Index: TOOLS/CMIP6_FORCING/AER_TROP_CONCENTRATIONS/aerosols_from_inca.sh
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--- TOOLS/CMIP6_FORCING/AER_TROP_CONCENTRATIONS/aerosols_from_inca.sh	(revision 3495)
+++ TOOLS/CMIP6_FORCING/AER_TROP_CONCENTRATIONS/aerosols_from_inca.sh	(revision 3495)
@@ -0,0 +1,197 @@
+# Script prenant en entrÃe les outputs des simulations historical gÃnÃrant les forÃages aÃrosols tropo
+# Une moyenne glissante sur 3 ans est effectuÃe, avec pondÃration [0.25 ; 0.5 ; 0.25].
+# Un fichier climato par an est gÃnÃrÃ au final.
+# Th. Lurton IPSL nov. 2017
+
+#!/bin/sh
+
+for year in {1850..2014}
+do
+
+if [ ${year} -ge 1850 ] && [ ${year} -le 1882 ]
+then
+ lettreprec=''
+ lettre=A
+ lettresuiv=B
+elif [ ${year} -ge 1883 ] && [ ${year} -le 1915 ]
+then
+ lettreprec=A
+ lettre=B
+ lettresuiv=C
+elif [ ${year} -ge 1916 ] && [ ${year} -le 1948 ]
+then
+ lettreprec=B
+ lettre=C
+ lettresuiv=D
+elif [ ${year} -ge 1949 ] && [ ${year} -le 1981 ]
+then
+ lettreprec=C
+ lettre=D
+ lettresuiv=E
+elif [ ${year} -ge 1982 ] && [ ${year} -le 2014 ]
+then
+ lettreprec=D
+ lettre=E
+ lettresuiv=''
+fi
+
+nomsimu=LOI6012-histAER-part${lettre}
+nomsimuprec=LOI6012-histAER-part${lettreprec}
+nomsimusuiv=LOI6012-histAER-part${lettresuiv}
+
+# Chemins
+chemin=/ccc/store/cont003/gencmip6/lurtont/IGCM_OUT/LMDZORINCA/PROD/historicalAER/${nomsimu}/CHM/Output/MO/
+cheminprec=/ccc/store/cont003/gencmip6/lurtont/IGCM_OUT/LMDZORINCA/PROD/historicalAER/${nomsimuprec}/CHM/Output/MO/
+cheminsuiv=/ccc/store/cont003/gencmip6/lurtont/IGCM_OUT/LMDZORINCA/PROD/historicalAER/${nomsimusuiv}/CHM/Output/MO/
+
+workchemin=/ccc/scratch/cont003/gencmip6/lurtont/aerosols_from_inca/
+
+# On effectue une moyenne glissante sur trois annÃ©es, centrÃ©e en l'annÃ©e d'intÃ©rÃªt,
+# et de poids [ 1/4 ; 1/2 ; 1/4 ].
+prec=$((${year}-1))
+suiv=$((${year}+1))
+
+# Override des annÃ©es prÃ©cÃ©dente pour 1850, et suivante pour 2014 :
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+   prec=1850
+   echo '*** Comme on est en 1850, je prends aussi 1850 pour an (n-1).'
+fi
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+   suiv=2014
+   echo '*** Comme on est en 2014, je prends aussi 2014 pour an (n+1).'
+fi
+
+echo '***** Annee '${year}' : Moyenne glissante sur ans '${prec}', '${year}', et '${suiv}'.'
