2>& bounds_lon, const CArray<double, 2>& bounds_lat) |
---|
427 | { |
---|
428 | |
---|
429 | nvertex = (bounds_lon.numElements() == 0) ? 1 : bounds_lon.rows(); |
---|
430 | |
---|
431 | if (nvertex == 1) |
---|
432 | { |
---|
433 | nbNodes = lonvalue.numElements(); |
---|
434 | |
---|
435 | // CClientClientDHTSizet::Index2VectorInfoTypeMap hash2Idx; // map <hash, idx> |
---|
436 | vector<size_t> hashValues(4); // temporary vector for storing hashes for each node |
---|
437 | vector<size_t> globalIndexes(nbNodes); // Probably a map ? |
---|
438 | CArray<size_t,1> hashList(nbNodes*4); // Do I need it? |
---|
439 | CArray<size_t,1> idxList(nbNodes); |
---|
440 | |
---|
441 | // Assign a unique index for each node represented by four hashes |
---|
442 | // The first hash will serve as the unique index |
---|
443 | size_t randomIdx; |
---|
444 | int rank, size; |
---|
445 | MPI_Comm_rank(comm, &rank); |
---|
446 | MPI_Comm_size(comm, &size); |
---|
447 | srand((unsigned)time(NULL)+rank*size); |
---|
448 | |
---|
449 | for (size_t nn = 0; nn < nbNodes; ++nn) |
---|
450 | { |
---|
451 | hashValues = CMesh::createHashes(lonvalue(nn), latvalue(nn)); |
---|
452 | idxList(nn) = hashValues[nn]; |
---|
453 | // randomIdx = rand() % numeric_limits<size_t>::max(); |
---|
454 | // idxList(nn) = randomIdx; |
---|
455 | // for (size_t nh = 0; nh < 4; ++nh) |
---|
456 | // { |
---|
457 | // hash2Idx[hashValues[nh]].push_back(randomIdx); |
---|
458 | // hashList(nn*4 + nh) = hashValues[nh]; |
---|
459 | // } |
---|
460 | } |
---|
461 | |
---|
462 | |
---|
463 | // CClientClientDHTSizet dhtSizet(hash2Idx, comm); |
---|
464 | // dhtSizet.computeIndexInfoMapping(hashList); |
---|
465 | // CClientClientDHTSizet::Index2VectorInfoTypeMap& hashIdxList = dhtSizet.getInfoIndexMap(); |
---|
466 | |
---|
467 | // // (2.1) Create a list of indexes for each hush |
---|
468 | // CClientClientDHTSizet dhtSizet(hash2Idx, comm); |
---|
469 | // dhtSizet.computeIndexInfoMapping(hashList); |
---|
470 | // CClientClientDHTSizet::Index2VectorInfoTypeMap& hashIdxList = dhtSizet.getInfoIndexMap(); |
---|
471 | // |
---|
472 | // // (2.2) If more than one index assigned to a hush, set the larger value to be equal to the smaller |
---|
473 | // int iidx = 0; |
---|
474 | // for (CClientClientDHTSizet::Index2VectorInfoTypeMap::iterator it = hashIdxList.begin(); it != hashIdxList.end(); ++it, ++iidx) |
---|
475 | // { |
---|
476 | // vector<size_t> tmp = it->second; |
---|
477 | // size_t idxMinValue = it->second[0]; |
---|
478 | // for (int i = 1; i < it->second.size(); ++i) |
---|
479 | // { |
---|
480 | // if (it->second[i] < idxMinValue ) |
---|
481 | // idxMinValue = it->second[i]; |
---|
482 | // } |
---|
483 | // if ( (iidx % 4) == 0 ) |
---|
484 | // idxList(iidx/4) = idxMinValue; |
---|
485 | // } |
---|
486 | |
---|
487 | // Unique global indexing |
---|
488 | // CDHTAutoIndexing dhtSizetIdx = CDHTAutoIndexing(idxList, comm); |
---|
489 | // CClientClientDHTSizet* pDhtSizet = &dhtSizetIdx; |
---|
490 | // pDhtSizet->computeIndexInfoMapping(idxList); |
---|
491 | |
---|
492 | //globalIndexes = dhtSizetIdx.getGlobalIndex(); |
---|
493 | |
---|
494 | node_lon.resize(nbNodes); |
---|
495 | node_lat.resize(nbNodes); |
---|
496 | node_lon = lonvalue; |
---|
497 | node_lat = latvalue; |
---|
498 | |
---|
499 | nodesAreWritten = true; |
---|
500 | |
---|
501 | } |
---|
502 | |
---|
503 | else if (nvertex == 2) |
---|
504 | { |
---|
505 | nbEdges = bounds_lon.shape()[1]; |
---|
506 | |
---|
507 | vector<size_t> hashValues(4); |
---|
508 | for (int ne = 0; ne < nbEdges; ++ne) |
---|
509 | { |
---|
510 | for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) |
---|
511 | { |
---|
512 | hashValues = CMesh::createHashes(bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv, ne)); |
---|
513 | // for (size_t nh = 0; nh < 4; ++nh) |
---|
514 | // { |
---|
515 | // hash2Idx[hashValues[nh]].push_back(randomIdx); |
---|
