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Integrated work done by Yann Meurdesoif to run with LMDZ-DYNAMICO. Input files are interpolated with XIOS. See ticket #445

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1<!-- =========================================================================================================== -->
2<!-- ORCHIDEE context                                                                                            -->
3<!-- context_orchidee.xml : Configuration file for ORCHIDEE for production of output files using XIOS            -->
4<!--                                                                                                             -->
5<!-- $HeadURL$                -->
6<!-- $Date$                                                     -->
7<!-- $Revision$                                                                                           -->
8<!-- =========================================================================================================== -->
9<context id="orchidee">
10 
11 
12  <!-- =========================================================================================================== -->
13  <!-- Definition of all existing variables                                                                        -->
14  <!-- DO NOT CHANGE THIS FILE                                                                                     -->
15  <!-- =========================================================================================================== -->
16  <field_definition src="./field_def_orchidee.xml"/>
17 
18 
19  <!-- =========================================================================================================== -->
20  <!-- Definition of input files                                                                                   -->
21  <!-- DO NOT CHANGE THIS FILE                                                                                     -->
22  <!-- =========================================================================================================== -->
23  <file_definition src="./file_def_input_orchidee.xml"/>
24
25  <file_definition>
26
27    <file id="soils_param_file" mode="read" output_freq="1d" enabled="true">
28      <field id="soilcolor" name="soilcolor" domain_ref="soil" operation="instant" freq_offset="1ts"/>
29      <field id="soiltext" name="soiltext" domain_ref="soil" operation="instant" freq_offset="1ts"/>
30    </file>
31
32    <file  id="PFTmap_file"  mode="read" output_freq="1d">
33      <field id="maxvegetfrac_read"  name="maxvegetfrac" domain_ref="pft" axis_ref="nvm" operation="instant"  freq_offset="1ts"> this &lt; 1e10 ? this : 0 </field>
34      <field id="maxvegetfrac_mask"  name="maxvegetfrac" domain_ref="pft" axis_ref="nvm" operation="instant"  freq_offset="1ts"> this &lt; 1e10 ? 1 : 0 </field>
35    </file>
36   
37    <file id="topography_file"  mode="read" output_freq="1d">
38      <!--      <field id="pente"  domain_ref="topo"  operation="instant"  freq_offset="1ts" > (this &gt; 1e10) ? 1 : this </field>     ==> In reference, missing value are use for computing, this probably wrong -->
39      <field id="pente_read"       name="pente" domain_ref="topo"  operation="instant"  freq_offset="1ts" > ((this/$slope_noreinf) &lt; 1)? this/$slope_noreinf : 1 </field>
40      <field id="mask_pente_read"  name="pente" domain_ref="topo"  operation="instant"  freq_offset="1ts" > (this &lt; $min_sechiba)? 0 : 1                         </field>  <!-- create mask -->
41    </file>
42   
43    <file id="albedo_file" mode="read" output_freq="1d">
44      <field id="mask_alb_read"    name="mask"       domain_ref="albedo"  operation="instant"  freq_offset="1ts" />
45      <field id="bg_alb_vis_read"  name="bg_alb_vis" domain_ref="albedo"  operation="instant"  freq_offset="1ts" >  mask_alb_read &gt; 0.99 ? this : $missing_value  </field>
46      <field id="bg_alb_nir_read"  name="bg_alb_nir" domain_ref="albedo"  operation="instant"  freq_offset="1ts" >  mask_alb_read &gt; 0.99 ? this : $missing_value  </field>
47    </file>
48   
49    <file id="lai_file" mode="read" output_freq="1d" time_counter_name="toto" cyclic="true">
50      <field id="lai_read"       name="LAI" grid_ref="lai" operation="instant"  freq_offset="1ts" > this &gt; 20 ? 0 : this </field>
51      <field id="mask_lai_read"  name="LAI" grid_ref="lai" operation="instant"  freq_offset="1ts" > this &gt; 20 ? 0 : 1    </field>  <!-- create mask -->
52    </file>
53
54    <file id="fertilizer_file" mode="read" output_freq="1ts" cyclic="true">
55      <field id="N_qt_OTHER_year_read"  name="N_qt_OTHER_year" domain_ref="fertilizer" operation="instant"  freq_offset="1ts"/>
56      <field id="N_qt_WRICE_year_read"  name="N_qt_WRICE_year" domain_ref="fertilizer" operation="instant"  freq_offset="1ts"/>
