1 | #!/bin/bash |
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3 | listToProcessFile="${1}" |
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4 | # exemple de fichier liste : |
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5 | # /ccc/scratch/cont003/incka/pierreg/IGCM_DEM/dataDMNFS_FromTitane/IGCM_OUT/IPSLCM5A/REDO/historicalGHG/v3.historicalGHG1R/output_tar/v3.historicalGHG1R_20101201_20121231_1M_histmthNMC.nc.list |
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8 | # export INPUT_DMF_DATA=${SCRATCHDIR}/datasLabo/dataDMNFS_simple1 |
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9 | export INPUT_DMF_DATA=${SCRATCHDIR}/dataDMNFS_FromTitane |
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10 | |
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11 | # export OUTPUT_STORE=${SCRATCHDIR}/PSEUDO_DMNFS_STORE |
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12 | export OUTPUT_STORE=${SCRATCHDIR}/dataDMNFS_FromTitane_STORE |
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13 | |
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14 | # export OUTPUT_WORK=${SCRATCHDIR}/PSEUDO_DMNFS_WORK |
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15 | export OUTPUT_WORK=${SCRATCHDIR}/dataDMNFS_FromTitane_WORK |
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16 | |
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17 | # export OUTPUT_CHECK=${SCRATCHDIR}/PSEUDO_DMNFS_CHECK |
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18 | export OUTPUT_CHECK=${SCRATCHDIR}/dataDMNFS_FromTitane_CHECK |
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20 | |
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21 | dirin=$INPUT_DMF_DATA |
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22 | dirout=$OUTPUT_STORE |
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23 | dirout_work=$OUTPUT_WORK |
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24 | dirout_check=$OUTPUT_CHECK |
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25 | |
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26 | export JOB_DIR=${LS_SUBCWD:-${PWD}} |
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27 | export EXE_DIR=${JOB_DIR} |
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28 | source ${EXE_DIR}/DEM_utilities.sh |
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29 | |
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30 | dirPathOfListFile=$( dirname $listToProcessFile ) |
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31 | dirnameOfListFile=$( basename $dirPathOfListFile ) |
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32 | |
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33 | # rep de simu : celui contenant le rep qui contient la liste |
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34 | PATH_SIMU=$( dirname $dirPathOfListFile ) |
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35 | set=$listToProcessFile |
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38 | #----------------------------------- |
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39 | # Set output file name from list name |
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41 | fileout1=$( basename $set ) |
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42 | fileout=${fileout1%.list} |
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44 | filefirst=`head -n 1 $set` |
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45 | diroutputfile=`dirname $filefirst | sed -e "s%$dirin%$dirout%"` |
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47 | output_ncrcat_file=$diroutputfile/${fileout} |
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49 | #---------------------------------- |
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50 | fileout_cdocat=${fileout1%.list}.cdocat |
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51 | |
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52 | dirOutput_cdocat_file=`dirname $filefirst | sed -e "s%$dirin%$dirout_check%"` |
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53 | |
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54 | output_cdocat_file=${dirOutput_cdocat_file}/${fileout_cdocat} |
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55 | |
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56 | |
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57 | #---------------------------------- |
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58 | # log file |
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59 | datestr=`LC_ALL=C date +"%Y%m%dTT%H%M%S"` |
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60 | logfile=${fileout_cdocat%%.cdocat}_${datestr}.log |
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61 | output_cdocat_logFile=${dirOutput_cdocat_file}/${logfile} |
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62 | |
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63 | |
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64 | echo |
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65 | echo "Output file to write:" |
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66 | echo "$output_ncrcat_file" |
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67 | echo |
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68 | echo "Output cdo cat file to write:" |
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69 | echo "$output_cdocat_file" |
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70 | echo |
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71 | echo "Output cdo cat log file to write:" |
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72 | echo "$output_cdocat_logFile" |
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73 | |
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74 | |
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75 | if [ ! -e $outputfile ] |
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76 | then |
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77 | echo "Le fichier liste suivant n'existe pas :" |
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78 | echo "$outputfile" |
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79 | fi |
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80 | |
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81 | mkdir -p $dirOutput_cdocat_file |
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83 | listOfFilesToCdocat=`cat $listToProcessFile ` |
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84 | |
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85 | cdo cat $listOfFilesToCdocat $output_cdocat_file > $output_cdocat_logFile 2>&1 |
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86 | |
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87 | echo >> $output_cdocat_logFile |
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88 | |
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89 | vartoexclude="'t_inst*,contfracATM,sobowlin'" |
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90 | ./diff.bash $output_ncrcat_file $output_cdocat_file $vartoexclude >> $output_cdocat_logFile |
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92 | code_sortie=$? |
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94 | exit $code_sortie |
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