source: XIOS/branchs/xios-1.0/src/output/nc4_data_output.cpp @ 606

Last change on this file since 606 was 606, checked in by rlacroix, 9 years ago

Support NetCDF4 compression.

Only available for non-parallel output so either if only one server is used or if the multiple file mode is enabled).
  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 59.6 KB
Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12#include "netCdfException.hpp"
13#include "exception.hpp"
14
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23      {
24         StdString timeid = StdString("time_counter");
25         SuperClass::type = MULTI_FILE;
26//         if (!exist)
27//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
28      }
29
30      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
31         (const StdString & filename, bool exist, MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
32            : SuperClass()
33            , SuperClassWriter(filename, exist, &comm_file,multifile)
34            , comm_file(comm_file)
35            , filename(filename)
36            , isCollective(isCollective)
37      {
38         StdString timeid = StdString("time_counter");
39
40         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
41
42 //        if (!exist)
43//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
44      }
45
46
47      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
48      { /* Ne rien faire de plus */ }
49
50      ///--------------------------------------------------------------
51
52      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
53      {
54         return (this->filename);
55      }
56
57      //---------------------------------------------------------------
58
59      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
60      {
61         if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
62         {
63           writeUnstructuredDomain(domain) ;
64           return ;
65         }
66
67         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
68         CContextServer* server=context->server ;
69
70         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
71         domain->checkAttributes();
72
73         if (domain->isEmpty())
74           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
75
76         std::vector<StdString> dim0, dim1;
77         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
78                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
79         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
80
81
82         StdString dimXid, dimYid ;
83
84         switch (domain->type)
85         {
86           case CDomain::type_attr::curvilinear :
87             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
88             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
89             break ;
90           case CDomain::type_attr::regular :
91             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
92             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
93             break;
94           case CDomain::type_attr::unstructured :
95             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
96             break;
97         }
98
99         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
100/*
101         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
102                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
103                             : lonid;
104         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
105                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
106                             : latid;
107*/
108
109         try
110         {
111           switch (SuperClass::type)
112           {
113              case (MULTI_FILE) :
114              {
115  //               if (domain->isEmpty()) return;
116
117                 if (server->intraCommSize > 1)
118                 {
119  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
120  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
121                 }
122
123                 switch (domain->type)
124                 {
125                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
126                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
127                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
128                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
129                     break ;
130                   case CDomain::type_attr::regular :
131                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
132                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
133                     dim0.push_back(dimYid);
134                     dim1.push_back(dimXid);
135                     break;
136                   case CDomain::type_attr::unstructured :
137                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
138                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
139                     bounds_lonid=string("bounds_lon").append(appendDomid);
140                     bounds_latid=string("bounds_lat").append(appendDomid);
141                     dim0.push_back(dimXid);
142                     break;
143                 }
144
145                 if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
146                 {
147                   SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
148                 }
149                 else
150                 {
151                   SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
152                   SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
153                 }
154
155                 if (server->intraCommSize > 1)
156                 {
157                    if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
158                    {
159                      this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
160                                                 domain->zoom_ni_srv,
161                                                 domain->zoom_jbegin_srv,
162                                                 domain->zoom_nj_srv,
163                                                 appendDomid);
164
165                      if (singleDomain) this->writeLocalAttributes_IOIPSL(domain->zoom_ibegin_srv,
166                                                 domain->zoom_ni_srv,
167                                                 domain->zoom_jbegin_srv,
168                                                 domain->zoom_nj_srv,
169                                                 domain->ni_glo,domain->nj_glo,
170                                                 server->intraCommRank,server->intraCommSize);
171                   }
172                 }
173
174                 switch (domain->type)
175                 {
176                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
177                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
178                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
179                     break ;
180                    case CDomain::type_attr::regular :
181                      SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
182                      SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
183                      break ;
184                    case CDomain::type_attr::unstructured :
185                      SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
186                      SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
187                 }
188
189                 this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
190                 this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
