source: tags/libIGCM_v1_12/libIGCM_sys/libIGCM_sys_titane.ksh @ 527

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Dont exit during dmget error (can be ignore most of the time in fact). Stop later if the cp commands fails.
Homogenize commands between titane, cesium and mercure scalaire.
  • Property svn:keywords set to Revision Author Date
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Line 
1#!/bin/ksh
2
3#**************************************************************
4# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip, Arnaud Caubel
5# Contact: Arnaud.Caubel__at__lsce.ipsl.fr
6# $Revision::                                          $ Revision of last commit
7# $Author::                                            $ Author of last commit
8# $Date::                                              $ Date of last commit
9# IPSL (2006)
10#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
11#
12#**************************************************************
13
14#=========================================================
15# The documentation of this file can be automatically generated
16# if you use the prefix #D- for comments to be extracted.
17# Extract with command: cat lib* | grep "^#D-" | cut -c "4-"
18#=========================================================
19
20#D-#==================================================
21#D-LibIGCM_sys for Titane
22#D-#==================================================
23#D-
24#D- This ksh library if a layer under some usefull
25#D-environment variables and shell commands.
26#D-All those definitions depend on host particularities.
27#D-It manages a stack mechanism and test validity of operations.
28#D-All function described bellow must be prefixed by IGCM_sys.
29
30#====================================================
31# libIGCM_sys PARAMETERS
32#====================================================
33
34#====================================================
35# set DEBUG_sys to true to output calls of function
36typeset -r DEBUG_sys=${DEBUG_sys:=true}
37
38#====================================================
39# Turn in dry run mode ? (sys_Put_Rest, sys_Put_Out, sys_Get)
40typeset -r DRYRUN=${DRYRUN:=0}
41
42# YOU MUST COMPILE YOUR EXE FILES FOR DRYRUN MODE !
43# -------------------------------------------------------------------------------------
44# | DRYRUN=  |  Date computations, | sys_Get    |  Exe    | sys_Put_Out; sys_Put_Rest |
45# |          |  Cp/Exe param files |            |  Chmod  |                           |
46# |          |      Qsub           |            |         |                           |
47# -------------------------------------------------------------------------------------
48# |    0     |       yes           |    yes     |  yes    |      yes                  |
49# -------------------------------------------------------------------------------------
50# |    1     |       yes           |    yes     |  yes    |      no                   |
51# -------------------------------------------------------------------------------------
52# |    2     |       yes           |    yes     |  no     |      no                   |
53# -------------------------------------------------------------------------------------
54# |    3     |       yes           |    no      |  no     |      no                   |
55# -------------------------------------------------------------------------------------
56
57#=====================================================
58# Global Variables :
59#=====================================================
60# Language : "fr" or "en"
61typeset -r MYLANG="fr"
62
63#=====================================================
64# Host and user names
65# $hostname ou hostname
66typeset  HOST=${HOST:=$( hostname )}
67# $username ou whoami
68typeset  LOGIN=${LOGIN:=$( whoami )}
69# $hostname of the MASTER job
70typeset MASTER=titane
71
72#D-
73#D-#==================================================
74#D-Program used in libIGCM
75#D-#==================================================
76
77# rsync with path
78typeset -r RSYNC=/usr/bin/rsync
79# RSYNC_opt args to rsync
80typeset -r RSYNC_opt="-va"
81# ie storage filesystem
82typeset -r RHOST=titane
83
84#====================================================
85# Source default environment
86#====================================================
87. /etc/profile
88
89#====================================================
90# Set environment tools (ferret, nco, cdo)
91#====================================================
92. /home/cont003/p86ipsl/.atlas_env_titane_ksh
93
94#====================================================
95# Specific for ocean additionnal diagnostic
96export FER_GO="$FER_GO /home/cont003/p86denv/IGCM_POST_UTIL/JNL /home/cont003/p86denv/GRAF /home/cont003/p86denv/GRAF/GO"
97export FER_PALETTE="$FER_PALETTE /home/cont003/p86denv/GRAF/PALET"
98
99#====================================================
100# Host specific DIRECTORIES
101#====================================================
102
103#====================================================
104#- R_EXE   (==> BIN_DIR = ${MODIPSL}/bin )
105typeset -r R_EXE="${MODIPSL}/bin"
106
107#====================================================
108#- SUBMIT_DIR : submission dir
109typeset SUBMIT_DIR=${SUBMIT_DIR:=${PWD}}
110
111#====================================================
112#- ARCHIVE
113typeset -r ARCHIVE=${DMFDIR}
114
115#====================================================
116#- Mirror libIGCM from titane to cesium if needed
117ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' )
118if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then
119    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true}
120else
121    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
122fi
123
124#====================================================
125#- libIGCM_POST
126if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then
127    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" )
128    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM
129else
130    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
131fi
132
133#====================================================
134#- IN
135typeset -r R_IN=${R_IN:=/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM}
136typeset -r R_IN_ECMWF=${R_IN_ECMWF:=/dmnfs/cont003/p24data}
137
138#====================================================
139#- OUT
140typeset -r R_OUT=${ARCHIVE}/IGCM_OUT
141
142#====================================================
143#- OUT_SCR (ONLY FOR double copy an scratch)
144typeset -r R_OUT_SCR=${SCRATCHDIR}/IGCM_OUT
145
146#====================================================
147#- OUT_POST
148typeset -r R_OUT_POST=${SCRATCHDIR}/IGCM_OUT
149
150#====================================================
151#- RUN_DIR_PATH : Temporary working directory (=> TMP)
152if [ ! X${LSB_QUEUE} = Xmono ] ; then
153    typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${SCRATCHDIR}/RUN_DIR/${LSB_JOBID}}
154else
155    typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${SCRATCHDIR}/TMPDIR_IGCM/${LSB_JOBID}}
156fi
157
158#====================================================
159#- BIG_DIR : BIG_DIR to store files waiting for rebuild
160typeset -r BIG_DIR=${BIG_DIR:=${SCRATCHDIR}/REBUILD}
161
162#====================================================
163#- HOST_MPIRUN_COMMAND
164typeset -r HOST_MPIRUN_COMMAND=${HOST_MPIRUN_COMMAND:="time mpirun"}
165
166#====================================================
167#- Max number of arguments passed to nco operator or demigration command
168UNIX_MAX_LIMIT=360
169
170#D-#==================================================
171#D-function IGCM_sys_RshMaster
172#D-* Purpose: Just a fake command to wrapp
173#D-           IGCM_card call in post-treatment
174#D-           Ulam do not see brodie filesystem
175#D-           Cesium do not see all mercure filesystem
176#D-           That's why we need this hack.
