= Entête des jobs et commandes occigen =

Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS).

[[PageOutline]]

== Un executable séquentiel ==
 * Entête du job
{{{
#!/bin/bash
#SBATCH -J job_name
#SBATCH -e job_name.e%j
#SBATCH -o job_name.o%j
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH --threads-per-core=1
#SBATCH --time=00:10:00

}}}
 * Commande 
{{{
time ./mon_executable param1 param2 …
}}}

== Un executable parallélisé avec MPI seulement ==
 * Entête du job
{{{
#!/bin/bash
#SBATCH -J job_name
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks=48
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH --threads-per-core=1
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --output job_name.output
}}}
 * Commande 
{{{
module purge
module load intel/15.0.0.090
module load bullxmpi/1.2.8.3
time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1  param2 …
}}}

 * Résultat : srun lance 48 tâches MPI

== NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur  ==
 * Merci à JMM, DRAKKAR et CINES
 * Entête du job
{{{
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=554
#SBATCH --ntasks=13296
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH --threads-per-core=1
#SBATCH -J nemo_occigen
#SBATCH -e nemo_occigen.e%j
#SBATCH -o nemo_occigen.o%j
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --exclusive
}}}
 * Commande (exemple) :
{{{
 time srun --mpi=pmi2  -m cyclic \
--cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\
    --multi-prog  ./ztask_file.conf
}}}
  * avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement:
{{{
0-295   ./xios_server.exe
296-13295   ./opa
}}}
 * Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS