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Entête des jobs et commandes curie
Cette page décrit les entêtes des jobs sur curie ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé.
Un executable séquentiel
- Entête du job
#MSUB -n 1
- Commande
time ccc_mprun ./create_etat0_limit.e
Un executable parallélisé avec OpenMP seulement
- Entête du job
#MSUB -n 1 #MSUB -c 16
- Commande
export OMP_NUM_THREADS=16 time ccc_mprun ./gcm.e
- Résultat : 4 threads seront lancés sur 1 processus gcm.e
Un executable parallélisé avec MPI seulement
- Entête du job
#MSUB -n 32 BATCH_NUM_PROC_TOT=32
- Commande
time ccc_mprun ./gcm.e time ccc_mprun -n 32 ./gcm.e time ccc_mprun -n ${BRIDGE_MSUB_NPROC} ./gcm.e time ccc_mprun -n ${BATCH_NUM_PROC_TOT} ./gcm.e # A valider?
- Résultat : ccc_mprun lance 32 processus gcm.e
Un executable parallélisé avec MPI et OpenMP
- Méthode 1 sur un seul noeud :
- Entête du job
#MSUB -n 8 # Reservation de 8 processus MPI #MSUB -c 4 # Chaque tâche MPI lance 4 threads
- Commande
export OMP_NUM_THREADS=4 # Utilisation de 4 threads OpenMP par processus MPI time ccc_mprun ./gcm.e
- Résultat : ccc_mprun lance 8 tâches MPI gcm.e sur 4 threads chacun
- Entête du job
- Méthode 2 sur un seul noeud :
- Entête du job
#MSUB -n 32 # Reservation de 32 procs
- Commande
export OMP_NUM_THREADS=4 # Utilisation de 4 threads OpenMP par processus MPI time ccc_mprun -n 4 -c 8 ./gcm.e
- Résultat : ccc_mprun lance 8 tâches MPI gcm.e sur 4 threads chacun
- Commande
- Entête du job
- Méthode pour plusieurs noeuds :
- Entête du job
#MSUB -N 4 # 4 noeuds #MSUB -n 4 # 4 tâches MPI #MSUB -c 16 # Chaque tâche MPI lance 16 threads
- Commande
export OMP_NUM_THREADS=16 # Utilisation de 16 threads OpenMP par processus MPI time ccc_mprun ./gcm.e
- Résultat : ccc_mprun lance 4 tâches MPI gcm.e sur 4 noeuds différents, chacune avec 16 threads OpenMP
- Entête du job
Un couplé avec Oasis sur 1 proc, NEMO sur 5 procs et LMDZ sur 26 procs, MPI seul
- Entête du job
#MSUB -n 32 BATCH_NUM_PROC_TOT=$BRIDGE_MSUB_NPROC
- Commande
time ccc_mprun -f ./run_file
- avec run_file contenant, oasis en premier obligatoirement:
1 ./oasis 26 ./lmdz.x 5 ./opa.xx
- avec run_file contenant, oasis en premier obligatoirement:
- Résultat : mpirun lance 32 processus : 1 oasis, 26 lmdz et 5 opa
Un couplé avec Oasis sur 1 proc, NEMO sur 5 procs et LMDZ sur 13 procs MPI et 2 tâches OpenMP
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