516 | // hashList(nn*4 + nh) = hashValues[nh]; |
---|
517 | // } |
---|
518 | |
---|
519 | |
---|
520 | } |
---|
521 | } |
---|
522 | // Create nodes and edge_node connectivity |
---|
523 | |
---|
524 | node_lon.resizeAndPreserve(nbEdges*nvertex); // Max possible number of nodes |
---|
525 | node_lat.resizeAndPreserve(nbEdges*nvertex); |
---|
526 | edge_nodes.resizeAndPreserve(nvertex, nbEdges); |
---|
527 | |
---|
528 | // for (int ne = 0; ne < nbEdges; ++ne) |
---|
529 | // { |
---|
530 | // for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) |
---|
531 | // { |
---|
532 | // if ( nodeIndex(bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv ,ne)) == -1) |
---|
533 | // { |
---|
534 | // edge_nodes(nv,ne) = nbNodes ; |
---|
535 | // node_lon(nbNodes) = bounds_lon(nv, ne); |
---|
536 | // node_lat(nbNodes) = bounds_lat(nv, ne); |
---|
537 | // ++nbNodes ; |
---|
538 | // } |
---|
539 | // else |
---|
540 | // edge_nodes(nv,ne) = nodeIndex(bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv ,ne)); |
---|
541 | // } |
---|
542 | // } |
---|
543 | // node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
544 | // node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
545 | |
---|
546 | // Create edges |
---|
547 | edge_lon.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
548 | edge_lat.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
549 | |
---|
550 | for (int ne = 0; ne < nbEdges; ++ne) |
---|
551 | { |
---|
552 | if (map_edges.find(make_ordered_pair (edge_nodes(0,ne), edge_nodes(1,ne))) == map_edges.end()) |
---|
553 | { |
---|
554 | map_edges[make_ordered_pair ( edge_nodes(0,ne), edge_nodes(1,ne) )] = ne ; |
---|
555 | edge_lon(ne) = lonvalue(ne); |
---|
556 | edge_lat(ne) = latvalue(ne); |
---|
557 | } |
---|
558 | } |
---|
559 | edgesAreWritten = true; |
---|
560 | } // nvertex = 2 |
---|
561 | else |
---|
562 | { |
---|
563 | nbFaces = bounds_lon.shape()[1]; |
---|
564 | |
---|
565 | // Create nodes and face_node connectivity |
---|
566 | node_lon.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); // Max possible number of nodes |
---|
567 | node_lat.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); |
---|
568 | face_nodes.resize(nvertex, nbFaces); |
---|
569 | |
---|
570 | /*for (int nf = 0; nf < nbFaces; ++nf) |
---|
571 | { |
---|
572 | for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) |
---|
573 | { |
---|
574 | if ( nodeIndex(bounds_lon(nv, nf), bounds_lat(nv ,nf)) == -1) |
---|
575 | { |
---|
576 | face_nodes(nv,nf) = nbNodes ; |
---|
577 | node_lon(nbNodes) = bounds_lon(nv, nf); |
---|
578 | node_lat(nbNodes) = bounds_lat(nv ,nf); |
---|
579 | ++nbNodes ; |
---|
580 | } |
---|
581 | else |
---|
582 | { |
---|
583 | face_nodes(nv,nf) = nodeIndex(bounds_lon(nv, nf), bounds_lat(nv ,nf)); |
---|
584 | } |
---|
585 | } |
---|
586 | } |
---|
587 | node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
588 | node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes);*/ |
---|
589 | |
---|
590 | |
---|
591 | // Create edges and edge_nodes connectivity |
---|
592 | // edge_lon.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); // Max possible number of edges |
---|
593 | // edge_lat.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); |
---|
594 | // edge_nodes.resizeAndPreserve(2, nbFaces*nvertex); |
---|
595 | // for (int nf = 0; nf < nbFaces; ++nf) |
---|
596 | // { |
---|
597 | // for (int nv1 = 0; nv1 < nvertex; ++nv1) |
---|
598 | // { |
---|
599 | // int nv2 = (nv1 < nvertex -1 ) ? (nv1 + 1) : (nv1 + 1 - nvertex); // cyclic rotation |
---|
600 | // if (map_edges.find(make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))) == map_edges.end()) |
---|
601 | // { |
---|
602 | // map_edges[make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))] = nbEdges ; |
---|
603 | // edge_nodes(Range::all(),nbEdges) = face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf); |
---|