+
+# Adresses generiques des fichiers a traiter
+fileprec=${chemin}${nomsimu}_${prec}0101_${prec}1230_1M_aerosols_from_inca.nc
+fileyear=${chemin}${nomsimu}_${year}0101_${year}1230_1M_aerosols_from_inca.nc
+filesuiv=${chemin}${nomsimu}_${suiv}0101_${suiv}1230_1M_aerosols_from_inca.nc
+
+# Override pour les cas des annees-charnieres
+# Si l'on est en fin de periode (sauf la derniere), il faut regarder dans la simulation suivante pour le fichier (n+1)
+if [ ${year} = 1882 ] || [ ${year} = 1915 ] || [ ${year} = 1948 ] || [ ${year} = 1981 ]
+then
+   filesuiv=${cheminsuiv}${nomsimusuiv}_${suiv}0101_${suiv}1230_1M_aerosols_from_inca.nc
+# si l'on est en debut de periode (sauf la premiere), on regarde dans la simulation precedente pour le fichier (n-1)
+fi
+if [ ${year} = 1883 ] || [ ${year} = 1916 ] || [ ${year} = 1949 ] || [ ${year} = 1982 ]
+then
+   fileprec=${cheminprec}${nomsimuprec}_${prec}0101_${prec}1230_1M_aerosols_from_inca.nc
+fi
+
+# Fichiers temporaires avec ponderation (cas generique)
+pondprec=${workchemin}${nomsimu}_${prec}0101_${prec}1230_pond.nc
+pondyear=${workchemin}${nomsimu}_${year}0101_${year}1230_pond.nc
+pondsuiv=${workchemin}${nomsimu}_${suiv}0101_${suiv}1230_pond.nc
+
+# Cas particulier pour 1850 : il ne faut pas que ${pondprec} et ${pondyear} s'Ã©crivent l'un sur l'autre
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+   pondprec=${workchemin}${nomsimu}_18490101_18491230_pond.nc
+fi
+# Cas particulier pour 2014 : il ne faut pas que ${pondsuiv} et ${pondyear} s'Ã©crivent l'un sur l'autre
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+   pondsuiv=${workchemin}${nomsimu}_20150101_20151230_pond.nc
+fi
+
+# PondÃ©ration des trois annÃ©es successives par 1/4 ; 1/2 ; 1/4 ]
+# et multiplication par un facteur 3 qui disparaÃ®tr lors de la moyenne par mois.
+
+cdo mulc,.75 ${fileprec} ${pondprec}
+cdo mulc,1.5 ${fileyear} ${pondyear}
+cdo mulc,.75 ${filesuiv} ${pondsuiv}
+
+# Fix du vecteur temps pour les cas 1849 et 2015 : comme ils sont issus d'une duplication de fichier, il faut lui faire croire
+# que l'on a le vecteur temps de l'annee precedente/suivante
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+tmp=${workchemin}${nomsimu}_tmp.nc
+mv ${pondprec} ${tmp}
+cdo shifttime,-1year ${tmp} ${pondprec}
+rm -f ${tmp}
+fi
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+tmp=${workchemin}${nomsimu}_tmp.nc
+mv ${pondsuiv} ${tmp}
+cdo shifttime,1year ${tmp} ${pondsuiv}
+rm -f ${tmp}
+fi
+
+# Alignement de tout le monde sur 1850
+ncatted -O -a units,time_counter,o,c,"seconds since 1850-01-01 00:00:00" ${pondyear}
+ncatted -O -a units,time_counter,o,c,"seconds since 1850-01-01 00:00:00" ${pondprec}
+ncatted -O -a units,time_counter,o,c,"seconds since 1850-01-01 00:00:00" ${pondsuiv}
+
+# Fix du vecteur temps pour les annees-charnieres : chacune des cinq parties de simulation a sa propre origine des temps
+# partA commence en 1847, partB en 1880, partC en 1913, partD en 1946 et partE en 1979
+# si on est en fin de periode, on doit decaler l'axe des temps du fichier (n+1) de 33 ans
+if [ ${year} = 1882 ] || [ ${year} = 1915 ] || [ ${year} = 1948 ] || [ ${year} = 1981 ]
+then
+tmp=${workchemin}${suiv}_tmp.nc
+mv ${pondsuiv} ${tmp}
+cdo shifttime,33years ${tmp} ${pondsuiv}
+fi
+# si on est en debut de periode, on doit decaler l'axe des temps du fichier (n-1) de -33 ans