177#D-* Examples:
178#D-
179function IGCM_sys_RshMaster {
180    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshMaster" $@
181    /bin/ksh <<-EOF
182    export libIGCM=${libIGCM}
183    export DEBUG_debug=${DEBUG_debug}
184    . ${libIGCM}/libIGCM_debug/libIGCM_debug.ksh
185    . ${libIGCM}/libIGCM_card/libIGCM_card.ksh
186    ${@}
187EOF
188    if [ $? -gt 0 ] ; then
189        echo "IGCM_sys_RshMaster : erreur."
190        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshMaster"
191    fi
192    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshMaster"
193}
194
195#D-#==================================================
196#D-function IGCM_sys_RshArchive
197#D-* Purpose: Archive rsh command
198#D-* Examples:
199#D-
200function IGCM_sys_RshArchive {
201    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshArchive" $@
202    /bin/ksh <<-EOF
203    ${@}
204EOF
205    if [ $? -gt 0 ] ; then
206        echo "IGCM_sys_RshArchive : erreur."
207        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshArchive"
208    fi
209    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshArchive"
210}
211
212#D-#==================================================
213#D-function IGCM_sys_RshPost
214#D-* Purpose: Post-process rsh command
215#D-* Examples:
216#D-
217function IGCM_sys_RshPost {
218    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshPost" $@
219    if ( $DEBUG_sys ) ; then
220        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@
221    fi
222
223    typeset NB_ESSAI DELAI status i
224    # keep standard input for the loop onto temporary file
225    cat >tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
226
227    #echo cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ INITIAL
228    #cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
229
230    if [ "X$( grep rebuild_from tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ )" != "X" ] ; then
231        # little hack so that rebuild submission is done on titane not an cesium
232        #
233        libIGCM_POST_sed=$( echo $libIGCM_POST | sed 's/\//\\\//g' )
234        POST_DIR_sed=$( echo ${POST_DIR} | sed 's/\//\\\//g' )
235        sed "s/IGCM_sys_QsubPost/IGCM_sys_Qsub/g" tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ > tmp.txt
236        sed "s/ rebuild_fromWorkdir/ ${libIGCM_POST_sed}\/rebuild_fromWorkdir.job/g" tmp.txt > tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
237        sed "s/ rebuild_fromArchive/ ${libIGCM_POST_sed}\/rebuild_fromArchive.job/g" tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ > tmp.txt
238        sed "s/Script_Post_Output=/Script_Output=${POST_DIR_sed}\//g" tmp.txt > tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
239        #\mv tmp.txt tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
240        #
241        #echo cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$ AFTER
242        #cat tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
243        /bin/ksh <tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
244        if [ $? -gt 0 ] ; then
245            echo "IGCM_sys_RshPost : erreur."
246            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost"
247        fi
248        # delete temporary file
249        \rm tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
250    else
251        # number of tentative
252        NB_ESSAI=10
253        # time delay between tentative
254        DELAI=10
255        i=0
256        while [ $i -ne $NB_ESSAI ] ; do
257            ssh -t titane996 ssh cesium /bin/ksh <tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
258            status=$?
259            if [ ${status} -ne 0 ];
260            then
261                sleep $DELAI
262            else
263                break
264            fi
265            let i=$i+1
266        done
267        # delete temporary file
268        \rm tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
269
270        if [ ${status} -gt 0 ] ; then
271            echo "IGCM_sys_RshPost : erreur."
272            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost"
273        fi
274    fi
275    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost"
276}
277
278#D-#==================================================
279#D-function IGCM_sys_SendMail
280#D-* Purpose: Send mail when simulation is over
281#D-* Examples:
282#D-
283function IGCM_sys_SendMail {
284    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_SendMail" $@
285    if ( $DEBUG_sys ) ; then
286       echo "IGCM_sys_SendMail :" $@
287    fi
288
289    if ( ${ExitFlag} ) ; then
290        status=failed
291    else
292        status=completed
293    fi
294
295    ssh -t titane996 ssh platine /bin/ksh <<-EOF
296    export LOGIN=${LOGIN}
297    export config_UserChoices_JobName=${config_UserChoices_JobName}
298    export config_UserChoices_MailName=${config_UserChoices_MailName}
299    export DateBegin=${DateBegin}
300    export DateEnd=${DateEnd}
301    export R_SAVE=${R_SAVE}
302    export SUBMIT_DIR=${SUBMIT_DIR}
303    export status=${status}
304
305    cat  << END_MAIL > job_end.mail
306Dear ${LOGIN},
307
308  Simulation ${config_UserChoices_JobName} is ${status} on supercomputer `hostname`.
309  Job started : ${DateBegin}
310  Job ended   : ${DateEnd}
311  Output files are available in ${R_SAVE}
312  Script files, Script Outputs and Debug files (if necessary) are available in ${SUBMIT_DIR}
313END_MAIL
314
315    if [ ! -z ${config_UserChoices_MailName} ] ; then
316        mailx -s "${config_UserChoices_JobName} ${status}" ${config_UserChoices_MailName} < job_end.mail
317    elif [ -f ~/.forward ] ; then
318        mailx -s "${config_UserChoices_JobName} ${status}" $( cat ~/.forward ) < job_end.mail
319    fi
320
321    sleep 10
322    rm -f job_end.mail
323EOF
324
325    if [ $? -gt 0 ] ; then
326        echo "IGCM_sys_SendMail : erreur."
