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Description pour un utilisation standard de LMDZOR_v4
Voici un description rapide pour utilisation de cette configuration. Pour plus des détail comment utiliser cette configuration, voir le wiki LMDZOR_v4, pour modipsl, voir le wiki ModipslBeginner et pour les scripts et les posttraitement, voir la documentation de libIGCM.
1) Extraction des sources
Extrait d'abord modipsl :
svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
Avant la première extraction d'ORCHIDEE il faut demander un mot-de-passe de M. Mancip. Extrait la configuration LMDZOR_v4 :
cd modipsl/util ./model -h LMDZOR_v4 ./model LMDZOR_v4
2) Compilation
Avant de compiler le premier fois, il faut ajouter le chemin pour fcm : /home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin (brodie), /homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin (vargas) ou /home/cont003/p86ipsl/fcm/bin (mercure) dans la variable d'environnement PATH. Ensuite sur les machines brodie et mercure le compilation se fait :
./ins_make cd ../config/LMDZOR_v4 gmake [resolution_desirée]
3) Création des états initiaux et des fichiers limites
Les états initiaux (start.nc et startphy.nc) et le fichier des conditions limites (limit.nc) sont crées avec un job dans le répertoire modipsl/config/LMDZOR_v4/CREATE. Il y a deux possibilités prédéfinie pour la création des fichiers limit.nc : a partir des AMIP climatologique ou inter-annuelles. Pour un run climatologique, utilise les config.card et lmdz.card avec le suffix _Climat, fait le lien suivant :
ln -s config.card_Climat config.card; cd COMP; ln -s lmdz.card_Climat lmdz.card
or for interannual AMIP :
ln -s config.card_Interannuel config.card; cd COMP; ln -s lmdz.card_Interannuel lmdz.card
Parameters in config.card such as JobName, CalendarType, DateBegin, DateEnd must always be considered and eventually modified according to desired experience.
Après exécution ces fichiers crées seront stockés dans IGCM_OUT/LMDZOR_v4/JobName/ATM/Output. Le JobName, par défaut ELY-LMDXXXX, avec Y=C pour climatologique ou Y=I pour inter-annuelle, XXXX=résolution. Le nom peut être modifié dans config.card avant le lancement de ins_job.
cd CREATE (éventuellement modification dans config.card, par exemple Jobname) ../../../util/ins_job qsub Job_ELXXXX
Après la fin du simulation, les fichiers start.nc, startphy.nc, limit.nc, climoz_LMDZ.nc et grilles_gcm.nc seront stochée sur le serveur de stochage gaya(IDRIS) ou dmndir(CCRT) dans le répertoire IGCM_OUT/LMDZOR/ELY-XXXX/ATM/Output.
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Trait de côte avec o2a.nc
Pour avoir les mêmes traits de côte comme dans le modèle couplé, il est necessaire de crée les fichiers limites en utilisant le fichier o2a.nc. Ce n'est pas le cas par défaut. Il faut ajouter dans COMP/lmdz.card dans la liste "ListNonDel" sous "[BoundaryFiles]" le chemin complet vers ce fichier, par exemple ${R_INIT}/ATM/IPSLCM4_v2/ORCA2xLMD9671/o2a.nc pour la résolution ORCA2xLMD9671.
4) Lancer une simulation
La simulation se lance dans le repertoire modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR. Verifiez et modifiez la mise en place de la simulation avant lancement. Pour créer le job et après une modification dans config.card, utilisez "ins_job". La simulation par défaut est de type AMIP climatologique. Pour utiliser les AMIP interannuel, copiez le fichier lmdz.card_Interannuel dans lmdz.card. Pour apprendre à utiliser les scripts, voir la documentation de libIGCM.
cd ../LMDZ4OR (éventuellement modification dans COMP, PARAM et config.card) (éventuellement ../../../util/ins_job) (éventuellement modification dans Job_LMDZOR) qsub Job_LMDZOR
Modifications récentes
- 26/03/09 Utilisation des nouveaux fichiers AMIP pour construction des fichiers limites. Ces fichiers sont utilisés uniquement dans le job CREATE. Les fichiers limit.nc ne converge pas avec les anciennes fichiers AMIP.
- 27/08/08 Ajoute "RESOL_SRF" dans orchidee.driver pour resoudrer problème avec le monitoring.
- Changement des versions des composantes : La configuration contient maintenant les composantes taguées LMDZ4_V3_4, orchidee_1_9_2, libIGCM_v1 et IOIPSL tag v2_1_2.
- Mise a jour des cards et drivers dans COMP pour faire fonctionner le monitoring.
- Mise a jour des .def dans PARAM pour être en phase avec le couplé. Rq: ok_ade=n et ok_aie=n (=y dans le couplé).
