Changes between Version 193 and Version 194 of ModipslBeginner
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ModipslBeginner
v193 v194 1 1 = MODIPSL for beginner = 2 2 3 Derni ère mise à jour : 02/05/20113 Dernire mise jour : 16/03/2011 4 4 ---- 5 5 [[BR]] … … 7 7 [[PageOutline]] 8 8 9 '''MODIPSL pour les d ébutants'''10 11 MODIPSL est l'interface d'acc ès aux modèles de l'IPSL.12 Cette page r ésume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître.9 '''MODIPSL pour les dbutants''' 10 11 MODIPSL est l'interface d'accès aux modèles de l'IPSL. 12 Cette page résume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître. 13 13 [[BR]] 14 14 Cette page veut rassembler les informations pour les nouveaux utilisateurs et pointer 15 vers les pages plus compl ètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire. [[BR]]16 N'h ésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl" disponible sur cette page : [wiki:igcmg/Documentation]15 vers les pages plus complètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire. [[BR]] 16 N'hésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl" disponible sur cette page : [wiki:igcmg/Documentation] 17 17 [[BR]] 18 18 19 19 {{{ 20 #!comment Table des mati ères ancienne version20 #!comment Table des matières ancienne version 21 21 ---- 22 '''Table des mati ères'''22 '''Table des matières''' 23 23 * [wiki:ModipslBeginner#Environnementsdecalculs Environnements de Calculs] 24 24 * IDRIS 25 25 * CCRT 26 * [wiki:ModipslBeginner#Extrairemodipsl Acc ès Ãmodipsl]27 * [wiki:ModipslBeginner#Lectureseule Lecture seule (acc ès anonyme)]26 * [wiki:ModipslBeginner#Extrairemodipsl Accès à modipsl] 27 * [wiki:ModipslBeginner#Lectureseule Lecture seule (accès anonyme)] 28 28 * [wiki:ModipslBeginner#Modeadministrateur Mode administrateur ] 29 29 * [wiki:ModipslBeginner#PourensavoirplussurSVN Pour en savoir plus sur SVN ] 30 * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdesrepertoires Pr ésentation des répertoires de Modipsl]30 * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdesrepertoires Présentation des répertoires de Modipsl] 31 31 * [wiki:ModipslBeginner#Listedesconfigurations Liste des configurations] 32 32 * [wiki:ModipslBeginner#Travailleravecuneconfiguration Travailler avec une configuration] … … 36 36 * [wiki:ModipslBeginner#OptionsdecompilationsdeLMDZ Options de compilations de LMDZ] 37 37 * [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation Lancement d'une simulation] 38 * [wiki:ModipslBeginner#Casgeneral Cas g énéral ]39 * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdurepertoireexperience Pr ésentation du répertoire d'expérience]38 * [wiki:ModipslBeginner#Casgeneral Cas général ] 39 * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdurepertoireexperience Présentation du répertoire d'expérience] 40 40 * [wiki:ModipslBeginner#Creationdujob Creation du job ] 41 41 * [wiki:ModipslBeginner#Lancementdelasimulation Lancement de la simulation ] … … 43 43 * [wiki:ModipslBeginner#CasparticuliersLMDZ4OR_v2etLMDZINCA_v2 Cas particuliers LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2] 44 44 * Suivi de la simulation (Monitoring) 45 * Post-traitements syst ématiques (atlas)45 * Post-traitements systématiques (atlas) 46 46 * Plus d'informations : 47 47 * [wiki:ModipslBeginner#Etatdelasimulationencours Etat de la simulation en cours ] … … 49 49 * [wiki:ModipslBeginner#CommentlirelefichierScriptOutput Comment lire le fichier Script_output ] 50 50 * [wiki:ModipslBeginner#Outrouverlesfichiersdeoutput Ou trouver les fichiers de output ? ] 51 * O ùest le script de sortie dans tous les cas (normal ou anormal)?52 * O ùtrouver le journal de sortie?53 * Questions/R éponses :51 * Où est le script de sortie dans tous les cas (normal ou anormal)? 52 * Où trouver le journal de sortie? 53 * Questions/Réponses : 54 54 * Extraction : 55 55 * [wiki:ModipslBeginner#Motsdepasse Mots de passe] … … 60 60 * [wiki:ModipslBeginner#Poursuivreunesimulation Comment poursuivre?] 61 61 * Post-traitements : 62 * Comment v érifier les post-traitements?62 * Comment vérifier les post-traitements? 63 63 * Comment relancer les post-traitements seulement? 64 * Questions/R éponses des autres documentations :65 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#Red émarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un coupléIPSLCM4_v1]66 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#Red émarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un coupléIPSLCM4_v1_OASIS3]67 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ apr ès recopie d'un répertoire complet sur un autre]68 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lanc ées en parallèle]69 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment d éboguer le coupléavec totalview sur mercure]64 * Questions/Réponses des autres documentations : 65 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1] 66 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3] 67 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre] 68 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle] 69 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure] 70 70 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ libIGCM ] 71 71 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ#Messagesderreur Messages erreurs dans Script_output] … … 79 79 === IDRIS === 80 80 * http://www.idris.fr/ 81 * les machines de l'IDRIS disponibles pour le coupl ésont brodie (NEC SX-8) et vargas (IBM Power6). Pour vargas, voir informations plus loin.82 __M émo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__83 * PATH sur brodie : ajouter l'acc ès Ãsvn et fcm :81 * les machines de l'IDRIS disponibles pour le couplé sont brodie (NEC SX-8) et vargas (IBM Power6). Pour vargas, voir informations plus loin. 82 __Mémo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__ 83 * PATH sur brodie : ajouter l'accès à svn et fcm : 84 84 {{{ 85 85 PATH=$PATH:/TXlocal/pub/svn/svn-1.3.1/bin:/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin 86 86 }}} 87 87 * sur vargas, il faut 88 * avoir acc ès Ãsvn : {{{module load svn}}}88 * avoir accès à svn : {{{module load svn}}} 89 89 * avoir fcm dans son PATH : 90 90 {{{ 91 91 PATH=$PATH:/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin 92 92 }}} 93 * $WORKDIR sur ulam est tr ès vaste mais non sauvegardé. C'est lÃque les post-traitements tourneront in fine.94 * $WORKDIR sur brodie peut être étendu largement (50 Go pour le groupe par exemple). Le demander à l'assistance. Pour vérifier l'occupation et la taille :93 * $WORKDIR sur ulam est très vaste mais non sauvegardé. C'est là que les post-traitements tourneront in fine. 94 * $WORKDIR sur brodie peut être étendu largement (50 Go pour le groupe par exemple). Le demander à l'assistance. Pour vérifier l'occupation et la taille : 95 95 {{{ 96 96 quota_u -w 97 97 }}} 98 * sur ulam, il faut éviter les bavardages affichés lors de la connexion. Vérifier depuis brodie que la commande : rsh ulam pwd renvoie juste une ligne avec le HOME.98 * sur ulam, il faut éviter les bavardages affichés lors de la connexion. Vérifier depuis brodie que la commande : rsh ulam pwd renvoie juste une ligne avec le HOME. 99 99 {{{ 100 100 brodie : rsh ulam pwd … … 102 102 brodie : 103 103 }}} 104 * Il faut faire marcher les transferts brodie/gaya par mfget/mfput. Pour cela utiliser la commande '''Ftuas''' sur ulam (permet de faire connaitre le mot de passe gaya à brodie et Ãtoutes les machines).105 * Pour que le stockage sur le serveur dods.idris fonctionne, il faut faire marcher la commande '''rsh gaya pwd''' sur ulam. Pour cela remplir le fichier gaya:~/.rhosts (et lui donner les acc ès rw-------) avec :104 * Il faut faire marcher les transferts brodie/gaya par mfget/mfput. Pour cela utiliser la commande '''Ftuas''' sur ulam (permet de faire connaitre le mot de passe gaya à brodie et à toutes les machines). 105 * Pour que le stockage sur le serveur dods.idris fonctionne, il faut faire marcher la commande '''rsh gaya pwd''' sur ulam. Pour cela remplir le fichier gaya:~/.rhosts (et lui donner les accès rw-------) avec : 106 106 {{{ 107 107 ulam.idris.fr … … 110 110 brodie 111 111 }}} 112 * Pour les acc ès dods, il faut lancer de plus une commande mfdods sur gaya. Cela crée le lien (24h après la première fois) visible lÃ: http://dods.idris.fr/monlogin.113 * Pour donner les acc ès à tous (755 ou drwxr-xr-x) au WORKDIR de brodie, il faut demander Ãl'assistance IDRIS pour le niveau /u/rech/grp.112 * Pour les accès dods, il faut lancer de plus une commande mfdods sur gaya. Cela crée le lien (24h après la première fois) visible là : http://dods.idris.fr/monlogin. 113 * Pour donner les accès à tous (755 ou drwxr-xr-x) au WORKDIR de brodie, il faut demander à l'assistance IDRIS pour le niveau /u/rech/grp. 114 114 === CCRT === 115 * acc ès ouvert : http://www-ccrt.cea.fr/116 * acc ès protégé (authentification Ãl'aide de votre login et de votre mot de passe CCRT): https://www-ccrt.ccc.cea.fr115 * accès ouvert : http://www-ccrt.cea.fr/ 116 * accès protégé (authentification à l'aide de votre login et de votre mot de passe CCRT): https://www-ccrt.ccc.cea.fr 117 117 * [https://www-ccrt.ccc.cea.fr/intranetccrt/fr/ccrt/environnement_des_codes.htm Environnement des codes] 118 * les machines du CCRT disponibles pour le coupl é sont mercure (NEC SX-8 et NEC SX-9) et platine (Bull Itanium) et titane (Bull Xeon). Voir information spécifique titane plus loin.119 [[BR]] 120 __M émo des choses à faire sur un nouveau login au CCRT pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__121 * PATH sur mercure/platine/titane : ajouter l'acc ès Ãfcm :118 * les machines du CCRT disponibles pour le couplé sont mercure (NEC SX-8 et NEC SX-9) et platine (Bull Itanium) et titane (Bull Xeon). Voir information spécifique titane plus loin. 119 [[BR]] 120 __Mémo des choses à faire sur un nouveau login au CCRT pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__ 121 * PATH sur mercure/platine/titane : ajouter l'accès à fcm : 122 122 {{{ 123 123 PATH=$PATH:/home/cont003/p86ipsl/fcm/bin # MERCURE only … … 126 126 [[BR]] 127 127 ---- 128 ==== Conseil pour installer son environnement au ccrt ====129 Nous vous conseillons de garder le bash comme shell de login, et de récupérer les fichiers suivants :130 {{{131 ~p86ipsl/.bashrc132 ~p86ipsl/.bashrc_platine133 ~p86ipsl/.bashrc_mercure01134 ~p86ipsl/.bashrc_cesium135 ~p86ipsl/.bashrc_titane136 ~p86ipsl/.profile137 }}}138 139 Ces fichiers sont maintenus par le groupe esci et sont adaptés aux machines de calcul du CCRT. Lorsque des modifications majeures sont apportées140 à l'une des machines (exemple : le changement de frontale de la machine mercure en juin 2010) vous pouvez récupérer la nouvelle version du fichier concerné141 (.bashrc_machine).142 143 Avant de travailler il faut modifier votre nouveau fichier .bashrc en remplaçant les "~p86ipsl" par "~"144 {{{145 Exemple :146 cesium*)147 . ~p86ipsl/.bashrc_cesium ;;148 149 Devient :150 cesium*)151 . ~/.bashrc_cesium ;;152 }}}153 154 '''ATTENTION''' : ces fichiers vous permettent d'avoir un environnement correct pour les outils de post-traitement. Vous devez y rajouter les commandes nécessaires au calcul sur chaque machine155 {{{156 Pour mercure :157 module load netcdf_sx8158 159 Pour titane :160 module unload intel/10.1.022 mkl/10.1.1.019 ; module load intel/11.1.056 ; module load netcdf/3.6.3161 162 Pour chaque machine :163 ajouter au path ~p86ipsl/fcm/bin164 }}}165 166 '''NOTE ''' : si votre shell de login n'est pas bash, vous pouvez le modifier avec la commande chsh.167 168 128 169 129 == Extraire modipsl == … … 173 133 svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl 174 134 }}} 175 Pour vous simplifier la vie et éviter de retaper cette ligne de commande Ãchaque nouvelle extraction de modipsl, nous176 vous conseillons de vous cr éer un alias :135 Pour vous simplifier la vie et éviter de retaper cette ligne de commande à chaque nouvelle extraction de modipsl, nous 136 vous conseillons de vous créer un alias : 177 137 {{{ 178 138 alias svn_ano='svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl' … … 183 143 }}} 184 144 185 Attention sur vargas (IDRIS) il faut explicitement demander l'acc ès Ãsvn : {{{ module load subversion }}}145 Attention sur vargas (IDRIS) il faut explicitement demander l'accès à svn : {{{ module load subversion }}} 186 146 187 147 === Mode administrateur === … … 193 153 === Pour en savoir plus sur SVN === 194 154 * Le site officiel de subversion : http://subversion.tigris.org/ 195 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_p.html Pr ésentation de SVN (Jacques Bellier)]155 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_p.html Présentation de SVN (Jacques Bellier)] 196 156 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_swt.html SVN commandes] 197 157 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svnqref.html SVN quick reference guide] 198 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/key_ssh.html M émo sur la gestion des clés ssh]158 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/key_ssh.html Mémo sur la gestion des clés ssh] 199 159 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/inca/wiki/InstSvnInca Quelques commandes de base pour SVN (Anne Cozic)] 200 * [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/ESCI?action=AttachFile&do=get&target=Subversion_2008.pdf Point sur l'utilisation de SVN (Marie-Alice Foujols)] (acc ès restreint)160 * [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/ESCI?action=AttachFile&do=get&target=Subversion_2008.pdf Point sur l'utilisation de SVN (Marie-Alice Foujols)] (accès restreint) 201 161 202 162 [[BR]] … … 204 164 ---- 205 165 206 == Pr ésentation des répertoires de modipsl ==207 Apr ès avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires :166 == Présentation des répertoires de modipsl == 167 Après avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires : 208 168 * bin/ 209 169 * config/ … … 213 173 * tmp/ 214 174 * util/ 215 Tous ces r épertoires sont vides excepté le répertoire '''doc/''' contenant le texte de la licence CECILL (license216 sous laquelle sont plac és les modèles de l'IPSL) et le répertoire '''util/''' qui contient les scripts217 n écessaires à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. [[BR]]218 {{{ 219 mod.def >>>>>> D éfinition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags220 model >>>>>> Extraction des mod èles validés disponibles175 Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire '''doc/''' contenant le texte de la licence CECILL (license 176 sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire '''util/''' qui contient les scripts 177 nécessaires à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. [[BR]] 178 {{{ 179 mod.def >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags 180 model >>>>>> Extraction des modèles validés disponibles 221 181 ins_make >>>>>> Installation et configuration des Makefiles 222 182 ins_job >>>>>> Installation et configuration des scripts de lancement 223 183 }}} 224 Voir le transparent 26 de la pr ésentation.184 Voir le transparent 26 de la présentation. 225 185 226 186 [[BR]] … … 229 189 230 190 == Liste des configurations disponibles via modipsl == 231 Via modipsl vous pouvez avoir acc ès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL.232 Pour conna ître cette liste il vous suffit dans le répertoire '''util/''' de passer la commande suivante :191 Via modipsl vous pouvez avoir accès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL. 192 Pour connaître cette liste il vous suffit dans le répertoire '''util/''' de passer la commande suivante : 233 193 {{{ 234 194 cd modipsl/util … … 236 196 }}} 237 197 238 Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (mod èles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...)198 Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (modèles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...) 