191
192                 dim0.clear();
193                 if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured) dim0.push_back(dimYid);
194                 dim0.push_back(dimXid);
195
196
197  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
198  // supress mask               {
199  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
200  // supress mask
201  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
202  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
203  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
204  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
207  // supress mask               }
208
209                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
210
211                 SuperClassWriter::definition_end();
212
213                 switch (domain->type)
214                 {
215                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
216                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
217                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
218                     break;
219                   case CDomain::type_attr::regular :
220                     CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
221                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
222                     CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
223                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
224                     break;
225                 }
226                 SuperClassWriter::definition_start();
227
228                 break;
229              }
230              case (ONE_FILE) :
231              {
232                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni.getValue());
233                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj.getValue());
234
235
236                 switch (domain->type)
237                 {
238                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
239                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
240                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
241                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
242                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
243                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
244                     break;
245
246                   case CDomain::type_attr::regular :
247                     dim0.push_back(dimYid);
248                     dim1.push_back(dimXid);
249                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
250                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
251                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
252                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
253                     break;
254                 }
255                 this->writeAxisAttributes
256                    (lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
257                 this->writeAxisAttributes
258                    (latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
259
260
261                 SuperClassWriter::definition_end();
262                 switch (domain->type)
263                 {
264                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
265                   {
266                     std::vector<StdSize> start(2) ;
267                     std::vector<StdSize> count(2) ;
268                     if (domain->isEmpty())
269                     {
270                       start[0]=0 ; start [1]=0 ;
271                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
272                     }
273                     else
274                     {
275                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ;
276                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
277                     }
278
279                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
280                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
281                     break;
282                   }
283                   case CDomain::type_attr::regular :
284                   {
285                     std::vector<StdSize> start(1) ;
286                     std::vector<StdSize> count(1) ;
287                     if (domain->isEmpty())
288                     {
289                       start[0]=0 ;
290                       count[0]=0 ;
291                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
292                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);                 }
293                     else
294                     {
295                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ;
296                       count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
297                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
298                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
299
300                       start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ;
301                       count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
302                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
303                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
304                     }
305                     break;
306                   }
307                 }
308                 SuperClassWriter::definition_start();
309                 break;
310              }
311              default :
312                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
313                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
314                       << " not implemented yet !");
315           }
316         }
317         catch (CNetCdfException& e)
318         {
319           StdString msg("On writing the domain : ");
320           msg.append(domid); msg.append("\n");
321           msg.append("In the context : ");
322           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
323           msg.append(e.what());
324           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
325         }
326
327         domain->addRelFile(this->filename);
328      }
329
330      void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
331      {
332         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
333         CContextServer* server=context->server ;
334
335         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
336         domain->checkAttributes();
337
338         if (domain->isEmpty())
339           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
340
341         std::vector<StdString> dim0, dim1;
342         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
343                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
344         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
345
346
347         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
348         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
349
350         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
351
352         try
353         {
354           switch (SuperClass::type)
355           {
356              case (MULTI_FILE) :
357              {
358                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
359                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
360                 dim0.push_back(dimXid);
361
362                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_nj_srv);
363                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
364                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
365
