source: XIOS/trunk/src/node/domain.hpp @ 1615

Last change on this file since 1615 was 1578, checked in by ymipsl, 6 years ago

Bug fix when reading rectilinear and attemp to call generate_rectilinear_domain filter. Coordinates in file was not taking into account.

YM

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 9.6 KB
RevLine 
[591]1#ifndef __XIOS_CDomain__
2#define __XIOS_CDomain__
[219]3
[591]4/// XIOS headers ///
5#include "xios_spl.hpp"
[219]6#include "group_factory.hpp"
7
8#include "declare_group.hpp"
[540]9#include "declare_ref_func.hpp"
[300]10#include "event_client.hpp"
11#include "event_server.hpp"
12#include "buffer_in.hpp"
[369]13#include "array_new.hpp"
14#include "attribute_array.hpp"
[449]15#include "attribute_enum.hpp"
[631]16#include "transformation.hpp"
17#include "transformation_enum.hpp"
[1025]18#include "server_distribution_description.hpp"
[878]19#include "mesh.hpp"
20
[335]21namespace xios {
[509]22
[219]23   /// ////////////////////// Déclarations ////////////////////// ///
24
25   class CDomainGroup;
26   class CDomainAttributes;
27   class CDomain;
[878]28   class CFile;
[219]29
30   ///--------------------------------------------------------------
31
32   // Declare/Define CDomainAttribute
33   BEGIN_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CDomain)
34#  include "domain_attribute.conf"
[775]35#  include "domain_attribute_private.conf"
[219]36   END_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CDomain)
37
38   ///--------------------------------------------------------------
39
40   class CDomain
41      : public CObjectTemplate<CDomain>
42      , public CDomainAttributes
43   {
[1158]44     /// typedef ///
45     typedef CObjectTemplate<CDomain>   SuperClass;
46     typedef CDomainAttributes SuperClassAttribute;
47     public:
[300]48         enum EEventId
49         {
[1025]50           EVENT_ID_INDEX, EVENT_ID_LON, EVENT_ID_LAT, 
51           EVENT_ID_AREA, EVENT_ID_MASK,
[1236]52           EVENT_ID_DATA_INDEX, EVENT_ID_SERVER_ATTRIBUT
[300]53         } ;
[509]54
[676]55      public:
[219]56
57         typedef CDomainAttributes RelAttributes;
58         typedef CDomainGroup      RelGroup;
[631]59         typedef CTransformation<CDomain>::TransformationMapTypes TransMapTypes;
[219]60
61         /// Constructeurs ///
62         CDomain(void);
63         explicit CDomain(const StdString & id);
64         CDomain(const CDomain & domain);       // Not implemented yet.
65         CDomain(const CDomain * const domain); // Not implemented yet.
66
[622]67         static CDomain* createDomain();
[878]68         
69         CMesh* mesh;
[924]70         void assignMesh(const StdString, const int);
[878]71       
[631]72         virtual void parse(xml::CXMLNode & node);
73
[1345]74         void setContextClient(CContextClient* contextClient);
75
[219]76         /// Vérifications ///
77         void checkAttributes(void);
[509]78         void checkAttributesOnClient();
[657]79         void checkAttributesOnClientAfterTransformation();
[676]80         void checkEligibilityForCompressedOutput(void);
81
[509]82         void sendCheckedAttributes();
83
[631]84         bool hasTransformation();
85         void solveInheritanceTransformation();
86         TransMapTypes getAllTransformations();
[687]87         void redistribute(int nbLocalDomain);
[823]88         void duplicateTransformation(CDomain*);
[836]89         CTransformation<CDomain>* addTransformation(ETranformationType transType, const StdString& id="");
[631]90
[1158]91      public:
92         const std::set<StdString> & getRelFiles(void) const;
[219]93         bool IsWritten(const StdString & filename) const;
[676]94         bool isWrittenCompressed(const StdString& filename) const;
[1144]95         
[1249]96         int getNumberWrittenIndexes(MPI_Comm writtenCom);
97         int getTotalNumberWrittenIndexes(MPI_Comm writtenCom);
98         int getOffsetWrittenIndexes(MPI_Comm writtenCom);
99         CArray<int,1>& getCompressedIndexToWriteOnServer(MPI_Comm writtenCom);
[676]100
[1330]101         std::map<int, StdSize> getAttributesBufferSize(CContextClient* client, bool bufferForWriting = false);
[731]102
[219]103         bool isEmpty(void) const;
[594]104         bool isDistributed(void) const;
[1025]105         bool isCompressible(void) const; 
106 
[1158]107         std::vector<int> getNbGlob();
108         bool isEqual(CDomain* domain);
[1236]109
110         static bool dispatchEvent(CEventServer& event);
111
[676]112      public:
[219]113         /// Mutateur ///
114         void addRelFile(const StdString & filename);
[1236]115         void addRelFileCompressed(const StdString& filename);           
116         
[1129]117         void computeWrittenIndex();
[1249]118         void computeWrittenCompressedIndex(MPI_Comm);
[821]119
120         void AllgatherRectilinearLonLat(CArray<double,1>& lon, CArray<double,1>& lat,
[809]121                                         CArray<double,1>& lon_g, CArray<double,1>& lat_g);
[821]122
123         void fillInRectilinearBoundLonLat(CArray<double,1>& lon, CArray<double,1>& lat,
[809]124                                           CArray<double,2>& boundsLon, CArray<double,2>& boundsLat);
[1158]125         
126         void fillInLonLat();
127         bool distributionAttributesHaveValue() const;
[611]128
[1215]129         size_t getGlobalWrittenSize() ;
[219]130         /// Destructeur ///
131         virtual ~CDomain(void);
132
133         /// Accesseurs statiques ///
134         static StdString GetName(void);
135         static StdString GetDefName(void);
[509]136
[1236]137         static ENodeType GetType(void);       
138
139      public:
140         CArray<double, 1> lonvalue, latvalue;
141         CArray<double, 2> bounds_lonvalue, bounds_latvalue;