239 199 il faut passer la commande 240 200 {{{ … … 289 249 Local Dir 5 : . 290 250 }}} 291 La premi ère partie indique les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN.292 Ensuite est donn ée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes.251 La première partie indique les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN. 252 Ensuite est donnée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes. 293 253 294 254 [[BR]] … … 297 257 298 258 == Travailler avec une configuration choisie == 299 Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le mod èle couplé'''IPSLCM5A'''. Les autres configurations259 Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé '''IPSLCM5A'''. Les autres configurations 300 260 utilisant modipsl ('''IPSL_ESM_V1''', '''LMDZ4OR_v2''', '''LMDZINCA_v2''', '''LMDZORINCA''' ...) 301 suivent le m ême principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons.261 suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons. 302 262 [[BR]] 303 263 … … 308 268 ./model IPSLCM5A >>>> on choisit d'extraire la configuration IPSLCM5A 309 269 }}} 310 Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demand és. Pour les311 r écupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus model manager email address) [[BR]]312 En cas d'urgence, vous pouvez aussi r écupérer le fichier ~/.cvspass et le répertoire ~/.subversion d'un autre utilisateur.313 Cette commande r écupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée.314 Les sources de ces mod èles sont installées dans le répertoire '''modipsl/modeles/'''. Pour notre exemple315 vous obtenez les r épertoires suivants :270 Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les 271 récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus model manager email address) [[BR]] 272 En cas d'urgence, vous pouvez aussi récupérer le fichier ~/.cvspass et le répertoire ~/.subversion d'un autre utilisateur. 273 Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée. 274 Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire '''modipsl/modeles/'''. Pour notre exemple 275 vous obtenez les répertoires suivants : 316 276 * modipsl/modeles/IOIPSL/ 317 277 * modipsl/modeles/LMDZ4/ … … 321 281 * modipsl/modeles/XMLF90 322 282 * modipsl/modeles/XMLIO_SERVER 323 Modipsl installe également ce que l'on appelle une '''configuration'''. Elle est dans le répertoire283 Modipsl installe également ce que l'on appelle une '''configuration'''. Elle est dans le répertoire 324 284 '''modipsl/config/''' (ici modipsl/config/IPSLCM5A/). [[BR]] 325 Cette configuration vous permettra de [wiki:ModipslBeginner#Compilation compiler] l'ensemble des mod èles, puis de [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation lancer une simulation]. [[BR]]285 Cette configuration vous permettra de [wiki:ModipslBeginner#Compilation compiler] l'ensemble des modèles, puis de [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation lancer une simulation]. [[BR]] 326 286 [[BR]] 327 287 ==== Mots de passe ==== 328 288 329 Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au ''model manager email address''. Il est indiqu élors de la commande289 Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au ''model manager email address''. Il est indiqué lors de la commande 330 290 {{{ 331 291 ./model -h IPSLCM5A … … 334 294 335 295 === FCM === 336 Certains mod èles de l'IPSL utilisent l'outils [http://www.metoffice.gov.uk/research/nwp/external/fcm/ FCM] pour gérer la création de leur makefile (modèle LMDZ, modèle INCA ...).337 FCM n'est pas accessible par d éfaut sur les machines de calcul. Il est disponible sur les machines de l'IDRIS et du CCRT et vous devez l'ajouter Ãvotre PATH :296 Certains modèles de l'IPSL utilisent l'outils [http://www.metoffice.gov.uk/research/nwp/external/fcm/ FCM] pour gérer la création de leur makefile (modèle LMDZ, modèle INCA ...). 297 FCM n'est pas accessible par défaut sur les machines de calcul. Il est disponible sur les machines de l'IDRIS et du CCRT et vous devez l'ajouter à votre PATH : 338 298 {{{ 339 299 # sur mercure, platine et titane … … 348 308 === Compilation === 349 309 350 ==== Sp écificitétitane ====351 352 Pour compiler sur titane, il faut charger explicitement la bonne biblioth èque NetCDF. Faire :310 ==== Spécificité titane ==== 311 312 Pour compiler sur titane, il faut charger explicitement la bonne bibliothèque NetCDF. Faire : 353 313 {{{ 354 314 module load netcdf/3.6.3 355 315 }}} 356 316 357 Pour compiler le coupl é, voir plus loin les détails :358 * il faut supprimer les 2 cl és : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" dans config/IPSLCM5A/AA_make317 Pour compiler le couplé, voir plus loin les détails : 318 * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" dans config/IPSLCM5A/AA_make 359 319 * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Sinon le message est : 360 320 {{{ … … 368 328 gmake[2]: *** [../../../bin/opa] Error 1 369 329 }}} 370 La correction Ãfaire est la suivante :330 La correction à faire est la suivante : 371 331 {{{ 372 332 dans modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31) … … 378 338 }}} 379 339 380 ==== Sp écificitéSX8 ====381 382 Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se pr éparer une fonction pour cela, par exemple sx8 :340 ==== Spécificité SX8 ==== 341 342 Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx8 : 383 343 {{{ 384 344 sx8 () { module load netcdf_sx8 ; export PS1="SX8"' - $PWD : ' ; } 385 345 }}} 386 346 387 ==== Sp écificitéSX9 ====388 Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se pr éparer une fonction pour cela, par exemple sx9 :347 ==== Spécificité SX9 ==== 348 Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx9 : 389 349 {{{ 390 350 sx9 () { module switch SX8 SX9 ; module load netcdf_sx9 ; export PS1="SX9"' - $PWD : ' ; } 391 351 }}} 392 352 393 A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque lÃ, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera.353 A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera. 394 354 {{{ 395 355 **************************************************************** … … 402 362 }}} 403 363 404 La soumission des post-traitements se fait vers cesium depuis le 11/2009. Pour que cela marche il faut avoir cr éé une passphrase vide pour ssh et s'être connectésur cesium au moins une fois.405 406 M émo :364 La soumission des post-traitements se fait vers cesium depuis le 11/2009. Pour que cela marche il faut avoir créé une passphrase vide pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois. 365 366 Mémo : 407 367 {{{ 408 368 mercure : pwd … … 421 381 }}} 422 382 423 Commandes à passer pour vérifier que les post-traitements se feront bien sur ceisum :383 Commandes à passer pour vérifier que les post-traitements se feront bien sur ceisum : 424 384 425 385 {{{ … … 429 389 }}} 430 390 431 Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/Couple/CCRT/SX9 l Ã(Intranet)]391 Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/Couple/CCRT/SX9 là (Intranet)] 432 392 433 393 ==== Toutes machines ==== 434 394 435 Avant la premi ère compilation des différents modèles de votre configuration436 vous devez cr éer les makefiles adaptés Ãla machine sur laquelle vous travaillez.395 Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration 396 vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez. 437 397 {{{ 438 398 cd modipsl/util 439 399 ./ins_make 440 400 }}} 441 La commande ins_make permet de cr éer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM5A/Makefile'''.442 Ce Makefile contr ôle tous les makefiles des différents modèles utilisés. Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regénérer (sauf401 La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM5A/Makefile'''. 402 Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés. Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regénérer (sauf 443 403 changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture). [[BR]] 444 Vous pouvez ensuite lancer la compilation (r ésolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x95x39) :404 Vous pouvez ensuite lancer la compilation (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x95x39) : 445 405 {{{ 446 406 cd modipsl/config/IPSLCM5A/ … … 448 408 }}} 449 409 450 Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer diff érentes résolutions. Pour les connaître vous devez451 regarder les diff érentes target (normalement en lettres majuscules) dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM5A ce sont les suivantes :410 Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez 411 regarder les différentes target (normalement en lettres majuscules) dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM5A ce sont les suivantes : 452 412 * ORCA2xLMD4443 453 413 * ORCA2xLMD5655 … … 457 417 * ORCA2xLMD144142 458 418 * ORCA2xLMD144142-L39 459 Lorsque vous savez quelle r ésolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation :419 Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation : 460 420 {{{ 461 421 cd modipsl/config/IPSLCM5A/ 462 gmake resolution_desir ée422 gmake resolution_desirée 463 423 }}} 464 424 par exemple … … 467 427 }}} 468 428 469 Petit truc : A la fin de la compilation le makefile cr ée un fichier .resol qui contiendra la résolution470 de la derni ère compilation. Une fois ce fichier créévous pouvez ensuite relancer les compilations471 juste avec la commande '''gmake''' vous n' êtes plus obligé de préciser la résolution.429 Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution 430 de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations 431 juste avec la commande '''gmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution. 472 432 [[BR]] 473 433 ==== A qui signaler quand cela ne marche pas? ==== 474 Si il y a un probl ème de compilation vous pouvez vous adresser au ''model manager''. Il est indiquélors de la commande434 Si il y a un problème de compilation vous pouvez vous adresser au ''model manager''. Il est indiqué lors de la commande 475 435 {{{ 476 436 ./model -h IPSLCM5A … … 479 439 480 440 ==== Options de compilations de LMDZ ==== 481 LMDZ propose un certain nombre d'options de compilation que voil Ã:441 LMDZ propose un certain nombre d'options de compilation que voilà : 482 442 {{{ 483 443 makelmdz_fcm [options] -m arch exec 484 [-h] : manuel abr égé444 [-h] : manuel abrégé 485 445 [-d [[IMx]JMx]LM] : IM, JM, LM sont les dims en x, y, z (def: $dim) 486 446 [-p PHYS] : compilation avec la physique libf/phyPHYS, (def: lmd) 487 447 [-prod / -dev / -debug] : compilation en mode production (default) / developpement / debug . 488 [-c false/MPI1/MPI2] : coupl é océan : MPI1/MPI2/false (def: false)489 [-v false/true] : avec ou sans v égétation (def: false)448 [-c false/MPI1/MPI2] : couplé océan : MPI1/MPI2/false (def: false) 449 [-v false/true] : avec ou sans végétation (def: false) 490 450 [-chimie INCA/false] : avec ou sans model de chimie INCA (def: false) 491 451 [-parallel none/mpi/omp/mpi_omp] : parallelisation (default: none) : mpi, openmp ou mixte mpi_openmp … … 499 459 [-fcm_path path] : chemin pour fcm (def: le chemin est suppose deja exister dans le PATH) 500 460 -arch nom_arch : nom de l'architecture cible 501 exec : ex écutable généré502 }}} 503 Ces options sont utilis ées dans le fichier config/IPSLCM5A/Makefile. Notez que par défaut on demande la compilation en mode mpi.461 exec : exécutable généré 462 }}} 463 Ces options sont utilisées dans le fichier config/IPSLCM5A/Makefile. Notez que par défaut on demande la compilation en mode mpi. 504 464 [[BR]] 505 465 506 466 === Lancer une simulation === 507 ==== Cas g énéral ====508 '''NOTE''' avant la premi ère simulation veillez à créer le fichier ~/.forward contenant votre adresse mail, pour que les mails envoyés en fin de simulation soient509 bien redirig és vers votre boîte mail. [[BR]]510 511 ===== Pr ésentation du répertoire d'expérience =====512 Dans le r épertoire '''modipsl/config/IPSLCM5A/''' vous trouverez 1 sous répertoire EXP00 [[BR]]513 Ce r épertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation :467 ==== Cas général ==== 468 '''NOTE''' avant la première simulation veillez à créer le fichier ~/.forward contenant votre adresse mail, pour que les mails envoyés en fin de simulation soient 469 bien redirigés vers votre boîte mail. [[BR]] 470 471 ===== Présentation du répertoire d'expérience ===== 472 Dans le répertoire '''modipsl/config/IPSLCM5A/''' vous trouverez 1 sous répertoire EXP00 [[BR]] 473 Ce répertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation : 514 474 - un fichier config.card 515 - un r épertoire COMP/516 - un r épertoire PARAM/517 - un r épertoire POST/518 519 Le fichier config.card contient la fiche d'identit é de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (Ãsoi ou non).[[BR]]520 Le r épertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles[[BR]]521 Le r épertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas Ãchanger,522 ils indiquent les op érations à faire pour chaque composantes (modèles) de votre configuration. Les cartes523 contiennent les informations n écessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les524 fichiers d' émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement475 - un répertoire COMP/ 476 - un répertoire PARAM/ 477 - un répertoire POST/ 478 479 Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non).