= LMDZINCA_v2 =

== Table des matières ==
 * [wiki:LMDZINCA_v2#ExtraireModipsl Récupérer modipsl]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#ExtrairelaconfigLMDZINCA_v2 Extraire la config LMDZINCA_v2]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Compilationdelaconfiguration Compilation de la configuration]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Lancerunesimulation Lancer une simulation]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Commenttravailleraveccettearborescence Comment travailler avec cette arborescence]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Findelasimulation Fin de la simulation]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Relancerunesimulation Relancer une simulation à zéro]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Continuezunesimulation Continuez une simulation existante]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Lemodesequentiel Le mode sequentiel]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Lemodenudge Le mode nudge]
 * [wiki:LMDZINCA_v2#Changerleschemadeconvection Changer le schema de convection]


== Extraire Modipsl == 
{{{
svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl 
}}}
Plus d'info ici : http://www.ipsl.jussieu.fr/poles/Modelisation/index.htm 
[[BR]]
[[BR]]

== Extraire la config LMDZINCA_v2 ==
{{{
cd modipsl/util/
./model LMDZINCA_v2
}}}
[[BR]]
[[BR]]
 
== Compilation de la configuration ==
Création d'un makefile pour la configuration (à ne faire qu'une fois après l'extraction de la configuration) 
{{{
cd modipsl/util
./ins_make
}}}

Lancement d'une compilation 
{{{
cd modipsl/config/LMDZINCA_v2
gmake _config_inca_xLMD9672 (avec _config_inca_ = CH4 ou CH4_AER ou NMHC ou NMHC_AER ou AER ou GES) 
Exemple : gmake AERxLMD9672
}}}
Cette commande permet dans l'ordre : 
 1. de compiler IOIPSL
 2. de préprocesser le modèle INCA pour la config_inca que vous avez choisis
 3. de compiler le modèle INCA avec l'outil FCM
 4. de compiler le modèle LMDZ avec l'outil FCM
 5. de faire l'édition de lien entre INCA et LMDZ

Lorsque la configuration est compilée l'exécutable créé est stocké dans le répertoire 
modipsl/bin/
[[BR]]
Par défaut cette compilation est en mode parallèle. Réportez vous à la rubrique correspondante pour la 
compilation en mode séquentiel. Cela dit il est conseillé de travailler en mode parallèle.
[[BR]]
Remarques : 
 - si vous avez déjà compilé une fois le modèle et vous pouvez juste taper ''gmake'' sans spécifier la configuration voulue, modipsl se souvient de ce choix. 
 - si vous voulez recompiler entièrement le modèle vous devez effacer le contenu des répertoires suivants : modipsl/bin/, modipsl/lib/, modipsl/modeles/LMDZ4/libo/, modipsl/modeles/INCA3/config/
[[BR]]
[[BR]]

== Lancer une simulation == 
Pour les simulations nous utilisons la librairie libIGCM. Pour plus d'informations dessus vous pouvez consulter la page
suivante (intranet IPSL) : http://wiki.ipsl.jussieu.fr/wiki_ipsl/IGCMG/libIGCM/DocUtilisateur

=== Présentation des répertoires d'expériences === 
Dans le répertoire modipsl/config/LMDZINCA_v2 vous trouverez 6 sous répertoires : [[BR]]
 - EXP_CH4_AER
 - EXP_AER
 - EXP_NMHC
 - EXP_NMHC_AER
 - EXP_GES
 - EXP_CH4
Chacun de ces répertoires contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation. [[BR]]
Dans un répertoire type vous trouverez : 
 - un fichier config.card
 - un répertoire COMP/
 - un répertoire PARAM/

Le fichier config.card contient la fiche d'identitée de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...) [[BR]]
Le répertoire PARAM/ contient les fichiers .def contentant les paramètres nécessaires à une simulation de LMDZ [[BR]]
Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer, 
ils indiquent les opérations à faire pour chaque composantes de votre configuration (ici : INCA et LMDZ). Les cartes elles 
contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les 
fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement 
qu'on leur associe) [[BR]]


=== Etapes préliminaires à la création d'un job ===
==== config.card ====
Avant de créer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card [[BR]]
Voici les rubriques à modifier : 
{{{
JobName=_nom_simul_
DateBegin=_date_debut_simul_
DateEnd=_date_fin_simul_
PeriodLength= indiquez ici la fréquence de lancement de l'exécutable (1D ou 1M suivant les cas pour LMDZINCA) 
JobNumProcTot=_nombre_processeurs
}}}
En ne modifiant que ces champs vous préparer un run climatique utilisant le schéma de convection de Kerry Emmanuel. 
Je vous conseille de commencer avec ce run type avant de faire varier ces derniers paramêtres (voir rubriques plus bas). 

==== répertoire COMP ====
Dans le répertoire COMP vous pouvez indiquer les adresses des fichiers d'état initiaux de votre simulation dans le fichier lmdz.card (suivre l'exemple donné par défaut). 
Vous pouvez également modifier les fichiers d'émissions dans le fichier inca.card. [[BR]]
A chaque fois la syntaxe utilisée est la suivante : [[BR]]
''(path_fichier, fichier)'' [[BR]]
Elle est équivalente à : [[BR]]
''cp path_fichier fichier'' [[BR]]

Pour d'autres informations sur les scripts vous êtes invités à vous reporter à la documentation indiquée ci-dessus. 

