= Modifications apportées à IPSLCM5A =

Voici la liste des modifications apportées à IPSLCM5A. Chaque modification est datée, documentée et argumentée.

== LMDZ ==
Modification dans la branche LMDZ4_AR5 :

==== 26 juillet 2010 ====

Nouvelle revision 1420 dans mod.def [1096] : 
 * Modification des niveaux de sorties LMDZ pour diminuer le stockage CMIP5. levels for some outputs to diminsh the CMIP5 storage voir http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1419
 * Test sur itau_dyn pour avoir un demarrage avec des dates correctes : voir http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1420



==== 16 juillet 2010 ====
Nouvelle révision 1417 dans mod.def [1090] : Correction de bug dans le calcul de la variable diagnostique ec550aer "Extinction at 550nm", dans LMDZ, voir http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1417 .


==== 15 juillet 2010 ====

Nouvelle revision 1415 dans mod.def : [1088]
Passage a la version cosp.v1.3 pour le Lidar et ISCCP
Corrections de bugs pour ISCCP et optimisation pour le Lidar 
Modification de cosp_input_nl.txt : ISCCP_TOPHEIGHT_DIRECTION=2 : [1089]

==== 12 juillet 2010 ====
Dans piControl/PARAM/physiq.def_L39 : ajout de la paramétrisation de la sortie de Aga. Sortie au niveau 2 (au lieu de 4).

==== 9 juillet 2010 ====
 * Ajout du traceur Aga "Age de l'air stratosphérique" (F. Lott). Nouvelle révision 1410 mise dans mod.def : [1079]. Voir http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1405 et correction de bug http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1410. Pour ne pas augmenter le temps de calcul, les traceurs radon et plomb sont enlevé du traceur.def.
 * Modification du fichier traceur.def et traitement de Aga comme variable 3D : [1080]
 * A noter : trusting en rouge qui repère le changement du fichier traceur.def (11 juillet)

==== 22 juin 2010 ====
Correction de bug dans le fichier limit_netcdf.F90, appelé par le programme create_etat0_limit. Ce bug faisait planter le programme sur vargas et en local avec g95 mais ca tournait sur brodie. Nouveau révision 1402, voir : http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1402 . Le programme create_etat0_limit (synonyme à ce0l) est incontournable pour les configurations de LMDZ forcé.

== ORCHIDEE ==

Passage [1044] de la branche orchidee_1_9_4_AR5 au tag orchidee_1_9_5 le 01 juin 2010.
 
Modification dans le tag orchidee_1_9_5 depuis le 01/06/2010 :

==== 09 juin 2010 ====

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.82
 * But : diminution de sorties non désirées dans la sortie HF sechiba
 * Message : [[BR]]
{{{
MaFo, MM : STOMATE variables were still in level 1 for high frequency history output for SECHIBA.
}}}
 * liens : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?view=markup&revision=1.82&root=orchidee&sortby=date&pathrev=HEAD view], [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?r1=1.81&r2=1.82&pathrev=HEAD&sortby=date&root=orchidee diff]

==== 16 juin 2010 ====

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.83
 * But : supprimer la variable dss de la sortie HF SECHIBA
 * Message : [[BR]]
{{{
MM: correct the operation name of the histdef of dss variable in HF of sechiba history.
This is assimilated as a bug then the TAG orchidee_1_9_5 will be pushed on this new version.
}}}
 * liens : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?view=markup&revision=1.83&root=orchidee&sortby=date&pathrev=HEAD view], [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?r1=1.82&r2=1.83&pathrev=HEAD&sortby=date&root=orchidee diff]

==== 16 juin 2010 ====

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.84
 * But : diminution de sorties non désirées dans la sortie HF sechiba
 * Message : [[BR]]
{{{
MaFo, MM: correct a mistake in fluxop_scinsec2 definition.
This give a lot of unwanted variables in HF SECHIBA history file and
again this is assimilated as a bug. The tag orchidee_1_9_5 will be pushed on
this new version.
}}}
 * liens : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?view=markup&revision=1.84&root=orchidee&sortby=date&pathrev=HEAD view], [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?r1=1.83&r2=1.84&pathrev=HEAD&sortby=date&root=orchidee diff]

==== 29 juillet 2010 ====

src_sechiba/intersurf.f90 : passage version 1.85
 * But : corriger des unités sur les flux de carbone associés au LAND USE.
 * Message : [[BR]]
{{{
PC : correct units for CONVFLUX, CFLUX_PROD10, CFLUX_PROD100, HARVEST_ABOVE.
}}}
 * liens : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?view=markup&revision=1.85&root=orchidee&sortby=date&pathrev=HEAD view], [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?r1=1.84&r2=1.85&pathrev=HEAD&sortby=date&root=orchidee diff]

== Diagnostics ==
==== 4 aout 2010 ====
Bug non-corrigé dans LMDZ4 : Un bug a été trouvé dans dans libf/phylmd/newmicro.F. Cette bug n'a pas était corrigé et les diagnostiques suivant sont erronées : reffclwc, reffclws, lcc3dcon, lcc3dstra. Le bug existe dans le code depuis que ces diagnostiques ont été ajouté dans le code, voir http://lmdz.lmd.jussieu.fr/trac/changeset/1337 . Une correction n'existe pas encore.