[[BR]] 480 Le répertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles[[BR]] 481 Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer, 482 ils indiquent les opérations à faire pour chaque composantes (modèles) de votre configuration. Les cartes 483 contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les 484 fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement 525 485 qu'on leur associe.) [[BR]] 526 Le r épertoire POST/ contient 2 fichiers de configuration des monitoring, spécifiques pour la glace lim2 et stomate. [[BR]]527 Vous trouverez plus d'informations sur les cartes l Ã: [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur Doc Utilisateur libIGCM]528 529 [[BR]] 530 ===== Etapes avant la cr éation du job de simulation =====486 Le répertoire POST/ contient 2 fichiers de configuration des monitoring, spécifiques pour la glace lim2 et stomate. [[BR]] 487 Vous trouverez plus d'informations sur les cartes là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur Doc Utilisateur libIGCM] 488 489 [[BR]] 490 ===== Etapes avant la création du job de simulation ===== 531 491 __'''config.card'''__ [[BR]] 532 Avant de cr éer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card [[BR]]533 Voici les rubriques Ãmodifier :492 Avant de créer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card [[BR]] 493 Voici les rubriques à modifier : 534 494 {{{ 535 495 JobName=_nom_simul_ 536 ExperimentName=pdControl (mettre le nom de l'exp érience selon le vocabulaire CMIP5. pdControl par défaut)496 ExperimentName=pdControl (mettre le nom de l'expérience selon le vocabulaire CMIP5. pdControl par défaut) 537 497 SpaceName=DEVT (mettre DEVT, TEST ou PROD) 538 498 DateBegin=_date_debut_simul_ 539 499 DateEnd=_date_fin_simul_ 540 PeriodLength= indiquez ici la fr équence de lancement de l'exécutable >>> voir ci-dessous après l'exemple500 PeriodLength= indiquez ici la fréquence de lancement de l'exécutable >>> voir ci-dessous après l'exemple 541 501 JobNumProcTot=_nombre_processeurs 542 502 }}} … … 551 511 552 512 __!PeriodLength__ : [[BR]] 553 !PeriodLength correspond à la fréquence des fichiers de sorties de votre modèle. Vous avez le choix entre554 1 jour, 5 jours, 1 mois ou 1 an (1D, 5D, 1M ou 1Y). Si vous choisissez 1D cela signifie que au bout d'une ann ée513 !PeriodLength correspond à la fréquence des fichiers de sorties de votre modèle. Vous avez le choix entre 514 1 jour, 5 jours, 1 mois ou 1 an (1D, 5D, 1M ou 1Y). Si vous choisissez 1D cela signifie que au bout d'une année 555 515 de simulation vous aurez 360 fichiers de sorties. Si vous choisissez 1M vous aurez 12 fichiers de sorties, et si 556 516 vous choisissez 1Y vous aurez 1 fichier de sortie. [[BR]] 557 '''Attention''' il faut imp érativement que !PeriodLength ne soit558 pas sup érieur à la durée de votre simulation : c'est Ãdire pour une simulation de 1 mois ne demandez pas une517 '''Attention''' il faut impérativement que !PeriodLength ne soit 518 pas supérieur à la durée de votre simulation : c'est à dire pour une simulation de 1 mois ne demandez pas une 559 519 !PeriodLength de 1 an. [[BR]] 560 520 561 '''__r épertoire COMP__'''[[BR]]562 Comme indiqu é ci-dessus le répertoire COMP contient une carte par composante (modèle) de votre configuration. Chacune563 de ces cartes est divis ée en différentes parties :564 * `[InitialStateFiles] >>>> indique les fichiers d' état initiaux utilisés pour votre simulation (ex start.nc et startphy.nc pour le modèle lmdz)`521 '''__répertoire COMP__'''[[BR]] 522 Comme indiqué ci-dessus le répertoire COMP contient une carte par composante (modèle) de votre configuration. Chacune 523 de ces cartes est divisée en différentes parties : 524 * `[InitialStateFiles] >>>> indique les fichiers d'état initiaux utilisés pour votre simulation (ex start.nc et startphy.nc pour le modèle lmdz)` 565 525 * `[BoundaryFiles] >>>> indique les fichiers de conditions aux limites (deux parties List pour les fichiers variant avec le temps, ` 566 526 ` et ListNonDel pour ceux qui ne varient pas)` 567 * `[ParametersFiles] >>>> liste des fichiers de param ètres pour le modèle (stockés dans EXP00/PARAM/) `568 * `[RestartFiles] >>>> liste des fichiers de restart pour le red émarrage du modèle : cette liste ne doit pas être modifiée`569 * `[OutputText] >>>> liste des fichiers texte en sortie du mod èle`570 * `[OutputFiles] >>>> liste des fichiers netcdf en sortie du mod èle avec le post-traitement éventuel`571 * `[Post_...] >>>> description des diff érentes post-traitements. `527 * `[ParametersFiles] >>>> liste des fichiers de paramètres pour le modèle (stockés dans EXP00/PARAM/) ` 528 * `[RestartFiles] >>>> liste des fichiers de restart pour le redémarrage du modèle : cette liste ne doit pas être modifiée` 529 * `[OutputText] >>>> liste des fichiers texte en sortie du modèle` 530 * `[OutputFiles] >>>> liste des fichiers netcdf en sortie du modèle avec le post-traitement éventuel` 531 * `[Post_...] >>>> description des différentes post-traitements. ` 572 532 573 A chaque fois la syntaxe utilis ée est la suivante :533 A chaque fois la syntaxe utilisée est la suivante : 574 534 575 535 ''(path_fichier, fichier)'' [[BR]] 576 Elle est équivalente Ã: [[BR]]536 Elle est équivalente à : [[BR]] 577 537 ''cp path_fichier fichier'' [[BR]] 578 538 … … 581 541 ListNonDel= (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf, .),\ 582 542 583 c'est équivalent Ã543 c'est équivalent à 584 544 585 545 cp ${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf . 586 546 }}} 587 547 588 '''ATTENTION''' : il ne faut pas laisser d'espace apr ès le "\". Si jamais vous laissez un espace la ligne qui suit n'est pas prise en compte. [[BR]]589 '''NOTE''' : dans les cartes fournies avec les mod èles nous utilisons régulièrement les variables ${R_BC} et ${R_INIT}. Par défaut elles sont définies ainsi :548 '''ATTENTION''' : il ne faut pas laisser d'espace après le "\". Si jamais vous laissez un espace la ligne qui suit n'est pas prise en compte. [[BR]] 549 '''NOTE''' : dans les cartes fournies avec les modèles nous utilisons régulièrement les variables ${R_BC} et ${R_INIT}. Par défaut elles sont définies ainsi : 590 550 {{{ 591 551 R_BC = /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC 592 552 R_INIT = /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/INIT 593 553 }}} 594 Toute fois si vous le souhaitez vous pouvez écraser ces définitions en redéfinissant R_BC et R_INIT dans le fichier config.card. [[BR]]595 Le r épertoire /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM regroupe tous les fichiers d'input pour les différentes configurations. [[BR]]554 Toute fois si vous le souhaitez vous pouvez écraser ces définitions en redéfinissant R_BC et R_INIT dans le fichier config.card. [[BR]] 555 Le répertoire /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM regroupe tous les fichiers d'input pour les différentes configurations. [[BR]] 596 556 [[BR]] 597 557 [[BR]] … … 601 561 LMDZ_NbPeriod_adjust=3 602 562 }}} 603 * LMDZ_NbPeriod_adjust permet de d éfinir combien de !PeriodLenght on veut utiliser au début d'une simulation pour créer le fichier Bands qui permet d'ajuster au mieux la parallélisation du code. Si jamais on souhaite utiliser un fichier pré-existant il faut indiquer LMDZ_NbPeriod_adjust=0 et préciser le nom du fichier Bands à utiliser. Attention au nombre de proc et à la grille précisés dans ce nom.604 [[BR]] 605 606 __'''r épertoire PARAM'''__[[BR]]607 Ce r épertoire contient les fichiers de paramètres des différents modèles. Reportez vous aux documentations scientifiques de chacun de ces modèles608 pour en conna ître les différentes utilisations.609 [[BR]] 610 611 ===== Cr éation du job =====612 613 '''Avant''' : v érifier le fichier config.card.563 * LMDZ_NbPeriod_adjust permet de définir combien de !PeriodLenght on veut utiliser au début d'une simulation pour créer le fichier Bands qui permet d'ajuster au mieux la parallélisation du code. Si jamais on souhaite utiliser un fichier pré-existant il faut indiquer LMDZ_NbPeriod_adjust=0 et préciser le nom du fichier Bands à utiliser. Attention au nombre de proc et à la grille précisés dans ce nom. 564 [[BR]] 565 566 __'''répertoire PARAM'''__[[BR]] 567 Ce répertoire contient les fichiers de paramètres des différents modèles. Reportez vous aux documentations scientifiques de chacun de ces modèles 568 pour en connaître les différentes utilisations. 569 [[BR]] 570 571 ===== Création du job ===== 572 573 '''Avant''' : vérifier le fichier config.card. 614 574 615 575 {{{ … … 617 577 ./ins_job 618 578 }}} 619 Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-r épertoires de modipsl et crée620 les job associ és (en reprenant la rubrique !JobName du fichier config.card).621 Si jamais un fichier du m ême nom (Job_nom_simul) existe déjÃalors622 un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé.623 Vous devez l'effacer au pr éalable pour pouvoir le recréer. [[BR]]624 625 Cette commande cr ée également run.card.init, squelette du fichier run.card qui contiendra l'état d'avancement de la simulation.626 627 Il cr ée également les jobs de post-traitement, spécifiques à la machine de post-traitement dans le répertoire : modipsl/libIGCM . Ils s'appellent xxxx.job.628 629 '''Apr ès''' : vérifier le fichier Job_nom_simul630 631 632 N'oubliez pas de modifier les variables '''elapstim_req''' et '''memsz_job''' en ent ête de job si nécessaire (voir documentation579 Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-répertoires de modipsl et crée 580 les job associés (en reprenant la rubrique !JobName du fichier config.card). 581 Si jamais un fichier du même nom (Job_nom_simul) existe déjà alors 582 un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé. 583 Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer. [[BR]] 584 585 Cette commande crée également run.card.init, squelette du fichier run.card qui contiendra l'état d'avancement de la simulation. 586 587 Il crée également les jobs de post-traitement, spécifiques à la machine de post-traitement dans le répertoire : modipsl/libIGCM . Ils s'appellent xxxx.job. 588 589 '''Après''' : vérifier le fichier Job_nom_simul 590 591 592 N'oubliez pas de modifier les variables '''elapstim_req''' et '''memsz_job''' en entête de job si nécessaire (voir documentation 633 593 sur les machines de calculs du CCRT ou les variables '''cputim_job''' et '''memsz_job''' sur les machines NEC de l'IDRIS). 634 594 {{{ … … 636 596 #PBS -l elapstim_req=02:00:00 # limite en temps elapsed 637 597 }}} 638 Remarque : Pour conna ître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande639 '''class''' au CCRT ou '''news class''' Ãl'IDRIS.640 [[BR]] 641 Par d éfaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine.598 Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande 599 '''class''' au CCRT ou '''news class''' à l'IDRIS. 600 [[BR]] 601 Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine. 642 602 Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir ou workdir, vous devez 643 603 modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul … … 645 605 RUN_DIR_PATH=$SCRATCHDIR 646 606 }}} 647 Avant de lancer votre simulation il vous reste une derni ère étape : vous devez définir la variable '''!PeriodNb''' dans648 votre Job. '''!PeriodNb''' peut être définie comme le nombre maximal de '''!PeriodLength''' (dans config.card) pouvant être649 simul ée sur le '''elapstim_req''' demandé! [[BR]]607 Avant de lancer votre simulation il vous reste une dernière étape : vous devez définir la variable '''!PeriodNb''' dans 608 votre Job. '''!PeriodNb''' peut être définie comme le nombre maximal de '''!PeriodLength''' (dans config.card) pouvant être 609 simulée sur le '''elapstim_req''' demandé ! [[BR]] 650 610 exemple : 651 611 {{{ … … 657 617 [[BR]] 658 618 659 ===== Temps d'execution du coupl éIPSLCM5A =====619 ===== Temps d'execution du couplé IPSLCM5A ===== 660 620 661 621 '''ORCA2xLMD9695-L39''' 662 622 663 || machine || cpus || (1 mois) temps CPU || (1 mois) temps r éel || 10 ans temps réel ||623 || machine || cpus || (1 mois) temps CPU || (1 mois) temps réel || 10 ans temps réel || 664 624 || mercure SX8R || 4 || 3300 s || '''1000 s''' || 2 jours|| 665 625 || mercure SX9 || 4 || 2000 s || '''680 s''' || 1 jour || … … 667 627 || vargas IBM || 32 || || '''1100 s''' || 1,5 jours || 668 628 669 En gras, ce qu'il faut utiliser pour l'ent ête du job.670 671 ===== Ex écution de la simulation =====672 673 '''Avant''' : V érifier les dates et les options de démarrage du fichier config.card.629 En gras, ce qu'il faut utiliser pour l'entête du job. 630 631 ===== Exécution de la simulation ===== 632 633 '''Avant''' : Vérifier les dates et les options de démarrage du fichier config.card. 674 634 675 635 __Au CCRT__ … … 685 645 [[BR]] 686 646 687 '''ATTENTION''': par d éfaut des job d'atlas seront lancés Ãla fin de votre simulation. Ces jobs s'intitulent REBUILDA, TS et SE. Pour en savoir plus voir [wiki:ModipslBeginner#Lespost-traitementsaveclibIGCM]647 '''ATTENTION''': par défaut des job d'atlas seront lancés à la fin de votre simulation. Ces jobs s'intitulent REBUILDA, TS et SE. Pour en savoir plus voir [wiki:ModipslBeginner#Lespost-traitementsaveclibIGCM] 688 648 689 649 ==== Le parallelisme et les fichiers Bands ==== 690 Les fichiers Bands sont des fichiers n écesaires à la parallélisation. Ils permettent d'optimiser la répartition des points de grilles sur les différents processeurs en fonction du code de calcul.650 Les fichiers Bands sont des fichiers nécesaires à la parallélisation. Ils permettent d'optimiser la répartition des points de grilles sur les différents processeurs en fonction du code de calcul. 691 651 692 652 ===== A retenir ===== 693 653 694 Par d éfaut, le couplé IPSLCM5A, peut tourner sur un nombre quelconque de processeurs. Il crée lui-même le fichier Bands lors des 3 premiers mois de la simulation puis utilise celui du dernier mois. Il est possible d'utiliser le fichier Bands d'une autre simulation, voir paramétrage dans COMP/lmdz.card.695 696 '''ATTENTION''' : Pour être certain d'obtenir les même résultats entre deux simulations il faut annuler l'ajustement et la création des fichiers Bands. Il faut utiliser pour les deux simulations le MÃME fichier Bands.654 Par défaut, le couplé IPSLCM5A, peut tourner sur un nombre quelconque de processeurs. Il crée lui-même le fichier Bands lors des 3 premiers mois de la simulation puis utilise celui du dernier mois. Il est possible d'utiliser le fichier Bands d'une autre simulation, voir paramétrage dans COMP/lmdz.card. 655 656 '''ATTENTION''' : Pour être certain d'obtenir les même résultats entre deux simulations il faut annuler l'ajustement et la création des fichiers Bands. Il faut utiliser pour les deux simulations le MÊME fichier Bands. 697 657 698 658 ==== Cas particuliers LMDZ-ORCHIDEE et LMDZ-INCA ==== 699 ===== R épertoires d'expérience =====700 * Pour LMDZ4OR_v2 le r épertoire d'expérience se nomme LMDZOR701 * Pour LMDZINCA_v2 il y a un r épertoire d'expérience par configuration de INCA : EXP_AER, EXP_CH4, EXP_NMHC ....702 Plus d'information sur les configs avec le mod èle INCA [http://forge.ipsl.jussieu.fr/inca/wiki ICI]703 704 ===== Cr éation de l'état initial pour LMDZOR =====705 Si vous n'avez pas de fichier d' états initiaux pour le modèle couplé celui-ci les crée automatiquement. Ce qui n'est pas le706 cas pour les configurations LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2. Dans ces deux cas vous trouverez un r épertoire CREATE/ en plus de votre707 r épertoire d'expérience. Nous allons prendre pour exemple la config LMDZ-ORCHIDEE. [[BR]]708 Le r épertoire '''CREATE/''' est composéde :659 ===== Répertoires d'expérience ===== 660 * Pour LMDZ4OR_v2 le répertoire d'expérience se nomme LMDZOR 661 * Pour LMDZINCA_v2 il y a un répertoire d'expérience par configuration de INCA : EXP_AER, EXP_CH4, EXP_NMHC .... 662 Plus d'information sur les configs avec le modèle INCA [http://forge.ipsl.jussieu.fr/inca/wiki ICI] 663 664 ===== Création de l'état initial pour LMDZOR ===== 665 Si vous n'avez pas de fichier d'états initiaux pour le modèle couplé celui-ci les crée automatiquement. Ce qui n'est pas le 666 cas pour les configurations LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2. Dans ces deux cas vous trouverez un répertoire CREATE/ en plus de votre 667 répertoire d'expérience. Nous allons prendre pour exemple la config LMDZ-ORCHIDEE. [[BR]] 668 Le répertoire '''CREATE/''' est composé de : 709 669 * un fichier config.card 710 670 * un fichier config.card_Interannuel 711 * un sous r épertoire COMP/712 * un sous r épertoire PARAM/671 * un sous répertoire COMP/ 672 * un sous répertoire PARAM/ 713 673 714 L'utilisateur peut d écider soit de créer un état initial pour un '''run climato''' c'est Ãdire qu'il utilisera pour chaque715 ann ée de simulation le même fichier de conditions aux limites. Soit de créer un état initial pour un '''run nudgé''' c'est Ãdire716 qu' à chaque année de simulation correspondra un fichier de conditions aux limites différents prenant en compte les données de sst et de717 glaces de mer (sic). Nous allons voir maintenant comment proc éder dans ces deux cas :674 L'utilisateur peut décider soit de créer un état initial pour un '''run climato''' c'est à dire qu'il utilisera pour chaque 675 année de simulation le même fichier de conditions aux limites. Soit de créer un état initial pour un '''run nudgé''' c'est à dire 676 qu'à chaque année de simulation correspondra un fichier de conditions aux limites différents prenant en compte les données de sst et de 677 glaces de mer (sic). Nous allons voir maintenant comment procéder dans ces deux cas : 718 678 [[BR]][[BR]] 719 679 … … 722 682 {{{ 723 683 cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/ 724 ls >>>> verification des fichiers dans le r épertoire CREATE/ (cf ci-dessus)684 ls >>>> verification des fichiers dans le répertoire CREATE/ (cf ci-dessus) 725 685 cd ../../../util 726 ./ins_job >>>> creation du job Job_ELC-$RESOL ($RESOL = la resolution de votre simulation, ex LMD9671) dans le r épertoire CREATE/686 ./ins_job >>>> creation du job Job_ELC-$RESOL ($RESOL = la resolution de votre simulation, ex LMD9671) dans le répertoire CREATE/ 727 687 cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE 728 688 ccc_msub Job_ELC-$RESOL >>>> soumission du job tel quel 729 689 }}} 730 L' état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-$RESOL/'''690 L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-$RESOL/''' 731 691 {{{ 732 692 ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-LMD9671/ATM/Restart/ … … 734 694 }}} 735 695 736 Ensuite avant de lancer votre simulation vous devez v érifier que le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/COMP/lmdz.card696 Ensuite avant de lancer votre simulation vous devez vérifier que le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/COMP/lmdz.card 737 697 renvoie bien vers ces fichiers 738 698 {{{ … … 748 708 749 709 * __RUN NUDGE__ 750 Dans ce cas l à vous devez utiliser les fichiers suffixés AMIP. Ils permettent de créer les fichiers aux limites pour751 les ann ées 1956 à 2005 en utilisant les données AMIP6.710 Dans ce cas là vous devez utiliser les fichiers suffixés AMIP. Ils permettent de créer les fichiers aux limites pour 711 les années 1956 à 2005 en utilisant les données AMIP6. 