| 76 | | = Entête des jobs et commandes occigen = |
| 77 | | |
| 78 | | Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS). |
| 79 | | |
| 80 | | [[PageOutline]] |
| 81 | | |
| 82 | | == Un executable séquentiel == |
| 83 | | * Entête du job |
| 84 | | {{{ |
| 85 | | #!/bin/bash |
| 86 | | #SBATCH -J job_name |
| 87 | | #SBATCH -e job_name.e%j |
| 88 | | #SBATCH -o job_name.o%j |
| 89 | | #SBATCH --nodes=1 |
| 90 | | #SBATCH --ntasks=1 |
| 91 | | #SBATCH --ntasks-per-node=24 |
| 92 | | #SBATCH --threads-per-core=1 |
| 93 | | #SBATCH --time=00:10:00 |
| 94 | | |
| 95 | | }}} |
| 96 | | * Commande |
| 97 | | {{{ |
| 98 | | time ./mon_executable param1 param2 … |
| 99 | | }}} |
| 100 | | |
| 101 | | == Un executable parallélisé avec MPI seulement == |
| 102 | | * Entête du job |
| 103 | | {{{ |
| 104 | | #!/bin/bash |
| 105 | | #SBATCH -J job_name |
| 106 | | #SBATCH --nodes=2 |
| 107 | | #SBATCH --ntasks=48 |
| 108 | | #SBATCH --ntasks-per-node=24 |
| 109 | | #SBATCH --threads-per-core=1 |
| 110 | | #SBATCH --time=00:30:00 |
| 111 | | #SBATCH --output job_name.output |
| 112 | | }}} |
| 113 | | * Commande |
| 114 | | {{{ |
| 115 | | module purge |
| 116 | | module load intel/15.0.0.090 |
| 117 | | module load bullxmpi/1.2.8.3 |
| 118 | | time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1 param2 … |
| 119 | | }}} |
| 120 | | |
| 121 | | * Résultat : srun lance 48 tâches MPI |
| 122 | | |
| 123 | | == NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur == |
| 124 | | * Merci à JMM, DRAKKAR et CINES |
| 125 | | * Entête du job |
| 126 | | {{{ |
| 127 | | #!/bin/bash |
| 128 | | #SBATCH --nodes=554 |
| 129 | | #SBATCH --ntasks=13296 |
| 130 | | #SBATCH --ntasks-per-node=24 |
| 131 | | #SBATCH --threads-per-core=1 |
| 132 | | #SBATCH -J nemo_occigen |
| 133 | | #SBATCH -e nemo_occigen.e%j |
| 134 | | #SBATCH -o nemo_occigen.o%j |
| 135 | | #SBATCH --time=24:00:00 |
| 136 | | #SBATCH --exclusive |
| 137 | | }}}quit |
| 138 | | * Commande (exemple) : |
| 139 | | {{{ |
| 140 | | time srun --mpi=pmi2 -m cyclic \ |
| 141 | | --cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\ |
| 142 | | --multi-prog ./ztask_file.conf |
| 143 | | }}} |
| 144 | | * avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement: |
| 145 | | {{{ |
| 146 | | 0-295 ./xios_server.exe |
| 147 | | 296-13295 ./opa |
| 148 | | }}} |
| 149 | | * Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS |
| 150 | | |