+# (normalement on reste en positif, car la simu fait 36 ans au total en incluant le spin-up de 3 ans, et on regarde la derniere annee)
+if [ ${year} = 1883 ] || [ ${year} = 1916 ] || [ ${year} = 1949 ] || [ ${year} = 1982 ]
+then
+tmp=${workchemin}${prec}_tmp.nc
+mv ${pondprec} ${tmp}
+cdo shifttime,-33years ${tmp} ${pondprec}
+fi
+
+pondtroisans=${workchemin}aerosols_${prec}0101_${suiv}1230_pond.nc
+
+# Override pour les cas 1850 et 2014, renommage propre du fichier trois ans
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+pondtroisans=${workchemin}aerosols_18490101_18511230_pond.nc
+fi
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+pondtroisans=${workchemin}aerosols_20130101_20151230_pond.nc
+fi
+
+cdo mergetime ${pondprec} ${pondyear} ${pondsuiv} ${pondtroisans}
+rm -f ${pondprec} ${pondyear} ${pondsuiv}
+
+fileout=${workchemin}final_AER/aerosols${year}_from_inca.nc
+
+cdo ymonmean ${pondtroisans} ${fileout}
+rm -f ${pondtroisans}
+
+# Fix du vecteur temps : ymonmean s'aligne sur la derniere annee, ici (n+1)
+# on recule donc d'un an pour bien avoir l'annee (n)
+tmp=${workchemin}${nomsimu}_tmp.nc
+mv ${fileout} ${tmp}
+cdo shifttime,-1year ${tmp} ${fileout}
+rm -f ${tmp}
+
+# Dernier point : on s'aligne sur 1850 pour l'origine des temps de tout le monde
+tmp=${workchemin}tmp.nc
+mv ${fileout} ${tmp}
+if [ ${lettre} = 'A' ]
+then
+cdo shifttime,-3years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'B' ]
+then
+cdo shifttime,30years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'C' ]
+then
+cdo shifttime,63years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'D' ]
+then
+cdo shifttime,96years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'E' ]
+then
+cdo shifttime,129years ${tmp} ${fileout}
+fi
+rm -f ${tmp}
+
+# Fin de boucle sur les annÃ©es
+done
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+++ TOOLS/CMIP6_FORCING/AER_TROP_CONCENTRATIONS/dep_from_inca.sh	(revision 3495)
@@ -0,0 +1,206 @@
+# Script prenant en entrÃ©e les outputs des simulations historicl generant les aerosols tropo.
+# Une moyenne glissante sur 3 ans est effectuÃ©e, avec pondÃ©ration [0.25 ; 0.5 ; 0.25].
+# Un fichier dÃpÃŽts par an est gÃ©nÃ©rÃ© au final.
+# Th. Lurton IPSL nov. 2017
+
+#!/bin/sh
+
+for year in {1850..2014}
+do
+
+if [ ${year} -ge 1850 ] && [ ${year} -le 1882 ]
+then
+ lettreprec=''
+ lettre=A
+ lettresuiv=B
+elif [ ${year} -ge 1883 ] && [ ${year} -le 1915 ]
+then
+ lettreprec=A
+ lettre=B
+ lettresuiv=C
+elif [ ${year} -ge 1916 ] && [ ${year} -le 1948 ]
+then
+ lettreprec=B
+ lettre=C
+ lettresuiv=D
+elif [ ${year} -ge 1949 ] && [ ${year} -le 1981 ]
+then
+ lettreprec=C
+ lettre=D
+ lettresuiv=E
+elif [ ${year} -ge 1982 ] && [ ${year} -le 2014 ]
+then
+ lettreprec=D
+ lettre=E
+ lettresuiv=''
+fi
+
+nomsimu=LOI6012-histAER-part${lettre}
+nomsimuprec=LOI6012-histAER-part${lettreprec}
+nomsimusuiv=LOI6012-histAER-part${lettresuiv}
+
+# Chemins
+chemin=/ccc/store/cont003/gencmip6/lurtont/IGCM_OUT/LMDZORINCA/PROD/historicalAER/${nomsimu}/CHM/Output/MO/
+cheminprec=/ccc/store/cont003/gencmip6/lurtont/IGCM_OUT/LMDZORINCA/PROD/historicalAER/${nomsimuprec}/CHM/Output/MO/
+cheminsuiv=/ccc/store/cont003/gencmip6/lurtont/IGCM_OUT/LMDZORINCA/PROD/historicalAER/${nomsimusuiv}/CHM/Output/MO/
+
+workchemin=/ccc/scratch/cont003/gencmip6/lurtont/aerosols_from_inca/
+
+# On effectue une moyenne glissante sur trois annÃ©es, centrÃ©e en l'annÃ©e d'intÃ©rÃªt,
+# et de poids [ 1/4 ; 1/2 ; 1/4 ].