752 712 {{{ 753 713 cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE … … 760 720 }}} 761 721 762 L' état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-$RESOL/'''. Contrairement722 L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-$RESOL/'''. Contrairement 763 723 au cas climato vous obtenez 50 trios "start.nc, startphy.nc et limit.nc" 764 724 {{{ … … 768 728 ELI-LMD9671_20051230_limit.nc ELI-LMD9671_20051230_start.nc ELI-LMD9671_20051230_startphy.nc 769 729 }}} 770 Pour votre simulation vous devrez comme pr écédemment indiquer les path de start et startphy dans le fichier lmdz.card. Mais730 Pour votre simulation vous devrez comme précédemment indiquer les path de start et startphy dans le fichier lmdz.card. Mais 771 731 attention cette fois ci pour le fichier de conditions aux limites il faudra l'indiquer dans la section '''List''' et non pas 772 732 '''!ListNonDel''' de !BoundaryFiles. … … 781 741 782 742 [[BR]] 783 __Remarque :__ Si vous souhaitez utiliser d'autres jeux de donn ées que les données AMIP vous devez modifier743 __Remarque :__ Si vous souhaitez utiliser d'autres jeux de données que les données AMIP vous devez modifier 784 744 le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/lmdz.card 785 745 786 ==== Passage d'une simulation coupl ée IPSLCM5A à une simulation forcée LMDZ4OR_v3 ====787 788 Vous avez fait tourner une simulation coupl ée IPSLCM5A et vous voulez faire tourner la simulation forcée LMDZOR4_v3 équivalente.789 Voici les diff érentes étapes :790 791 1) Extraire la configuration forc ée LMDZ4OR_v3 dans le répertoire modipsl/config ou se trouve le repertoire IPSLCM5A :746 ==== Passage d'une simulation couplée IPSLCM5A à une simulation forcée LMDZ4OR_v3 ==== 747 748 Vous avez fait tourner une simulation couplée IPSLCM5A et vous voulez faire tourner la simulation forcée LMDZOR4_v3 équivalente. 749 Voici les différentes étapes : 750 751 1) Extraire la configuration forcée LMDZ4OR_v3 dans le répertoire modipsl/config ou se trouve le repertoire IPSLCM5A : 792 752 {{{ 793 753 >cd modipsl/config … … 797 757 }}} 798 758 799 2) Modifier le fichier LMDZ4OR_v3/LMDZOR/config.card en fonction de la simulation Ãlancer (Nom, Dates,...)800 801 3) Cr éer les jobs de la nouvelle configuration LMDZ4OR_v3759 2) Modifier le fichier LMDZ4OR_v3/LMDZOR/config.card en fonction de la simulation à lancer (Nom, Dates,...) 760 761 3) Créer les jobs de la nouvelle configuration LMDZ4OR_v3 802 762 {{{ 803 763 >cd modipsl/util … … 805 765 }}} 806 766 807 4) Si vous ne l'avez jamais fait, cr éer le fichier de conditions aux limites (voir [wiki:ModipslBeginner#CréationdelétatinitialpourLMDZOR lÃ]).808 Attention, pour avoir le m ême trait de côtes que dans la simulation couplée, il est necessaire d'utiliser pour la création des conditions aux limites le fichier o2a.nc utilisé par la simulation couplée.767 4) Si vous ne l'avez jamais fait, créer le fichier de conditions aux limites (voir [wiki:ModipslBeginner#CréationdelétatinitialpourLMDZOR là]). 768 Attention, pour avoir le même trait de côtes que dans la simulation couplée, il est necessaire d'utiliser pour la création des conditions aux limites le fichier o2a.nc utilisé par la simulation couplée. 809 769 Pour cela, ajouter le path du fichier o2a.nc dans CREATE/COMP/lmdz.card en lieu et place du commentaire. Par exemple : 810 770 {{{ … … 812 772 }}} 813 773 814 5) Indiquer la r ésolution de la composante LMDZOR (qui correspond à la résolution de la simulation couplée).774 5) Indiquer la résolution de la composante LMDZOR (qui correspond à la résolution de la simulation couplée). 815 775 {{{ 816 776 >cd modipsl/config/LMDZ4OR_v3 … … 831 791 [[BR]] 832 792 833 ==== Comment d ésactiver STOMATE dans le coupléIPSLCM5A? ====834 Attention! Il n'y a pas eu validation scientifique des r ésultats. Pour désactiver stomate dans le coupléIPSLCM5A, il faut :793 ==== Comment désactiver STOMATE dans le couplé IPSLCM5A? ==== 794 Attention! Il n'y a pas eu validation scientifique des résultats. Pour désactiver stomate dans le couplé IPSLCM5A, il faut : 835 795 * supprimer la composante SBG dans le fichier config.card : 836 796 {{{ … … 842 802 +ListNonDel= (${R_BC}/SRF/${config_UserChoices_TagName}/lai2D.nc, .) 843 803 }}} 844 * dans PARAM/orchidee.def, ajouter le param ètre pour demander la lecture du fichier LAI_MAP :804 * dans PARAM/orchidee.def, ajouter le paramètre pour demander la lecture du fichier LAI_MAP : 845 805 {{{ 846 806 +# Read a LAI map (12 monthly values) … … 850 810 851 811 === Etat de la simulation en cours === 852 La variable !PeriodState du fichier run.card peut vous aider à connaître l'état de votre simulation :812 La variable !PeriodState du fichier run.card peut vous aider à connaître l'état de votre simulation : 853 813 {{{ 854 814 Start ou OnQueue : run en attente 855 Running : run en cours d'ex écution815 Running : run en cours d'exécution 856 816 Completed : run fini correctement 857 817 Fatal : run fini avec un plantage … … 861 821 [[BR]] 862 822 === Fin de simulation === 863 Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont cr éés dans votre répertoire d'expérience:823 Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont créés dans votre répertoire d'expérience: 864 824 - run.card 865 825 - Script_Output_JobName 866 Si la simulation s'est mal d éroulée vous aurez un troisième fichier :826 Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier : 867 827 - !JobName_date_out_run_file_error qui contient le journal de sortie de votre simulation 868 Le fichier run.card indique l' état de votre run Ãla fin de la simulation. Il contient une variable !PeriodState828 Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable !PeriodState 869 829 qui vous renseigne 870 830 {{{ 871 831 PeriodState= Completed ( = simulation bien finie) 872 PeriodState= Fatal (= probl ème durant la simulation)873 }}} 874 Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stock és au path suivant :832 PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation) 833 }}} 834 Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant : 875 835 {{{ 876 836 $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_ 877 Avec les sous r épertoires suivant :837 Avec les sous répertoires suivant : 878 838 ATM CPL ICE OCE SRF SBG Out Exe 879 839 MOD = Restart et Output de la composante (ATM, ICE...) 880 840 Out = journaux de sorties du run 881 Exe = ex écutables utilisés pour le run882 }}} 883 Lorsque votre simulation est bien finie, les post-traitements sont lanc és et exécutés sur les frontales. En savoir plus sur les post-traitements : [wiki:PostTraitementLibIGCM]841 Exe = exécutables utilisés pour le run 842 }}} 843 Lorsque votre simulation est bien finie, les post-traitements sont lancés et exécutés sur les frontales. En savoir plus sur les post-traitements : [wiki:PostTraitementLibIGCM] 884 844 [[BR]] 885 845 [[BR]] 886 846 887 847 ==== Comment lire le fichier !ScriptOutput ==== 888 A la fin de chaque p ériode de simulation un fichier Script_Output correspondant est créé. Ces fichiers comportent trois parties :848 A la fin de chaque période de simulation un fichier Script_Output correspondant est créé. Ces fichiers comportent trois parties : 889 849 * copies des fichiers d'input 890 * ex écution850 * exécution 891 851 * copies des fichiers d'output 892 Ces trois parties sont d élimités ainsi :852 Ces trois parties sont délimités ainsi : 893 853 {{{ 894 854 ####################################### … … 896 856 ####################################### 897 857 898 1 ère partie858 1ère partie 899 859 900 860 ####################################### … … 902 862 ####################################### 903 863 904 2 ème partie864 2ème partie 905 865 906 866 ####################################### … … 908 868 ####################################### 909 869 910 3 ème partie911 912 }}} 913 Si à la fin de votre simulation le fichier [wiki:ModipslBeginner#Findesimulation run.card] indique qu'il y a eu un problème vous devez lire votre fichier Script_Output.870 3ème partie 871 872 }}} 873 Si à la fin de votre simulation le fichier [wiki:ModipslBeginner#Findesimulation run.card] indique qu'il y a eu un problème vous devez lire votre fichier Script_Output. 914 874 Il y a plusieurs solutions : 915 * si le fichier s'arr ête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacéun fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas.916 * si le fichier s'arr ête durant la deuxième partie c'est certainement que vous n'avez pas demandé assez de mémoire ou de temps CPU917 * si le fichier est entier c'est soit qu'il y a une erreur lors de l'ex écution, soit qu'il y a un problème lors de la copie des outputs.918 Si le message suivant appara ît dans la deuxième partie du fichier, c'est qu'il y a un problème lors de l'exécution.875 * si le fichier s'arrête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacé un fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas. 876 * si le fichier s'arrête durant la deuxième partie c'est certainement que vous n'avez pas demandé assez de mémoire ou de temps CPU 877 * si le fichier est entier c'est soit qu'il y a une erreur lors de l'exécution, soit qu'il y a un problème lors de la copie des outputs. 878 Si le message suivant apparaît dans la deuxième partie du fichier, c'est qu'il y a un problème lors de l'exécution. 919 879 {{{ 920 880 ======================================================================== … … 938 898 }}} 939 899 Il y a alors deux solutions : 940 * dans 90% des cas c'est que le probl ème s'est produit lors de la copie des outputs.941 * dans les 10% restant c'est que vous êtes passé par un garde fou du modèle et que celui-ci s'est fini proprement mais avant942 la fin de la simulation. Dans ce cas l à si votre modèle propose un journal de sortie autre que celui de la simulation il faut le consulter.943 Par exemple, le fichier de sortie de l'oc éan est stocké sur le serveur de fichiers sous ce nom lÃ:900 * dans 90% des cas c'est que le problème s'est produit lors de la copie des outputs. 901 * dans les 10% restant c'est que vous êtes passé par un garde fou du modèle et que celui-ci s'est fini proprement mais avant 902 la fin de la simulation. Dans ce cas là si votre modèle propose un journal de sortie autre que celui de la simulation il faut le consulter. 903 Par exemple, le fichier de sortie de l'océan est stocké sur le serveur de fichiers sous ce nom là : 944 904 {{{ 945 905 IGCM_sys_Put_Out : ocean.output xxxxxxxx/OCE/Debug/xxxxxxxx_ocean.output 946 906 }}} 947 Sinon (par exemple pour LMDZ ou INCA) votre journal de sortie est confondu avec celui de la simulation et celui-ci n'a pas eu le temps d' être948 copi é sur l'espace de stockage (explication [wiki:ModipslBeginner#Commentsontstockéslesfichiersdesortiesdumodèle ICI]). Si votre simulation a tourné949 sur le $SCRATCHDIR vous pouvez le r écupérer lÃ, sinon vous devez relancer votre simulation sur le $SCRATCHDIR950 (par d éfaut elle est sur le $TMPDIR). Pour cette opération il faut modifier la variable RUN_DIR_PATH voir [wiki:ModipslBeginner#Créationdujob ICI].951 [[BR]] 952 [[BR]] 953 ==== Comment sont stock és les fichiers de sorties du modèle ====954 Les sorties de la simulation sont stock ées sur le disque de stockage de la machine. Le DMFDIR pour le CCRT, et GAYA pour l'IDRIS. [[BR]]955 libIGCM permet de cr éer une architecture de stockage commune à toutes les configurations de modèles : IGCM_OUT. Cette architecture est ordonnancée956 de la mani ère suivante :907 Sinon (par exemple pour LMDZ ou INCA) votre journal de sortie est confondu avec celui de la simulation et celui-ci n'a pas eu le temps d'être 908 copié sur l'espace de stockage (explication [wiki:ModipslBeginner#Commentsontstockéslesfichiersdesortiesdumodèle ICI]). Si votre simulation a tourné 909 sur le $SCRATCHDIR vous pouvez le récupérer là, sinon vous devez relancer votre simulation sur le $SCRATCHDIR 910 (par défaut elle est sur le $TMPDIR). Pour cette opération il faut modifier la variable RUN_DIR_PATH voir [wiki:ModipslBeginner#Créationdujob ICI]. 911 [[BR]] 912 [[BR]] 913 ==== Comment sont stockés les fichiers de sorties du modèle ==== 914 Les sorties de la simulation sont stockées sur le disque de stockage de la machine. Le DMFDIR pour le CCRT, et GAYA pour l'IDRIS. [[BR]] 915 libIGCM permet de créer une architecture de stockage commune à toutes les configurations de modèles : IGCM_OUT. Cette architecture est ordonnancée 916 de la manière suivante : 957 917 {{{ 958 918 IGCM_OUT/nom_config/nom_experience/repertoires_composantes/ 959 919 960 Exemple pour le mod èle coupléIPSLCM5A :920 Exemple pour le modèle couplé IPSLCM5A : 961 921 IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MonExp/ 962 922 - ATM/ … … 967 927 - CPL/ 968 928 }}} 969 Chaque r épertoire de composante contient lui-même deux sous-répertoires : Restart/ et Output/ qui comme leurs noms l'indiquent contiennent pour l'un les fichiers970 de restart et pour l'autre les fichiers d'output de la simulation. En plus de ces deux r épertoires il y en a un troisième Debug/ qui contient éventuellement les971 fichiers textes li és Ãla simulations (*.def, fichier Bands ...) [[BR]]972 A noter : le r épertoire Analyse contient les fichiers issus des post-traitements (Time Series : TS_MO ou TS_DA, moyennes saisonnières SE).[[BR]]973 En plus de ces r épertoires propres aux composantes il y a deux répertoires Exe/ et Out/ contenant pour le premier les copies des exécutables de la simulation, et pour929 Chaque répertoire de composante contient lui-même deux sous-répertoires : Restart/ et Output/ qui comme leurs noms l'indiquent contiennent pour l'un les fichiers 930 de restart et pour l'autre les fichiers d'output de la simulation. En plus de ces deux répertoires il y en a un troisième Debug/ qui contient éventuellement les 931 fichiers textes liés à la simulations (*.def, fichier Bands ...) [[BR]] 932 A noter : le répertoire Analyse contient les fichiers issus des post-traitements (Time Series : TS_MO ou TS_DA, moyennes saisonnières SE).[[BR]] 933 En plus de ces répertoires propres aux composantes il y a deux répertoires Exe/ et Out/ contenant pour le premier les copies des exécutables de la simulation, et pour 974 934 le second une copie des journaux de sorties de la simulation. 975 935 … … 979 939 ==== Quels fichiers de sorties sont produits? ==== 980 940 981 Dans config.card, vous pouvez g érer la fréquence de sorties de vos fichiers.982 Par d éfaut vous avez :983 * pour l'atmosph ère :941 Dans config.card, vous pouvez gérer la fréquence de sorties de vos fichiers. 