327        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_SendMail"
328    fi
329    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_SendMail"
330}
331
332#D-#==================================================
333#D-function IGCM_sys_Mkdir
334#D-* Purpose: Master locale mkdir command
335#D-* Examples:
336#D-
337function IGCM_sys_Mkdir {
338    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mkdir" $@
339    if ( $DEBUG_sys ) ; then
340        echo "IGCM_sys_Mkdir :" $@
341    fi
342    if [ ! -d ${1} ]; then
343        \mkdir -p $1
344        if [ $? -gt 0 ] ; then
345            echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
346            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
347        fi
348    fi
349    # vérification :
350    if [ ! -d ${1} ] ; then
351        echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
352        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
353    fi
354    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mkdir"
355}
356
357#D-#==================================================
358#D-function IGCM_sys_MkdirArchive
359#D-* Purpose: Mkdir on Archive
360#D-* Examples:
361#D-
362function IGCM_sys_MkdirArchive {
363    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirArchive" $@
364    if ( $DEBUG_sys ) ; then
365        echo "IGCM_sys_MkdirArchive :" $@
366    fi
367    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
368    if [ ! -d ${1} ]; then 
369        \mkdir -p $1
370        if [ $? -gt 0 ] ; then
371            echo "IGCM_sys_MkdirArchive : erreur."
372            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirArchive"
373        fi
374    fi
375    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirArchive"
376}
377
378#D-#==================================================
379#D-function IGCM_sys_MkdirWork
380#D-* Purpose: Mkdir on Work
381#D-* Examples:
382#D-
383function IGCM_sys_MkdirWork {
384    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirWork" $@
385    if ( $DEBUG_sys ) ; then
386        echo "IGCM_sys_MkdirWork :" $@
387    fi
388    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
389    if [ ! -d ${1} ]; then 
390        \mkdir -p $1
391        if [ $? -gt 0 ] ; then
392            echo "IGCM_sys_MkdirWork : erreur."
393            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirWork"
394        fi
395    fi
396    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirWork"
397}
398
399#D-#==================================================
400#D-function IGCM_sys_Cd
401#D-* Purpose: master cd command
402#D-* Examples:
403#D-
404function IGCM_sys_Cd {
405    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cd" $@
406    if ( $DEBUG_sys ) ; then
407        echo "IGCM_sys_Cd :" $@
408    fi
409    \cd $1
410    if [ $? -gt 0 ] ; then
411        echo "IGCM_sys_Cd : erreur."
412        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cd"
413    fi
414    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cd"
415}
416
417#D-#==================================================
418#D-function IGCM_sys_Chmod
419#D-* Purpose: Chmod
420#D-* Examples:
421#D-
422function IGCM_sys_Chmod {
423    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Chmod" -- $@
424    if ( $DEBUG_sys ) ; then
425        echo "IGCM_sys_Chmod :" $@
426    fi
427    if [ $DRYRUN -le 1 ]; then
428        \chmod $@
429        if [ $? -gt 0 ] ; then
430            echo "IGCM_sys_Chmod : erreur."
431            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Chmod"
432        fi
433    else
434        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
435    fi
436    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Chmod"
437}
438
439#D-#==================================================
440#D-function IGCM_sys_FileSize
441#D-* Purpose: Filesize
442#D-* Examples:
443#D-
444function IGCM_sys_FileSize {
445    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FileSize" $@
446
447    typeset sizeF
448    set +A sizeF -- $( ls -la ${1} )
449    if [ $? -gt 0 ] ; then
450        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_FileSize"
451    fi
452    eval ${2}=${sizeF[4]}
453
454    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FileSize"
455}
456
457#D-#==================================================
458#D-function IGCM_sys_TestDir
459#D-* Purpose: Test Directory that must exists
460#D-* Examples:
461#D-
462function IGCM_sys_TestDir {
463    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDir" $@
464    if ( $DEBUG_sys ) ; then
465        echo "IGCM_sys_TestDir :" $@
466    fi
467    typeset ExistFlag
468    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
469    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDir"
470
471    return ${ExistFlag}
472}
473
474#D-#==================================================
475#D-function IGCM_sys_TestDirArchive
476#D-* Purpose: Test Directory that must exists on Archive
477#D-* Examples:
478#D-
479function IGCM_sys_TestDirArchive {
480    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDirArchive" $@
481    if ( $DEBUG_sys ) ; then
482        echo "IGCM_sys_TestDirArchive :" $@
483    fi
484    typeset ExistFlag
485    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
486    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDirArchive"
487
488    return ${ExistFlag}
489}
490
491#D-#==================================================
492#D-function IGCM_sys_TestFileArchive
493#D-* Purpose: Test file that must NOT EXISTS on Archive
494#D-* Examples:
495#D-
496function IGCM_sys_TestFileArchive {
497    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestFileArchive" $@
498    typeset ExistFlag
499    ExistFlag=$( [ -f $1 ] && echo 0 || echo 1 )
500    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestFileArchive"
501
502    return ${ExistFlag}
503}
504
505#D-#==================================================
506#D-function IGCM_sys_CountFileArchive
507#D-* Purpose: Count files on Archive filesystem
508#D-* Examples:
509#D-
510function IGCM_sys_CountFileArchive {
511    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_CountFileArchive" $@
512    ls ${@} 2>/dev/null | wc -l
513    if [ $? -gt 0 ] ; then
514        echo "IGCM_sys_CountFileArchive : erreur."