57    </file>
58   
59    <file id="bbg_clim_file" mode="read" output_freq="1ts" cyclic="true">
60      <field id="flx_co2_bbg_year_read"  name="flx_co2_bbg_year" domain_ref="bbg_clim" operation="instant"  freq_offset="1ts"/>
61    </file>
62
63    <file id="reftemp_file" mode="read" output_freq="1ts" cyclic="true">
64      <field id="reftemp_read"  name="temperature" domain_ref="reftemp" operation="instant"  freq_offset="1ts"/>
65    </file>
66 
67    <file id="woodharvest_file" mode="read" output_freq="1ts" cyclic="true">
68      <field id="woodharvest_read"  name="woodharvest" domain_ref="woodharvest" operation="instant"  freq_offset="1ts"/>
69    </file>
70 
71
72
73    <file id="interp_diag" output_freq="1ts" sync_freq="1ts">
74      <field_group domain_ref="domain_landpoints" operation="once" default_value="9.96921e+36">
75        <field id="interp_diag_aveget" name="aveget" />
76        <field id="interp_diag_vegetrefrac" name="vegetrefrac" axis_ref="nvm"/>
77        <field id="interp_diag_atext" name="atext" />
78        <field id="interp_diag_soilclass" name="soilclass"     axis_ref="ncsm"/>
79        <field id="interp_diag_clayfraction" name="clayfraction"  />
80        <field id="interp_diag_aslope" name="aslope"    />
81        <field id="interp_diag_reinf_slope" name="reinf_slope"  />
82       
83        <field id="interp_diag_alb_vis" name="alb_vis"  />
84        <field id="interp_diag_alb_nir" name="alb_nir"  />
85       
86        <field id="interp_diag_N_qt_WRICE_year" name="wrice"  />
87        <field id="interp_diag_N_qt_OTHER_year" name="other"  />
88        <field id="interp_diag_flx_co2_bbg_year" name="co2_bbg"  />
89       
90      </field_group>
91      <field id="interp_diag_lai" grid_ref="from_lai" name="lai"  operation="once" default_value="9.96921e+36" enabled="false"/>
92      <field field_ref="mask_alb_read" operation="once" default_value="9.96921e+36"  freq_offset="0ts" enabled="false"/>
93    </file>
94
95  </file_definition>
96
97
98  <field_definition>
99
100    <field_group enabled="false" read_access="true">
101
102      <field_group id="soil_color" enabled="false">
103        <field id="soilcolor0" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 0 </field>
104        <field id="soilcolor1" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 1 </field>
105        <field id="soilcolor2" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 2 </field>
106        <field id="soilcolor3" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 3 </field>
107        <field id="soilcolor4" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 4 </field>
108        <field id="soilcolor5" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 5 </field>
109        <field id="soilcolor6" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 6 </field>
110        <field id="soilcolor7" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 7 </field>
111        <field id="soilcolor8" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 8 </field>
112        <field id="soilcolor9" field_ref="soilcolor" domain_ref="from_soil" > soilcolor == 9 </field>
113      </field_group>
114
115      <field_group id="soil_text" field_ref="soiltext" domain_ref="from_soil" enabled="true" read_access="true">
116        <field id="soiltext1"  > soiltext == 1 </field>
117        <field id="soiltext2"  > soiltext == 2 </field>
118        <field id="soiltext3"  > soiltext == 3 </field>
119        <field id="soiltext4"  > soiltext == 4 </field>
120        <field id="soiltext5"  > soiltext == 5 </field>
121        <field id="soiltext6"  > soiltext == 6 </field>
122        <field id="soiltext7"  > soiltext == 7 </field>
123        <field id="soiltext8"  > soiltext == 8 </field>
124        <field id="soiltext9"  > soiltext == 9 </field>
125        <field id="soiltext10" > soiltext == 10 </field>
126        <field id="soiltext11" > soiltext == 11 </field>
127        <field id="soiltext12" > soiltext == 12 </field>
128      </field_group>
129     
130
131      <field id="frac_veget"      field_ref="maxvegetfrac_read" domain_ref="from_pft" read_access="true" enabled="true" />
132      <field id="frac_veget_frac" field_ref="maxvegetfrac_mask" domain_ref="from_pft" read_access="true" enabled="true" />
133
134      <field id="slope_tmp"           field_ref="pente_read"       domain_ref="from_topo"                                  />
135      <field id="frac_slope_interp"   field_ref="mask_pente_read"  domain_ref="from_topo" read_access="true" enabled="true"/>
136      <field id="reinf_slope_interp"                               domain_ref="from_topo" read_access="true" enabled="true"> (frac_slope_interp &gt; $min_sechiba ) ? 1-slope_tmp/(frac_slope_interp+1e-100) : $slope_default </field>
137