366                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
367                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
368
369
370                 this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
371                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
372                 this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
373                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
374                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
375                 dim0.clear();
376                 if (domain->hasBounds)
377                 {
378                   dim0.push_back(dimXid);
379                   dim0.push_back(dimVertId);
380                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
381                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
382                 }
383
384                 dim0.clear();
385                 dim0.push_back(dimXid);
386
387                 SuperClassWriter::definition_end();
388
389                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
390                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
391
392                 if (domain->hasBounds)
393                 {
394                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
395                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
396                 }
397                 SuperClassWriter::definition_start();
398                 break ;
399              }
400
401              case (ONE_FILE) :
402              {
403                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
404                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
405                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
406                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
407                 dim0.push_back(dimXid);
408                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
409                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
410                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
411                 this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
412                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
413                 this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
414                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
415                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
416                 dim0.clear();
417
418                 if (domain->hasBounds)
419                 {
420                   dim0.push_back(dimXid);
421                   dim0.push_back(dimVertId);
422                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
423                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
424                 }
425
426                 SuperClassWriter::definition_end();
427
428                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
429                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
430                 if (domain->isEmpty())
431                 {
432                   start[0]=0 ;
433                   count[0]=0 ;
434                   startBounds[1]=0 ;
435                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
436                   startBounds[0]=0 ;
437                   countBounds[0]=0 ;
438                 }
439                 else
440                 {
441                   start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ;
442                   count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
443                   startBounds[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ;
444                   startBounds[1]=0 ;
445                   countBounds[0]=domain->zoom_nj_srv ;
446                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
447                 }
448                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
449                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
450                 if (domain->hasBounds)
451                 {
452                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
453                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
454                 }
455
456
457                 SuperClassWriter::definition_start();
458
459                 break;
460              }
461              default :
462                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
463                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
464                       << " not implemented yet !");
465           }
466         }
467         catch (CNetCdfException& e)
468         {
469           StdString msg("On writing the domain : ");
470           msg.append(domid); msg.append("\n");
471           msg.append("In the context : ");
472           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
473           msg.append(e.what());
474           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
475         }
476         domain->addRelFile(this->filename);
477      }
478      //--------------------------------------------------------------
479
480      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
481      {
482         if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
483         axis->checkAttributes();
484         StdSize zoom_size=axis->zoom_size.getValue() ;
485         StdSize zoom_begin=axis->zoom_begin.getValue()-1 ;
486
487
488         std::vector<StdString> dims;
489         StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
490                           ? axis->name.getValue() : axis->getId();
491         try
492         {
493           SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
494           dims.push_back(axisid);
495
496           switch (SuperClass::type)
497           {
498              case (MULTI_FILE ) :
499              {}
500              case (ONE_FILE) :
501              {
502                 SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
503
504                 SuperClassWriter::addAttribute("axis", StdString("Z"), &axisid);
505
506                 if (!axis->standard_name.isEmpty())
507                    SuperClassWriter::addAttribute
508                       ("standard_name",  axis->standard_name.getValue(), &axisid);
509
510                 if (!axis->long_name.isEmpty())
511                    SuperClassWriter::addAttribute
512                       ("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
513
514                 if (!axis->unit.isEmpty())
515                    SuperClassWriter::addAttribute
516                       ("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
517
518                if (!axis->positive.isEmpty())
519                  if (axis->positive==CAxis::positive_attr::up) SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("up"), &axisid);
520                  else   SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("down"), &axisid);
521
522                 SuperClassWriter::definition_end();
523
524                 CArray<double,1> axis_value(zoom_size) ;
525                 for(StdSize i = 0 ; i < zoom_size ; i++) axis_value(i)=axis->value(i+zoom_begin) ;
526                 SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
527
528                 SuperClassWriter::definition_start();
529
530                 break;
531              }
532              default :
533                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
534                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
535                       << " not implemented yet !");
536           }
537         }
538         catch (CNetCdfException& e)