515    fi
516    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_CountFileArchive"
517}
518
519#D-#==================================================
520#D-function IGCM_sys_Tree
521#D-* Purpose: Tree directories with files on ${ARCHIVE}
522#D-* Examples: IGCM_sys_Tree ${R_IN} ${R_OUT}
523#D-
524function IGCM_sys_Tree {
525    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tree" $@
526    if ( $DEBUG_sys ) ; then
527        echo "IGCM_sys_Tree :" $@
528    fi
529
530    \ls -lR ${@}
531
532    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tree"
533}
534
535#D-#==================================================
536#D-function IGCM_sys_Tar
537#D-* Purpose: master un-tar command
538#D-* Examples:
539#D-
540function IGCM_sys_Tar {
541    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tar" $@
542    if ( $DEBUG_sys ) ; then
543        echo "IGCM_sys_Tar :" $@
544    fi
545    \tar xvf $1
546    if [ $? -gt 0 ] ; then
547        echo "IGCM_sys_Tar : erreur."
548        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Tar"
549    fi
550    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tar"
551}
552
553#D-#==================================================
554#D-function IGCM_sys_UnTar
555#D-* Purpose: master un-tar command
556#D-* Examples:
557#D-
558function IGCM_sys_UnTar {
559    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_UnTar" $@
560    if ( $DEBUG_sys ) ; then
561        echo "IGCM_sys_UnTar :" $@
562    fi
563    \tar xvf $1
564    if [ $? -gt 0 ] ; then
565        echo "IGCM_sys_UnTar : erreur."
566        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_UnTar"
567    fi
568    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_UnTar"
569}
570
571#D-#==================================================
572#D-function IGCM_sys_Qsub
573#D-* Purpose: Qsub new job
574#D-* Examples:
575#D-
576function IGCM_sys_Qsub {
577    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Qsub" $@
578    if ( $DEBUG_sys ) ; then
579        echo "IGCM_sys_Qsub :" $@
580    fi
581
582    if [ ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} = "." ] ; then
583        /usr/local/bin/ccc_msub -o ${Script_Output} -e ${Script_Output} < $1
584    else
585        /usr/local/bin/ccc_msub -o ${Script_Output} -e ${Script_Output} -r ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} < $1
586    fi
587
588    if [ $? -gt 0 ] ; then
589        echo "IGCM_sys_Qsub : erreur " $@
590        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Qsub"
591    fi
592    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Qsub"
593}
594
595#D-#==================================================
596#D-function IGCM_sys_QsubPost
597#D-* Purpose: Qsub new job on scalaire
598#D-* Examples:
599#D-
600function IGCM_sys_QsubPost {
601    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_QsubPost" $@
602    if ( $DEBUG_sys ) ; then
603        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@
604    fi
605    /usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/${Script_Post_Output}.out -e ${POST_DIR}/${Script_Post_Output}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job
606    if [ $? -gt 0 ] ; then
607        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@
608        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_QsubPost"
609    fi
610    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_QsubPost"
611}
612
613#D-*************************
614#D- File transfer functions
615#D-*************************
616#D-
617
618#D-#==================================================
619#D-function IGCM_sys_Rsync_out
620#D-* Purpose: treat return val of rsync
621#D-* Examples: IGCM_sys_Rsync_out out_RET_rsync
622#D-  Error values and explanations can depend on your system version.
623function IGCM_sys_Rsync_out {
624    RET=$1
625    if [ ! $RET ] ; then
626        echo "rsync error !"
627    fi
628
629    if [ $MYLANG = "fr" ]; then
630        case $RET in
631            0)  return ;;
632            1)  echo "Erreur de rsync ; RERR_SYNTAX : "
633                echo "Erreur de syntaxe ou d'utilisation."
634                return;;
635            2)  echo "Erreur de rsync ; RERR_PROTOCOL : "
636                echo "Incompatibilité de protocole."
637                return;;
638            3)  echo "Erreur de rsync ; RERR_FILESELECT 3"
639                echo "Erreurs  lors  de  la  sélection des fichiers d'entrée sortie et"
640                echo "répertoires"
641                return;;
642            4)  echo "Erreur de rsync ; RERR_UNSUPPORTED"
643                echo "Action demandée non supportée : une tentative de manipulation de"
644                echo "fichiers  64-bits  sur une plate-forme qui ne les supporte pas a"
645                echo "été faite ; ou une option qui est supportée par le  client  mais"
646                echo "pas par le serveur a été spécifiée."
647                return;;
648            10) echo "Erreur de rsync ; RERR_SOCKETIO"
649                echo "Erreur dans le socket d'entrée sortie"
650                return;;
651            11) echo "Erreur de rsync ; RERR_FILEIO"
652                echo "Erreur d'entrée sortie fichier"
653                return;;
654            12) echo "Erreur de rsync ; RERR_STREAMIO"
655                echo "Erreur dans flux de donnée du protocole rsync"
656                return;;
657            13) echo "Erreur de rsync ; RERR_MESSAGEIO"
658                echo "Erreur avec les diagnostics du programme"
659                return;;
660            14) echo "Erreur de rsync ; RERR_IPC"
661                echo "Erreur dans le code IPC"
662                return;;
663            20) echo "Erreur de rsync ; RERR_SIGNAL"
664                echo "SIGUSR1 ou SIGINT reçu"
665                return;;
666            21) echo "Erreur de rsync ; RERR_WAITCHILD"
667                echo "Une erreur retournée par waitpid()"
668                return;;
669            22) echo "Erreur de rsync ; RERR_MALLOC"
670                echo "Erreur lors de l'allocation des tampons de mémoire de coeur"
671                return;;
672            23) echo ""
673                echo "Erreur fichier inexistant"
674                return;;
675            30) echo "Erreur de rsync ; RERR_TIMEOUT"
676                echo "Temps d'attente écoulé dans l'envoi/réception de données"
677                return;;
678            *)  echo "Erreur de rsync : code de retour de rsync inconnu :" $RET
679                return;;
680        esac
681    elif [ $MYLANG = "en" ] ; then
682        case $RET in
683            0)  return;;               
684            1)  echo "rsync error : Syntax or usage error "
685                return;;
686            2)  echo "rsync error : Protocol incompatibility "
687                return;;
688            3)  echo "rsync error : Errors selecting input/output files, dirs"
689                return;;
690            4)  echo "rsync error : Requested action not supported: an attempt"
691                echo "was made to manipulate 64-bit files on a platform that cannot support"
692                echo "them; or an option was specified that is supported by the client and"
693                echo "not by the server."