+prec=$((${year}-1))
+suiv=$((${year}+1))
+
+# Override des annÃ©es prÃ©cÃ©dente pour 1850, et suivante pour 2014 :
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+   prec=1850
+   echo '*** Comme on est en 1850, je prends aussi 1850 pour an (n-1).'
+fi
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+   suiv=2014
+   echo '*** Comme on est en 2014, je prends aussi 2014 pour an (n+1).'
+fi
+
+echo '***** Annee '${year}' : Moyenne glissante sur ans '${prec}', '${year}', et '${suiv}'.'
+
+# Adresses generiques des fichiers a traiter
+fileprec=${chemin}${nomsimu}_${prec}0101_${prec}1230_1M_inca_dep.nc
+fileyear=${chemin}${nomsimu}_${year}0101_${year}1230_1M_inca_dep.nc
+filesuiv=${chemin}${nomsimu}_${suiv}0101_${suiv}1230_1M_inca_dep.nc
+
+# Override pour les cas des annees-charnieres
+# Si l'on est en fin de periode (sauf la derniere), il faut regarder dans la simulation suivante pour le fichier (n+1)
+if [ ${year} = 1882 ] || [ ${year} = 1915 ] || [ ${year} = 1948 ] || [ ${year} = 1981 ]
+then
+   filesuiv=${cheminsuiv}${nomsimusuiv}_${suiv}0101_${suiv}1230_1M_inca_dep.nc
+# si l'on est en debut de periode (sauf la premiere), on regarde dans la simulation precedente pour le fichier (n-1)
+fi
+if [ ${year} = 1883 ] || [ ${year} = 1916 ] || [ ${year} = 1949 ] || [ ${year} = 1982 ]
+then
+   fileprec=${cheminprec}${nomsimuprec}_${prec}0101_${prec}1230_1M_inca_dep.nc
+fi
+
+# Fichiers temporaires avec ponderation (cas generique)
+pondprec=${workchemin}${nomsimu}_${prec}0101_${prec}1230_pond.nc
+pondyear=${workchemin}${nomsimu}_${year}0101_${year}1230_pond.nc
+pondsuiv=${workchemin}${nomsimu}_${suiv}0101_${suiv}1230_pond.nc
+
+# Cas particulier pour 1850 : il ne faut pas que ${pondprec} et ${pondyear} s'Ã©crivent l'un sur l'autre
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+   pondprec=${workchemin}${nomsimu}_18490101_18491230_pond.nc
+fi
+# Cas particulier pour 2014 : il ne faut pas que ${pondsuiv} et ${pondyear} s'Ã©crivent l'un sur l'autre
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+   pondsuiv=${workchemin}${nomsimu}_20150101_20151230_pond.nc
+fi
+
+# PondÃ©ration des trois annÃ©es successives par 1/4 ; 1/2 ; 1/4 ]
+# et multiplication par un facteur 3 qui disparaÃ®tr lors de la moyenne par mois.