604 | // edge_lon(nbEdges) = ( abs( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) - node_lon(face_nodes(nv2,nf))) < 180.) ? |
---|
605 | // (( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) + node_lon(face_nodes(nv2,nf))) * 0.5) : |
---|
606 | // (( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) + node_lon(face_nodes(nv2,nf))) * 0.5 -180.);; |
---|
607 | // edge_lat(nbEdges) = ( node_lat(face_nodes(nv1,nf)) + node_lat(face_nodes(nv2,nf)) ) * 0.5; |
---|
608 | // ++nbEdges; |
---|
609 | // } |
---|
610 | // } |
---|
611 | // } |
---|
612 | // edge_nodes.resizeAndPreserve(2, nbEdges); |
---|
613 | // edge_lon.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
614 | // edge_lat.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
615 | |
---|
616 | // Create faces |
---|
617 | // face_lon.resize(nbFaces); |
---|
618 | // face_lat.resize(nbFaces); |
---|
619 | // face_lon = lonvalue; |
---|
620 | // face_lat = latvalue; |
---|
621 | // facesAreWritten = true; |
---|
622 | |
---|
623 | } // nvertex >= 3 |
---|
624 | |
---|
625 | } // createMeshEpsilon |
---|
626 | |
---|
627 | } // namespace xios |
---|
628 | |
---|
629 | // void CMesh::createMeshEpsilon(const MPI_Comm& comm, const CArray<double, 1>& lonvalue, const CArray<double, 1>& latvalue, |
---|
630 | // const CArray<double, 2>& bounds_lon, const CArray<double, 2>& bounds_lat) |
---|
631 | // { |
---|
632 | // |
---|
633 | // nvertex = (bounds_lon.numElements() == 0) ? 1 : bounds_lon.rows(); |
---|
634 | // |
---|
635 | // if (nvertex == 1) |
---|
636 | // { |
---|
637 | // nbNodes = lonvalue.numElements(); |
---|
638 | // node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
639 | // node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
640 | // for (int nn = 0; nn < nbNodes; ++nn) |
---|
641 | // { |
---|
642 | // if ( nodeIndex(lonvalue(nn), latvalue(nn)) == -1 ) |
---|
643 | // { |
---|
644 | // node_lon(nn) = lonvalue(nn); |
---|
645 | // node_lat(nn) = latvalue(nn); |
---|
646 | // } |
---|
647 | // } |
---|
648 | // |
---|
649 | // nodesAreWritten = true; |
---|
650 | // } |
---|
651 | // else if (nvertex == 2) |
---|
652 | // { |
---|
653 | // nbEdges = bounds_lon.shape()[1]; |
---|
654 | // |
---|
655 | // // Create nodes and edge_node connectivity |
---|
656 | // node_lon.resizeAndPreserve(nbEdges*nvertex); // Max possible number of nodes |
---|
657 | // node_lat.resizeAndPreserve(nbEdges*nvertex); |
---|
658 | // edge_nodes.resizeAndPreserve(nvertex, nbEdges); |
---|
659 | // |
---|
660 | // for (int ne = 0; ne < nbEdges; ++ne) |
---|
661 | // { |
---|
662 | // for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) |
---|
663 | // { |
---|
664 | // if ( nodeIndex(bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv ,ne)) == -1) |
---|
665 | // { |
---|
666 | // edge_nodes(nv,ne) = nbNodes ; |
---|
667 | // node_lon(nbNodes) = bounds_lon(nv, ne); |
---|
668 | // node_lat(nbNodes) = bounds_lat(nv, ne); |
---|
669 | // ++nbNodes ; |
---|
670 | // } |
---|
671 | // else |
---|
672 | // edge_nodes(nv,ne) = nodeIndex(bounds_lon(nv, ne), bounds_lat(nv ,ne)); |
---|
673 | // } |
---|
674 | // } |
---|
675 | // node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
676 | // node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
677 | // |
---|
678 | // // Create edges |
---|
679 | // edge_lon.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
680 | // edge_lat.resizeAndPreserve(nbEdges); |
---|
681 | // |
---|
682 | // for (int ne = 0; ne < nbEdges; ++ne) |
---|
683 | // { |
---|
684 | // if (map_edges.find(make_ordered_pair (edge_nodes(0,ne), edge_nodes(1,ne))) == map_edges.end()) |
---|
685 | // { |
---|
686 | // map_edges[make_ordered_pair ( edge_nodes(0,ne), edge_nodes(1,ne) )] = ne ; |
---|
687 | // edge_lon(ne) = lonvalue(ne); |
---|
688 | // edge_lat(ne) = latvalue(ne); |
---|
689 | // } |
---|
690 | // } |
---|
691 | // edgesAreWritten = true; |
---|
692 | // } // nvertex = 2 |
---|
693 | // else |
---|
694 | // { |
---|