694                return;;
695            5)  echo "rsync error : Error starting client-server protocol"
696                return;;
697            10) echo "rsync error : Error in socket I/O "
698                return;;
699            11) echo "rsync error : Error in file I/O "
700                return;;
701            12) echo "rsync error : Error in rsync protocol data stream "
702                return;;
703            13) echo "rsync error : Errors with program diagnostics "
704                return;;
705            14) echo "rsync error : Error in IPC code "
706                return;;
707            20) echo "rsync error : Received SIGUSR1 or SIGINT "
708                return;;
709            21) echo "rsync error : Some error returned by waitpid() "
710                return;;
711            22) echo "rsync error : Error allocating core memory buffers "
712                return;;
713            23) echo "rsync error : Partial transfer due to error"
714                return;;
715            24) echo "rsync error : Partial transfer due to vanished source files"
716                return;;
717            30) echo "rsync error : Timeout in data send/receive "
718                return;;
719            *)  echo "rsync error : return code of rsync unknown :" $RET
720                return;;
721        esac
722    else
723        echo "unknown language $MYLANG."
724        return
725    fi
726}
727   
728
729#D-#==================================================
730#D-function IGCM_sys_Miror_libIGCM
731#D-* Purpose: Mirror libIGCM PATH and lib to cesium
732#D-* Examples:
733#D-
734function IGCM_sys_Mirror_libIGCM {
735    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
736    if ( $DEBUG_sys ) ; then
737        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
738    fi
739
740    typeset RET DEST
741
742    mkdir -p ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}
743
744    echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} > out_rsync 2>&1
745    ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} >> out_rsync 2>&1
746    RET=$?
747
748    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
749        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM Warning : no libIGCM on cesium."
750        cat out_rsync
751    fi
752    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
753}
754
755#====================================================
756#- Call IGCM_sys_Mirror_libIGCM now !
757if ( $MirrorlibIGCM ) ; then
758    IGCM_sys_Mirror_libIGCM
759fi
760
761#D-#==================================================
762#D-function IGCM_sys_Cp
763#D-* Purpose: generic cp
764#D-* Examples:
765#D-
766function IGCM_sys_Cp {
767    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cp" $@
768    if ( $DEBUG_sys ) ; then
769        echo "IGCM_sys_Cp :" $@
770    fi
771
772    typeset RET
773
774    echo cp $@ > out_rsync 2>&1
775    \cp $@ >> out_rsync 2>&1
776    RET=$?
777
778    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
779        echo "IGCM_sys_Cp : error."
780        cat out_rsync
781        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cp"
782     else
783         \rm out_rsync
784    fi
785    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cp"
786}
787
788#D-#==================================================
789#D-function IGCM_sys_Rm
790#D-* Purpose: generic rm
791#D-* Examples:
792#D-
793function IGCM_sys_Rm {
794    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Rm" -- $@
795    if ( $DEBUG_sys ) ; then
796        echo "IGCM_sys_Rm :" $@
797    fi
798
799    typeset RET
800
801    echo rm $@ > out_rsync 2>&1
802    \rm $@ >> out_rsync 2>&1
803    RET=$?
804
805    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
806        echo "IGCM_sys_Rm : error."
807        cat out_rsync
808        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm"
809    else
810        \rm out_rsync
811    fi
812    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Rm"
813}
814
815#D-#==================================================
816#D-function IGCM_sys_RmRunDir
817#D-* Purpose: rm tmpdir (dummy function most of the time batch
818#D-                      scheduler will do the job)
819#D-* Examples:
820#D-
821function IGCM_sys_RmRunDir {
822    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RmRunDir" -- $@
823    if ( $DEBUG_sys ) ; then
824        echo "IGCM_sys_RmRunDir :" $@
825    fi
826
827    typeset RET
828
829    echo rm $@ > out_rsync 2>&1
830    \rm $@ >> out_rsync 2>&1
831    RET=$?
832
833    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
834        echo "IGCM_sys_RmRunDir : error."
835        cat out_rsync
836        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RmRunDir"
837    else
838        \rm out_rsync
839    fi
840
841    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RmRunDir"
842}
843
844#D-#==================================================
845#D-function IGCM_sys_Mv
846#D-* Purpose: generic move
847#D-* Examples:
848#D-
849function IGCM_sys_Mv {
850    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mv" $@
851    if ( $DEBUG_sys ) ; then
852        echo "IGCM_sys_Mv :" $@
853    fi
854
855    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
856
857        typeset RET
858           
859        echo mv $@ > out_rsync 2>&1
860        \mv $@ >> out_rsync 2>&1
861        RET=$?
862   
863        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
864            echo "IGCM_sys_Mv : error in mv."