942 Par défaut vous avez : 943 * pour l'atmosphère : 984 944 {{{ 985 945 [ATM] 986 946 WriteFrequency="1M 1D HF" 987 947 }}} 988 c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans ATM/Ouput/MO, des fichiers journaliers rangés par mois (28,30 ou 31 valeurs) dans ATM/Output/DA et des fichiers haute fréquence (4 valeurs par jour) rangés dans ATM/Ouput/HF.989 * pour l'oc éan et le coupleur :948 c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans ATM/Ouput/MO, des fichiers journaliers rangés par mois (28,30 ou 31 valeurs) dans ATM/Output/DA et des fichiers haute fréquence (4 valeurs par jour) rangés dans ATM/Ouput/HF. 949 * pour l'océan et le coupleur : 990 950 {{{ 991 951 [OCE] 992 952 WriteFrequency="1M 1D" 993 953 }}} 994 c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans OCE/Ouput/MO (CPL/Output/MO) et des fichiers journaliers rangés par mois (28, 30 ou 31 valeurs) dans OCE/Output/DA (CPL/Output/DA)995 * pour la glace de mer, les surfaces continentales et la biog éochimie continentale :954 c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans OCE/Ouput/MO (CPL/Output/MO) et des fichiers journaliers rangés par mois (28, 30 ou 31 valeurs) dans OCE/Output/DA (CPL/Output/DA) 955 * pour la glace de mer, les surfaces continentales et la biogéochimie continentale : 996 956 {{{ 997 957 WriteFrequency="1M" 998 958 }}} 999 c'est à dire des fichiers mensuels rangés dans ICE/Ouput/MO, SRF/Output/MO et SBG/Output/MO959 c'est à dire des fichiers mensuels rangés dans ICE/Ouput/MO, SRF/Output/MO et SBG/Output/MO 1000 960 1001 961 Que peut-on demander ? 1002 * Vous pouvez enlever une fr équence que vous ne souhaitez pas : HF pour ATM par exemple.1003 * Pour ajouter une fr équence, il faut rajouter le fichier généré dans le fichier COMP.card, rajouter le traitement des paramètres de gestion de cette fréquence dans COMP.driver.1004 * Pour modifier le niveau de sorties de LMDZ, les param ètres lev_histf sont à modifier dans le fichier PARAM/physiq.def_L39 (ou _L19 si vous êtes avec 19 niveaux). Par défaut :962 * Vous pouvez enlever une fréquence que vous ne souhaitez pas : HF pour ATM par exemple. 963 * Pour ajouter une fréquence, il faut rajouter le fichier généré dans le fichier COMP.card, rajouter le traitement des paramètres de gestion de cette fréquence dans COMP.driver. 964 * Pour modifier le niveau de sorties de LMDZ, les paramètres lev_histf sont à modifier dans le fichier PARAM/physiq.def_L39 (ou _L19 si vous êtes avec 19 niveaux). Par défaut : 1005 965 * lev_histhf=2 1006 966 * lev_histday=2 … … 1009 969 * A faire dans la partie 2 : output files definition pour supprimer des variables. 1010 970 * A faire dans la partie 2 pour ajouter des variables 1011 * suffisant pour des variables d éjà décrites dans la partie 1 : definition of all existing variables971 * suffisant pour des variables déjà décrites dans la partie 1 : definition of all existing variables 1012 972 * en modifiant le code NEMO sinon. 1013 * Pour modifier le niveau de sortie d'Orchidee, les param ètres SECHIBA_HISTLEVEL et STOMATE_HISTLEVEL sont à modifier dans PARAM/orchidee.def. Par défaut :973 * Pour modifier le niveau de sortie d'Orchidee, les paramètres SECHIBA_HISTLEVEL et STOMATE_HISTLEVEL sont à modifier dans PARAM/orchidee.def. Par défaut : 1014 974 * SECHIBA_HISTLEVEL = 5 1015 975 * STOMATE_HISTLEVEL=10 1016 976 1017 977 ==== Comment regarder les fichiers sur dods ==== 1018 * A l'IDRIS, il faut aller sur le web Ãl'adresse : http://dodsp.idris.fr/ et choisir son login, sa configuration, sa simulation puis enfin la composante (Output ou Analyse) ou les atlas ou encore le monitoring.1019 * Au CCRT, il faut aller sur le web Ãl'adresse : http://dods.extra.cea.fr/data/ et choisir son login, da configuration, sa simulation...1020 * Une fois trouv é un fichier netcdf (suffixe .nc), on peut le récupérer en clickant dessus ou l'analyser avec les fonctionalités DODS. Pour cela il faut à son adresse ajouter cgi-bin/nph-dods juste avant son login. Plus d'informations lÃ: http://dods.ipsl.jussieu.fr/978 * A l'IDRIS, il faut aller sur le web à l'adresse : http://dodsp.idris.fr/ et choisir son login, sa configuration, sa simulation puis enfin la composante (Output ou Analyse) ou les atlas ou encore le monitoring. 979 * Au CCRT, il faut aller sur le web à l'adresse : http://dods.extra.cea.fr/data/ et choisir son login, da configuration, sa simulation... 980 * Une fois trouvé un fichier netcdf (suffixe .nc), on peut le récupérer en clickant dessus ou l'analyser avec les fonctionalités DODS. Pour cela il faut à son adresse ajouter cgi-bin/nph-dods juste avant son login. Plus d'informations là : http://dods.ipsl.jussieu.fr/ 1021 981 1022 982 1023 983 === Execution === 1024 ==== Comment lancer un run guid é(nudge) ? ====984 ==== Comment lancer un run guid (nudge) ? ==== 1025 985 Ce paragraphe s'applique aux configurations contenant LMDZ 1026 1. Il faut ajouter un fichier guide.def dans le r épertoire PARAM/ de votre répertoire d'expériences986 1. Il faut ajouter un fichier guide.def dans le rpertoire PARAM/ de votre rpertoire d'expriences 1027 987 1028 988 {{{ … … 1049 1009 3. Il faut modifier la variable ok_guide dans le fichier PARAM/gcm.def 1050 1010 4. Dans COMP/lmdz.card : 1051 a. Vous devez indiquer les path des fichiers de vents avec lesquels vous souhaitez guider votre mod èle1011 a. Vous devez indiquer les path des fichiers de vents avec lesquels vous souhaitez guider votre modle 1052 1012 {{{ 1053 1013 [BoundaryFiles] … … 1063 1023 (${SUBMIT_DIR}/PARAM/guide.def,.) 1064 1024 }}} 1065 5. Vous devez indiquer dans config.card le bon calendrier (leap pour prendre en compte les ann ées bisextiles ou noleap pour ne pas en tenir compte)1025 5. Vous devez indiquer dans config.card le bon calendrier (leap pour prendre en compte les annes bisextiles ou noleap pour ne pas en tenir compte) 1066 1026 1067 1027 ==== Relancer une simulation ==== 1068 1. Pour repartir du d ébut, vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers stack_error (si existant) et run.card.1069 2. Vous devez effacer le r épertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_1070 3. Si vous aviez chang é la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant Ãvotre simulation sur votre scratchdir.1028 1. Pour repartir du début, vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers stack_error (si existant) et run.card. 1029 2. Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_ 1030 3. Si vous aviez changé la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir. 1071 1031 4. Relancer le job 1072 1032 [[BR]] … … 1076 1036 Dans le fichier config.card modifiez la date de fin de simulation 1077 1037 Dans le fichier run.card vous devez : 1078 * v érifier que les variables !PeriodDateBegin et !PeriodDateEnd correspondent bien à votre prochaine période de simulation (ex: si vous venez de finir le mois de mai 2000 vous devez avoir !PeriodDateBegin= 20000601 et !PeriodDateEnd= 2000630)1038 * vérifier que les variables !PeriodDateBegin et !PeriodDateEnd correspondent bien à votre prochaine période de simulation (ex: si vous venez de finir le mois de mai 2000 vous devez avoir !PeriodDateBegin= 20000601 et !PeriodDateEnd= 2000630) 1079 1039 * indiquer !PeriodState = !OnQueue 1080 * Dans le Job vous devez modifier le num éro du fichier de sortie pour qu'il ne se plante pas en cherchant à remplacer un fichier Script_Output existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.0001, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.!CumulPeriod (vous trouverez !CumulPeriod dans run.card)1081 * si jamais vous êtes dans le cas ou votre simulation s'est arrêtée au milieu d'un mois et vous la relancez, il faut effacer les fichiers créés pour ce mois lÃdans vos archives ($DMFDIR/IGCM_OUT/etc...). Vous pouvez utiliser le script modipsl/libIGCM/clean_month.job pour cela. Mode d'emploi :1040 * Dans le Job vous devez modifier le numéro du fichier de sortie pour qu'il ne se plante pas en cherchant à remplacer un fichier Script_Output existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.0001, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.!CumulPeriod (vous trouverez !CumulPeriod dans run.card) 1041 * si jamais vous êtes dans le cas ou votre simulation s'est arrêtée au milieu d'un mois et vous la relancez, il faut effacer les fichiers créés pour ce mois là dans vos archives ($DMFDIR/IGCM_OUT/etc...). Vous pouvez utiliser le script modipsl/libIGCM/clean_month.job pour cela. Mode d'emploi : 1082 1042 {{{ 1083 1043 cd $SUBMIT_DIR (ie modipsl/config/IPSLCM5A/EXP00) … … 1087 1047 }}} 1088 1048 1089 ==== Comment pr éparer une autre expérience ? ====1090 Pour cela il suffit de recopier le r épertoire EXP00, dans son ensemble, dans un autre répertoire.[[BR]]1091 Par commodit é on appellera ce répertoire du même nom que l'expérience (!JobName dans config.card).1049 ==== Comment préparer une autre expérience ? ==== 1050 Pour cela il suffit de recopier le répertoire EXP00, dans son ensemble, dans un autre répertoire.[[BR]] 1051 Par commodité on appellera ce répertoire du même nom que l'expérience (!JobName dans config.card). 1092 1052 1093 1053 {{{ … … 1095 1055 cp -pr EXP00 MONEXP 1096 1056 cd MONEXP 1097 rm -f run.card Sc* Jo* # n écessaire si une simu a déjà tourné dans le répertoire EXP001057 rm -f run.card Sc* Jo* # nécessaire si une simu a déjà tourné dans le répertoire EXP00 1098 1058 vi config.card # Changer ce qu'on veut et en particulier JobName 1099 ../../util/ins_job # installera un nouveau Job_MONEXP et dira qu'il ne peut pas r éinstaller les jobs de post-traitements qui existent déjÃ. Pas grave.1100 }}} 1101 1102 ATTENTION : si vous modifiez vos codes et recompilez durant une simulation c'est ce nouvel ex écutable qui sera pris en compte pour la fin de la simulation1103 1104 ==== D émarrer depuis une autre simulation ====1105 1106 Dans le fichier config.card vous devez pr éciser en plus les différents paramètres de la section Restarts :1059 ../../util/ins_job # installera un nouveau Job_MONEXP et dira qu'il ne peut pas réinstaller les jobs de post-traitements qui existent déjà. Pas grave. 1060 }}} 1061 1062 ATTENTION : si vous modifiez vos codes et recompilez durant une simulation c'est ce nouvel exécutable qui sera pris en compte pour la fin de la simulation 1063 1064 ==== Démarrer depuis une autre simulation ==== 1065 1066 Dans le fichier config.card vous devez préciser en plus les différents paramètres de la section Restarts : 1107 1067 {{{ 1108 1068 #======================================================================== … … 1119 1079 }}} 1120 1080 [[BR]] 1121 Si la simulation a été faite par une autre personne, vous devez bien préciser le répertoire :1081 Si la simulation a été faite par une autre personne, vous devez bien préciser le répertoire : 1122 1082 {{{ 1123 1083 RestartPath=/u/rech/lab/plabxxx/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl # ou /dmnfs/contxxx/login/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl 1124 1084 }}} 1125 1085 [[BR]] 1126 Pour avoir exactement les m êmes résultats, il faut prendre le même fichier Bands. Cela se précise dans COMP/lmdz.card avec les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi :1086 Pour avoir exactement les mêmes résultats, il faut prendre le même fichier Bands. Cela se précise dans COMP/lmdz.card avec les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 1127 1087 {{{ 1128 1088 LMDZ_NbPeriod_adjust=0 … … 1130 1090 LMDZ_Bands_file_name=${ARCHIVE}/IGCM_OUT/IPSLCM5/CEPRO0/ATM/Debug/CEPRO0_Bands_96x95x39_3prc.dat_3 1131 1091 }}} 1132 '''A noter''' : vous pouvez s éparer les paramètres de redémarrage par composantes. Laisser !OverRule=n et utiliser alors les différents paramètres Restart, !RestartDate, !RestartJobName et !RestartPath pour chaque composante (section). Par exemple pour l'atmosphère :1092 '''A noter''' : vous pouvez séparer les paramètres de redémarrage par composantes. Laisser !OverRule=n et utiliser alors les différents paramètres Restart, !RestartDate, !RestartJobName et !RestartPath pour chaque composante (section). Par exemple pour l'atmosphère : 1133 1093 {{{ 1134 1094 #D-- ATM - … … 1146 1106 [[BR]] 1147 1107 1148 ==== Comment rep érer qu'il manque un fichier dans les sorties, comment repérer que les tailles de fichiers ne sont pas identiques pour tous les mois des différentes années ? ====1149 1150 Depuis le 19 janvier 2011, le script check_expe_files_size.sh disponible dans le r épertoire libIGCM/libIGCM_post ou là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post/check_expe_files_size.sh check_expe_files_size.sh] permet de repérer les trous dans des séries de fichiers rangés selon la nomenclature IPSL.1108 ==== Comment repérer qu'il manque un fichier dans les sorties, comment repérer que les tailles de fichiers ne sont pas identiques pour tous les mois des différentes années ? ==== 1109 1110 Depuis le 19 janvier 2011, le script check_expe_files_size.sh disponible dans le répertoire libIGCM/libIGCM_post ou là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post/check_expe_files_size.sh check_expe_files_size.sh] permet de repérer les trous dans des séries de fichiers rangés selon la nomenclature IPSL. 1151 1111 1152 1112 Options : 1153 * L'option -Z permet d' étudier les tailles des fichiers et de repérer si les tailles des mois de janvier (février, ...) sont différentes entre les années. Fonctionne aussi avec les années bissextiles. Attention au temps d'execution qui dépasse largement 10 mn dans ce cas.1154 * L'option -I xxxx, permet d'arr êter la vérification des noms à cette année lÃ. Utile dans le cas d'une simulation en route avec des rebuild non faits.1113 * L'option -Z permet d'étudier les tailles des fichiers et de repérer si les tailles des mois de janvier (février, ...) sont différentes entre les années. Fonctionne aussi avec les années bissextiles. Attention au temps d'execution qui dépasse largement 10 mn dans ce cas. 1114 * L'option -I xxxx, permet d'arrêter la vérification des noms à cette année là. Utile dans le cas d'une simulation en route avec des rebuild non faits. 1155 1115 * L'option -R permet de parcourir l'arborescence. 1156 1116 1157 Machines test ées : CCRT (répertoire $DMFDIR) et IDRIS (gaya directement)1117 Machines testées : CCRT (répertoire $DMFDIR) et IDRIS (gaya directement) 1158 1118 1159 1119 Exemples d'utilisation : … … 1194 1154 ==== Comment boucher un trou cad relancer une simulation pour refaire les fichiers d'un mois complet? ==== 1195 1155 1196 Saperlipopette, j'ai perdu un fichier! Il s'agit du mois d'octobre 1932 de la simulation ARGENT. Que dois-je faire pour le recr éer?1197 1198 Pour boucher un trou, il faut refaire exactement la m ême simulation, c'est Ãdire :1156 Saperlipopette, j'ai perdu un fichier! Il s'agit du mois d'octobre 1932 de la simulation ARGENT. Que dois-je faire pour le recréer? 1157 1158 Pour boucher un trou, il faut refaire exactement la même simulation, c'est à dire : 1199 1159 * sur le serveur de fichiers : 1200 * supprimer (ou mettre de c ôté) les autres fichiers du même mois. Utiliser le suffixe 19321031 (ou bien 19321030 si vous êtes en calendrier 360d) pour avoir aussi les fichiers de type Restart.1160 * supprimer (ou mettre de côté) les autres fichiers du même mois. Utiliser le suffixe 19321031 (ou bien 19321030 si vous êtes en calendrier 360d) pour avoir aussi les fichiers de type Restart. 