539         {
540           StdString msg("On writing the axis : ");
541           msg.append(axisid); msg.append("\n");
542           msg.append("In the context : ");
543           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
544           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
545           msg.append(e.what());
546           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
547         }
548         axis->addRelFile(this->filename);
549     }
550
551     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
552     {
553       try
554       {
555        SuperClassWriter::addDimension("time_counter");
556        SuperClassWriter::addDimension("time_bounds", 2);
557       }
558       catch (CNetCdfException& e)
559       {
560         StdString msg("On writing time dimension : time_couter, time_bounds \n");
561         msg.append("In the context : ");
562         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
563         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
564         msg.append(e.what());
565         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
566       }
567     }
568      //--------------------------------------------------------------
569
570      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
571      {
572         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
573         CContextServer* server=context->server ;
574
575         std::vector<StdString> dims, coodinates;
576         CGrid* grid = field->grid;
577         CDomain* domain = grid->domain;
578
579         if (domain->isEmpty())
580           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
581
582         StdString timeid    = StdString("time_counter");
583         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
584                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
585         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
586
587//         bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
588//         bool isCurvilinear = (domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear) ;
589
590         StdString dimXid,dimYid ;
591
592         switch (domain->type)
593         {
594           case CDomain::type_attr::curvilinear :
595             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
596             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
597             break ;
598           case CDomain::type_attr::regular :
599             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
600             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
601             break ;
602           case CDomain::type_attr::unstructured :
603             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
604             break ;
605        }
606
607/*
608         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
609                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
610                             : lonid;
611         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
612                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
613                             : latid;
614*/
615         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
616                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
617
618//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
619//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
620//          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
621
622         nc_type type ;
623         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
624         else
625         {
626           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
627           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
628           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
629         }
630
631         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once);
632
633         if (wtime)
634         {
635
636            //StdOStringStream oss;
637           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
638           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
639          //oss
640            if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
641            else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
642            dims.push_back(timeid);
643         }
644
645         if (!grid->axis_ref.isEmpty())
646         {
647            CAxis* axis = grid->axis ;
648            StdString axisid = (!axis->name.isEmpty()) ? axis->name.getValue() : axis->getId();
649            dims.push_back(axisid);
650            coodinates.push_back(axisid);
651         }
652
653         switch (domain->type)
654         {
655           case CDomain::type_attr::curvilinear :
656             coodinates.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
657             coodinates.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
658             break;
659           case CDomain::type_attr::regular :
660           case CDomain::type_attr::unstructured :
661            coodinates.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
662            coodinates.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
663             break;
664         }
665
666         if ( domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear || domain->type == CDomain::type_attr::regular)dims.push_back(dimYid);
667         dims.push_back(dimXid);
668
669         try
670         {
671           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
672
673           if (!field->standard_name.isEmpty())
674              SuperClassWriter::addAttribute
675                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
676
677           if (!field->long_name.isEmpty())
678              SuperClassWriter::addAttribute
679                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
680
681           if (!field->unit.isEmpty())
682              SuperClassWriter::addAttribute
683                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
684
685            if (!field->valid_min.isEmpty())
686              SuperClassWriter::addAttribute
687                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
688
689           if (!field->valid_max.isEmpty())
690              SuperClassWriter::addAttribute
691                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
692
693            if (!field->scale_factor.isEmpty())
694              SuperClassWriter::addAttribute
695                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
696
697             if (!field->add_offset.isEmpty())
698              SuperClassWriter::addAttribute
699                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
700
701           SuperClassWriter::addAttribute
702                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
703
704          // write child variables as attributes
705
706
707           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
708           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
709
710
711           if (wtime)
712           {
713              CDuration duration ;
714
715              duration=CDuration::FromString(field->freq_op) ;
716              duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
717              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", duration.toString(), &fieldid);
718
719              duration=CDuration::FromString(field->getRelFile()->output_freq) ;
720              duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
721              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", duration.toString(), &fieldid);
722           }
723
724           if (!field->default_value.isEmpty())