865            cat out_rsync
866            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mv"
867        else
868            \rm out_rsync
869        fi
870    else
871        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
872    fi
873
874    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mv"
875}
876
877#D-#==================================================
878#D-function IGCM_sys_Put_Dir
879#D-* Purpose: Copy a complete directory on $(ARCHIVE)
880#D-* Examples:
881#D-
882function IGCM_sys_Put_Dir {
883    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Dir" $@
884    if ( $DEBUG_sys ) ; then
885        echo "IGCM_sys_Put_Dir :" $@
886    fi
887    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
888        if [ ! -d ${1} ] ; then
889            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
890            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
891            return
892        fi
893
894        typeset RET
895
896        # Only if we use rsync
897        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
898        #
899        #USUAL WAY
900        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
901        RET=$?
902
903        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
904            echo "IGCM_sys_Put_Dir : error."
905            cat out_rsync
906            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Dir"
907        else
908            \rm out_rsync
909        fi
910    else
911        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
912    fi
913    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
914}
915
916#D-#==================================================
917#D-function IGCM_sys_Get_Dir
918#D-* Purpose: Copy a complete directory from $(ARCHIVE)
919#D-* Examples:
920#D-
921function IGCM_sys_Get_Dir {
922    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Dir" $@
923    if ( $DEBUG_sys ) ; then
924        echo "IGCM_sys_Get_Dir :" $@
925    fi
926    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
927#       if [ ! -d ${1} ] ; then
928#           echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
929#           IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
930#           return
931#       fi
932
933        typeset RET
934
935        # Only if we use rsync
936        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
937        #
938        #USUAL WAY
939        # add dmget (to demigrate all offline files) to reduce time of this command :
940        dmget $1/*
941        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
942        RET=$?
943
944        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
945            echo "IGCM_sys_Get_Dir : error."
946            cat out_rsync
947            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Dir"
948        else
949            \rm out_rsync
950        fi
951    else
952        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
953    fi
954    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
955}
956
957#D-#==================================================
958#D-function IGCM_sys_Get_Master
959#D-* Purpose: Copy a complete directory from MASTER filesystem
960#D-* Examples:
961#D-
962function IGCM_sys_Get_Master {
963    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Master" $@
964    if ( $DEBUG_sys ) ; then
965        echo "IGCM_sys_Get_Master :" $@
966    fi
967    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
968        if [ ! -d ${1} ] ; then
969            echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Master ${1} DOES NOT EXIST ."
970            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Master"
971            return
972        fi
973
974        typeset RET
975
976        #USUAL WAY
977        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
978        RET=$?
979
980        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
981            echo "IGCM_sys_Get_Master : error."
982            cat out_rsync
983            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Master"
984        fi
985    else
986        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
987    fi
988    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Master"
989}
990
991#D-#==================================================
992#D-function IGCM_sys_Put_Rest
993#D-* Purpose: Put computied restarts on $(ARCHIVE).
994#D-           File and target directory must exist.
995#D-* Examples:
996#D-
997function IGCM_sys_Put_Rest {
998    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Rest" $@
999    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1000        echo "IGCM_sys_Put_Rest :" $@
1001    fi
1002    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
1003        if [ ! -f ${1} ] ; then
1004            echo "ERROR : IGCM_sys_Put_Rest ${1} DOES NOT EXIST ."
1005            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
1006        fi
1007
1008        typeset RET
1009        #
1010        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
1011            IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
1012        fi
1013        #
1014        IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
1015        #
1016        # USUAL WAY
1017        \cp $1 $2 > out_rsync 2>&1
1018        RET=$?
1019
1020#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
1021#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
1022#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
1023
1024#       #RSYNC WITH NFS USE
1025#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
1026#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
1027
1028#       RET=$?
1029#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
1030
1031#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
1032#       (( RET=RET+$? ))
1033
1034        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1035            echo "IGCM_sys_Put_Rest : error."
1036            cat out_rsync
1037            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
1038        else
1039            \rm out_rsync
1040        fi
1041    else
1042        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
1043    fi
1044    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Rest"
1045}
1046
1047#D-#==================================================
1048#D-function IGCM_sys_Put_Out
1049#D-* Purpose: Copy a file on $(ARCHIVE) after have chmod it in readonly
1050#D-* Examples:
1051#D-
1052function IGCM_sys_Put_Out {
1053    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Out" $@
1054    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1055        echo "IGCM_sys_Put_Out :" $@
1056    fi
1057    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
1058        if [ ! -f ${1} ] ; then
1059            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Out ${1} DOES NOT EXIST ."
1060            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
1061            return 1
1062        fi
1063        #
1064        IGCM_sys_MkdirArchive $( dirname $2 )
1065        #
1066        typeset RET
1067
1068        #=====================================================
1069        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
1070        #=====================================================
1071
1072        #echo ${2} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
1073        #if [ $? -eq 0 ] ; then
1074        #    typeset WORKPATH FILEPATH
1075        #    WORKPATH=$( dirname $2 | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
1076        #    IGCM_sys_MkdirWork ${WORKPATH}
1077        #    FILEPATH=${WORKPATH}/$( basename $2 )
1078        #    #
1079        #    IGCM_sys_Cp ${1} ${FILEPATH}
1080        #fi
1081
1082        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
1083            if [ X${3} = X ] ; then
1084                IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
1085            fi
1086        fi
1087        #
1088        # USUAL WAY
1089        \cp $1 $2 > out_rsync 2>&1
1090        RET=$?
1091
1092#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
1093#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
1094#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
1095
1096#       #RSYNC WITH NFS USE
1097#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
1098#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
1099
1100#       RET=$?
1101#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
1102
1103#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
1104#       (( RET=RET+$? ))
1105
1106        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1107            echo "IGCM_sys_Put_Out : error."