138      <field id="bg_alb_vis_tmp"   field_ref="bg_alb_vis_read"  domain_ref="from_albedo"  />
139      <field id="bg_alb_vis_interp" field_ref="bg_alb_vis_tmp"  read_access="true" enabled="true" > this == $missing_value ? $albbg_vis_default : this </field>
140
141      <field id="bg_alb_nir_tmp"    field_ref="bg_alb_nir_read"  domain_ref="from_albedo"  />
142      <field id="bg_alb_nir_interp" field_ref="bg_alb_nir_tmp"  read_access="true"  enabled="true" >  this == $missing_value ? $albbg_nir_default : this </field>
143     
144      <field id="lai_tmp"          field_ref="lai_read"      grid_ref="from_lai" />
145      <field id="frac_lai_interp"  field_ref="mask_lai_read" grid_ref="from_lai" read_access="true" enabled="true" />
146      <field id="lai_interp"       field_ref="lai_tmp"                           read_access="true" enabled="true"  >  lai_tmp/(frac_lai_interp+1e-100) </field>  <!-- renormalize -->
147     
148      <field id="N_qt_WRICE_year_interp"  field_ref="N_qt_WRICE_year_read"  domain_ref="from_fertilizer" read_access="true" enabled="true" />
149      <field id="N_qt_OTHER_year_interp"  field_ref="N_qt_OTHER_year_read"  domain_ref="from_fertilizer" read_access="true" enabled="true" />
150     
151      <field id="flx_co2_bbg_year_interp"  field_ref="flx_co2_bbg_year_read"  domain_ref="from_bbg_clim" read_access="true" enabled="true" />
152
153      <field id="reftemp_interp"  field_ref="reftemp_read"  domain_ref="from_reftemp" read_access="true" enabled="true" />
154
155      <field id="woodharvest_interp"  field_ref="woodharvest_read"  domain_ref="from_woodharvest" read_access="true" enabled="true" />
156     
157    </field_group>
158
159  </field_definition>
160
161
162
163  <!-- =========================================================================================================== -->
164  <!-- Definition of output files                                                                                  -->
165  <!-- Definition of variables or groups included in the different files                                           -->
166  <!-- CHANGE THIS FILE BY ADDING THE FILES AND/OR VARIABLES YOU WANT TO PRODUCE                                   -->
167  <!-- Only variables and groups existing in field_def_orchidee.xml can be used                                    -->
168  <!-- =========================================================================================================== -->
169  <file_definition src="./file_def_orchidee.xml"/>
170 
171 
172  <!-- =========================================================================================================== -->
173  <!-- Definition of horizontal domain                                                                             -->
174  <!-- =========================================================================================================== -->
175  <domain_definition>
176    <domain id="domain_landpoints"/>
177   
178    <domain id="domain_inputfile_moistc" type="rectilinear">
179      <generate_rectilinear_domain />
180    </domain>
181   
182    <domain id="domain_inputfile_snow" type="rectilinear">
183      <generate_rectilinear_domain />
184    </domain>
185   
186  <!--   <domain id="greordered"  domain_ref="domain_landpoints">-->
187  <!--     <reorder_domain invert_lat="true" shift_lon_fraction="0.5" min_lon="0" max_lon="360" />-->
188  <!--   </domain>-->
189   
190 
191    <domain_group id="domain_landpoints">
192      <domain id="domain_landpoints"/>
193
194      <domain id="from_soil" >
195        <interpolate_domain order="1" renormalize="false"/>
196      </domain>
197     
198      <domain id="from_pft" >
199        <interpolate_domain order="1" renormalize="false" />
200      </domain>
201     
202      <domain id="from_topo" >
203        <interpolate_domain order="1" renormalize="false" />
204      </domain>
205     
206      <domain id="from_albedo" >
207        <interpolate_domain order="1" renormalize="true" detect_missing_value="true"/>
208      </domain>
209     
210      <domain id="from_lai" >
211        <interpolate_domain order="1" renormalize="false" />
212      </domain>
213     
214      <domain id="from_bbg_clim" >
215        <interpolate_domain order="1" renormalize="false" />
216      </domain>
217     
218      <domain id="from_fertilizer" >
219        <interpolate_domain order="1" renormalize="false" />
220      </domain>
221
222      <domain id="from_reftemp" >
223        <interpolate_domain order="1" renormalize="false" />
224      </domain>
225
226      <domain id="from_woodharvest" >
227        <interpolate_domain order="1" renormalize="false" />
228      </domain>
229     
230    </domain_group>
231
232    <domain id="soil" type="rectilinear">
233      <!-- generate_rectilinear_domain bounds_lon_start="-180" bounds_lon_end="180" bounds_lat_start="-90" bounds_lat_end="90"/-->