725           {
726              double default_value = field->default_value.getValue();
727              float fdefault_value = (float)default_value;
728              if (type == NC_DOUBLE)
729                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
730              else
731                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
732           }
733           else
734           {
735              double * default_value = NULL;
736              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, default_value);
737           }
738
739           if (field->compression_level.isEmpty())
740             field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
741           if (field->compression_level < 0 || field->compression_level > 9)
742             ERROR("void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)",
743                   "Invalid compression level, the value should range between 0 and 9.");
744           SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
745
746           {  // Ecriture des coordonnées
747
748              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
749              std::vector<StdString>::iterator
750                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
751
752              for (; itc!= endc; itc++)
753              {
754                 StdString & coord = *itc;
755                 if (itc+1 != endc)
756                       coordstr.append(coord).append(" ");
757                 else  coordstr.append(coord);
758              }
759
760              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
761
762           }
763         }
764         catch (CNetCdfException& e)
765         {
766           StdString msg("On writing field : ");
767           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
768           msg.append("In the context : ");
769           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
770           msg.append(e.what());
771           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
772         }
773      }
774
775      //--------------------------------------------------------------
776
777      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
778      {
779         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
780                            ? file->name.getValue() : file->getId();
781         StdString description = (!file->description.isEmpty())
782                               ? file->description.getValue()
783                               : StdString("Created by xios");
784         try
785         {
786           this->writeFileAttributes(filename, description,
787                                     StdString ("CF-1.1"),
788                                     StdString("An IPSL model"),
789                                     this->getTimeStamp());
790         }
791         catch (CNetCdfException& e)
792         {
793           StdString msg("On writing file : ");
794           msg.append(filename); msg.append("\n");
795           msg.append("In the context : ");
796           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
797           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
798           msg.append(e.what());
799           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
800         }
801         if (file->nbDomain==1) singleDomain=true ;
802         else singleDomain=false ;
803      }
804
805      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
806      {
807        string name ;
808        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
809        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
810        else return ;
811
812        try
813        {
814          if (var->getVarType()==CVariable::t_int) addAttribute(name,var->getData<int>(),&fieldId) ;
815          else if (var->getVarType()==CVariable::t_short_int) addAttribute(name,var->getData<short int>(),&fieldId) ;
816          else if (var->getVarType()==CVariable::t_long_int) addAttribute(name,var->getData<long int>(),&fieldId) ;
817          else if (var->getVarType()==CVariable::t_float) addAttribute(name,var->getData<float>(),&fieldId) ;
818          else if (var->getVarType()==CVariable::t_double) addAttribute(name,var->getData<double>(),&fieldId) ;
819          else addAttribute(name,var->getData<string>(),&fieldId) ;
820        }
821       catch (CNetCdfException& e)
822       {
823         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
824         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
825         msg.append("In the context : ");
826         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
827         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
828         msg.append(e.what());
829         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
830       }
831     }
832
833     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
834     {
835        string name ;
836        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
837        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
838        else return ;
839        try
840        {
841          if (var->getVarType()==CVariable::t_int) addAttribute(name,var->getData<int>()) ;
842          else if (var->getVarType()==CVariable::t_short_int) addAttribute(name,var->getData<short int>()) ;
843          else if (var->getVarType()==CVariable::t_long_int) addAttribute(name,var->getData<long int>()) ;
844          else if (var->getVarType()==CVariable::t_float) addAttribute(name,var->getData<float>()) ;
845          else if (var->getVarType()==CVariable::t_double) addAttribute(name,var->getData<double>()) ;
846          else addAttribute(name,var->getData<string>()) ;
847        }
848       catch (CNetCdfException& e)
849       {
850         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
851         msg.append(name); msg.append("\n");
852         msg.append("In the context : ");
853         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
854         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
855         msg.append(e.what());
856         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
857       }
858     }
859
860      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
861      {
862        try
863        {
864          SuperClassWriter::sync() ;
865        }
866        catch (CNetCdfException& e)
867        {
868         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
869         msg.append("In the context : ");
870         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
871         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
872         msg.append(e.what());
873         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
874        }
875      }
876
877      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
878      {
879        try
880        {
881          SuperClassWriter::close() ;
882        }
883        catch (CNetCdfException& e)
884        {
885         StdString msg("On closing file");
886         msg.append("In the context : ");
887         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
888         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
889         msg.append(e.what());
890         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
891        }
892
893      }
894
895      //---------------------------------------------------------------
896
897      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
898      {
899         const int buffer_size = 100;
900         time_t rawtime;
901         struct tm * timeinfo = NULL;
902         char buffer [buffer_size];
903
904         time ( &rawtime );
905         timeinfo = localtime ( &rawtime );