142         CArray<double, 1> areavalue;
143
[1249]144         CArray<size_t,1> localIndexToWriteOnServer;         
[1236]145
[1311]146         CArray<bool, 1> domainMask; // mask_1d, mask_2d -> domainMask
147         CArray<bool, 1> localMask; // domainMask + indexing
[384]148         bool isCurvilinear ;
[449]149         bool hasBounds ;
[611]150         bool hasArea;
[665]151         bool hasLonLat;
[953]152         bool hasPole ;
[1578]153         bool hasLatInReadFile_ ; // specify if latitude is defined on read file, so it can be read later when grid distribution will be defined
154         bool hasBoundsLatInReadFile_ ; // specify if latitude boundarues are defined on read file, so it can be read later when grid distribution will be defined
155         bool hasLonInReadFile_ ; // specify if longitude is defined on read file, so it can be read later when grid distribution will be defined
156         bool hasBoundsLonInReadFile_ ; // specify if longitude boundaries are defined on read file, so it can be read later when grid distribution will be defined
[953]157
[1291]158         void computeLocalMask(void) ;
[631]159      private:
[667]160         void checkDomain(void);
161         void checkLocalIDomain(void);
162         void checkLocalJDomain(void);
163
164         void checkMask(void);
165         void checkDomainData(void);
166         void checkCompression(void);
167
168         void checkBounds(void);
169         void checkArea(void);
170         void checkLonLat();
171
[1025]172         void setTransformations(const TransMapTypes&);         
[1158]173         void computeNGlobDomain();
[1025]174         void sendAttributes();
[665]175         void sendIndex();
[1025]176         void sendDistributionAttributes();
177         void sendMask();
[665]178         void sendArea();
[1236]179         void sendLonLat();         
[1025]180         void sendDataIndex();
[1129]181         void convertLonLatValue();
[1158]182         void fillInRectilinearLonLat();
183         void fillInCurvilinearLonLat();
184         void fillInUnstructuredLonLat();
[1236]185         
186         static void recvDistributionAttributes(CEventServer& event);
187         static void recvIndex(CEventServer& event);
188         static void recvMask(CEventServer& event);         
189         static void recvLon(CEventServer& event);
190         static void recvLat(CEventServer& event);
191         static void recvArea(CEventServer& event);
192         static void recvDataIndex(CEventServer& event);
193         void recvDistributionAttributes(CBufferIn& buffer);                 
194         void recvIndex(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);         
195         void recvMask(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
196         void recvLon(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
197         void recvLat(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
198         void recvArea(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);         
199         void recvDataIndex(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
200
201         void completeLonLatClient(void); 
202         void computeConnectedClients();   
203
[1025]204       private:         
[1345]205
206/** Clients that have to send a domain. There can be multiple clients in case of secondary server, otherwise only one client. */
[1353]207         std::list<CContextClient*> clients;
208         std::set<CContextClient*> clientsSet;
[1345]209
[1129]210         bool isChecked, computedWrittenIndex_;
[676]211         std::set<StdString> relFiles, relFilesCompressed;
[551]212         bool isClientChecked; // Verify whether all attributes of domain on the client side are good
[657]213         bool isClientAfterTransformationChecked;
[1236]214         std::map<int, CArray<int,1> > indGlob_;
[1337]215         std::map<int, map<int,int> > nbSenders; // Mapping of number of communicating client to a server
[1025]216
[1337]217/** Global index of each client sent to server: map<serverSize, map<serverRank, indexes>> */
[1542]218         std::map<int, std::unordered_map<int, vector<size_t> > > indSrv_;
[1236]219         // std::map<CContextClient*, std::map<int, vector<int> > > indWrittenSrv_; // Global written index of each client sent to server
[676]220         std::vector<int> indexesToWrite;
[1236]221         std::vector<int> recvClientRanks_;
[1249]222         std::map<int,int> numberWrittenIndexes_, totalNumberWrittenIndexes_, offsetWrittenIndexes_;
223         std::map<int, CArray<int, 1> > compressedIndexToWriteOnServer;     
[1337]224         std::map<int, std::map<int,size_t> > connectedDataSize_;
225         std::map<int, std::vector<int> > connectedServerRank_;
[1236]226
[676]227         //! True if and only if the data defined on the domain can be outputted in a compressed way
228         bool isCompressible_;
[715]229         bool isRedistributed_;
[1025]230         TransMapTypes transformationMap_;         
[657]231         bool isUnstructed_;
[1542]232         std::unordered_map<size_t,size_t> globalLocalIndexMap_;
[953]233       
[836]234       private:
235         static bool initializeTransformationMap(std::map<StdString, ETranformationType>& m);
236         static std::map<StdString, ETranformationType> transformationMapList_;
237         static bool _dummyTransformationMapList;
238
[540]239         DECLARE_REF_FUNC(Domain,domain)
240
[219]241   }; // class CDomain
242
243   ///--------------------------------------------------------------
244
245   // Declare/Define CDomainGroup and CDomainDefinition
246   DECLARE_GROUP(CDomain);
247
248   ///--------------------------------------------------------------
249
[335]250} // namespace xios
[219]251
[878]252#endif //__XIOS_CDomain__
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.