- Tests ont été fait sur BRODIE et MERCURE sur 4 processus.
Comment faire quand le fichier Bands_xxxx_yprc.dat n'existe pas pour le résolution ou le nombre de processus voulu ?
Mettre "LMDZ_adjust = y" dans LMDZOR/COMP/lmdz.card. Dans le même fichier, commenter aussi la ligne avec Bands_xxxx_yprc.dat dans la liste de "ParametersFiles". Ensuite, lancer l'éxecution pendant un mois. Le fichier Bands_xxxx_yprc.dat sera cré par LMDZ et copié dans le répertoire PARAM après execution. Après un mois de simulation, remettre la ligne avec Bands_xxxx_yprc.dat dans la liste de "ParametersFiles". Ensuite c'est possible pour bien équilibre le fichier Bands_xxxx_yprc.dat, de continuer encore quelque mois jusqu'au un an en gardant "LMDZ_adjust = y". Une fois le fichier Bands_xxxx_yprc.dat est équilibré, remettre "LMDZ_adjust = n", en génerale un mois est consideré suffisant.
Remarque : "LMDZ_adjust = y" augmuntera le temps de calcule.
Comment tourner la version HEAD(trunk) de SVN de LMDZ4 ?
Il existe 2 configurations sous modipsl de test qui utilisent la trunk de LMDZ4 : LMDZ4OR_work et LMDZ4_work. Ils sont tout les 2 configurés pour utiliser "l'ancienne physique" (corresponde à IPCC AR4) de LMDZ. LMDZ4OR_work contient la version OpenMP de ORCHIDEE : orchidee_1_9_2_OMP.
Attention!!! Ces 2 configurations utilisent la trunk de SVN LMDZ4. Ils ne sont pas stable. Les sources varies d'un jour sur l'autre...
Comment faire tourner le couplé IPSLCM4_v2 en mode forcé ? Cad en utilisant le binaire exécutable lmdz du couplé en forcé
Un exécutable de LMDZ qui a été compilé dans la configuration couplée peut également être exécuté en mode forcé (sans ou avec ORCHIDEE). Ceci est possible à partir du tag LMDZ4_V3_2. Ci-dessous comment procéder en restant dans la même arborescence modipsl.
1 ) Extraire "les fichiers CONFIG" pour la config LMDZ4OR_v2.
>cd modipsl/config >svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/CONFIG/LMDZOR/branches/LMDZ4OR_v2 LMDZ4OR_v2 >ls IPSLCM4_v2 LMDZ4OR_v2
=> Pour extraire le config LMDZ4OR_work (le nom LMDZ4OR_v3 sur SVN)
>svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/CONFIG/LMDZOR/branches/LMDZ4OR_v3 LMDZ4OR_v3
=> Pour extraire le config LMDZ4_work (le nom LMDZ4 sur SVN)
>svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/CONFIG/LMDZ/branches/LMDZ4 LMDZ4
2 ) Créer le fichier LMDZ4OR_v2/.resol contenant la résolution actuelle d'LMDZ qui correspond à l'exécutable du modèle couplé
>cd LMDZ4OR_v2 >echo "LMD9671" > .resol >cat .resol LMD9671
=> Les configs LMDZ4_work et LMDZ4OR_work ont un fichier .resol evoulé pour prendre en compte les niveau verticaux. Le fichier pour ces configs doit ressembler à :
>cat .resol LMD9671 RESOL_ATM_3D=96x71x19
3) Pour l'expérience CREATE, pour tourne l'exécutable create_etat0_limit, il y a un différence dans le mode de compilation ce qui implique un différence dans le lancement. Dans le couplé, cette programme est compilé en mode parallèle mais dans la configuration forcé, c'est en mode séquentielle. Avec l'exécutable du couplé, on doit lancer avec mpirun : modification à faire dans le job :
# if ( [ X${BATCH_NUM_PROC_TOT} != X ] && [ "${BATCH_NUM_PROC_TOT}" -gt 1 ] ) ; then
MPIRUN_COMMAND=${HOST_MPIRUN_COMMAND}
eval MPIRUN_OPTIONS=${config_UserChoices_JobRunOptions}
# else
# MPIRUN_COMMAND=${MPIRUN_COMMAND:="time "}
# MPIRUN_OPTIONS=${MPIRUN_OPTIONS:=""}
# fi
4) Pour l'expérience LMDZOR il n'y a pas de différence.
Souci sur IDRIS - problème résolu
Pour plus d'information voir le paragraphe "Souci MPI IDRIS depuis le 12 mars 2008" sur wiki IPSLCM4_v2 .