906         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
907
908         return (StdString(buffer));
909      }
910
911      //---------------------------------------------------------------
912
913      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
914      {
915         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
916//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
917         CContextServer* server=context->server ;
918
919         CGrid* grid = field->grid ;
920         CDomain* domain = grid->domain ;
921
922         if(SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) if (domain->isEmpty()) return;
923
924
925         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
926                             ? field->name.getValue()
927                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
928
929         StdOStringStream oss;
930         string timeAxisId ;
931         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
932         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
933
934         StdString timeBoundId("time_counter_bounds");
935
936         StdString timeAxisBoundId;
937         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisBoundId="time_instant_bounds" ;
938         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisBoundId="time_centered_bounds" ;
939
940         CArray<double,1> time_data(1) ;
941         CArray<double,1> time_counter(1) ;
942         CArray<double,1> time_counter_bound(2);
943         CArray<double,1> time_data_bound(2);
944
945        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once));
946
947        if (wtime)
948        {
949          time_counter(0)= (Time(*field->last_Write_srv) + Time(*field->lastlast_Write_srv)) / 2;
950          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
951            time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv);
952          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) time_data(0) = time_counter(0);
953
954          time_counter_bound(0) = Time(*field->lastlast_Write_srv);
955          time_counter_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
956          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
957            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
958          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)
959          {
960            time_data_bound(0) = time_counter_bound(0);
961            time_data_bound(1) = time_counter_bound(1);
962          }
963         }
964
965         bool isRoot ;
966         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
967         else isRoot=false ;
968
969         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
970         {
971           double scaleFactor=1. ;
972           double addOffset=0. ;
973           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor=field->scale_factor ;
974           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset=field->add_offset ;
975           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor,addOffset) ;
976         }
977
978         try
979         {
980           if (grid->hasAxis()) // 3D
981           {
982              CAxis* axis = grid->axis ;
983              CArray<double,3> field_data3D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv,axis->zoom_size) ;
984              if (!field->default_value.isEmpty()) field_data3D = field->default_value ;
985
986              field->outputField(field_data3D);
987
988              if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data3D=round(field_data3D) ;
989
990              switch (SuperClass::type)
991             {
992                case (MULTI_FILE) :
993                {
994                   SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
995                   if (wtime)
996                   {
997                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
998                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
999                     SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1000                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1001                   }
1002                   break ;
1003                }
1004                case (ONE_FILE) :
1005                {
1006                   std::vector<StdSize> start(3) ;
1007                   std::vector<StdSize> count(3) ;
1008                   if (domain->isEmpty())
1009                   {
1010                     start[0]=0 ; start[1]=0 ; start[2]=0 ;
1011                     count[0]=0 ; count[1]=0 ; start[2]=0 ;
1012                   }
1013                   else
1014                   {
1015  //                 start[2]=domain->zoom_ibegin_loc.getValue()-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_loc.getValue()-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
1016                     start[2]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
1017                     count[2]=domain->zoom_ni_srv ; count[1]=domain->zoom_nj_srv ; count[0] = axis->zoom_size.getValue();
1018                   }
1019                   SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
1020                   if (wtime)
1021                   {
1022                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1023                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1024                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot );
1025                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1026                   }
1027                   break;
1028                }
1029              }
1030
1031           }
1032           else // 2D
1033           {
1034              CArray<double,2> field_data2D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv) ;
1035              if (!field->default_value.isEmpty()) field_data2D = field->default_value ;
1036              field->outputField(field_data2D);
1037              if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data2D=round(field_data2D) ;
1038              switch (SuperClass::type)
1039              {
1040                case (MULTI_FILE) :
1041                {
1042                  SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
1043                  if (wtime)
1044                  {
1045                    SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
1046                    SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
1047                    SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1048                    SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1049                  }
1050                  break;
1051                }
1052                case (ONE_FILE) :
1053                {
1054                   std::vector<StdSize> start(2) ;
1055                   std::vector<StdSize> count(2) ;
1056                   if (domain->isEmpty())
1057                   {
1058                     start[0]=0 ; start[1]=0 ;
1059                     count[0]=0 ; count[1]=0 ;
1060                   }
1061                   else
1062                   {
1063                     start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ;
1064                     count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
1065                   }
1066
1067                   SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count);
1068                   if (wtime)
1069                   {
1070                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
1071                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
1072                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1073                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1074                   }