1108            cat out_rsync
1109            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Out"
1110        else
1111            \rm out_rsync
1112        fi
1113    else
1114        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
1115    fi
1116    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
1117    return 0
1118}
1119
1120#D-#==================================================
1121#D-function IGCM_sys_Get
1122#D-* Purpose: Get a file from ${ARCHIVE}
1123#D-* Examples: IGCM_sys_Get myfile /destpath/myfile_with_PREFIX
1124#D-            IGCM_sys_Get /l Array_contain_myfiles /destpath/
1125function IGCM_sys_Get {
1126    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get" $@
1127
1128    typeset DEST RET dm_liste ifile target file_work
1129
1130    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1131        echo "IGCM_sys_Get :" $@
1132    fi
1133    if [ $DRYRUN -le 2 ]; then
1134        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1135            # test if the first file is present in the old computation :
1136            eval set +A dm_liste \${${2}}
1137        else
1138            eval set +A dm_liste ${1}
1139        fi
1140        eval DEST=\${${#}}
1141
1142        #=====================================================
1143        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
1144        #=====================================================
1145
1146        # Is it an R_OUT file (not R_IN) ?
1147        #echo ${dm_liste[0]} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
1148        #if [ $? -eq 0 ] ; then
1149        #    # Yes  ? then we try to get it in SCRATCHDIR
1150        #    set +A file_work $( echo ${dm_liste[*]} | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|g" )
1151        #    if [ -f ${file_work[0]} ] ; then
1152        #       IGCM_sys_Cp ${file_work[*]} ${DEST}
1153        #       IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1154        #       return
1155        #    fi
1156        #fi
1157
1158        # test if the (first) file is present in the old computation :
1159        IGCM_sys_TestFileArchive ${dm_liste[0]}
1160        RET=$?
1161        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1162            echo "IGCM_sys_Get, ERROR : regular file ${dm_liste[0]} DOES NOT EXIST ."
1163            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1164        fi
1165
1166        dmget ${dm_liste[*]} > out_rsync 2>&1
1167        RET=$?
1168
1169        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1170            echo "WARNING IGCM_sys_Get : demigration error."
1171            cat out_rsync
1172            echo "WARNING IGCM_sys_Get : will stop later if the cp fails."
1173        fi
1174
1175        #if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1176        #    if [ ! "X$( grep "Lost dmusrcmd connection" out_rsync )" = "X" ] ; then
1177        #       cat out_rsync
1178        #       echo "WARNING IGCM_sys_Get : Lost dmusrcmd connection : "
1179        #       sleep 30
1180        #       echo "We try another time"
1181        #       dmget ${dm_liste[*]} > out_rsync 2>&1
1182        #       RET=$?
1183        #       if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1184        #           echo "ERROR IGCM_sys_Get : again demigration error :"
1185        #           cat out_rsync
1186        #           IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1187        #       fi
1188        #    else
1189        #       echo "ERROR IGCM_sys_Get : demigration error :"
1190        #       cat out_rsync
1191        #       IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1192        #    fi
1193        #fi
1194
1195        #USUAL WAY
1196        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1197            (( RET=0 ))
1198            for target in ${dm_liste[*]} ; do
1199                local_file=$( basename ${target} )
1200                \cp ${target} ${DEST}/${local_file} >> out_rsync 2>&1
1201                (( RET = RET + $? ))
1202            done
1203        else
1204            \cp ${dm_liste} ${DEST} >> out_rsync 2>&1
1205            RET=$?
1206        fi
1207
1208#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
1209#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1210#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1211
1212#       #RSYNC WITH NFS USE
1213#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1214#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1215
1216#       RET=$?
1217#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
1218
1219#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
1220#       (( RET=RET+$? ))
1221
1222        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1223            echo "IGCM_sys_Get : copy error."
1224            cat out_rsync
1225            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1226        else
1227            \rm out_rsync
1228        fi
1229    else
1230        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
1231    fi
1232    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1233}
1234
1235############################################################## A FINIR !!
1236
1237#D-#==================================================
1238#D-function IGCM_sys_GetDate_FichWork
1239#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem WORK
1240#D-* Examples:
1241#D-
1242function IGCM_sys_GetDate_FichWork {
1243    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichWork" $@
1244    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1245        echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@
1246    fi
1247    # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work
1248    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichWork"
1249}
1250
1251#D-#==================================================
1252#D-function IGCM_sys_GetDate_FichArchive
1253#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem ARCHIVE
1254#D-* Examples:
1255#D-
1256function IGCM_sys_GetDate_FichArchive {
1257    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichArchive" $@
1258    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1259        echo "IGCM_sys_GetDate_FichArchive :" $@
1260    fi
1261    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichArchive"
1262}
1263
1264##############################################################
1265# REBUILD OPERATOR
1266
1267function IGCM_sys_rebuild {
1268    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_rebuild" -- $@
1269    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1270        echo "IGCM_sys_rebuild :" $@
1271    fi
1272    /home/cont003/p86ipsl/X64/bin/rebuild -f -o $@
1273    if [ $? -gt 0 ] ; then
1274       echo "IGCM_sys_rebuild : erreur ${@}."