234      <generate_rectilinear_domain bounds_lon_start="-180" bounds_lon_end="180" bounds_lat_start="90" bounds_lat_end="-90"/>
235    </domain>
236
237    <domain id="pft" type="rectilinear">
238      <generate_rectilinear_domain/>
239    </domain>
240   
241    <domain id="topo" type="rectilinear">
242      <generate_rectilinear_domain/>
243    </domain>
244   
245    <domain id="albedo" type="rectilinear">
246      <generate_rectilinear_domain />
247    </domain>
248   
249    <domain id="lai" type="rectilinear">
250      <generate_rectilinear_domain/>
251    </domain>
252   
253    <domain id="bbg_clim" type="rectilinear">
254      <generate_rectilinear_domain/>
255    </domain>
256   
257    <domain id="fertilizer" type="rectilinear">
258      <generate_rectilinear_domain/>
259    </domain>
260
261    <domain id="reftemp" type="rectilinear">
262      <generate_rectilinear_domain/>
263    </domain>
264
265    <domain id="woodharvest" type="rectilinear">
266      <generate_rectilinear_domain/>
267    </domain>
268   
269  </domain_definition>
270
271  <!-- =========================================================================================================== -->
272  <!-- Definition of vertical axis and extra dimensions                                                            -->
273  <!-- =========================================================================================================== -->
274  <axis_definition>
275    <!-- Vertical axis and extra dimensions -->
276    <axis id="nvm" name="veget" standard_name="model_level_number" long_name="Vegetation types" unit="1"/>
277    <axis id="nlut" name="nlut" standard_name="landusetype4" long_name="Number of land use types specified by LUMIP" unit="1"/>
278    <axis id="ncarb" name="ncarb" standard_name="ncarb" long_name="Number of soil carbon pools" unit="1"/>
279    <axis id="nlaip1" name="laiax" standard_name="model_level_number" long_name="Interface of LAI layers" unit="1"/>
280    <axis id="ngrnd" name="solth" standard_name="model_level_number" long_name="Thermal soil levels" unit="m"/>
281    <axis id="nstm" name="soiltyp" standard_name="model_level_number" long_name="Soil tiles" unit="1"/>
282    <axis id="nnobio" name="nobio" standard_name="model_level_number" long_name="Other surface types" unit="1"/>
283    <axis id="albtyp" standard_name="model_level_number" long_name="Albedo types" unit="1"/>
284    <axis id="nslm" name="solay" standard_name="model_level_number" long_name="Hydrological soil levels" unit="1"/>
285    <axis id="ncsm" name="ncsm"    standard_name="model_level_number" long_name="Soil type" unit="1"/>
286    <axis id="nsnow" name="snowlev" standard_name="model_level_number" long_name="Snow levels" unit="1"/>
287    <axis id="P10" standard_name="model_level_number" long_name="Pool 10 years" unit="1"/>
288    <axis id="P100" standard_name="model_level_number" long_name="Pool 100 years" unit="1"/>
289    <axis id="P11" standard_name="model_level_number" long_name="Pool 10 years + 1" unit="1"/>
290    <axis id="P101" standard_name="model_level_number" long_name="Pool 100 years + 1" unit="1"/>
291    <axis id="lai_time" />
292  </axis_definition>
293
294
295  <!-- =========================================================================================================== -->
296  <!-- Definition of output and input grids                                                                        -->
297  <!-- =========================================================================================================== -->
298  <grid_definition>
299
300    <!-- Definition of output grids -->
301    <grid id="grid_landpoints">
302      <domain domain_ref="domain_landpoints" />
303    </grid>
304
305    <grid id="grid_nslm_nstm">
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395
396    <!-- Definition of input grids -->
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420  </grid_definition>
421 
422 
423  <!-- =========================================================================================================== -->
424  <!-- Variable denfinition                                                                                        -->
425  <!-- =========================================================================================================== -->
426
427  <variable_definition>
428   
429    <variable id="slope_default" type="double">xxx</variable>
430    <variable id="slope_noreinf" type="double">xxx</variable>
431    <variable id="min_sechiba" type="double">xxx</variable>
432    <variable id="albbg_vis_default" type="double">xxx</variable>
433    <variable id="albbg_nir_default" type="double">xxx</variable>
434   
435  </variable_definition>
436 
437
438</context>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.