1075                   break;
1076
1077                }
1078              }
1079           }
1080         }
1081         catch (CNetCdfException& e)
1082         {
1083           StdString msg("On writing field data: ");
1084           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1085           msg.append("In the context : ");
1086           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1087           msg.append(e.what());
1088           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
1089         }
1090      }
1091
1092      //---------------------------------------------------------------
1093
1094      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
1095                  (CField*    field,
1096                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
1097      {
1098         StdOStringStream oss;
1099
1100//         if (field->operation.getValue().compare("once") == 0) return ;
1101         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once) return ;
1102
1103//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
1104//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1105
1106//         StdString axisid = oss.str();
1107//         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
1108//         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
1109
1110         StdString axisid("time_centered") ;
1111         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
1112         StdString timeid("time_counter");
1113         StdString timeBoundId("time_bounds");
1114
1115         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1116         {
1117            axisid = "time_instant";
1118            axisBoundId = "time_instant_bounds";
1119         }
1120
1121         try
1122         {
1123          // Adding time_instant or time_centered
1124           std::vector<StdString> dims;
1125           dims.push_back(timeid);
1126           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1127           {
1128              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1129
1130              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1131              StdOStringStream oss2;
1132  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
1133  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
1134              StdString strInitdate=oss2.str() ;
1135              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1136              this->writeTimeAxisAttributes
1137                 (axisid, cal->getType(),
1138                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1139                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1140           }
1141
1142           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
1143           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1144           {
1145              dims.clear() ;
1146              dims.push_back(timeid);
1147              dims.push_back(timeBoundId);
1148              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1149           }
1150
1151           // Adding time_counter
1152           axisid = "time_counter" ;
1153           axisBoundId = "time_counter_bounds" ;
1154           dims.clear() ;
1155           dims.push_back(timeid);
1156           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1157           {
1158              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1159              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1160              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1161              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1162
1163              this->writeTimeAxisAttributes
1164                 (axisid, cal->getType(),
1165                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1166                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1167           }
1168
1169           // Adding time_counter_bound dimension
1170           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1171           {
1172              dims.clear();
1173              dims.push_back(timeid);
1174              dims.push_back(timeBoundId);
1175              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1176           }
1177         }
1178         catch (CNetCdfException& e)
1179         {
1180           StdString msg("On writing time axis data: ");
1181           msg.append("In the context : ");
1182           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1183           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1184           msg.append(e.what());
1185           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
1186                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
1187         }
1188      }
1189
1190      //---------------------------------------------------------------
1191
1192      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1193                                                   const StdString & calendar,
1194                                                   const StdString & units,
1195                                                   const StdString & time_origin,
1196                                                   const StdString & time_bounds,
1197                                                   const StdString & standard_name,
1198                                                   const StdString & long_name,
1199                                                   const StdString & title)
1200      {
1201         try
1202         {
1203           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1204           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
1205           SuperClassWriter::addAttribute("title",         title        , &axis_name);
1206           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
1207           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
1208           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
1209           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
1210         }
1211         catch (CNetCdfException& e)
1212         {
1213           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
1214           msg.append("In the context : ");
1215           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1216           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1217           msg.append(e.what());
1218           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1219                                                   const StdString & calendar,\
1220                                                   const StdString & units, \
1221                                                   const StdString & time_origin, \
1222                                                   const StdString & time_bounds, \
1223                                                   const StdString & standard_name, \
1224                                                   const StdString & long_name, \
1225                                                   const StdString & title)", << msg);
1226         }
1227      }
1228
1229      //---------------------------------------------------------------
1230
1231      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1232                                               const StdString & axis,
1233                                               const StdString & standard_name,
1234                                               const StdString & long_name,
1235                                               const StdString & units,
1236                                               const StdString & nav_model)
1237      {
1238         try