==== 29 juillet 2010 ====

(En cours) : Modification diagnostics et monitoring stomate : 
 * le monitoring stomate a été revu
 * les unités de ces 4 variables ont été modifiées (gC/m**2/yr) : harvest_above, convflux, cflux_prod10, cflux_prod100 . Voir : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/viewvc/ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90?root=orchidee&r1=1.84&r2=1.85 modif intersurf (Password required)]
 * la commande à passer pour modifier l'attribut des anciens fichiers est : ncatted. A passer sur les variables rangées en série temporelle ainsi :
  * CONVFLUX :  ncatted -O -a units,CONVFLUX,m,c,"gC/m**2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_CONVFLUX.nc
  * CFLUX_PROD10 : ncatted -O -a units,CFLUX_PROD10,m,c,"gC/m**2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_CFLUX_PROD10.nc
  * CFLUX_PROD100 : ncatted -O -a units,CFLUX_PROD100,m,c,"gC/m**2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_CFLUX_PROD100.nc
  * HARVEST_ABOVE : ncatted -O -a units,HARVEST_ABOVE,m,c,"gC/m**2/yr" OOL_AR5_REF_10000101_12501231_1M_HARVEST_ABOVE.nc
 * Modification prise en compte dans IPSLCM5A.

==== 24 juin 2010 ====

 * Modification : diagnostic NEMO
 * Voir : https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/ticket/682
 * Voir : modification incluse là : https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/changeset/1952
 * Voir : modification mod.def : [1069]

== Outils ==

==== 13 juillet 2010 ====
 * rebuild associé IOIPSL à v2_2_1 sur cesium

==== 12 juillet 2010 ====
 * libIGCM_v_1_8 : post-traitements sur cesium pour les simus SX9.

==== 8 juillet 2010 ====
 * nco/4.0.1 sur la frontale mercure :
   * la librairie nco/3.9.4 sur la frontale mercure est buggée. Voir mail à ce sujet.
   * utilisation de la librairie nco/4.0.1 et netcdf/4.1.1 dans les 2 fichiers d'initialisation : ~p86ipsl/.atlas_env_mercure01_ksh et ~p86ipsl /.atlas_env_mercure01_csh


==== 30 juin 2010 ====
 * libIGCM v1_7 :
   * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/changeset/312/ 312] : ncwa se bloque sur la frontale de mercure. Travailler sur 2 fichiers évite cela. Non. nco/3.9.4 est buggué. 

==== 28 juin 2010 ====
 * libIGCM v1_7 :
   * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/changeset/310/ 310] : 
      * retour à TMPDIR sur mercure. Attention à avoir suffisamment de quota en SCRATCHDIR.
      * Initialisation de !CompletedFlag 
   * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/changeset/308/ 308] : mise à jour cesium pour les post-traitements issus de titane.

==== 25 juin 2010 ====
 * nco/3.9.4 :
  * amélioration des performances. Voir : [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/CCRT/NouvelleFrontaleSX#Soucis_de_performances Intranet IPSL]
  * utilisation de module load nco/3.9.4 dans les 2 fichiers d'initialisation : ~/.atlas_env_mercure01_ksh ~/.atlas_env_mercure01_csh


== Forcages ==

=== Forcage solaire et volcans ===

==== 23 juillet 2010 ====

 * historical : Mise à jour du fichier SOLARANDVOLCANOES_1610_2008.txt. Vous le trouverez disponible dans le répertoire qui suit (sur mercure): /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC/ATM/IPSLCM5A/IPCC_AR5/HISTORIQUE/. La version précédente de ce fichier est nommée SOLARANDVOLCANOES_1610_2008_V0.txt. Plus d'infos là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/IPSLCMIP5/Centennal/Table3#historical historical2]

==== 12 juillet 2010 ====
 * historical. Voir COMP/lmdz.card et lmdz.driver : Utilisation du fichier : SOLARANDVOLCANOES_1610_2008.txt 

=== Fichiers de concentrations d'aérosols ===
==== 30 juin 2010 ====
Il y avait un soucis numérique dans les fichiers de concentrations d'aérosols pour l'année 1905. Après correction ça touche les fichiers aerosols_11YearsClim_${period}.nc de 1900 à 1910 (dus aux moyennes glissantes sur 11 ans) dans 
$DMFDIR/IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD9695/AR5/HISTORIQUE et $DMFDIR/IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD144142/AR5/HISTORIQUE

Les fichiers buggués ont été conservés avec le nom aerosols_11YearsClim_${period}_bug.nc