695 | // nbFaces = bounds_lon.shape()[1]; |
---|
696 | // |
---|
697 | // // Create nodes and face_node connectivity |
---|
698 | // node_lon.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); // Max possible number of nodes |
---|
699 | // node_lat.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); |
---|
700 | // face_nodes.resize(nvertex, nbFaces); |
---|
701 | // |
---|
702 | // for (int nf = 0; nf < nbFaces; ++nf) |
---|
703 | // { |
---|
704 | // for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) |
---|
705 | // { |
---|
706 | // if ( nodeIndex(bounds_lon(nv, nf), bounds_lat(nv ,nf)) == -1) |
---|
707 | // { |
---|
708 | // face_nodes(nv,nf) = nbNodes ; |
---|
709 | // node_lon(nbNodes) = bounds_lon(nv, nf); |
---|
710 | // node_lat(nbNodes) = bounds_lat(nv ,nf); |
---|
711 | // ++nbNodes ; |
---|
712 | // } |
---|
713 | // else |
---|
714 | // { |
---|
715 | // face_nodes(nv,nf) = nodeIndex(bounds_lon(nv, nf), bounds_lat(nv ,nf)); |
---|
716 | // } |
---|
717 | // } |
---|
718 | // } |
---|
719 | // node_lon.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
720 | // node_lat.resizeAndPreserve(nbNodes); |
---|
721 | // |
---|
722 | // // Create edges and edge_nodes connectivity |
---|
723 | // edge_lon.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); // Max possible number of edges |
---|
724 | // edge_lat.resizeAndPreserve(nbFaces*nvertex); |
---|
725 | // edge_nodes.resizeAndPreserve(2, nbFaces*nvertex); |
---|
726 | // for (int nf = 0; nf < nbFaces; ++nf) |
---|
727 | // { |
---|
728 | // for (int nv1 = 0; nv1 < nvertex; ++nv1) |
---|
729 | // { |
---|
730 | // int nv2 = (nv1 < nvertex -1 ) ? (nv1 + 1) : (nv1 + 1 - nvertex); // cyclic rotation |
---|
731 | // if (map_edges.find(make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))) == map_edges.end()) |
---|
732 | // { |
---|
733 | // map_edges[make_ordered_pair (face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf))] = nbEdges ; |
---|
734 | // edge_nodes(Range::all(),nbEdges) = face_nodes(nv1,nf), face_nodes(nv2,nf); |
---|
735 | // edge_lon(nbEdges) = ( abs( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) - node_lon(face_nodes(nv2,nf))) < 180.) ? |
---|
736 | // (( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) + node_lon(face_nodes(nv2,nf))) * 0.5) : |
---|
737 | // (( node_lon(face_nodes(nv1,nf)) + node_lon(face_nodes(nv2,nf))) * 0.5 -180.);; |
---|
738 | // edge_lat(nbEdges) = ( node_lat(face_nodes(nv1,nf)) + node_lat(face_nodes(nv2,nf)) ) * 0.5; |
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739 | // ++nbEdges; |
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740 | // } |
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741 | // } |
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742 | // } |
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743 | // edge_nodes.resizeAndPreserve(2, nbEdges); |
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744 | // edge_lon.resizeAndPreserve(nbEdges); |
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745 | // edge_lat.resizeAndPreserve(nbEdges); |
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746 | // |
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747 | // // Create faces |
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748 | // face_lon.resize(nbFaces); |
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749 | // face_lat.resize(nbFaces); |
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750 | // face_lon = lonvalue; |
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751 | // face_lat = latvalue; |
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752 | // facesAreWritten = true; |
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753 | // } // nvertex >= 3 |
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754 | // |
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755 | // } // createMeshEpsilon |
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