1239         {
1240          SuperClassWriter::addAttribute("axis"         , axis         , &axis_name);
1241          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1242          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
1243          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
1244          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
1245         }
1246         catch (CNetCdfException& e)
1247         {
1248           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
1249           msg.append("In the context : ");
1250           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1251           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1252           msg.append(e.what());
1253           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1254                                               const StdString & axis, \
1255                                               const StdString & standard_name, \
1256                                               const StdString & long_name, \
1257                                               const StdString & units, \
1258                                               const StdString & nav_model)", << msg);
1259         }
1260      }
1261
1262      //---------------------------------------------------------------
1263
1264      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
1265         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
1266      {
1267        try
1268        {
1269         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
1270         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
1271         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
1272         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
1273        }
1274        catch (CNetCdfException& e)
1275        {
1276           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
1277           msg.append("In the context : ");
1278           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1279           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1280           msg.append(e.what());
1281           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
1282                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
1283        }
1284
1285      }
1286
1287     void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL
1288         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
1289      {
1290         CArray<int,1> array(2) ;
1291
1292         try
1293         {
1294           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
1295           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
1296           array=1,2 ;
1297           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
1298           array=ni_glo,nj_glo ;
1299           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
1300           array=ni,nj ;
1301           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
1302           array=ibegin,jbegin ;
1303           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
1304           array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
1305           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
1306           array=0,0 ;
1307           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
1308           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
1309           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
1310  /*
1311           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
1312           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
1313           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
1314           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
1315  */
1316         }
1317         catch (CNetCdfException& e)
1318         {
1319           StdString msg("On writing Local Attributes IOI PSL \n");
1320           msg.append("In the context : ");
1321           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1322           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1323           msg.append(e.what());
1324           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
1325                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
1326         }
1327      }
1328      //---------------------------------------------------------------
1329
1330      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
1331                                                const StdString & description,
1332                                                const StdString & conventions,
1333                                                const StdString & production,
1334                                                const StdString & timeStamp)
1335      {
1336         try
1337         {
1338           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
1339           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
1340           SuperClassWriter::addAttribute("conventions", conventions);
1341           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
1342           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
1343         }
1344         catch (CNetCdfException& e)
1345         {
1346           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
1347           msg.append("In the context : ");
1348           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1349           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1350           msg.append(e.what());
1351           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
1352                                                const StdString & description, \
1353                                                const StdString & conventions, \
1354                                                const StdString & production, \
1355                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
1356         }
1357      }
1358
1359      //---------------------------------------------------------------
1360
1361      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
1362                                               int data_dim,
1363                                               int data_ni,
1364                                               int data_nj,
1365                                               int data_ibegin,
1366                                               int data_jbegin)
1367      {
1368         try
1369         {
1370           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
1371           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
1372           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
1373           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
1374           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
1375         }
1376         catch (CNetCdfException& e)
1377         {
1378           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
1379           msg.append("In the context : ");
1380           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1381           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1382           msg.append(e.what());
1383           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
1384                                               int data_dim, \
1385                                               int data_ni, \
1386                                               int data_nj, \
1387                                               int data_ibegin, \
1388                                               int data_jbegin)", << msg);
1389         }
1390      }
1391
1392      ///--------------------------------------------------------------
1393
1394} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.