1201 1161 {{{ 1202 1162 cd IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/ARGENT … … 1204 1164 }}} 1205 1165 * sur la machine de calcul : 1206 * cr éer un repertoire dédié spécial : {{{ cp -pr ARGENT ARGENTREDO }}}1207 * dans ce nouveau r épertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants :1166 * créer un repertoire dédié spécial : {{{ cp -pr ARGENT ARGENTREDO }}} 1167 * dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 1208 1168 {{{ 1209 1169 OldPrefix= ARGENT_19320930 1210 1170 PeriodDateBegin= 1932-10-01 1211 1171 PeriodDateEnd= 1932-10-31 1212 CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associ é au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT)1172 CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT) 1213 1173 PeriodState= OnQueue 1214 1174 }}} … … 1217 1177 DateEnd= 1932-10-31 1218 1178 }}} 1219 * v érifier que l'on prendra exactement le même fichier Bands.1220 * Si c'est au del à de la 3ème itération pas de problème, c'est fait automatiquement.1221 * Sinon, dans le fichier COMP/lmdz.card, modifier les param ètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi :1179 * vérifier que l'on prendra exactement le même fichier Bands. 1180 * Si c'est au delà de la 3ème itération pas de problème, c'est fait automatiquement. 1181 * Sinon, dans le fichier COMP/lmdz.card, modifier les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 1222 1182 {{{ 1223 1183 LMDZ_NbPeriod_adjust=0 … … 1227 1187 * relancer la simulation : 1228 1188 {{{ 1229 vi run.card # v érifier encore une fois1230 vi Job_ARGENT # v érifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie1189 vi run.card # vérifier encore une fois 1190 vi Job_ARGENT # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie 1231 1191 qsub Job_ARGENT 1232 1192 }}} 1233 1193 1234 ==== Comment relancer une simulation à l'identique pour récupérer quelques fichiers de sortie disparus ? ====1235 1236 Ceci est une variante de la question pr écédente. Elle permet de faire une autre simulation à l'identique mais à côté. Pas besoin de détruire les fichiers sur le serveur de fichiers, on recrée tous les fichiers du mois en question.1194 ==== Comment relancer une simulation à l'identique pour récupérer quelques fichiers de sortie disparus ? ==== 1195 1196 Ceci est une variante de la question précédente. Elle permet de faire une autre simulation à l'identique mais à côté. Pas besoin de détruire les fichiers sur le serveur de fichiers, on recrée tous les fichiers du mois en question. 1237 1197 1238 1198 Exemple : refaire tourner v3.historicalAnt1 car 3 fichiers ont disparu pour 19640930. 1239 1199 1240 1200 Actions : 1241 * Sur le serveur de fichiers : cr éer les fichiers Restart, mesh_mask et Bands.1201 * Sur le serveur de fichiers : créer les fichiers Restart, mesh_mask et Bands. 1242 1202 {{{ 1243 1203 ## Directory … … 1267 1227 }}} 1268 1228 * Sur la machine de calcul: 1269 * cr éer un repertoire dédié spécial :1229 * créer un repertoire dédié spécial : 1270 1230 {{{ 1271 1231 cp -pr v3.historicalAnt1 v3.historicalAnt1REDO 1272 1232 }}} 1273 * dans ce nouveau r épertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants :1233 * dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 1274 1234 {{{ 1275 1235 OldPrefix= v3.historicalAnt1REDO_19640831 1276 1236 PeriodDateBegin= 1964-09-01 1277 1237 PeriodDateEnd= 1964-09-30 1278 CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associ é au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT)1238 CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT) 1279 1239 PeriodState= OnQueue 1280 1240 }}} 1281 * modifier le fichier config.card pour ne faire qu'un seul mois (ie qu'une seule Period), ne pas faire les Post-traitements et lancer rebuild Ãla fin du mois refait.1241 * modifier le fichier config.card pour ne faire qu'un seul mois (ie qu'une seule Period), ne pas faire les Post-traitements et lancer rebuild à la fin du mois refait. 1282 1242 {{{ 1283 1243 JobName=v3.historicalAnt1REDO … … 1295 1255 * relancer la simulation : 1296 1256 {{{ 1297 vi run.card # v érifier encore une fois1257 vi run.card # vérifier encore une fois 1298 1258 mv Job_v3.historicalAnt1 Job_v3.historicalAnt1REDO 1299 vi Job_v3.historicalAnt1REDO # v érifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie1259 vi Job_v3.historicalAnt1REDO # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie 1300 1260 qsub Job_v3.historicalAnt1REDO 1301 1261 }}} 1302 * une fois le job fini, v érifier que les solver.stat sont bien identiques :1262 * une fois le job fini, vérifier que les solver.stat sont bien identiques : 1303 1263 {{{ 1304 1264 sdiff OCE/Debug/v3.historicalAnt1REDO_19640901_19640930_solver.stat /dmnfs11/cont003/p86maf/IGCM_OUT/IPSLCM5A/PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/OCE/Debug/v3.historicalAnt1_19640901_19640930_solver.stat … … 1307 1267 ==== Lancer IPSLCM5A sur la machine Titane (machine Xeon du CCRT) ==== 1308 1268 1309 * Etape pr éalable : assurez-vous que votre login est autorisé à tourner sur la machine titane Ãl'aide de la commande groups :1269 * Etape préalable : assurez-vous que votre login est autorisé à tourner sur la machine titane à l'aide de la commande groups : 1310 1270 {{{ 1311 1271 mercure - /home/cont003/p86caub : groups … … 1313 1273 Si ce n'est pas le cas, demandez l'autorisation au CCRT en passant par votre responsable de projet. 1314 1274 1315 Les étapes à faire sont les mêmes que pour tourner le modèle IPSLCM5A sur mercure, a ceci près :1316 1317 * Avant la compilation ET l'ex écution, il faut charger les modules nécessaires :1275 Les étapes à faire sont les mêmes que pour tourner le modèle IPSLCM5A sur mercure, a ceci près : 1276 1277 * Avant la compilation ET l'exécution, il faut charger les modules nécessaires : 1318 1278 {{{ 1319 1279 module load netcdf/3.6.3 1320 1280 }}} 1321 1281 1322 * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM. Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM l Ã].1323 1324 1325 * Avant la g énération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot à 32. Par défaut, cela signifie que la composante atmosphérique tournera sur 30 CPUs alors que la composante océanique et le coupleur utiliseront chacun 1 CPU.1282 * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM. Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM là]. 1283 1284 1285 * Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot à 32. Par défaut, cela signifie que la composante atmosphérique tournera sur 30 CPUs alors que la composante océanique et le coupleur utiliseront chacun 1 CPU. 1326 1286 1327 1287 {{{ … … 1329 1289 }}} 1330 1290 1331 * La soumission du job se fait Ãl'aide de la commande ccc_msub1291 * La soumission du job se fait à l'aide de la commande ccc_msub 1332 1292 1333 1293 {{{ … … 1336 1296 1337 1297 * A noter, que les post-traitements s'effectueront sur la machine cesium. 1338 Rappel : Pour que cela marche il faut avoir cr éé des clés avec une '''passphrase vide''' pour ssh et s'être connectésur cesium au moins une fois.1339 (Attention, si vous vous servez pour vos connexions de cl és ssh déjà générées avec des passphrases non vides de ne pas les écraser.)1340 [[BR]] 1341 M émo :1298 Rappel : Pour que cela marche il faut avoir créé des clés avec une '''passphrase vide''' pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois. 1299 (Attention, si vous vous servez pour vos connexions de clés ssh déjà générées avec des passphrases non vides de ne pas les écraser.) 1300 [[BR]] 1301 Mémo : 1342 1302 {{{ 1343 1303 … … 1356 1316 }}} 1357 1317 1358 * Pour am éliorer légerement les performances :1359 1360 La configuration par d éfaut du modèle couplé à la résolution 96x95x39 est quasiment équilibrée, cad que le modèle d'atmosphère sur 30 CPUs est très légerement plus rapide que le modèle d'ocean sur 1 CPU.1361 [[BR]] 1362 1 jour simul épar LMDZ sur 30 CPUs : 25s1363 [[BR]] 1364 1 jour simul épar NEMO sur 1 CPU : 27s1365 [[BR]] 1366 ce qui donne 1 mois simul é en 900s (par comparaison on a 1 mois simuléen 600s sur 4 CPUs SX9).1367 1368 1369 On voit donc que c'est le mod èle d'océan qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. En utilisant 2 process MPI pour l'océan on obtient :1370 [[BR]] 1371 1 jour simul épar LMDZ sur 29 CPUs : 25s1372 [[BR]] 1373 1 jour simul épar NEMO sur 2 CPU : 15s1374 [[BR]] 1375 ce qui va donner 1 mois simul éen 840s.1376 1377 On voit donc que d ésormais, c'est le modèle d'atmosphère qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. Mais à cette résolution là , il n'est pas possible d'utiliser plus de process pour LMDZ en parallélisation MPI seule (limite Ã3 bandes de latitudes par process MPI).1378 1379 La configuration id éale est donc : 29 CPUs ATM, 2 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis (lorsque PISCES n'est pas activé).1380 Si PISCES est activ é(c'est le cas avec IPSLCM5A CMIP5) la configuration ideale est : 26 CPUs ATM, 5 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis1381 Pour activer cette configuration-l à , deux étapes sont nécessaires :1318 * Pour améliorer légerement les performances : 1319 1320 La configuration par défaut du modèle couplé à la résolution 96x95x39 est quasiment équilibrée, cad que le modèle d'atmosphère sur 30 CPUs est très légerement plus rapide que le modèle d'ocean sur 1 CPU. 1321 [[BR]] 1322 1 jour simulé par LMDZ sur 30 CPUs : 25s 1323 [[BR]] 1324 1 jour simulé par NEMO sur 1 CPU : 27s 1325 [[BR]] 1326 ce qui donne 1 mois simulé en 900s (par comparaison on a 1 mois simulé en 600s sur 4 CPUs SX9). 1327 1328 1329 On voit donc que c'est le modèle d'océan qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. En utilisant 2 process MPI pour l'océan on obtient : 1330 [[BR]] 1331 1 jour simulé par LMDZ sur 29 CPUs : 25s 1332 [[BR]] 1333 1 jour simulé par NEMO sur 2 CPU : 15s 1334 [[BR]] 1335 ce qui va donner 1 mois simulé en 840s. 1336 1337 On voit donc que désormais, c'est le modèle d'atmosphère qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. Mais à cette résolution là, il n'est pas possible d'utiliser plus de process pour LMDZ en parallélisation MPI seule (limite à 3 bandes de latitudes par process MPI). 1338 1339 La configuration idéale est donc : 29 CPUs ATM, 2 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis (lorsque PISCES n'est pas activé). 1340 Si PISCES est activé (c'est le cas avec IPSLCM5A CMIP5) la configuration ideale est : 26 CPUs ATM, 5 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis 1341 Pour activer cette configuration-là, deux étapes sont nécessaires : 1382 1342 1383 1343 * Compilation : 1384 * Pour des raison de qualit é (restartabilitéNEMO), enlever les cles cpp suivantes pour la compilation : key_vectopt_loop key_vectopt_memory. Pour faire cela :1344 * Pour des raison de qualité (restartabilité NEMO), enlever les cles cpp suivantes pour la compilation : key_vectopt_loop key_vectopt_memory. Pour faire cela : 1385 1345 {{{ 1386 1346 vi modipsl/config/IPSLCM5A/AA_make 1387 supprimer les cles cpp "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" de la varibale P_P Ãla ligne :1347 supprimer les cles cpp "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" de la varibale P_P à la ligne : 1388 1348 1389 1349 orca2: ../../modeles/NEMO/WORK … … 1403 1363 1404 1364 * Execution 1405 * Cas particulier : si vous souhaitez faire utiliser à votre NEMO parallèle un restart générépar un NEMO mono-processeur, alors il faut forcer une resoumission (ccc_msub) apres le 1er run de la simulation. Pour cela :1365 * Cas particulier : si vous souhaitez faire utiliser à votre NEMO parallèle un restart généré par un NEMO mono-processeur, alors il faut forcer une resoumission (ccc_msub) apres le 1er run de la simulation. Pour cela : 1406 1366 * mettre !PeriodNb=1 dans votre Job ; ccc_msub Job 1407 1367 * une fois le 1er run en machine, remettre !PeriodNb=48 … … 1410 1370 ==== Lancer IPSLCM5A sur la machine Vargas (machine IBM de l'IDRIS) ==== 1411 1371 1412 * Acc ès au modèle :1413 * Il faut avoir acc ès à subversion : {{{ module load svn }}} et Ãfcm : {{{ export PATH=/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin:$PATH }}}1372 * Accès au modèle : 1373 * Il faut avoir accès à subversion : {{{ module load svn }}} et à fcm : {{{ export PATH=/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin:$PATH }}} 1414 1374 * Compilation : 1415 * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM : /homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin . Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM l Ã].1416 * il faut supprimer les 2 cl és : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" dans config/IPSLCM5A/AA_make. Dans IPSLCM5A/AA_make.gdef (Ãfaire avant ins_make)1417 * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Fait pour l'execution mais Ãfaire dans les sources de NEMO.1375 * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM : /homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin . Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM là]. 1376 * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" dans config/IPSLCM5A/AA_make. Dans IPSLCM5A/AA_make.gdef (à faire avant ins_make) 1377 * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Fait pour l'execution mais à faire dans les sources de NEMO. 1418 1378 {{{ 1419 1379 vi modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31) … … 1422 1382 jpnij = 5 !: nb of local domain = nb of processors 1423 1383 }}} 1424 * Ex écution :1425 * Rep érer un état initial Ãutiliser.1384 * Exécution : 1385 * Repérer un état initial à utiliser. 1426 1386 * Modifications dans config.card : 1427 * Avant la g énération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot Ã32.1387 * Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot à 32. 1428 1388 {{{ 1429 1389 JobNumProcTot=32 1430 1390 }}} 1431 * Attention! create_etat0_limit ne fonctionne pas actuellement sur vargas. Il est compil é en parallèle (pour gagner du temps) et l'executable tourne sur le nombre de procs demandé par le job : 32 (ou 16). Comme ce n'est pas prévu dans ce0l, il s'arrête. Il faut donc partir d'un état initial créé autrement : autre simulation, ce0l executéailleurs, par exemple sur brodie.1432 * Il faut également utiliser la commande adéquate de lancement. Décommenter la ligne suivante et supprimer l'ancienne valeur de !JobRunOptions dans config.card :1391 * Attention! create_etat0_limit ne fonctionne pas actuellement sur vargas. Il est compilé en parallèle (pour gagner du temps) et l'executable tourne sur le nombre de procs demandé par le job : 32 (ou 16). Comme ce n'est pas prévu dans ce0l, il s'arrête. Il faut donc partir d'un état initial créé autrement : autre simulation, ce0l executé ailleurs, par exemple sur brodie. 1392 * Il faut également utiliser la commande adéquate de lancement. Décommenter la ligne suivante et supprimer l'ancienne valeur de !JobRunOptions dans config.card : 1433 1393 {{{ 1434 1394 JobRunOptions='"-pgmmodel MPMD -cmdfile"' 1435 1395 }}} 1436 * Attention! Pr éciser dans PARAM/run.def {{{ use_filtre_fft=n }}}1437 * La soumission du job se fait Ãl'aide de la commande {{{llsubmit}}} et la suppression par {{{llcancel}}}1396 * Attention! Préciser dans PARAM/run.def {{{ use_filtre_fft=n }}} 1397 * La soumission du job se fait à l'aide de la commande {{{llsubmit}}} et la suppression par {{{llcancel}}} 1438 1398 {{{ 1439 1399 llsubmit Job_EXP00 … … 1443 1403 === Les post-traitements avec libIGCM === 1444 1404 1445 Cette page donne quelques informations sur les post-traitements du coupl éIPSLCM5A.1446 1447 Les post-traitements sont des op érations systématiquement lancées en fin de simulation sur les frontales. Il s'agit des rebuild ou assemblage des fichiers créés par sous-domaines par les applications parallèles (LMDZ et ORCHIDEE dans le cas du couplé IPSLCM5A). Ils concernent également les fichiers concernés par des Patchs ou modifications systématiques avant stockage (axe des temps, masque terre/océan, ...). Il s'agit des séries temporelles (qui lancent les monitoring) et des moyennes saisonnières (qui lancent les atlas).1448 1449 ==== Quels sont les param ètres de lancement des post-traitement? ====1450 1451 Dans le fichier [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/config.card config.card], les variables qui g èrent les post-traitements sont dans la section Post ::1405 Cette page donne quelques informations sur les post-traitements du couplé IPSLCM5A. 1406 1407 Les post-traitements sont des opérations systématiquement lancées en fin de simulation sur les frontales. Il s'agit des rebuild ou assemblage des fichiers créés par sous-domaines par les applications parallèles (LMDZ et ORCHIDEE dans le cas du couplé IPSLCM5A). Ils concernent également les fichiers concernés par des Patchs ou modifications systématiques avant stockage (axe des temps, masque terre/océan, ...). Il s'agit des séries temporelles (qui lancent les monitoring) et des moyennes saisonnières (qui lancent les atlas). 