1275       IGCM_debug_Exit "rebuild"
1276    fi
1277
1278    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_rebuild"
1279}
1280
1281############################################################
1282# Activate Running Environnment Variables
1283
1284function IGCM_sys_activ_variables {
1285    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_activ_variables"
1286    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1287        echo "IGCM_sys_activ_variables"
1288    fi
1289    ulimit -s 2097152
1290    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_activ_variables"
1291}
1292
1293############################################################
1294# Desactivate Running Environnment Variables
1295
1296function IGCM_sys_desactiv_variables {
1297    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1298    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1299        echo "IGCM_sys_desactiv_variables"
1300    fi
1301    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1302}
1303
1304############################################################
1305# Build run file
1306
1307function IGCM_sys_build_run_file {
1308    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_build_run_file" $@
1309    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1310        echo "IGCM_sys_build_run_file " $@
1311    fi
1312
1313    # set Number of processors for OCE here
1314    NUM_PROC_OCE=5
1315
1316    (( NUM_PROC_ATM = $BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_OCE - 1))
1317    (( nb_tot_m1    = $BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_OCE ))
1318    if [ $1 = MPI1 ]; then
1319        cat <<EOF > run_file
1320-np 1 ./oasis
1321-np ${NUM_PROC_ATM} ./lmdz.x
1322-np ${NUM_PROC_OCE} ./opa.xx
1323EOF
1324        config_UserChoices_JobRunOptions='"--app"'
1325        IGCM_sys_Chmod u+x run_file
1326    fi
1327    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_build_run_file"
1328 
1329}
1330
1331##############################################################
1332# NCO OPERATOR
1333
1334function IGCM_sys_ncatted {
1335    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncatted" -- $@
1336    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1337        echo "IGCM_sys_ncatted :" $@
1338    fi
1339    ncatted "$@"
1340    if [ $? -gt 0 ] ; then
1341       echo "IGCM_sys_ncatted : erreur ${@}."
1342       IGCM_debug_Exit "ncatted"
1343    fi
1344
1345    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncatted"
1346}
1347
1348function IGCM_sys_ncbo {
1349    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncbo" -- $@
1350    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1351        echo "IGCM_sys_ncbo :" $@
1352    fi
1353    ncbo $@
1354    if [ $? -gt 0 ] ; then
1355       echo "IGCM_sys_ncbo : erreur ${@}."
1356       IGCM_debug_Exit "ncbo"
1357    fi
1358
1359    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncbo"
1360}
1361
1362function IGCM_sys_ncdiff {
1363    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncdiff" -- $@
1364    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1365        echo "IGCM_sys_ncdiff :" $@
1366    fi
1367    ncdiff $@
1368    if [ $? -gt 0 ] ; then
1369       echo "IGCM_sys_ncdiff : erreur ${@}."
1370       IGCM_debug_Exit "ncdiff"
1371    fi
1372
1373    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncdiff"
1374}
1375
1376function IGCM_sys_ncea {
1377    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncea" -- $@
1378    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1379        echo "IGCM_sys_ncea :" $@
1380    fi
1381    ncea $@
1382    if [ $? -gt 0 ] ; then
1383       echo "IGCM_sys_ncea : erreur ${@}."
1384       IGCM_debug_Exit "ncea"
1385    fi
1386
1387    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncea"
1388}
1389
1390function IGCM_sys_ncecat {
1391    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncecat" -- $@
1392    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1393        echo "IGCM_sys_ncecat :" $@
1394    fi
1395    ncecat $@
1396    if [ $? -gt 0 ] ; then
1397       echo "IGCM_sys_ncecat : erreur ${@}."
1398       IGCM_debug_Exit "ncecat"
1399    fi
1400
1401    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncecat"
1402}
1403
1404function IGCM_sys_ncflint {
1405    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncflint" -- $@
1406    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1407        echo "IGCM_sys_ncflint :" $@
1408    fi
1409    ncflint $@
1410    if [ $? -gt 0 ] ; then
1411       echo "IGCM_sys_ncflint : erreur ${@}."
1412       IGCM_debug_Exit "ncflint"
1413    fi
1414
1415    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncflint"
1416}
1417
1418function IGCM_sys_ncks {
1419    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncks" -- $@
1420    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1421        echo "IGCM_sys_ncks :" $@
1422    fi
1423    ncks $@
1424    if [ $? -gt 0 ] ; then
1425       echo "IGCM_sys_ncks : erreur ${@}."
1426       IGCM_debug_Exit "ncks"
1427    fi
1428
1429    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncks"
1430}
1431
1432function IGCM_sys_ncpdq {
1433    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncpdq" -- $@
1434    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1435        echo "IGCM_sys_ncpdq :" $@
1436    fi
1437    ncpdq $@
1438    if [ $? -gt 0 ] ; then
1439       echo "IGCM_sys_ncpdq : erreur ${@}."
1440       IGCM_debug_Exit "ncpdq"
1441    fi
1442
1443    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncpdq"
1444}
1445
1446function IGCM_sys_ncra {
1447    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncra" -- $@
1448    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1449        echo "IGCM_sys_ncra :" $@
1450    fi
1451    ncra $@
1452    if [ $? -gt 0 ] ; then
1453       echo "IGCM_sys_ncra : erreur ${@}."
1454       IGCM_debug_Exit "ncra"
1455    fi
1456
1457    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncra"
1458}
1459
1460function IGCM_sys_ncrcat {
1461    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncrcat" -- $@
1462    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1463        echo "IGCM_sys_ncrcat :" $@
1464    fi
1465    ncrcat $@
1466    if [ $? -gt 0 ] ; then
1467       echo "IGCM_sys_ncrcat : erreur ${@}."
1468#       IGCM_debug_Exit "ncrcat"
1469    fi
1470
1471    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncrcat"
1472}
1473
1474function IGCM_sys_ncrename {
1475    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncrename" -- $@
1476    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1477        echo "IGCM_sys_ncrename :" $@
1478    fi
1479    ncrename $@
1480    if [ $? -gt 0 ] ; then
1481       echo "IGCM_sys_ncrename : erreur ${@}."
1482       IGCM_debug_Exit "ncrename"
1483    fi
1484
1485    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncrename"
1486}
1487
1488function IGCM_sys_ncwa {
1489    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_ncwa" -- $@
1490    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1491        echo "IGCM_sys_ncwa :" $@
1492    fi
1493    ncwa $@
1494    if [ $? -gt 0 ] ; then
1495       echo "IGCM_sys_ncwa : erreur ${@}."
1496       IGCM_debug_Exit "ncwa"
1497    fi
1498
1499    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_ncwa"
1500}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.