=== Création d'un job ===
{{{
cd modipsl/util
./ins_job 
}}}
Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-répertoires de modipsl et crée 
les job associés (en reprenant la rubrique !JobName du fichier config.card). 
Si jamais un fichier du même nom (Job_nom_simul) existe déjà alors 
un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé. 
Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer. [[BR]]
Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine. 
Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir, vous devez
modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul [[BR]]
N'oubliez pas non plus de modifier la variable elapstim_req en entête de job. 

=== Lancement d'une simulation ===
{{{
cd modipsl/config/LMDZINCA_v2/EXP_config_inca_/
qsub Job_nom_simul
}}}
[[BR]]
[[BR]]

== Comment travailler avec cette arborescence ==
Il vous est fortement conseillé de recréer un répertoire d'expérience pour chaque nouvelle simulation que vous lancez. 
Pour cela vous pouvez dès le départ conserver le répertoire EXP_config_inca (ex: EXP_AER) dans lequel vous laissez le !JobName de config.card vide 
(cette manipulation empéchera la création d'un job associé avec la commande ins_job). Vous pourrez ainsi recopier ce répertoire autant de fois que 
vous le désirerez. [[BR]]
Si jamais vous voulez utiliser les modèles sur plusieurs projets différents qui demandent à chaque fois des nouveaux développements et des 
exécutables différents : il est conseillé de récupérer pour chacun d'entre eux une architecture modipsl nouvelle. 

[[BR]]
[[BR]]
== Fin de la simulation == 
Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont créés dans votre répertoire d'expérience: 
 - run.card
 - Script_Output_JobName
Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier : 
 - !JobName_date_out_gcm.e_error qui contient le journal de sortie de votre simulation
Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable !PeriodState 
qui vous renseigne 
{{{
PeriodState= completed ( = simulation bien finie) 
PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation) 
}}}
Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant : 
{{{
$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZINCA/_config_inca_/_nom_simul_ 
Avec les sous répertoires suivant : 
ATM CHM Out Exe 
ATM = Output et Restart de LMDZ
CHM = Output et Restart de INCA
Out = journaux de sorties du run 
Exe = exécutables utilisés pour le run
}}}
[[BR]]
[[BR]]

== Relancer une simulation == 
 1. Vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers statck_error (si existant) et run.card. 
 2. Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZINCA/_config_inca_/_nom_simul_
 3. Si vous aviez changer la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir. 
[[BR]]
[[BR]]

== Continuez une simulation == 
Vous devez indiquer dans le fichier run.card
{{{
PeriodState= OnQueue
}}}
[[BR]]
[[BR]]

== Le mode sequentiel ==
=== compilation ===
 1. Dans modipsl/config/LMDZINCA_v2/AA_make : vous devez mettre toutes les options parallel à false (''-parallel false'') 
 2. Dans modipsl/modeles/INCA3/bld.cfg : vous devez enlever la clef CPP_PARA
 3. Recréer le makefile à l'aide de la commande ./ins_make

=== exécution ===
 1. Dans le fichier modipsl/config/LMDZINCA_v2/EXP_.../config.card : vous devez changer la ligne !JobRunOption 
{{{
JobRunOptions='"-np "${config_UserChoices_JobNumProcTot}'
devient 
JobRunOptions=''
}}}
 2. Toujours dans config.card indiquez que vous n'utilisez qu'un seul processeur. 
 3. Créez votre job 

[[BR]]
[[BR]]

== Le mode nudge ==
 - Vous devez ajouter un fichier guide.def au répertoire modipsl/congif/LMDZINCA_v2/PARAM. Ce fichier devra être semblable au suivant : 
{{{
ncep=.false. # true si necp , false si ecmwf
guide_u= y
guide_v= y 
guide_T= n 
guide_P= n 
guide_Q= n 

ini_anal=.true.
tau_min_u=0.0208333
tau_max_u=0.1
tau_min_v=0.0208333
tau_max_v=0.1
tau_min_T=0.0208333
tau_max_T=10
}}}

 - Ensuite vous devez indiquer au fichier modipsl/config/LMDZINCA_v2/PARAM/run.def de prendre en compte le fichier guide.def que vous venez de rajouter. Pour cela ajouter en entête de run.def la ligne suivante : 
{{{
INCLUDEDEF=guide.def
}}}

 - Dans le fichier modipsl/config/LMDZINCA_v2/PARAM/guide.def vous devez changer ok_guide=.false. par ok_guide=.true.

 - Vous devez indiquer les paths des fichiers de vents dans le fichier modipsl/config/LMDZINCA_v2/COMP/lmdz.card.  Et ajoutez le fichier guide.def dans la liste de parameter files
{{{
[BoundaryFiles]
List= ....\
      (/dmnfs/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/u_ecmwf_${year}${month}.nc, u.nc)\
      (/dmnfs/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/v_ecmwf_${year}${month}.nc, v.nc)\

....

[ParametersFiles]
List= ....\
      (${SUBMIT_DIR}/PARAM/guide.def,.)

}}}
 - Pour finir dans modipsl/config/LMDZINCA_v2/config.card vous devez changer le calendrier utilisé. 
{{{
#============================
#D-- leap, noleap, 360d  (leap = 365 bissextile, noleap = 365, 360d = 360) 
CalendarType=leap 
}}}

[[BR]]
[[BR]]

== Changer le schema de convection ==