1408 1409 ==== Quels sont les paramètres de lancement des post-traitement? ==== 1410 1411 Dans le fichier [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/config.card config.card], les variables qui gèrent les post-traitements sont dans la section Post :: 1452 1412 {{{ 1453 1413 82 #D-- Post - … … 1469 1429 }}} 1470 1430 1471 * !RebuildFrequency=1Y indique la fr équence de lancement des travaux REBUILDA. A noter: si !JobType=DEV, le paramètre est forcéla valeur de !PeriodLength. '''Attention''' : !RebuildFrequency n'accepte pas comme valeur des multiples de month (6M par exemple)1472 * !RebuildFromArchive=true indique que les fichiers seront stock és dans leur état initial (par sous-domaine), sur la machine de stockage. Le job REBUILDA commencera par aller les chercher sur le serveur de fichiers, avant de les assembler (rebuild), de leur appliquer les Patchs demandés puis de les stocker dans le répertoire usuel COMP/Output/MO ou COMP/Output/DA pour les fichiers mensuels ou journaliers de la composante COMP (OCE, ICE, ATM, SRF, ...). A noter c'est lui qui enchaine les autres post-traitements lancés par les jobs create_ts.job et create_se.job1473 * !TimeSeriesFrequency=10Y Les s éries temporelles seront lancées tous les 10 ans.1474 * !SeasonalFrequency=10Y Les moyennes saisonni ères (des mois de janvier, février,...) seront lancées tous les 10 ans.1475 * !SeasonalFrequencyOffset=0 Les premi ères années seront sautées avant de commencer à calculer les moyennes saisonnières.1476 1477 ==== O ùtournent les post-traitements? ====1478 Les post-traitements tournent g énéralement sur les frontales des calculateurs. Il s'agit de travaux systématiques de traitement de fichiers qui n'ont pas leur place sur les calculateurs. Peu d'optimisation, peu de parallélisation massive, ...1479 Sur chaque centre, les machines de calcul ont leur frontale privil égiée.1431 * !RebuildFrequency=1Y indique la fréquence de lancement des travaux REBUILDA. A noter: si !JobType=DEV, le paramètre est forcé la valeur de !PeriodLength. '''Attention''' : !RebuildFrequency n'accepte pas comme valeur des multiples de month (6M par exemple) 1432 * !RebuildFromArchive=true indique que les fichiers seront stockés dans leur état initial (par sous-domaine), sur la machine de stockage. Le job REBUILDA commencera par aller les chercher sur le serveur de fichiers, avant de les assembler (rebuild), de leur appliquer les Patchs demandés puis de les stocker dans le répertoire usuel COMP/Output/MO ou COMP/Output/DA pour les fichiers mensuels ou journaliers de la composante COMP (OCE, ICE, ATM, SRF, ...). A noter c'est lui qui enchaine les autres post-traitements lancés par les jobs create_ts.job et create_se.job 1433 * !TimeSeriesFrequency=10Y Les séries temporelles seront lancées tous les 10 ans. 1434 * !SeasonalFrequency=10Y Les moyennes saisonnières (des mois de janvier, février,...) seront lancées tous les 10 ans. 1435 * !SeasonalFrequencyOffset=0 Les premières années seront sautées avant de commencer à calculer les moyennes saisonnières. 1436 1437 ==== Où tournent les post-traitements? ==== 1438 Les post-traitements tournent généralement sur les frontales des calculateurs. Il s'agit de travaux systématiques de traitement de fichiers qui n'ont pas leur place sur les calculateurs. Peu d'optimisation, peu de parallélisation massive, ... 1439 Sur chaque centre, les machines de calcul ont leur frontale privilégiée. 1480 1440 || Centre || Calculateur || Frontale || 1481 1441 || CCRT || mercure SX8 || frontale TX7 mercure || … … 1486 1446 1487 1447 1488 '''Attention''' pour le passage de mercureSX9 (ou mercureSX8) à Cesium il faut faire au préalable au moins une fois une connection ssh entre les deux machines.1448 '''Attention''' pour le passage de mercureSX9 (ou mercureSX8) à Cesium il faut faire au préalable au moins une fois une connection ssh entre les deux machines. 1489 1449 {{{ 1490 1450 ssh login@cesium.ccc.cea.fr 1491 1451 }}} 1492 1452 1493 ==== Comment v érifier que les post-traitements sont bien passés? ====1494 1495 * sur ulam, les sorties des post-traitements sont l Ã: $WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation1496 * sur la frontale TX7, ils sont l Ã: $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation1497 * sur cesium, ils sont l Ã: $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation1498 * sur la frontale de platine, ils sont l Ã: $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation1499 1500 On trouvera dans ces r épertoires les fichiers de sorties des jobs : rebuild, ts, se, atlas. Sur cesium 2 fichiers standard error (.e) et standard output (.o) par job.1453 ==== Comment vérifier que les post-traitements sont bien passés? ==== 1454 1455 * sur ulam, les sorties des post-traitements sont là : $WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 1456 * sur la frontale TX7, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 1457 * sur cesium, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 1458 * sur la frontale de platine, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 1459 1460 On trouvera dans ces répertoires les fichiers de sorties des jobs : rebuild, ts, se, atlas. Sur cesium 2 fichiers standard error (.e) et standard output (.o) par job. 1501 1461 1502 A noter : Les commandes de mise sur dods sont faites à la fin du job de monitoring ou Ãla fin de chaque atlas.1462 A noter : Les commandes de mise sur dods sont faites à la fin du job de monitoring ou à la fin de chaque atlas. 1503 1463 1504 1464 ==== Qu'est-ce que rebuild? ==== 1505 1465 1506 * rebuild est un utilitaire qui permet de recombiner plusieurs fichiers cr éés par un programme parallèle (sous-domaines) en un seul.1507 * rebuild est disponible avec IOIPSL. Voir http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/IOIPSL/trunk/tools (il est donc distribu é avec les différentes configuration via modipsl)1508 * rebuild est install é sur les frontales de l'IDRIS et du CCRT dans les comptes communs. Il est appelé automatiquement à la fréquence !RebuildFrequency et représente la toute première étape des post-traitements.1466 * rebuild est un utilitaire qui permet de recombiner plusieurs fichiers créés par un programme parallèle (sous-domaines) en un seul. 1467 * rebuild est disponible avec IOIPSL. Voir http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/IOIPSL/trunk/tools (il est donc distribué avec les différentes configuration via modipsl) 1468 * rebuild est installé sur les frontales de l'IDRIS et du CCRT dans les comptes communs. Il est appelé automatiquement à la fréquence !RebuildFrequency et représente la toute première étape des post-traitements. 1509 1469 1510 1470 ==== Comment relancer les rebuild? ==== 1511 1471 1512 Pour relancer à partir des rebuild, il faut aller sur la frontale, dans le répertoire modipsl/libIGCM (l'original ou celui synchronisé dans ~MIRROR/xxxxxx/modipsl/libIGCM), modifier le job : rebuild_fromArchive.job en précisant les paramètres, le lancer sur la frontale. llsubmit sur ulam, ccc_msub sur cesium. Paramètres Ãmodifier :1472 Pour relancer à partir des rebuild, il faut aller sur la frontale, dans le répertoire modipsl/libIGCM (l'original ou celui synchronisé dans ~MIRROR/xxxxxx/modipsl/libIGCM), modifier le job : rebuild_fromArchive.job en précisant les paramètres, le lancer sur la frontale. llsubmit sur ulam, ccc_msub sur cesium. Paramètres à modifier : 1513 1473 1514 1474 {{{ … … 1521 1481 }}} 1522 1482 1523 '''Attention : ''' avant de lancer le job v érifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).1483 '''Attention : ''' avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre). 1524 1484 1525 1485 ==== Qu'est-ce qu'une Time Series? ==== 1526 1486 1527 Une Time Serie est un nouveau fichier, qui contient une seule variable sur toute la longueur d'une simulation (!ChunckJob2D = NONE) ou sur une p ériode plus courte pour les variables 3D (!ChunckJob3D = 50Y) . Elles sont décrites dans les fichiers COMP/*.card derrière les paramètres !TimeSeriesVars2D et !TimeSeriesVars3D.1487 Une Time Serie est un nouveau fichier, qui contient une seule variable sur toute la longueur d'une simulation (!ChunckJob2D = NONE) ou sur une période plus courte pour les variables 3D (!ChunckJob3D = 50Y) . Elles sont décrites dans les fichiers COMP/*.card derrière les paramètres !TimeSeriesVars2D et !TimeSeriesVars3D. 1528 1488 1529 1489 Exemple pour lmdz : … … 1542 1502 }}} 1543 1503 1544 * Chaque fichier de sortie (section [!OutputFiles]) est associ é Ãun post-traitement : Post_1M_histmth dans l'exemple.1545 * post_1M_histmth est une section (d ébutant par "[Post_1M_histmth]")1504 * Chaque fichier de sortie (section [!OutputFiles]) est associé à un post-traitement : Post_1M_histmth dans l'exemple. 1505 * post_1M_histmth est une section (débutant par "[Post_1M_histmth]") 1546 1506 * Cette section contient les variables : Patches= , !GatherWithInternal = , !TimeSeriesVars2D = , !ChunckJob2D , !TimeSeriesVars3D et !ChunckJob3D 1547 * Patches= (Patch_20091030_histcom_time_axis) Il s'agit du Patch qui sera appliqu é sur le fichier avant son stockage sur le serveur de fichiers. Ils sont visibles au niveau de : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post libIGCM_post] On peut avoir plusieurs Patch appliqués l'un après l'autre.1548 * !GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, time_counter, aire) Il s'agit des variables qui sont extraites du fichier initial et rang ées avec la variable de la Time Serie.1549 1550 Les Time Series sont rang ées sur le serveur de fichiers dans les répertoires IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/TS_MO pour celles qui sont issues des fichiers mensuelles. TS_DA pour celles qui sont issues des fichiers journaliers.1551 1552 A noter : Il y a un job de Time Series 2D et un job par Time Series 3D sur les frontales. Pour le coupl éIPSLCM5A , il y en donc 5 actuellement.1507 * Patches= (Patch_20091030_histcom_time_axis) Il s'agit du Patch qui sera appliqué sur le fichier avant son stockage sur le serveur de fichiers. Ils sont visibles au niveau de : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post libIGCM_post] On peut avoir plusieurs Patch appliqués l'un après l'autre. 1508 * !GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, time_counter, aire) Il s'agit des variables qui sont extraites du fichier initial et rangées avec la variable de la Time Serie. 1509 1510 Les Time Series sont rangées sur le serveur de fichiers dans les répertoires IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/TS_MO pour celles qui sont issues des fichiers mensuelles. TS_DA pour celles qui sont issues des fichiers journaliers. 1511 1512 A noter : Il y a un job de Time Series 2D et un job par Time Series 3D sur les frontales. Pour le couplé IPSLCM5A , il y en donc 5 actuellement. 1553 1513 1554 1514 ==== Comment ajouter une variable dans les Time Series? ==== 1555 1515 1556 Pour ajouter une nouvelle Time Serie il suffit d'ajouter son nom à la série de variables existantes, en prenant soin de la mettre avec les variables similaires : 2D ou 3D.1516 Pour ajouter une nouvelle Time Serie il suffit d'ajouter son nom à la série de variables existantes, en prenant soin de la mettre avec les variables similaires : 2D ou 3D. 1557 1517 1558 1518 ==== Qu'est-ce qu'un monitoring? ==== 1559 1519 1560 Voici un exemple de Monitoring du coupl éIPSLCM5A : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/MONITORING/ 10 ans]1561 1562 On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le r épertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/MONITORING.1563 1564 Le monitoring d'une simulation est compos é de plusieurs courbes produites à partir de variables des Time Series. Il contient également une première page détaillant les dates de passage en machine de la simulation. Cette page permet de suivre la progression d'une simulation en machine.1565 1566 Le monitoring est lanc é automatiquement Ãla fin des Time Series.1567 1568 ==== Comment superposer des courbes de monitoring de simus stock ées Ãl'IDRIS et/ou au CCRT? ====1569 M émo :1520 Voici un exemple de Monitoring du couplé IPSLCM5A : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/MONITORING/ 10 ans] 1521 1522 On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/MONITORING. 1523 1524 Le monitoring d'une simulation est composé de plusieurs courbes produites à partir de variables des Time Series. Il contient également une première page détaillant les dates de passage en machine de la simulation. Cette page permet de suivre la progression d'une simulation en machine. 1525 1526 Le monitoring est lancé automatiquement à la fin des Time Series. 1527 1528 ==== Comment superposer des courbes de monitoring de simus stockées à l'IDRIS et/ou au CCRT? ==== 1529 Mémo : 1570 1530 {{{ 1571 1531 Aller sur : … … 1575 1535 http://dods.extra.cea.fr/cgi-bin/nph-dods/data/p86cadul/OL2 1576 1536 Pousser "List directories". 1577 Pour ajouter des simulations Ãl'IDRIS, retourner sur l'onglet 11537 Pour ajouter des simulations à l'IDRIS, retourner sur l'onglet 1 1578 1538 Rentrer : http://dods.idris.fr/cgi-bin/nph-dods/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl 1579 1539 Puis Pousser "Append dircetories" pour avoir sur l'onglet suivant les simulations CCRT et IDRIS. 1580 Dans l'onglet 2, s électionner les simus : 27, 29, 30 et 33 (shift click ou control click pour en choisir plusieurs)1540 Dans l'onglet 2, sélectionner les simus : 27, 29, 30 et 33 (shift click ou control click pour en choisir plusieurs) 1581 1541 Puis Pousser "search files". 1582 1542 Dans l'onglet 3, choisir une variable (SBG_BIOMASS) puis pousser sur "Validate" 1583 1543 puis "Validate" dans l'onglet 4 et "Prepare and Run the ferret script". 1584 Ensuite , apparait une page appel ée1544 Ensuite , apparait une page appelée 1585 1545 "http://webservices.ipsl.jussieu.fr/monitoring/script.php" avec un joli 1586 1546 multi-monitoring sur la biomasse 1587 1547 cliquer sur "Run script on server" pour lancer toutes les figures. 1588 Dans l'aide 'Help' est d écrite la manip pour enregistrer le script ferret et1589 le faire tourner en local ( ça fonctionne bien).1548 Dans l'aide 'Help' est décrite la manip pour enregistrer le script ferret et 1549 le faire tourner en local (ça fonctionne bien). 1590 1550 1591 1551 Amusez-vous bien ! 1592 1552 }}} 1593 1553 1594 Pour s électionner des simus sur les 2 centres, il faut revenir à l'étape 1 et appuyer sur append directories pour les ajouter.1554 Pour sélectionner des simus sur les 2 centres, il faut revenir à l'étape 1 et appuyer sur append directories pour les ajouter. 