+# (je procede en deux etapes, l'enchainement cdo ne fonctionne pas)
+tmp=${workchemin}temp.nc
+cdo selname,seddustci,wetdustci,drydustci ${fileprec} ${tmp}
+cdo mulc,.75 ${tmp} ${pondprec}
+rm -f ${tmp}
+cdo selname,seddustci,wetdustci,drydustci ${fileyear} ${tmp}
+cdo mulc,1.5 ${tmp} ${pondyear}
+rm -f ${tmp}
+cdo selname,seddustci,wetdustci,drydustci ${filesuiv} ${tmp}
+cdo mulc,.75 ${tmp} ${pondsuiv}
+rm -f ${tmp}
+
+# Fix du vecteur temps pour les cas 1849 et 2015 : comme ils sont issus d'une duplication de fichier, il faut lui faire croire
+# que l'on a le vecteur temps de l'annee precedente/suivante
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+tmp=${workchemin}${nomsimu}_tmp.nc
+mv ${pondprec} ${tmp}
+cdo shifttime,-1year ${tmp} ${pondprec}
+rm -f ${tmp}
+fi
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+tmp=${workchemin}${nomsimu}_tmp.nc
+mv ${pondsuiv} ${tmp}
+cdo shifttime,1year ${tmp} ${pondsuiv}
+rm -f ${tmp}
+fi
+
+# Alignement de tout le monde sur 1850
+ncatted -O -a units,time_counter,o,c,"seconds since 1850-01-01 00:00:00" ${pondyear}
+ncatted -O -a units,time_counter,o,c,"seconds since 1850-01-01 00:00:00" ${pondprec}
+ncatted -O -a units,time_counter,o,c,"seconds since 1850-01-01 00:00:00" ${pondsuiv}
+
+# Fix du vecteur temps pour les annees-charnieres : chacune des cinq parties de simulation a sa propre origine des temps
+# partA commence en 1847, partB en 1880, partC en 1913, partD en 1946 et partE en 1979
+# si on est en fin de periode, on doit decaler l'axe des temps du fichier (n+1) de 33 ans
+if [ ${year} = 1882 ] || [ ${year} = 1915 ] || [ ${year} = 1948 ] || [ ${year} = 1981 ]
+then
+tmp=${workchemin}${suiv}_tmp.nc
+mv ${pondsuiv} ${tmp}
+cdo shifttime,33years ${tmp} ${pondsuiv}
+rm -f ${tmp}
+fi
+# si on est en debut de periode, on doit decaler l'axe des temps du fichier (n-1) de -33 ans
+# (normalement on reste en positif, car la simu fait 36 ans au total en incluant le spin-up de 3 ans, et on regarde la derniere annee)
+if [ ${year} = 1883 ] || [ ${year} = 1916 ] || [ ${year} = 1949 ] || [ ${year} = 1982 ]
+then
+tmp=${workchemin}${prec}_tmp.nc
+mv ${pondprec} ${tmp}
+cdo shifttime,-33years ${tmp} ${pondprec}
+rm -f ${tmp}
+fi
+
+pondtroisans=${workchemin}dep_${prec}0101_${suiv}1230_pond.nc
+
+# Override pour les cas 1850 et 2014, renommage propre du fichier trois ans
+if [ ${year} = 1850 ]
+then
+pondtroisans=${workchemin}dep_18490101_18511230_pond.nc
+fi
+if [ ${year} = 2014 ]
+then
+pondtroisans=${workchemin}dep_20130101_20151230_pond.nc
+fi
+
+cdo mergetime ${pondprec} ${pondyear} ${pondsuiv} ${pondtroisans}
+rm -f ${pondprec} ${pondyear} ${pondsuiv}
+
+fileout=${workchemin}final_DEP/DUST_INCA_LOI6012-histAER_1M_${year}.nc
+
+cdo ymonmean ${pondtroisans} ${fileout}
+rm -f ${pondtroisans}
+
+# Fix du vecteur temps : ymonmean s'aligne sur la derniere annee, ici (n+1)
+# on recule donc d'un an pour bien avoir l'annee (n)
+tmp=${workchemin}${nomsimu}_tmp.nc
+mv ${fileout} ${tmp}
+cdo shifttime,-1year ${tmp} ${fileout}
+rm -f ${tmp}
+
+# Dernier point : on s'aligne sur 1850 pour l'origine des temps de tout le monde
+tmp=${workchemin}tmp.nc
+mv ${fileout} ${tmp}
+if [ ${lettre} = 'A' ]
+then
+cdo shifttime,-3years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'B' ]
+then
+cdo shifttime,30years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'C' ]
+then
+cdo shifttime,63years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'D' ]
+then
+cdo shifttime,96years ${tmp} ${fileout}
+elif [ ${lettre} = 'E' ]
+then
+cdo shifttime,129years ${tmp} ${fileout}
+fi
+rm -f ${tmp}
+
+# Fin de boucle sur les annÃ©es
+done