1595 1555 1596 1556 ==== Comment ajouter une figure dans les monitoring? ==== 1597 1557 1598 Les monitoring sont param étrés lÃ: ~compte_commun/atlas/ Par exemple pour LMDZ : monitoring01_lmdz_LMD9695.cfg1599 1600 Il est possible de modifier un monitoring en cr éant un répertoire POST locale à la configuration, en recopiant un fichier .cfg et en le modifant à sa convenance. Il y a 2 exemples dans le couplé. Voir [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/POST post-traitements spécifiques]1601 1602 '''Attention''' : pour faire une op ération entre deux variables il faut impérativement la délimiter avec des parenthèses :1558 Les monitoring sont paramétrés là: ~compte_commun/atlas/ Par exemple pour LMDZ : monitoring01_lmdz_LMD9695.cfg 1559 1560 Il est possible de modifier un monitoring en créant un répertoire POST locale à la configuration, en recopiant un fichier .cfg et en le modifant à sa convenance. Il y a 2 exemples dans le couplé. Voir [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/POST post-traitements spécifiques] 1561 1562 '''Attention''' : pour faire une opération entre deux variables il faut impérativement la délimiter avec des parenthèses : 1603 1563 {{{ 1604 1564 #----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- … … 1609 1569 }}} 1610 1570 1611 ==== Qu'est-ce qu'une moyenne saisonni ère? ====1612 1613 Les fichiers SE ou moyennes saisonni ères sont lancées automatiquement à la fréquence !SeasonalFrequency=10Y (en faisant attention à !SeasonalFrequencyOffset=0) lorsqu'il y a autre choses que NONE dans le dernier paramètre du fichier dans la section '[!OutputFiles]'.1614 Tous les fichiers avec un Post demand é sont alors moyennés avec la commande ncra avant d'être stockés dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/SE 1 fichier par !SeasonalFrequency=10Y1615 1616 ==== O ùvoir les atlas? ====1617 1618 Voici un exemple d'atlas du coupl éIPSLCM5A disponible sur dods : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/ATLAS/SE_2000_2009/ATM/ATM.html ATM]1619 1620 Il y a au moins 8 r épertoires avec les atlas pour le couplé. On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATLAS.1621 1622 Les atlas sont des outils mis à disposition sous les comptes communs. Voir ~compte_commun/atlas/ Ils sont basés sur des fichiers atlas_composante.cfg. utilisant les outils fast/atlas. Voir : http://dods.ipsl.jussieu.fr/fast/1571 ==== Qu'est-ce qu'une moyenne saisonnière? ==== 1572 1573 Les fichiers SE ou moyennes saisonnières sont lancées automatiquement à la fréquence !SeasonalFrequency=10Y (en faisant attention à !SeasonalFrequencyOffset=0) lorsqu'il y a autre choses que NONE dans le dernier paramètre du fichier dans la section '[!OutputFiles]'. 1574 Tous les fichiers avec un Post demandé sont alors moyennés avec la commande ncra avant d'être stockés dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/SE 1 fichier par !SeasonalFrequency=10Y 1575 1576 ==== Où voir les atlas? ==== 1577 1578 Voici un exemple d'atlas du couplé IPSLCM5A disponible sur dods : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/ATLAS/SE_2000_2009/ATM/ATM.html ATM] 1579 1580 Il y a au moins 8 répertoires avec les atlas pour le couplé. On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATLAS. 1581 1582 Les atlas sont des outils mis à disposition sous les comptes communs. Voir ~compte_commun/atlas/ Ils sont basés sur des fichiers atlas_composante.cfg. utilisant les outils fast/atlas. Voir : http://dods.ipsl.jussieu.fr/fast/ 1623 1583 1624 1584 ==== Comment relancer les post-traitements depuis la machine de post-traitement? ==== 1625 1585 1626 Les diff érentes étapes sur un exemple (la simulation couplée ST11 de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT).1627 1628 * On se met sur la machine cesium et on pr épare le terrain :1586 Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée ST11 de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT). 1587 1588 * On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain : 1629 1589 {{{ 1630 1590 cd ; mkdir -p POST/ST11 ; cd POST/ST11 1631 1591 }}} 1632 1592 1633 * On recopie les cartes caract érisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée)1634 {{{ 1635 cp âr /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/COMP .1636 }}} 1637 1638 * On recopie les post-traitements sp écifiques à la configuration (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée)1639 1640 {{{ 1641 cp âr /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/POST .1642 }}} 1643 1644 * On recopie les cartes sp écifiques (config.card et run.card) à la simulation (depuis le répertoire où la simulation a été lancée)1645 1646 {{{ 1647 cp âr /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/config.card .1648 cp âr /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/run.card .1649 }}} 1650 1651 * On recopie les jobs de post-traitement Ãsoumettre :1593 * On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 1594 {{{ 1595 cp -r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/COMP . 1596 }}} 1597 1598 * On recopie les post-traitements spécifiques à la configuration (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 1599 1600 {{{ 1601 cp -r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/POST . 1602 }}} 1603 1604 * On recopie les cartes spécifiques (config.card et run.card) à la simulation (depuis le répertoire où la simulation a été lancée) 1605 1606 {{{ 1607 cp -r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/config.card . 1608 cp -r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/run.card . 1609 }}} 1610 1611 * On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 1652 1612 {{{ 1653 1613 cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/rebuild_fromArchive.job . … … 1662 1622 }}} 1663 1623 1664 * On adapte les jobs Ãsoumettre en modifiant certaines variables :1665 1666 Dans tous les jobs Ãlancer (rebuild_fromArchive.job, create_ts.job et create_se.job), il faut modifier :1624 * On adapte les jobs à soumettre en modifiant certaines variables : 1625 1626 Dans tous les jobs à lancer (rebuild_fromArchive.job, create_ts.job et create_se.job), il faut modifier : 1667 1627 1668 1628 {{{ 1669 1629 StandAlone=true 1670 libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le r épertoire libIGCM de lâexpérience1630 libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l'expérience 1671 1631 }}} 1672 1632 … … 1674 1634 1675 1635 {{{ 1676 PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la s érie Ãrebuilder1677 NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la s érie à rebuilder jusqu'Ãla PeriodDateBegin1636 PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder 1637 NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la PeriodDateBegin 1678 1638 config_UserChoices_JobName=ST11 1679 1639 R_SAVE=${DMFDIR}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/${config_UserChoices_JobName} … … 1684 1644 1685 1645 {{{ 1686 PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la s érie Ãrebuilder1687 NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la s érie à rebuilder jusqu'Ãla PeriodDateBegin1646 PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder 1647 NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la PeriodDateBegin 1688 1648 config_UserChoices_JobName=ST11 1689 1649 R_SAVE=${DMFDIR}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/${config_UserChoices_JobName} 1690 1650 REBUILD_DIR=${R_SAVE}/TMP 1691 1651 MASTER=mercure # ou bien titane 1692 libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le r épertoire libIGCM de lâexpérience1693 libIGCM_SX = # POinte vers le r épertoire libIGCM utilisésur la machine MASTER1652 libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l'expérience 1653 libIGCM_SX = # POinte vers le répertoire libIGCM utilisé sur la machine MASTER 1694 1654 }}} 1695 1655 … … 1697 1657 1698 1658 {{{ 1699 PeriodDateEnd=20191230 # date de fin des time-series a cr éer1700 CompletedFlag=20091230 # date de fin des times-series d éjÃexistantes (si tel est le cas)1659 PeriodDateEnd=20191230 # date de fin des time-series a créer 1660 CompletedFlag=20091230 # date de fin des times-series déjà existantes (si tel est le cas) 1701 1661 TsTask=2D # 2D or 3D 1702 1662 RebuildFrequency=true … … 1706 1666 1707 1667 {{{ 1708 PeriodDateEnd=20191230 # date de fin de la d écennie a traiter1668 PeriodDateEnd=20191230 # date de fin de la décennie a traiter 1709 1669 }}} 1710 1670 … … 1724 1684 }}} 1725 1685 1726 '''Attention : ''' avant de lancer le job v érifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).1686 '''Attention : ''' avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre). 1727 1687 1728 1688 ==== Comment utiliser !TimeSeries_Checker.job? ==== 1729 1689 1730 !TimeSeries_Checker.job est un script (qui se lance en interactif) qui v érifie les Séries temporelles (TS) existantes et relance les jobs create_TS nécessaires pour reconstruire les TS manquantes. C'est donc un utilitaire de post-traitement qui se lance depuis la machine de post-traitement. Voir question précédente.1731 1732 Les diff érentes étapes sur un exemple (la simulation couplée MYEXP de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT).1733 1734 * On se met sur la machine cesium et on pr épare le terrain (voir question précédente) :1690 !TimeSeries_Checker.job est un script (qui se lance en interactif) qui vérifie les Séries temporelles (TS) existantes et relance les jobs create_TS nécessaires pour reconstruire les TS manquantes. C'est donc un utilitaire de post-traitement qui se lance depuis la machine de post-traitement. Voir question précédente. 1691 1692 Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée MYEXP de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT). 1693 1694 * On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain (voir question précédente) : 1735 1695 {{{ 1736 1696 Cesium > cd $WORKDIR; mkdir -p POST/MYEXP ; cd POST/MYEXP 1737 1697 }}} 1738 1698 1739 * On recopie les cartes caract érisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée). Voir aussi question précédente.1740 {{{ 1741 Cesium> scp âpr mercure:... MYEXP/COMP .1742 Cesium> scp âpr mercure:... MYEXP/POST .1743 Cesium> scp âr mercure:... MYEXP/config.card .1744 }}} 1745 1746 * On recopie les jobs de post-traitement Ãsoumettre :1699 * On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée). Voir aussi question précédente. 1700 {{{ 1701 Cesium> scp -pr mercure:... MYEXP/COMP . 1702 Cesium> scp -pr mercure:... MYEXP/POST . 1703 Cesium> scp -r mercure:... MYEXP/config.card . 1704 }}} 1705 1706 * On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 1747 1707 {{{ 1748 1708 Cesium> scp mercure:.../libIGCM/create_ts.job . … … 1767 1727 {{{ 1768 1728 cesium> ./TimeSeries_Checker.job 2>&1 | tee TSC_OUT =====> en ksh pour garder la trace dans un fichier 1769 cesium> grep Batch TSC_OUT =====> pour rep érer l'ensemble des jobs lancés1770 }}} 1771 1772 1773 ==== Comment faire une moyenne saisonni ère sur 100 ans? ====1729 cesium> grep Batch TSC_OUT =====> pour repérer l'ensemble des jobs lancés 1730 }}} 1731 1732 1733 ==== Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans? ==== 1774 1734 1775 1735 Ceci est possible depuis libIGCM_v1_10 cad depuis le 13/12/2010. 1776 1736 1777 Comment faire une moyenne saisonni ère sur 100 ans? Le job create_multi_se est là pour ça. Il faut le lancer sur le serveur de post-traitement après avoir vérifié que les différentes décennies étaient présentes sur le serveur de fichiers (SE_checker).1778 1779 Notez que l'atlas de ces 100 ans sera également créé. Voir exemple de l'atlas de 100 ans de piControl2 lÃ: [http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/PROD/piControl/piControl2/ATLAS/SE_2000_2099/ SE 2000 2099]1780 1781 1. si ce n'est d éjà fait, installer un répertoire spécial post-traitement. Voir [wiki:ModipslBeginner#Commentrelancerlespost-traitementsdepuislamachinedepost-traitement]1737 Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans? Le job create_multi_se est là pour ça. Il faut le lancer sur le serveur de post-traitement après avoir vérifié que les différentes décennies étaient présentes sur le serveur de fichiers (SE_checker). 1738 1739 Notez que l'atlas de ces 100 ans sera également créé. Voir exemple de l'atlas de 100 ans de piControl2 là : [http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/PROD/piControl/piControl2/ATLAS/SE_2000_2099/ SE 2000 2099] 1740 1741 1. si ce n'est déjà fait, installer un répertoire spécial post-traitement. Voir [wiki:ModipslBeginner#Commentrelancerlespost-traitementsdepuislamachinedepost-traitement] 1782 1742 1. recopier create_se.job, SE_checker.job et create_multi_se.job 1783 1. v érifier/modifier dans create_se.job les variables :1743 1. vérifier/modifier dans create_se.job les variables : 1784 1744 {{{ 1785 1745 libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM} 1786 1746 }}} 1787 1. v érifier que les décennies sont toutes présentes.1788 1. v érifier/modifier les variables dans SE_checker.job:1747 1. vérifier que les décennies sont toutes présentes. 1748 1. vérifier/modifier les variables dans SE_checker.job: 1789 1749 {{{ 1790 1750 libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM} … … 1794 1754 CARD_DIR=${CARD_DIR:=${CURRENT_DIR}} 1795 1755 }}} 1796 1. lancer en interactif : {{{ ./SE_checker.job }}} la v érification. Les jobs create_se.job nécessaires seront lancés. Exemple :1756 1. lancer en interactif : {{{ ./SE_checker.job }}} la vérification. Les jobs create_se.job nécessaires seront lancés. Exemple : 1797 1757 {{{ 1798 1758 ./SE_Checker.job … … 1858 1818 1. attendre la fin des jobs create_se 1859 1819 1. recopier create_multi_se.job 1860 1. V érifier/Modifier les variables :1820 1. Vérifier/Modifier les variables : 1861 1821 {{{ 1862 1822 libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM} 1863 1823 }}} 1864 1. si besoin, param étrer le nombre de décennies dans config.card. 50Y ou 50 ans par défaut. Ajouter cette ligne dans la section POST cad à la fin après le mot-clé[POST]1824 1. si besoin, paramétrer le nombre de décennies dans config.card. 50Y ou 50 ans par défaut. Ajouter cette ligne dans la section POST cad à la fin après le mot-clé [POST] 1865 1825 {{{ 1866 1826 MultiSeasonalFrequency=100Y 1867 1827 }}} 1868 1828 1. lancer le job create_multi_se.job : ccc_msub create_multi_se.job 1869 1. Les ann ées prises en compte seront les dernières cad celles entre !DateEnd (pris dans config.card du répertoire local) et !DateEnd - !MultiSaesonalFrequency.1870 1871 Les moyennes sont stock ées dans les répertoires Analyse des différentes composantes dans les sous-répertoires SE_100Y. Par exemple : ATM/Analyse/SE_100Y/1872 1873 1874 == Questions/R éponses des autres documentations ==1875 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#Red émarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un coupléIPSLCM4_v1]1876 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#Red émarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un coupléIPSLCM4_v1_OASIS3]1877 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ apr ès recopie d'un répertoire complet sur un autre]1878 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lanc ées en parallèle]1879 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment d éboguer le coupléavec totalview sur mercure]1829 1. Les années prises en compte seront les dernières cad celles entre !DateEnd (pris dans config.card du répertoire local) et !DateEnd - !MultiSaesonalFrequency. 1830 1831 Les moyennes sont stockées dans les répertoires Analyse des différentes composantes dans les sous-répertoires SE_100Y. Par exemple : ATM/Analyse/SE_100Y/ 1832 1833 1834 == Questions/Réponses des autres documentations == 1835 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1] 1836 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3] 1837 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre] 1838 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle] 1839 * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure] 1880 1840 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ FAQ libIGCM ] 1881 1841 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ#Messagesderreur Messages erreurs dans Script_output] … … 1883 1843 1884 1844 1885